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畲族医药是畲民长期医疗的实践总结，并形成了一定的医药理论。他们充分利用山区丰富的青草药资源，逐渐掌握了一些植物的性味功能及主要作用，形成了自己居住地域常见疾病防治的用药方法，总结出一套独特的医疗保健方法。畲族医术一般源于汉医和自身的医疗实践。居住在山区的畲医世家都有祖辈相传的单方、验方和医疗技艺。同时也吸收其他民族的医学精华，汉医对畲族的影响尤大。畲民学习汉族医学，或直接师承汉医，经过医学实践，形成丰富的医疗经验，并具有鲜明的民族特点。畲族医药绝大多数是祖传技艺，代代相传，且传男不传女，不收外姓人。绝大多数畲医亦农亦医，以农为主。也有少数畲医悬壶售药，设堂诊脉，个别畲医游走四方，以卖药为生。多数畲医自守家法，自立门户。
  畲医有独特的疾病观和疾病分类法。他们认为，人的生命由心、肝、肺、肾、胆六脏主宰，俗称“六神”；认为人体有36骨节、72筋脉、12血路、28脉（24脉加任督脉、左右脉），全身有12处气血调和往来之处，按照12时辰（或6时）与24节气（四季）的变化，周而复始地进行循环，12时辰（6时）与四季气血调和往来处都不一样，如果某一气血调和往来处受伤，就会造成血脉不畅，甚至不通，不仅在局部出现疼痛，还可以引起全身变化，重者不治而亡。因此，畲医对12时辰（6时）与季节十分重视，把许多病都称为“六时病”。畲医把疾病分为寒、风、气、血症和杂症等5大类，每大类又根据症状分72种。如寒症有：冲日寒、三日寒、七日寒、百日寒、里寒、风寒、漏底寒、铁板寒、假热真寒等。风症分为内风和外风。内风有蛇惊风、老鸦风、乌沙风、鲫鱼风、痛惊风、夜啼风、摄口风、盘肠风、脐带风、挛弓风、天吊风、慢惊风、镇心风、鹰爪风（鸡爪风）、扫帚风、扁担风等；外风也叫出云，如红云、米云、钱云、雷云、猪母云等。气症也有若干种，如拗气、脚气等。血症主要指妇女出血性疾病，如崩血、漏血、闭经、月经不调等经带胎产之类，也有吐血、呕血、便血等其他出血性疾病。杂症是指除上述疾病外的眼疾、耳疾、骨折、外伤疮疡、蛇蝎咬伤等。畲医内科主要是指寒症、风症、气症、血症等。外科与现代医学的外科的涵义不同，仅指疔、疖、痈、疮、疱疹，蛇、蝎、蜈蚣等咬伤及刀枪利器等损伤在人体表皮上的疾病。
  畲医在治疗疾病中有许多特殊的方法。把中暑、感冒以及周身不适等都称为“发痧”，又将“痧”分为寒痧、迷痧、黑痧、绞肠痧等若干种，他们采取了抓痧、刮痧、捏痧、挑痧、针刺等疗法，借此将“邪气”放出，以达治疗效果。畲医针刺疗法注重部位而不讲究穴位，多用三棱针。畲医有特殊的正骨疗法，对人体筋骨命名特殊，如脊柱称“梁骨”，锁骨称“花眉垅骨”，肋骨称“六条骨”，肩胛骨称“饭匙骨”，尺挠骨称“手担骨”，胫腓骨称“脚担骨”，内外踝骨称“脚目骨”，斜方肌称“大扳肌”，腓肠肌称“后担筋”，骶脊肌称“腰板筋”等。施行正骨时有时采用针刺解痛，而多数仅在局部喷洒清水或醋酸、酒，继而拔伸牵引，捏搓推拿，提接端挤，旋转屈伸，因势利导，以资整复。畲医强调早期一次性整复，认为早期局部肿胀疼痛较轻，容易整复，时间延误而肿胀、疼痛加剧，会增加操作的困难。筋骨复位后用小竹片或杉树皮固定，所用竹片的多寡视疾病而定。外敷药采用新鲜草药，有的是单方，有的是复方。有的配内服药。治疗骨折开始不能用酒调药敷，要经过一段时间（一般4－6周）后才能用药调药。
  畲民对“伤”特别重视，无论身体那个部位碰撞或疼痛，都是“伤”，甚至连关节炎也认为是“风伤”。畲医认为凡机体某部位受到外界突然的强力打击（跌打、扭、压等）而致局部筋骨或软组织受到损伤，统称为伤。受伤后就得及时治疗，若医治延误或失当，加上受到风湿寒邪的袭击，还会转化为风伤。由于医道传承久远，在治疗上也存在差异，甚至同宗治法也不尽相同。畲医对伤的检查诊断除患者自诉外，采用望诊、切脉、触诊、观指甲、看眼睛、药物试探等方法。对伤的诊断均持慎重态度，不轻易敷伤药。诊断时应有明确的受伤史，明显的临床症状，配合其他诊断方法加以确诊，确诊后对症下药。历史上畲医治伤大多采用鲜草药，因鲜草药季节性强，不仅采集困难，有些药源紧缺，给治疗带来不便，故逐渐被中药所代替。祝由治病是畲族山区传统的治疗方法，这是医术和巫术综合的疗法，祝由治病在近代被认为是邪说，而部分畲族村仍沿用此法，即以咒语和符篆等来治疗皮肤病、疖肿疖疮、鱼骨梗喉、蛇蝎蜈蚣咬伤、小儿惊风、精神病等疾病。
  畲医用药遵循“寒者热之，热者寒之”的基本法则。药品是以植物药为主的自然药物，且鲜品为多，常以鸡、鸭、猪脚、猪肚、猪心肺、猪肉、糯米、红酒、红枣、红糖、白糖、蜂蜜等佐之。用药讲究新鲜，不论单方、复方，一般不用超过百日的干药。畲医出门看病，常随身带一个布袋，边出诊边采集，随用随取。也有少数畲医种植一些常用或稀缺的药材，按季节采集，经加工后备用，也有少数烧灰存性。畲医用药少用石类或海洋类药物，也有用木本、藤本、蕨类、菌类等。一般用药分四季，即春季用春药，冬季用冬药。个别畲医用药也行炮炙。草药中常用畲药有300多种，其中有10多种收入《全国民族药志》一、二卷中。畲族服药讲究时间与忌口，用药剂量都比较大。重视药引作用，认为药引可促进药物作用，多用酒类、糖类，少用童尿。畲医认为酒能通血脉，行药势，增疗效；糖能补虚调和，行血化瘀，不作为调味使用；童尿能走血去火（要用10岁以下健康男孩斩头去尾中间的尿，最好是清晨第一次小便），对于跌打损伤或出血性疾患强调要加童尿。
  畲族食物疗法历史悠久，畲民的食疗既可增强体质，预防疾病，延年益寿，又可用于治疗急慢性病。食疗使用涉及内、外、儿、妇、眼、五官、骨伤等诸科疾病，且普及率极高，几乎家家户户都在应用。平时食用家禽、家畜配用中草药，逢年过节炖鸡煮鸭也加入中草药，在畲族村有“九药不如一补”的说法。畲民食疗首先强调以脏补脏，认为家禽的内脏或肌肉组织与人体的内脏或肌肉组织有特殊的补益关系；其次，注重冷(寒或凉）热（温）属性，认为体质冷者要配用热性食物，体质热者要配用冷性食物。畲民还认为，冷热掌握不好，有害无益，重者会招来祸害，因此，选用食物一定要注意食物的冷热性，同时还要注意季节性，即冬天常用热性食物，夏天多用冷性食物。
  在长期的生活实践中，畲民总结了普遍性的季节疾病防治措施。畲族讲究卫生，预防疾病的蔓延，并提倡未病先防。清道光《建阳县志》载，畲民“中元是日，捣药草为饼，曝而藏之，病则服焉，绝不用外间医者”。在立春日提倡“撢春节”，即各家都备好晒干的樟树枝或艾叶、石菖蒲等，堆置庭院厅堂焚烧，并召集孩童围绕火堆跳跃，意取芳香之气荡涤污秽，剪除藏匿在檐边、瓦沟、墙缝的毒虫臭豸，祈求全家无灾无病，老少平安。在端午节，各家各户门窗庭院嵌插艾叶、菖蒲以驱邪避瘟。还于当日采集鱼腥草、积雪草、石菖蒲、艾叶、枫树叶嫩心加少许食盐热炒片刻，然后置诸陶罐中作长年保健的备用药物，主要用于防治中暑、感冒、小儿消化不良等症。畲民一般用明矾沉淀饮用水，也用雄黄消毒，夏暑常备野艾熏蚊，春天挖取积雪草炖猪肚，食后可预防夏天暑气等。
  20世纪50年代，闽东卫生部门开始研究畲族医药，主要是汇编畲族民间单验方。70年代，宁德地区医药研究所开始了畲族医药的调查研究。80年代，福鼎县编辑了《福鼎县畲族医药卫生情况调查》。宁德地区医药研究所的《闽东畲族医药卫生情况的初步调查》刊登在《中华医史杂志》1990年第20卷第1期，《闽东畲族诊治痧症的情况调查》刊登在《中国民族民间医药杂志》第12、13期。1996年10月，陈泽远、关祥祖主编的《畲族医药学》列入“中国少数民族医药丛书”出版。
  畲民居住于山区，中草药资源丰富。畲医常见的中草药有数百种之多，据陈泽远、关祥祖《畲族医药学》载，畲族常见中草药有308种，其中主要的有77种，常用药有30多种。
  20世纪50年代，人民政府以及有关卫生部门开始重视畲族民间单验方的挖掘、整理工作。1958年，福安卫生工作者协会编写了《民间验方、单方编集》一至五辑，穆阳分院编写了《献方1092方》，其中都有畲族单验方。1978年，省药检所在霞浦县召开畲族医药座谈会，会后发动收集畲族验方136方，整理编成《霞浦县畲族验方选》。《福安县畲族单验方汇编》，收集单方、验方57方，涉及48种疾病。陈泽远、关祥祖主编的《畲族医药学》比较系统地汇集了畲族民间单验方313方，包括：内科疾病中的传染性疾病(36方），其中有呼吸系统疾病（11方）、消化系统疾病（25方）、心血管系统疾病(2方）、泌尿系统疾病（9方）、糖尿病（1方）、风湿性关节炎（6方）、神经精神系统疾病（11方）、杂病（22方）；外科疾病中的疮疡（22方），其中有外伤（5方）、腹部疾病(8方）、肛肠外阴疾病（11方）、皮肤病（12方）、骨伤科疾病（22方）；妇产科疾病中的月经病（15方）、带下病（3方）、乳腺炎（6方）、妊娠病（8方）、产后病（12方）、杂病（8方）；小儿科疾病中的小儿传染病（32方）、小儿内科病（15方）、小儿外科病(9方）、杂病（3方）；五官科疾病中的眼科（7方）、耳鼻咽喉科（14方）、口腔科(6方）等。
  20世纪80年代后，畲族聚居地的卫生医疗机构逐步完善，各畲族乡均建立了卫生院。