福建省图书馆

1991年以后，厦门市6个农场由厦门市农垦站直接管理。
  1993年成立福建省绿色食品办公室，2000年从农垦局分出。
  1996年8月，撤销漳州市农垦局，其职能由漳州市农业局承担。漳州市农业局先后成立漳州农场管理处和漳州市农场管理科。
  1997年3月，福州市农垦局成建制转为经济实体并更名为福州市农工商（集团）有限公司，2001年取消。
  1998年，厦门市组织有关部门加强对厦门农垦管理体制改革调研。2003年，厦门市原市属的6个农场按地域所辖，将“人、财、物”等管理权移交给所在区政府和管委会管理，市农业局保留农垦行业管理和业务指导。
  2000年，省直机构改革时，保留省农业厅农垦局并增设省南亚热带作物开发利用管理办公室。2005年1月，省农业厅勘测队更名为福建省农垦与南亚热带作物经济技术中心，中心为副处级事业单位，核定事业编制21人，经费由财政核拨。
  其他地市农垦管理体制没有变动，在地市农业局内设农垦站（科），为全额财政拨款的事业单位。
  2003年5月8日《福建省农业厅关于福建省邵武综合农场体制改革的意见》上报省政府，6月26日副省长刘德章主持召开省政府专题会议研究决定，把省属邵武综合农场下放邵武市政府管理。
  截至2005年，全省农垦系统“场乡合一”体制农场福州垦区有平潭县芦洋农场、长乐市文武砂农场、闽清佳头农场（后因县机构改革2005年撤乡）；漳州垦区有诏安县金星农场、诏安县建设农场、诏安县红星农场、云霄县和平农场；泉州垦区有晋江市紫帽山农场、安溪县福前农场、安溪县芦田茶场、晋江市西滨农场；三明垦区有将乐县综合农场（建乡前还成立办事处实行政企分开的管理体制）；龙岩垦区有永定县西溪农场；南平垦区有浦城县水南农场、邵武市吴家塘农场。在农垦管理体制方面，一些地（市）的农业局内设农垦站（科），为全额财政拨款的事业单位。