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一、科研计划管理
  1991－1998年，省气象局继续执行1983年10月国家气象局下发的《气象科学技术研究管理办法》，并制定相应的管理细则，对气象科研计划、经费、成果以及成果的推广应用等进行管理。
  1998年10月，省气象局下发《气象科技管理办事程序和规则》，对课题的申报、课题的进展，成果鉴定（验收）和登记、科技成果奖励等办事的程序，上报的时间，填写的表格，报送的材料及相关的规则作出具体的规定。
  2003年8月，省气象局执行国务院办公厅转发的科技部等四部门《关于国家科研计划实行课题管理的规定》，并制定了《福建省气象局科研计划实施课题制管理的规定》。课题制按照公平竞争、择优支持的原则，确立气象科技研究课题，并以课题（项目）为中心，以课题组为基本活动单位进行课题组织管理和研究活动。省气象局科研管理实行归口、分类管理。凡经过省气象局申报批准立项的项目（课题），均由省气象局科技主管部门负责管理，履行管理、指导和监督职能。科技部、中国气象局、省科技厅、省自然科学基金的项目等，分别按科技部、中国气象局、省科技厅、自然科学基金相关科研项目管理办法执行。
  为配套新的管理办法，省气象局制定了《福建省气象局科研计划课题评审暂行办法》。对科研计划课题评审的原则、评审的具体方式和内容、评审专家的条件及要求和评审的法律责任都作出具体规定。此外，还制定了《福建省气象局开放式气象科学研究基金项目管理办法（暂行）》，鼓励省内外优秀人才参加省气象局开放式气象科学研究工作基金项目的科研工作。
  省气象局除承担中国气象局、省科技厅、科技部项目外，还承担发布气象部门科研指南、组织科技人员申报，组织专家评审，经省气象局领导审批后，签订课题合同书正式立项，以及课题执行情况检查。
  （一）发布项目指南
  省气象局科研管理部门每年组织项目申报前，必须根据中国气象局科研计划，部门预算项目指南、省气象局气象事业发展规划、省气象局科研计划和科研经费情况，发布项目指南。对于气象行业，灾害性天气预报、监测、服务，一直是气象工作的核心内容，对于灾害性天气的种类（台风、暴雨、强对流、干旱、低温等），产生灾害的机理、预报的尺度（长期、中期、短期、短时预报）、预报的方法（数值预报、常规预报）以及新的探测和服务手段是气象科研指南的重点。同时，还要根据气象服务面的拓展而增加新的研究指南内容。待个人或单位申报后，组织有关专家（包括技术、财经、管理等方面）评议，最后由省气象局审批。
  各年项目指南的重点是：
  1991－1993年度：暴雨、天气预报专家系统、短时天气监测和预报、利用气象卫星遥感资料为农业服务。
  1995—1996年度：气象业务现代化建设、新一代天气预报流程，多普勒雷达回波资料应用、突发性暴雨量级与落区预报。
  1997—1998年度：中尺度灾害性天气预警系统研究、闽台地区中尺度天气系统与台风试验研究、短期气候预测、农业气象灾害专家系统。
  1998—1999年度：新预报技术和方法应用、数值预报产品的释用、预报逐级指导技术（省一地、地一县）、作物产量预报。
  2000年度：应用天气雷达、卫星云图、自动雨量站作短时定量降水预报、极轨卫星对森林火险监测、推广灾害性天气、短时气候预测方法。
  2001年度：应用非常规资料作短时定量降水预报、城市气象服务项目、防雷技术。2004年度：海洋天气监测、预报技术、人工影响天气、成果推广应用。
  2005年度：精细化天气预报、服务新技术新方法，人工影响天气作业技术及效果评估方法。
  （二）立项
  1991—2005年，省气象局承担的课题项目（包括省气象局立项）总数为327项，投入经费约583万元。
  （三）计划检查
  项目实施阶段，为检查各承担单位执行情况，要求项目负责人每年12月底前向省气象局科研管理部门提交项目年度进展情况报告和经费使用情况报告。属科技部、中国气象局、省科技厅的项目，由省气象局科研管理部门统一上报有关单位。省气象局科研管理部门和课题承担主管单位还对课题执行情况进行不定期检查，对于执行中出现的问题，及时予以调整。
  1996年，省气象局科研管理部门印发《关于报送1996年气象科研执行情况和部分课题催报验收的通知》。各单位承担的各部门课题要报送《执行情况表》，对超期的课题立即结题准备验收。
  2001年，省气象局科研管理部门对课题执行情况进行检查。检查结果显示，大部分课题能按课题合同要求进行，年度已验收课题20项，正在验收10项。省气象局承担的10个重点项目（科技部、科技厅、中国气象局的课题）有7项能按计划进行，有3项须延期验收。省气象局77项课题中有57项能按原计划完成，其余只能部分完成或无法完成。部分课题因课题负责人另有任务，或因实验客观条件不具备，或因实验条件发生变化等，无法按计划完成课题任务。
  二、科研成果管理
  （一）成果鉴定或验收
  1987年12月7日，省气象局执行国家气象局下发的《气象科学技术研究成果鉴定试行办法》，对科研成果的范围，鉴定工作的管理、鉴定形式、课题项目申请鉴定程序、鉴定的组织和参与鉴定人员的资格、权利及职责等实行鉴定制度。
  1995年，中国气象局《关于转发国家科委〈科学技术成果鉴定办法〉和〈科技成果鉴定规程〉的通知》，对成果鉴定范围作出新的规定，只对被列入国家和省科技计划内的应用技术成果以及极少数科技计划外的重大应用技术成果进行鉴定。为执行新规定，此后，省气象局课题一般都不作鉴定，而只进行结题验收。
  1998年11月12日，执行中国气象局下发的《气象科学技术研究成果鉴定实施细则》。省气象局下达的课题由省气象局成果管理机构进行管理，并要求无论采取何种鉴定形式均需对是否完成技术合同任务、成果的技术水平、难度和成熟性等提出鉴定意见。同时要求按合同计划时间，课题完成后两个月内，由课题组负责人提出鉴定申请，并将鉴定申请表、课题合同书、课题技术材料（包括工作报告、技术报告、效益分析报告及证明材料、查新报告、论文、图表、源程序）、经费决算报告，经承担单位签署意见，档案部门盖章后报送省气象局，由省气象局组织鉴定。属省、部级科研项目由省、部级有关单位组织专家进行鉴定。
  据统计，1991－2005年，省气象局鉴定或验收的课题174项，省科技厅鉴定课题14项，中国气象局验收课题14项，科技部验收课题2项。
  （二）成果登记
  1997年，省气象局开始对科技成果进行登记。其主要工作是办理成果登记、发布成果公报等。
  1.成果登记：课题鉴定（验收）结束，课题负责人须填写《福建省气象科技成果公报拟文》连同验收证书或鉴定证书报送省气象局科研管理部门，进行成果登记。
  2.省气象局科研管理部门对成果登记的项目名称、验收号、成果登记号、完成单位、主要完成人员、成果简介进行编辑，汇编成册，向全省气象部门发布成果登记。
  （三）科技成果奖励
  1990年，省气象局制定《福建省气象局科学技术进步奖励试行办法》，对气象科学技术进步奖的奖励范围、等级，奖励等级的基本原则和标准，审批程序都作出具体的规定。省气象科技进步奖分四级，其标准是：一等奖，属省内首创，部分综合技术经济指标居国内外先进水平；二等奖，属省内首创，综合技术经济指标达国内一般水平；三等奖，属省内先进水平，综合技术经济指标居省内领先地位；四等奖，属省内水平，部分技术经济指标达省内先进水平。
  1991年、1993年、1995年、1997年省气象局进行四次气象科技进步奖评奖工作。
  1997年6月，省气象局制定《福建省气象科技工作奖励试行办法》。1997年后，省气象局取消科学技术进步奖评定，改为科技先进集体和个人的评选。对多年科研工作中，消化、吸收省内外先进技术，科研管理及成果推广，成绩显著者，给予奖励。
  2003年3月，省气象局结合福建实际制定《福建省气象局科学技术工作奖励办法（试行）》，对气象科学技术奖的申请和推荐、评审和授予、异议及其处理以及纪律作出具体规定，并设立奖励专用资金，每年3万元。
  2005年，省气象局对《福建省气象局科学技术工作奖励办法（试行）》进行修订，修改后下发《福建省气象局科学技术工作奖励办法》。奖励范围规定：科技工作奖授予在气象科学研究与技术开发、气象科学技术成果应用推广，以及在气象现代化建设工程科技方面和提高业务预报水平方面，对推动本领域的科技进步有重大意义、具有重要的科学价值或取得显著的社会、经济效益，而且应是已通过省气象局组织的验收（鉴定）后，应用一年以上并取得省气象局成果登记号的项目。
  （四）推广应用
  1997年6月，省气象局根据中国气象局《气象科学技术成果推广试行办法》，结合福建实际，制定《福建省气象局气象科学技术成果推广办法》。气象科学技术成果推广工作实行省气象局和设区市气象局两级管理；经验收合格的推广项目，可申报科技进步奖。
  1991－2005年，气象科技成果推广项目中省气象局有7项，中国气象局有1项。表14-161991—2005年气象科技成果项目推广一览表
  三、科研“三同步”管理
  1988年11月，国家气象局下发《国家气象局科学技术研究成果登记及档案管理细则》，规定科研人员必须按归档要求认真建立科研案卷，并及时归档，未进行归档的科研成果，不予鉴定和登记；气象科研档案的形成、积累、归档工作，实行课题负责人主持，由科研人员立卷、归档的责任制；归档的文件材料要求字迹工整，图样清晰，装订整齐。在科技攻关课题项目的管理中，均把科研成果档案工作与课题、成果管理紧密结合，实行“三同步”管理，即签订科技攻关合同与提出攻关文件材料形成同步，验收鉴定攻关课题与验收攻关档案材料同步，成果评审奖励与档案部门出具证明材料归档情况同步。气象科研档案工作从此纳入科技管理体系，实施科研工作和建档工作“三同步”管理。
  1992年9月16日，省气象局下发《关于统一使用“科研档案验收专用章”的联合通知》。规定：（一）各单位承担的课题项目，提出鉴定申请时，需由各单位气象档案室在《科学技术成果鉴定申请》或《科学技术成果视同鉴定证书》中“提供鉴定的技术文件目录”栏内盖章，没有盖章的，组织鉴定单位不批准鉴定。鉴定时需由各有关单位气象档案室在《科学技术鉴定证书》或《科学技术成果视同鉴定证书》中的“主要技术文件目录及提供单位”栏内盖章，没有盖章的，组织鉴定单位不予在上述两种证书签署意见。（二）科研成果如申报各级科学技术进步奖，该成果档案须经相应科委的综合档案部门或省气象档案馆验收合格，并盖章，没有盖章的不予评奖。
  据统计1991－1999年全省气象部门共立课题168项，到1999年年底已完成113项，验收（鉴定）68项，获奖项目49项。据调查，科研课题归档数74项，科研成果归档数58项，获奖项目归档数35项。
  四、科研经费管理
  科研经费实行分级归口、分类管理，分别按经费来源的有关管理办法管理。科研课题经费实行两级管理，即国家气象局课题由国家气象局、省气象局管理，省气象局课题由省气象局和设区市气象局管理。
  1997年6月，省气象局针对有的承担单位未能按计划完成课题科研任务、积压超期课题较多的问题，制定《气象科技管理补充规定》，规定要点：按时报送课题进展情况，方能拨付年度科研经费；对批准延期的课题，仍完不成课题计划，其课题按中止处理，不再受理技术鉴定和验收，并退回剩余课题经费；承担单位和课题负责人没有认真组织和开展课题研究，所提供的技术资料不完整，研究内容和预期达到的指标相差太远的，按中止课题处理，退回剩余课题经费。