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一、农垦农业经营体制
  20世纪90年代初，全省农垦农业经营体制在实行联产承包制，兴办职工家庭农场，建立大农场套小农场的统分结合的农业双层经营体制过程中，对家庭农场实行了“四到户、两费自理”即土地承包到户、核算到户、盈亏到户、风险到户，生产费和生活费自理的农业经营体制改革。
  从1994年开始全省农垦系统全面推行职工自费经营的农业经营体制改革。1995年“四到户、两费自理”推行面达80％左右。主要方法有，一是租赁经营，风险抵押；二是土地使用权有偿转让，经营者自由确定经营项目；三是实行退职租赁，土地分户长期经营。大部分的耕地已实行了“四到户、两费自理”。1997年，全省农垦农业已基本实行“两费自理”。1998年以后，推行农业经营的长期租赁转让。许多农场把土地长期租赁职工经营，开始实行“以地养人”置换职工身份，不再负担职工的工资、福利。
  二、农垦管理体制
  1991年以后，厦门市6个农场由厦门市农垦站直接管理。
  1993年成立福建省绿色食品办公室，2000年从农垦局分出。
  1996年8月，撤销漳州市农垦局，其职能由漳州市农业局承担。漳州市农业局先后成立漳州农场管理处和漳州市农场管理科。
  1997年3月，福州市农垦局成建制转为经济实体并更名为福州市农工商（集团）有限公司，2001年取消。
  1998年，厦门市组织有关部门加强对厦门农垦管理体制改革调研。2003年，厦门市原市属的6个农场按地域所辖，将“人、财、物”等管理权移交给所在区政府和管委会管理，市农业局保留农垦行业管理和业务指导。
  2000年，省直机构改革时，保留省农业厅农垦局并增设省南亚热带作物开发利用管理办公室。2005年1月，省农业厅勘测队更名为福建省农垦与南亚热带作物经济技术中心，中心为副处级事业单位，核定事业编制21人，经费由财政核拨。
  其他地市农垦管理体制没有变动，在地市农业局内设农垦站（科），为全额财政拨款的事业单位。
  2003年5月8日《福建省农业厅关于福建省邵武综合农场体制改革的意见》上报省政府，6月26日副省长刘德章主持召开省政府专题会议研究决定，把省属邵武综合农场下放邵武市政府管理。
  截至2005年，全省农垦系统“场乡合一”体制农场福州垦区有平潭县芦洋农场、长乐市文武砂农场、闽清佳头农场（后因县机构改革2005年撤乡）；漳州垦区有诏安县金星农场、诏安县建设农场、诏安县红星农场、云霄县和平农场；泉州垦区有晋江市紫帽山农场、安溪县福前农场、安溪县芦田茶场、晋江市西滨农场；三明垦区有将乐县综合农场（建乡前还成立办事处实行政企分开的管理体制）；龙岩垦区有永定县西溪农场；南平垦区有浦城县水南农场、邵武市吴家塘农场。在农垦管理体制方面，一些地（市）的农业局内设农垦站（科），为全额财政拨款的事业单位。
  三、企业经营机制
  1992年3月，为进一步完善企业经营机制，搞好第二轮经营承包，省农业厅、省财政厅联合下发了《关于坚持和完善农垦企业承包经营责任制的意见》，是年有福州市、龙岩地区等40多个企业推行了二轮承包。1992年7月，全省农垦系统根据国务院颁布的《全民所有制工业企业转换经营机制条例》（简称《条例》），理顺企业与政府的关系。并结合自身的实际，加快经营机制的转换。主管部门转变职能，逐步落实《条例》规定的企业应享有的各项权利。省农业厅把省属邵武综合农场作为综合改革试点，各垦区也都选择一些农场进行试点工作。推进企业内部经营机制转换。建立与社会主义市场经济相适应的劳动、人事、分配制度，使国有农场真正成为自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展的市场竞争主体。1993年，重点推行了风险抵押承包，采取的具体形式有全员风险抵押承包，企业人员集体承包，优化组合联合抵押承包，个人抵押承包等。
  从1994年开始，全省农垦系统有个别农场开始推行土地长期租赁经营，农场不再负担职工工资福利的改革办法。先后有漳浦县白竹湖农场、浦城县仙阳茶场、顺昌县新屯茶场、诏安县金星农场、永定县西溪农场、罗源县叠石茶场、光泽县综合农场等采取了类似的改革措施。
  从1997年开始，许多农垦企业特别是漳州垦区的农垦企业通过对职工队伍的重新登记、重新确认以及除名、提前退休、下岗分流等办法，达到减员增效的目的。1997年年末，全省农垦系统职工减少1.23万人，其中正式职工减少11457人，合同制职工减少254人，下岗的职工有3699人。1998年精简分流干部管理人员400多人，下岗职工1632人。
  1998年7月，省农业厅与省财政厅在福州联合召开了全省农垦企业改革座谈会，讨论修改了《关于加快福建省农垦改革与发展的若干意见》。是年全省农垦系统推行了以资产量化，资金补助为主要内容的置换职工身份的改革。1998—2002年，省财政厅共支持农垦系统改革专项补助金2666万元。参与改革企业120家，占全省农垦企业77％；付现补偿置换身份的职工2.34万人，超过职工总数的一半，其中解除劳动关系7900人，场内置换保留档案2.6万人。这期间改革进展情况是
  1998年20家，补助592万元；1999年45家，补助935万元；2000年26家，补助
  529万元；2001年17家补助350万元；2002年12家，补助260万元。
  1999年1月16日，省政府办公厅转发省农业厅、省财政厅《关于加快福建省农垦改革和发展若干意见的通知》。提出加快农垦改革和发展，对改革工作要扶优放小，分类指导，并制订了促进农垦事业发展的政策。
  “十五”期间，全省农垦系统开展土地确权工作。从2001年2月2日起，执行国务院办公厅下发的《国务院办公厅转发国土资源部、农业部关于依法保护国有土地合法权益意见》的通知，省国土资源厅、农业厅、省侨务办公室等单位于同年
  11月8日下发《关于做好国有农场土地登记发证工作的通知》，为了更好地指导全省各地国有农场开展土地确权登记发证工作，2002年10月，省农业厅联合省国土资源厅在福州召开了全省国有农场土地确权工作会议。2004年4月，省农业厅、国土资源厅下发了《福建省国土资源厅、福建省农业厅关于加快国有农场土地登记发证工作的通知》，推动了对全省国有农场土地确权工作。截至2005年，有41个农场取得国有农场土地使用权证，占全省国有农场总数1/3，发证面积25万亩，占应发证面积的14％。漳州垦区2005年有5个农场领到土地证书，确权面积15万亩，约占全省已办证面积的2/3。从2005年起，对国有农场带村部分实行农村税费改革试点，全省农垦系统有26个带村的国有农场列入试点单位，并得到253万元农场税费改革转移支付补助。
  四、企业产权制度
  （一）建立现代企业制度
  1994年农业部决定选择100家国有农场进行建立现代企业制度试点，并于
  1995年3月印发了《农垦系统百家国有农场现代企业制度试点意见》。8月，省农垦系统龙岩市东宝山水泥厂，漳浦大南坂农场列入第一批全国试点企业。试点农场按照“产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学”的要求，在产权界定，建立法
  人治理结构、实行政企职能分开，调整资产负债结构，深化内部改革和加强企业管理等进行探索。
  （二）组建企业集团
  全省农垦系统先后组建了各种类型的6家企业集团。1992年，永定先锋烟场成立永定先锋集团；1993年，福州农垦把与奶业有关的企事业单位联合组建福建金牛集团；1994年，将乐综合农场成立福建南鹏集团；1995年，龙岩市东宝山水泥厂成立福建东宝集团；1997年，武夷山成立福建正岩茶叶集团，福安属3家茶场组建为福安农垦茶叶有限公司。
  （三）推行股份制、股份合作制
  从1992年开始，鼓励新办工商企业采用股份制或股份合作制形式，原有工商企业也创造条件改造成股份制或股份合作制企业。股份合作制已成为全省农垦工商企业产权改革，制度创新普遍采用的形式。
  1994年后，以股份制或股份合作制为重点的综合改革逐步深化，许多农场对亏损、微利的场办中小企业实行租赁、兼并、股份转让、拍卖、破产等涉及产权制度方面的一系列改革。1995年浦城仙阳茶场改制成浦城县仙茶有限公司。1997年，漳州垦区对场办微利和亏损企业，推行股份合作制8家，实行租赁经营10家。
  1997年，全省农垦新办股份制、股份合作制企业60家，总投资2500万元。到1998年，农业股份合作制经营组织达653个，面积达1.5万亩。1999年，又有南安康龙农场酒厂、福鼎翁江茶叶精制厂等采取股份合作制改造。2000年，大田东风农场以原有茶园、茶厂等固定资产折价入股，与石狮新发公司共同组建了注册资金为5000万元，农场占30％股份的新发天然植物有限公司。是年，全省股份制和股份合作制企业已达80家。2001年，股份制、股份合作制企业已达100家，场办企业改制面达98％。2002年，松溪郑墩茶场以茶叶加工厂参股与省茶叶进出口公司合作成立“松溪瑞茗茶业有限公司”；武夷山茶场将茶叶基地与加工厂分离进行租赁拍卖，茶山租赁给香港凯捷集团50年，加工厂进行整体拍卖；三明吉口农场将原有纸业有限公司实行股份制改造，与外资股份合作组建饮料加工企业。2004年，福州垦区福州农工商集团总公司所属的建筑公司、茶叶公司改制为股份制公司。漳州垦区的龙海市程溪农场对所属腾龙工业公司进行股份制改造，并将140名职工的养老、医疗、工伤等保险费由原来农场负担转由新公司承担。
  （四）承包经营
  1993年，莆田九华农场、福州优山茶果场将全场国有资产整体转让给外商。
  （五）托管经营
  1996年，南安眉峰茶场整体托管给南安市农业产业化投资经营有限公司经营。
  （六）联合兼并
  1998年，福州鳝溪鸡场、马鞍鸡场、禽蛋公司3家实行联合兼并，新组建种禽公司，成为全省最大的蛋鸡苗生产供应基地。大田东风农场对大田大石农场实行整体兼并。
  （七）整体（分枝）嫁接
  1997年，安溪芦田茶场把1050亩茶园长期租赁给台商经营，一次性收取租金
  120万元，一次性安置50岁以上的职工138人。1999年，小池茶场所有的生产和生活设施整体租赁澳大利亚外商经营。1999年，长泰农场将酒厂和纤维板厂卖给外商，实行“分枝嫁接”。1999年，龙岩黄邦山农场整建制拨给龙岩市经济技术开发区。2002年，南安康龙农场整体转向，由市财政承担全场职工的社保统筹及医疗统筹经费，土地移交给市土地储备中心，保留农场管理站，挂靠南安市农业局，负责场区域内社会职能。2003年，龙岩垦区的连城县柑橘场整建制转型为工业开发园区。
  （八）整体转制
  1999年，泉州清源农场成立清源街道办事处。2000年，连江八一茶场和建瓯凤山茶场先后整体转让给香港凯捷集团，分别组建凯捷农业高科技公司和凯捷生态农业发展有限公司，两个农场转让金额共700万元，转让期50年。2003年，福州市农工商集团公司所属福州农垦茶业公司等7家企业纳入福州市农业口15家企业改革范围，并对其中5家停产企业进行整合，成立工商企业留守管理处，实行一套班子5块牌子的管理体制。2004年，龙岩垦区的武平县农垦水泥厂和新罗区农垦农工商公司获破产批准，终止经营；德化县中心茶场也整体转制。2005年，福州垦区完成了对市农垦茶叶公司、市农工商贸易公司和农工商房地产开发公司的企业改制工作，并以公开挂牌招标的方式，对市农垦农工商建筑工程有限公司实施了转让。
  （九）剥离分立
  1998年，松溪郑墩茶场对茶叶加工厂进行改制，吸收22位股东入股，筹集50万元，组建松溪九龙茶业有限公司，实行剥离分立，单体搞活。2000年，浦城仙阳茶场和松溪郑墩茶场实现债务剥离，两个农场分别剥离1400万元和1700万元，债务转给农业银行长城公司。
  （十）乡镇管理
  1999年，建宁综合农场、安溪福前农场划给所在乡镇管理。漳浦大南坂农场在
  1997年未建立任何行政组织的情况下，争取到乡镇一级政府的税收返还政策。
  五、社会保障体系
  （一）实施养老保险
  1991年，全省农垦系统开始执行《国务院关于企业职工养老保险制度改革的决定》和劳动部、农业部、财政部联合发出的《关于国营农垦企业贯彻〈国务院关于企业职工养老保险制度改革的决定〉的通知》，施行职工养老保险省级统筹。
  1991年年底，龙岩、宁德2个地区共有26个农垦企业，已全部加入各自所在地区社会养老保险省级统筹；参与的在职职工共2951名、退休人员1281名，其中国有农场职工2142人，在职职工参保率为73.81％。
  1992年1月，省农业厅与省劳动厅在龙岩市联合召开了全省国有农场企业职工养老保险基本情况调查汇总会议。会后由福建省社会保险局草拟了《关于国有农场企业职工退休费用纳入全省统筹的通知》（征求意见稿）。1992年12月23日省政府下发《关于进一步办好农垦企业的通知》，该文第九条明确规定农垦企业应积极推行职工养老保险制度，实行职工退休费用社会统筹。
  1996年10月，根据省劳动局关于加快国有农场职工养老保险改革步伐的精神，对已实行农场企业职工养老保险纳入当地统筹的龙岩、宁德及全省国有农场职工养老保险基本情况进行全省范围内的专题调查。
  1997年11月12—13日，为推动农垦职工养老保险工作开展，省农业厅农垦局在漳浦县召开全省农垦系统社会保障工作座谈会，全省9个地（市）农场主管部门及2个省属国有农场有关领导出席会议。来自省和漳州市社会保险公司的人员与会议代表对福建省社会劳动保险局草拟的《国有农场企业职工纳入养老保险省级统筹的实施办法（讨论稿）》展开讨论和交换意见，在部分问题上达成了共识。
  1999年5月5日，省政府副秘书长受分管领导的委托主持召开省政府专题会议，会议听取福建省体制改革委员会关于制定《福建省农垦企业职工养老保险过渡方案》（简称《过渡方案》）的情况汇报。根据福建省社会保险委员会的要求，农业厅代拟了《福建省农垦企业以地养老实施办法》，共9条内容。分别送有关部门征求意见。该办法自《过渡方案》公布之日起施行。1999年5月13日省农业厅农垦局召集全省各地（市）农垦主管部门及省属国有农场代表，在福州专题研究全省国有农场社会保障工作，布置再次核实属无经济能力参加养老保险的国有农场的基本情况。6月底完成全省农垦企业、职工、离退休人员的测算数据。12月16日，省政府召集福建省社会保险委员会全体成员单位，召开全省农垦系统国有农场养老保险加入省级统筹协调会。2000年3月20日，省政府召开办公会议，研究全省农垦企业职工参加养老保险有关问题。
  2000年5月23日，《福建省政府关于福建省国有农垦企业实施〈福建省城镇企业职工基本养老保险条例〉方案的通知》（简称《方案》）下发。该《方案》共14条规定，《方案》自2000年1月1日起执行，适用期5年。截至2000年底，全省农垦系统共有139个农垦企业，38616人（其中离退休人员n392人），参加了《福建省城镇企业职工基本养老保险》省级统筹，分别占应参保农垦企业、职工的98％和64％。全省国有农垦企业参加养老保险省级统筹共出资人民币18247.11万元，其中市县财政配套资金1263.6万元，国有农垦企业自筹资金9212.8万元，职工个人包括离退休人员出资7440.9万元。加上政府省财政的五年累计出资部分，可以保证冲抵省级养老保险统筹基金缺口。
  2002年1月31日，省劳动和社会保障厅、省财政厅下发《关于调整2001年企业退休人员基本养老金有关问题的通知》。该文第2条规定，2000年底以前按《过渡方案》纳入省级统筹的国营农场的退休人员和退职人员、集体企业、“四并三”中缴费年限满6年不满10年的人员施行相同待遇，按2002年7月4日，省农业厅发出《关于依法纠正省劳动和社会保障厅、省财政厅有关福建省国有农场退休人员减半增发基本养老金做法的函》执行。
  2002年5月24日，省劳动和社会保障厅、财政厅、地方税务局《关于新参保企业及其职工补缴基本养老保险费若干问题的处理意见》（简称《意见》），省农业厅农垦局再次发文提请各地市农垦主管部门、农垦系统各国有农场，注意新纳入统筹企业的在职职工应补缴的年限和2000年1月1日起退休的人员应补缴的年限。该《意见》下发后新纳入统筹的企业在职职工及退休人员应补缴的年限应在参保时办结补缴手续，参保后不再办理补缴手续。
  2003年6月5日，劳动和社会保障部、财政部、农业部、国务院侨务办公室《关于农垦企业参加企业职工基本养老保险有关问题的通知》下发，对农垦企业参加企业职工基本养老保险有关问题作了9条原则性的规定。
  自2005年1月1日起，福建省国有农垦企业、职工、离退休人员参加福建省城镇企业职工基本养老保险，均施行《福建省城镇企业职工基本养老保险条例》。到2005年年底，全省农垦系统共有职工61722人，参加养老保险省级统筹职工35285人（其中农业职工29％8人），离退休人员26«7人（其中离休人员61人）。
  （二）其他社会保障
  1.实施低保政策
  2004年12月，省农业厅农垦局根据民政部《关于按照国务院要求在春节前将农垦企业困难职工家庭主动纳入城市低保范围的紧急通知》，将文件精神转发至各地（市）农垦主管部门，要求将农垦系统国有农场困难职工家庭按当地城市低保标准纳入当地低保范围，享受低保政策和相应待遇。文件下达后有1448名农场职工按当地城市低保标准纳入低保范围，绝大部分农场困难职工则是按农村低保标准纳入当地的农村低保范围，享受农村低保待遇。2005年纳入城镇居民最低生活保障的有3293人，当年领取城镇居民最低生活保障金的有3324人，当年领取城镇居民最低生活保障金总额165.62万元，月人均领取补助金数额41.52元。
  2.参加医疗、失业保险
  2005年，全省农垦系统共有职工2881人、离退休人员3797人参加基本医疗保险；当年企业应缴费472万元，实际缴费388万元，职工个人应缴费229万元，实际缴费222万元。是年，参加失业保险职工人数3408人。
  3.落实户口政策
  2003年5月9日，省政府办公厅要求省农业厅就农业部、公安部《关于落实农垦系统国有企事业单位职工及家属非农业户口政策的请示》提出意见。2003年12月30日，省政府转发农业部、公安部《关于落实农垦系统国有企事业单位职工及家属非农业户口政策有关问题的通知》，要求各地（市）于2004年4月底前结束落实户口政策工作。据此精神，2004年，省农业厅、公安厅下发《关于抓紧落实农垦系统国有企事业单位职工及家属户口变更登记的通知》，截至2005年，仅有厦门市、漳州市部分垦区大约3万多名职工及家属变更了户口簿。其余垦区仅有零星职工及家属进行户口变更登记。