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一、体系建设
  1997年以前，农业执法工作由畜牧、种子、植保、土肥、农机等专业机构分别承担，并负责相应执法队伍建设的指导工作。1997年省农业厅政策法规处成立后，把工作重心转到成立综合执法机构，组建综合执法队伍，推进综合执法上来。1997年10月，省农业厅印发《农业行政执法证件申领管理规定》。1998年初，开始在少数地方探索开展农业行政综合执法工作，甫田市农业局在全国第一个成立市级农业行政执法支队。同年根据农业部发布施行的《农业行政执法证件管理办法》、《关于做好〈中华人民共和国农业行政执法证〉申领和发放工作的通知》和福建省人民政府发布施行的《福建省行政执法资格认证和执法证件管理办法》要求，实行执法资格制度，明确所有执法人员都必须参加全省行政执法资格考试，取得资格证后方可办理执法证，并持证上岗。是年，全省共有农业执法人员4500多人，其中农业综合执法机构专职人员483人。1999年，福建省被农业部确定为全国5个开展农业行政综合执法试点省份，省农业厅在全省确定莆田、漳州、三明3个地（市）和武夷山市、同安区、仙游县、云霄县、福安市、永安市、福清市、将乐县、漳浦县9个县（市）作为省级试点，并制定了《福建省农业行政综合执法试点工作实施方案》，提出“省组建农业执法总队、地（市）组建农业执法支队、县（市）组建农业执法大队”的意见。1999年至2000年上半年，农业综合执法体系工作重点放在“成立机构，开展工作”，50％的市县综合执法机构是在这一时期挂牌成立的。2000年2月16日，省编办批准成立福建省农业执法总队，7月25日，在福州召开成立大会。
  从2000年下半年开始，工作重点放在“规范行为，提高水平”。9月，省农业厅出台《福建省农业执法体系建设试行方案》，提出采取“职能分步划转，工作先易后难”的办法确定执法队职能。原则上将对种子、食用菌、农药、肥料、兽药管理等行政处罚划转由执法队负责，农机监理、农经、农民负担、种畜禽管理等由原机构负责，法律、法规授权事业组织执法的动、植物检疫的执法主体不变。条件成熟的地方，可以相对集中行政许可等其他执法职能。
  2001年，在全国率先提出并开始实施农业执法体系“五有”规范化建设目标，一是要有相对独立的农业综合执法机构，并经当地机构编制部门批准；二是要有与执法工作任务相适应的一定面积的办公场所，一般不少于50平方米；三是要有专职执法人员，一般不少于5人；四是要有专门的执法手段，包括执法车辆、通讯设备、摄像（照相）器材、简易的检测工具等；五是要有规范的监督管理制度，包括公开执法依据、办案程序、岗位监督栏和执法人员管理制度，以及违法行为立案申报、重大案件报告备案、错案责任追究等各项制度。省内先后选择32个县（市）作为农业部和省级示范点，按照“五有”标准，开展定量考核、定性管理。当年，全省39％的综合执法机构达到“五有”标准。“五有”规范化建设得到农业部的肯定和省外同行的赞同，国内有十多个省在参照实施。
  2001年12月，省农业厅印发了《福建省农业执法人员培训规定》，进一步明确分级培训原则，严格培训标准，强化培训要求。明确每个执法人员每年专业培训不少于40学时。省农业厅每年举办全省农业行政执法骨干人员培训班一期，组织农业执法人员参加农业部执法培训2～4期，指导市、县加强农业执法培训。
  2002年9月，出台了《关于深化农业执法体制改革，加强执法体系建设的意见》，把工作重点转到“提升水平、规范管理、完善制度、提高素质”。2005年底，全省9个设区市和76个县（市、区）全部成立了农业综合执法机构，其中88％的机构经当地编委批准，形成了“省总队一市支队一县大队”的机构框架，40％的执法机构配备了专用执法车辆，61％的执法机构配备了摄像机、照相机等现代化取证设备，基本建成了农业执法体系。
  二、执法工作
  省农业执法总队成立后，协调有关方面，从农业部和省财政厅争取到开办经费，购置执法车辆、摄像机、电脑、照相机等执法及办公必备设备。2000年成立后的3个月内，总队共查处4起违法案件，案值250多万元，处罚金额近20万元，并帮助部分市、县、区办理十多起案件。11月17日，召开了全省农资打假工作会议，会后印发了《会议纪要》，要求各级农业行政主管部门加强对农业执法的领导。同年，农业部副部长刘坚到福建检查农业执法工作，并看望农业执法人员。2001年1月中旬，省农业执法总队召开各设区市农业执法支队长会议，汇报交流上一年农业打假工作情况，研究制定了《春耕期间开展农资市场执法检查方案》。2月份，省执法总队下发了《关于开展农资经营企业基本情况调查的通知》并统一印制农资生产经营企业基本情况登记表、汇总表，全省共完成农药2134种、肥料702种、饲料324种、饲料添加剂559种和2754个经营单位登记统计汇总上报工作。在普查的基础上，加大规范市场和执法力度。5月9一12日，由省农业执法总队牵头，省农业厅有关部门和各设区市的农业执法支队组成4个督查组，分赴8个设区市（除厦门市自查外），开展农资打假工作督查活动，抽查了8个县（市）、22个农资市场，根据群众举报、领导批示、有关方面反映及省总队执法人员巡回办案发现的案件，由省总队督办27个案件，各地办结80％的案件。对重大典型案件，邀请新闻单位参与跟踪报告。是年，为贯彻农业部、国家工商总局《农资市场“打假”整治联合执法行动工作方案》以及农业部《关于开展农业生产资料市场专项检查活动的通知》精神，省农业厅分行业（产业、产品）制定了种植业（农药、肥料、种子）、兽药、饲料和种畜禽等4个《农资市场专项检查实施方案》，印发各地实施。为了使专项检查落到实处，在全省统一组织了肥料、兽药、饲料、农机、农业等系统经营单位的专项检查活动。共检查570家经营单位，处罚112家，限期整改单位97家。为了使整顿和规范农资市场目标落到实处，制定了《福建省整顿和规范农资市场目标考核方案》，采取100分制的考核办法。
  2002年，围绕农资市场日常巡查监管中发现的问题，进行重点督办。省农业执法总队不定期派出执法人员分赴各地进行巡回检查，发现问题，立即督促基层查办。特别是加大对高毒农药及杀鼠剂的查处力度。按照《农业部〈关于加强高毒农药及杀鼠剂管理工作的紧急通知>》和《福建省人民政府办公厅转发国务院办公厅关于加强危险化学品安全管理防范投毒事件的紧急通知》要求，省农业厅立即就加强高毒农药及杀鼠剂管理工作作出部署，各地集中一个月时间开展以打击违法生产和销售杀鼠剂为重点的专项整治行动。12月13日，全国加强剧毒杀鼠剂和高毒农药监管工作电视电话会议召开后，省农业执法总队制定开展剧毒杀鼠剂和高毒农药监管工作计划。根据省政府领导指示，制定由省农业厅牵头的“剧毒杀鼠剂和高毒农药”专项治理联合行动工作方案。
  2003年，以农资专项整治和治理“餐桌污染”为重点，在案件查处中注重从源头抓起，抓大要案，抓典型案件，注重按程序执法，主要在以下几个方面开展执法活动。一是突出种子、农药、肥料、兽药等4类重点产品的违法案件的查处。二是做好剧毒杀鼠剂和高毒农药的专项治理工作。三是采用巡回检查和办案等方式，集中查处一批农资制假大案要案，销毁一批假冒伪劣农资。抓住生产季节农资制假售假活动比较活跃的特点，组织全省执法队开展“打假下乡”活动，打击种子、复合肥（复混肥）中掺杂掺假和以常规农药冒充高效、低毒农药的违法行为。四是参与治理“餐桌污染”工作。对永春、福安、安溪、华安、建瓯、松溪、武夷山、福鼎、台江、晋安、梅列等重点茶区、农药重点集散地进行重点检查、专项整治，严禁违禁农药的销售和使用。五是加强对农资产品质量监督检查，上半年开展种子质量抽查工作，下半年开展兽药质量和标签标识柚查工作，对抽查中质量较好的生产经销单位予以通报表扬，对假冒伪劣、质量不合格的经销、生产单位进行依法处理并予以通报曝光。六是规范农资市场管理，在有条件的地方推行农资市场管理“六项制度”，即“信誉卡制度”、“承诺制度”、“进销产品台账备案制度”、“三包制度”、“营销责任制度”、“营销情况记录在案制度”等。2004年2月，成立了由省农业厅厅长吴建华任组长的农资打假护农专项治理行动领导小组，具体协调工作由省农业执法总队承担。2月24日，召开全省农资打假护农专项治理行动动员会，制定下发了《全省农资打假护农专项治理行动实施方案》，要求各地农业行政主管部门按照属地化原则，加强对专项治理工作的领导。同时把对农业生产影响较大、问题比较突出的农资产品列为集中整治重点。一是种子专项治理。重点是强化种子质量抽检，扩大种子抽检范围，抽检密度调整为一季度抽检一次。加强了种子包装标签和生产经营档案的监管，突出对生产经营假冒伪劣种子、无生产经营许可证以及伪造、变造、买卖许可证、经营推广未经审定通过品种等违法行为的查处力度。5月份，结合全省种子市场情况，下发了《关于进一步加强当前种子市场管理的紧急通知》，就进一步加强种子市场管理工作，整顿和规范福建省种子市场秩序作出了部署。二是兽用生物制品专项治理。突出了禽流感疫苗市场的整治。3月12日，省农业厅联合省公安厅、省工商局下发了《关于加强禽流感疫苗监督管理的通知》，要求各地加大禽流感疫苗市场监管和整治，严厉打击制售假冒伪劣疫苗，杜绝非法疫苗的使用。同时，查出无批准文号或假冒批准文号兽用生物制品，2004年全省共查办兽药案件70件，罚没款15万元。三是毒鼠强专项整治。4月28日，省毒鼠强专项整治工作小组下发了《关于继续推进毒鼠强专项整治工作的紧急通知》，统一印 制了6万份《福建省毒鼠强专项整治工作小组关于置换毒鼠强的通告》，全省95％的农户签收了置换毒鼠强的通知单，同时核准并公布了全省1151家定点杀鼠剂经营单位，健全合法的杀鼠剂营销网络，确定8月为“全省清缴毒鼠强统一行动月”。10月，省农业厅又下发了《福建省毒鼠强专项整治工作小组关于开展毒鼠强置换工作的通知》，当年，全省已置换毒鼠强210公斤，用于置换的杀鼠剂450公斤9.5万包。四是农药专项治理。5月，省农业厅组织开展了农药标签普查与整治工作，并下发了《福建省农业厅关于开展农药标签普查与整治工作的通知》，完成农药标签普查2374个，其中，合格1274个，不合格1018个（其中严重不合格619个），无登记证或假冒、伪造登记证82个。五是肥料专项治理。4月组织了肥料质量抽查工作，共抽取了67批次肥料，对其中不合格的25个产品，省农业执法总队立即组织开展案件查处工作，并于6月28日前全部办理完毕。
  2005年2月，先后制定下发了《福建省农业厅关于开展农资打假护农保春耕行动的通知》、《2005年福建省农资打假护农专项行动实施方案》、《福建省农业厅转发农业部办公厅关于开展放心农资下乡进村宣传周活动的通知》、《福建省农业厅、福建省工商行政管理局转发农业部、工商行政管理总局关于开展种子市场专项整治的紧急通知》等文件，按种子、农药、兽药3个专项细化分配各地全年工作任务指标，部署全省农资打假工作。为确保《2005年福建省农资打假护农专项行动实施方案》落实到位，省农业执法总队分别联合种子总站、农产品质量安全检验检测中心下发了《关于加强种子市场监管工作分工协作的通知》、《关于组织实施农药、兽药市场专项整治工作的通知》，具体部署全省农资打假护农工作。2月19日，省农业执法总队牵头组织省及福州市农业、工商、质监、公安等部门，深入福州市农资市场开展农资打假护农执法检查工作。5月，在全省范围集中开展农资打假护农保春耕专项行动。这项行动引起新闻媒体关注，福建电视台在晚间福建新闻联播头条播出，《人民日报》、《福建日报》、《福州晚报》、福州电视台也都作了专题报道。同时，按照农业部的部署，制定下发了《福建省农业厅开展放心农资下乡进村宣传周活动方案》，组织开展“放心农资下乡进村宣传周”活动。3月中下旬，省农业执法总队两次组织福建省农资集团、福建农林大学、省农科院科技人员，深入福州闽清县、南平建瓯著名集贸市场开展“农资打假下乡进村”活动和“农资打假科技讲座”。其间，在福州召开了全省农资打假护农行动部署暨毒鼠强专项治理工作表彰会议，动员部署全年农资打假护农和毒鼠强专项整治工作；全省各地开展了“放心农资下乡进村宣传周”活动，据统计，本次活动全省共抽调技术干部3020多人次，举办现场咨询活动150多场，咨询人数6万多人次，发放咨询资料15万多份。为强化质量抽检监督，推动农资监管关口前移，于年初把农资质量抽检和标签抽查任务逐级分配至各县（市、区），各地抽取的样品集中由省农业执法总队统一送检，统一组织“检验报告”送达，对经抽检发现的假冒伪劣农资案件，由省农业执法总队统一组织案件查处并予以督办。为加大农资标签抽查整治力度，全省共抽查农药标签4329个，合格标签2732个，不合格标签1597个，其中，严重不合格标签573个。重点整治农药标签不标注有效成分中文通用名、随意甚至不科学地扩大农药使用范围、不标注毒性警示标志或降低等级标注、隐匿生产企业名称、生产日期或批号模糊不清、擅自使用夸张性商品名。2005年全省各级农业部门共出动执法人员2.03万人次，检查农资市场3871个次、农资经营企业1.58万个次，受理举报（投诉）案件302起，立案查处案件1309件，捣毁非法制售窝点5个，查获假冒伪劣等违法农资产品465.27吨，处予罚没款354.48万元，为农民挽回经济损失3000多万元。三、执法监督
  2001年陆续下发了行政执法责任制、行政执法人员守则、规范性文件备案等规定。2002年下发了《福建省农业厅行政审批责任制暂行规定》。同年开展了全省农业行政执法监督大检查。执法监督机构除农业厅政策法规处履行日常监督外，省农业厅于2000年成立了行政复议办公室，挂靠在政策法规处，由政法处处长兼任行政复议办主任。全省9个设区市有的成立了行政复议办，有的即便没有单独设立机构，也有专人负责此项工作，行政复议体系在全省范围内已基本形成。