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一、内部审计
  气象部门内部审计项目有：财务收支审计、专项审计、审计调查、基本建设审计、经济责任审计、预算执行审计等。
  内部审计实行上一级审计下一级制度，年度审计计划由局分管审计工作的领导批准后，内部审计部门组织实施。
  1989—2005年，内部审计共实施审计项目318项，其中：财务收支审计193项，基本建设审计25项，专项审计10项，审计调查13项，经济责任审计66项，预算执行审计11项。审计单位数累计达431个。
  （一）财务收支审计
  1989—1997年，财务收支审计是定期审计方式，审计依据是《国家气象局关于气象部门开展定期审计的通知》，审计的内容是各项经费和预算外收支，重点是事业费（包括科研事业费），审计19个单位，查出违规金额6.31万元。在这期间，还配合省审计局对省气象台会计等人的贪污公款问题进行调查，并在调查结束后，对省气象台财务状况进行清理，纠正各项违规账务处理。1990年7月，国家气象局发布《气象部门内部审计工作实施办法》。对内部审计的范围进行划分，规定内部审计的主要任务、财务收支审计的内容。1991－1997年，内部审计的重点是有偿服务的财务收支，审计的依据是省气象局制定分配文件，审计54个单位，查出违规金额46.45万元。1992年，查出一起会计人员贪污公款的违法违纪问题，其贪污公款金额6719.44元。
  1998—2005年，财务收支审计依据为1997年颁布的事业单位会计和财务制度，该制度将财政经费拨款由“财政拨款”科目转为“财政补助收入”科目核算，有偿服务首次实行成本核算，随后气象部门将“气象有偿服务”改为“气象科技服务”，因此这期间财务收支审计的重点是审核财政经费支出的真实性和合法性以及科技服务成本核算的真实合理合法性。在这期间，共审计120个单位，查出违规金额187.80万元。纠正的问题主要有挤占挪用或转移财政资金；预算内经费转为预算外资金；偷漏税金；公款私存及私设“小金库”；国有资产流失；提高开支标准、发放钱物、违反控购商品规定以及成本核算不实等方面。
  （二）经济责任审计
  经济责任审计是从1998年中国气象局下发《全国气象部门企事业单位负责人经济责任审计工作暂行规定》的通知后开始的，经济责任审计开展初期，其审计范围局限于经济责任审计的责任人所在单位的财政收支。以后，随着经济责任审计的深化，经济责任审计范围进一步扩大。
  1997—2000年，经济责任审计主要是针对县气象局领导提拔到设区市气象局副职领导岗位上开展的领导干部离任审计，审计执行人员是以设区市气象局兼职审计人员为主，审计范围仅局限于县气象局领导对事业费财务收支的真实合法性所应承担的责任。这期间共审计7位经济责任人或审计单位，对个人经济方面都没有发现存在违规违纪问题，但个人所应承担的管理责任（即财务违规问题）费用有13.82万元。
  2001—2005年，经济责任审计的总体要求是“突出重点，探索方法，深化经济责任审计工作”。共对59名领导干部进行经济责任审计，查出违规金额92.89万元。在2001年与2004年的经济责任审计中，有1名领导干部经审计后未被提拔任用，有1名领导干部经审计后受到行政处分；在经济责任审计中，查出单位私设“小金库”13.92万元，并存在擅自将公款借给朋友使用等严重违反财经纪律的问题。
  （三）基本建设审计
  1990年，根据省气象局领导的要求，由内部审计人员牵头，计财人员配合，对两个基层县气象局开展基本建设效益审计，通过审核工程的预决算，取得经济效益2.19万元，同时纠正隐蔽工程的严重不实和工程质量低劣的问题。
  2000—2005年，根据《气象部门基本建设审计暂行办法》，开展基本建设审计的试点，对基建项目工程管理审计进行探索，安排16个项目，采用审计调查的方式，进而转入基建工程的实质性审计。通过审计，对工程造价采用“固定价格合同”方式以及工程造价采用协商价，材料质量把关不严和隐蔽工程签证委托县建筑质量监督站签证，而作为建设单位的甲方没有在隐蔽工程签证单上签证，致使单位利益受损等问题提出建议，同时提出变工程项目的事后审计为事前审计；并建议建设单位加强局务公开工作，接受群众监督。2004—2005年，为规范基本建设财务收支核算和修缮工程项目的效益审计，共安排5个单位基本建设项目财务管理审计和2个修缮工程项目的效益审计，指出材料采购相当多的票据以白条列支以及基建账务管理存在“包包账”等具体问题，提出纠正的具体办法；同时在修缮工程项目上取得经济效益1.43万元。
  （四）审计调查
  1994年，安排2个项目的审计调查，其中一项是受审计署驻中国气象局审计特派员办公室的委托，对人工影响天气的专项经费进行审计调查，调查单位3个，通过审计调查发现专款不专用的问题较多，用于宴请和补贴费用的比例较高，查出违规金额14.66万元。另一项是关于县级气象局有偿服务等预算外各项收入以及综合经营财务管理情况的审计调查，调查单位5个，分析气球广告的制度管理和财务管理以及预算外财务收入核算等方面存在的问题，并提出解决问题的意见。1997年，由审计署驻中国气象局审计局牵头组织的关于对全国气象部门事业单位往来账款情况进行专项审计调查，调查单位78个，共发放调查表79份，通过调查确认1997年6月30日前，往来账款余额总计1527.01万元，长期挂账额（即呆账损失）49.84万元。同时发现各单位存在将国库券利息和地方经费以及气象线路租费、服务管理费、劳务费结余、人工降雨炮弹经费等违规挂账的问题。1998—2001年和2003—2004年，主要围绕财务收支难点方面和地方事业费及地方专项经费的管理情况开展审计调查，其间共安排10个项目，为单位提出建设性意见15条。
  （五）专项审计
  2001年，对群众举报一市气象局领导的经济问题开展专项审计，查实单位除接待费支出较多外，没有发现个人存在举报所列举的经济问题。2005年，在审计过程中，发现一单位严重违反《现金管理条例》，用现金支付大额工程款7.98万元和凭白条支付大额工程款47.34万元等问题。
  （六）预算执行审计
  2004—2005年，共安排11个单位预算执行审计，审计的问题主要有非预算支出挤占预算支出以及招待费和会议费超标等。
  二、接受外部审计
  气象部门接受外部审计主要集中在1990—1992年和2001—2003年，即审计署授权地方审计机关开展的审计。
  在1990—1992年的审计期间，审计机关审计45个单位，共查出违纪金额15.68万元，被处罚金额3.70万元，上缴财政0.48万元，补交税金3.19万元，其他方面的处罚金额0.01万元。
  在2001—2003年的审计期间，审计机关审计39个单位，共查出违纪金额73.13万元。