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为确保以县域为单元的生态农业建设取得成效。省生态农业建设领导小组加强了生态农业建设技术的研究与推广力度，1998年经省科技厅批准立项，由福建省农村环保能源总站与福建农林大学承担《福建省生态农业建设模式的探讨与推广》项目，研究建立了福建省生态农业建设评价指标体系和12种类型生态农业建设模式。生态农业建设领导小组在全省2个国家级、12个省级生态农业建设试点（示范）县组织实施。
  1.丘陵山地农林复合型生态农业模式
  1991年开始试点，至2005年在尤溪、延平、建阳、松溪、龙海、芗城、长泰等县市丘陵山地示范推广。
  该模式以农林结合为核心，达到能量多级利用，物质循环再生。在福建省中低山区及部分山地盆谷区示范推广，其基本做法和主要特点是，根据丘陵山区地形、地貌、气候的多样性、特殊性和自然区域特点，以整治水土流失为基础，深化农业综合开发为手段，在宏观上把山体、水体联系起来，进行山、水、田、林、路综合治理，粮、林、果、牧、鱼综合开发；在微观上科学安排不同高度、坡度、坡面的开发，山底垄养鱼、养畜禽、种稻、种菜，幼龄果园实行间套混种牧草、瓜菜，鱼塘实行立体混养，山垄田实行粮食与经济作物轮作。形成山顶戴“帽”，营造生态公益林，涵养水源；山腰种果套草放养畜禽；山脚种粮种菜，低洼地建池塘养鱼、鸭等。其代表类型有尤溪县小村山垅农林复合型生态农业模式，长泰县农林复合生态模式，松溪县山区小流域综合治理工程，龙海市丘陵山地生态果园模式，建阳市、南平延平区、南安市、龙海市等地的“红壤恢复与牧草综合利用模式”等。
  2.东南沿海“猪→沼→果”生态农业模式
  1994年开始试点，至2001年在甫田、福安、长泰、漳平、诏安及长汀等县（市）示范，2002—2005年在全省推广。
  该模式在吸收消化外省推广的“猪→沼→果”技术模式基础上，结合福建省实际，创新并示范推广的具有东南沿海特色的生态农业模式。其核心内容是把养殖业（猪）、农村能源建设（沼）、种植业（果）有机结合起来，以沼气为纽带，带动生猪和果业综合发展。项目实施地点，选择果树面积较大和养殖业相对发达的福安市、莆田县、长泰县、漳平市、诏安县以及长汀县作为示范县，之后在全省各地市全面推广。
  该模式以沼气为纽带，将沼气池、猪舍、果园有机结合在一起，形成农业资源生态良性循环利用。围绕主导产业（果、猪），因地制宜开展“三沼”（沼气、沼渣、沼液）综合利用。将厕所、猪舍、沼气池“三结合”进行规划建设，人畜粪便直接入池发酵，使人畜粪便中大量的寄生虫卵、害虫卵和有害病菌被杀灭，改变了办沼气前“猪牛栏粪便（水）遍地流、臭气满村头”的现象，据项目区调查，常见传染病明显减少，村容村貌焕然一新，环境卫生得到明显改善。
  3.丘陵山地“果、草、牧、菌、沼”生态农业模式
  1994年开始试点，1997—2002年在芗城、长泰、安溪示范，2003—2005年在全省适宜该模式条件的丘陵山地果园推广。
  该模式是通过优化生产者（果树、牧草）、消费者（畜禽）和分解者（食用菌、沼气分解菌）的有机量化结合，促进生态系统中持续循环转化，并在闽南低丘台地上已被广泛接受的一个高效成功的模式，包括漳州市芗城区的“果→草→牧→菌→沼”、长泰县的“蔗→菜→牛→菌→沼”、安溪县的“竹→草→羊→鱼→菇→沼”等模式。在芗城、龙海、长泰、莆田、安溪、顺昌、漳平、福鼎等县（市、区）推广应用。
  4.东南沿海庭院经济生态农业模式
  1997年开始设计试点，1999年在莆田、福安、连江、长乐、芗城、龙海、长泰、漳平、顺昌、松溪等县（市）推广，至2005年在9个设区市全面推广。
  该模式是根据南方庭院特点而设计的，为房前屋后边边角角综合利用的开放式结构，充分开发有限的土地资源和独特的光、温、热资源，以家庭庭院为基础，外联承包田，利用生态学原理，合理配置沼气、喷滴灌、太阳能利用等技术，延长食物链，实现多级增值的生态循环。其主要类型有莆田县以沼气为纽带的庭院生态农业模式，松溪县庭院经济生态技术模式，漳州市芗城区蕉畜菌模式，福安市及顺昌县庭院生态家园建设模式，连江县“水稻→蘑菇”庭院生态系统等。
  5.无公害食品（绿色食品）产业化生态农业模式
  1998年开始在全省12个生态农业试点县推广。
  该模式按无公害食品生产规程生产，无公害农产品生产模式注重农业生产方式与生态环境相协调。推广主要技术有绿肥套种园地覆盖技术、以生物防治和生态防治为主的病虫综防技术、平衡施肥技术等。无公害畜禽产品生产模式主要特点是以大规模畜禽动物养殖为主，推广饲料配合及其清洁生产技术与养殖及生态环境建设技术，如畜禽舍干清粪技术和疫病控制技术、粪尿的固液分离技术、污水处理与综合利用技术、粪便无害化高温堆肥与生产商品化有机肥技术等。该模式分布于全省各地，其主要类型有福鼎市无公害生态茶果园模式，连江县、福安市生态茶园模式，安溪县“茶→果→林→加”生态模式，福州连江玉华山绿色食品福建黄兔生态养殖模式等。
  6.赤红壤旱地生态农业模式
  1994年在莆田县试点研究，1999一2001年在莆田县示范，2002—2005年在莆田、长乐、福安、东山等县（市）及沿海赤红壤旱地推广。
  该模式通过植草、营林、治水和保土，逐步优化农业生产结构，建立高效能的种植业，恢复和提高耕地持久生产力，开发果树生产，增强畜牧业，加工利用农副产品，解决农村生活能源，发展庭院生态经济。其主要类型有甫田县沿海旱地生态农业建设模式，长乐市滨海旱作高优模式，福安市旱地高产高优种植模式等。
  7.水田高优生态农业模式
  1992—2005年在长乐、连江、福安、莆田、建宁、松溪、长泰、龙海、福鼎等县（市）示范推广。
  该模式主要在粮田区推广应用，以稻田为中心，以间套种为主的立体种植、立体种养方式，实行粮经作物多茬轮作的办法，采用“稻→稻→菜”、“烟→稻→菜”、“莲→烟→莲”、“稻→菌→菜”、“果蔗→四季豆”、“稻→萍→鱼”等生态综合利用技术，全面提高光、温、水土资源的转化率和生产力。主要类型有：福鼎市“七种”生态轮作模式，长泰县以间作套种为核心的精细农业模式，松溪县“烟→稻→菜”模式，龙海市粮经结合型生态经济模式，长乐市稻田多熟高优模式，芗城区水田生态利用模式、“豆→蔗→菌”生态模式，福安市低海拔双季稻间套种模式及山区、半山区单季稻田种植模式，建宁县“莲→烟→莲”种植模式，建宁县“稻→萍→鱼”立体农业模式。
  8.水域立体种养生态农业模式
  1994年试点研究，1999年在长泰、芗城、东山和连江等县（市）示范，2003—2005年在全省水域（淡水和围垦海水）适宜地方 推广。
  该模式是以水产养殖为中心，把种植业、养殖业等有机结合起来，在系统中进行各生态诸要素的合理配比和各种投入因素的人工调控，形成了物质良性循环的立体种养生产体系。其主要类型有长泰县“牧→鱼→果”生态模式，福安市稻田生态养殖模式，连江县“鸭→鱼”生态模式，建宁县稻（莲）萍鱼立体种养模式，东山县捕养结合的耕海牧鱼工程中的“虾池混养模式”、“淡水鱼鸭混养模式”，漳州市芗城区的“蕉基鱼塘”模式等。
  9.滨海砂地生态农业模式
  1995年试点研究，1999年在长乐、莆田、东山、龙海示范，2002—2005年在全省滨海砂地区域平潭、长乐、甫田、惠安、晋江、龙海、漳浦、云霄、东山、诏安和马尾区琅岐等11个县（市、区）推广。
  11个县（市、区），根据滨海砂地生物资源及自然生态环境特点，对各种作物的时间与空间生态位，进行科学合理搭配，组装优化，总结推广了可增加作物覆盖，加强蓄水、保土能力，实现水土保持功能，改善生态环境条件，一年多熟制的高优种植模式。
  10.沿海湿地立体生态农业模式
  1996—2005年，在龙海、东山、莆田、长乐、平潭、福清、福鼎等县（市）推广应用。
  该模式在种植水稻为主体的低湿区或出海口湿地及浅海滩涂等地推广。以保持生产区域的生态平衡、水体不受污染、各种水生生物种群的动态平衡和食物链的合理结构，确保水生生物、水资源的永续利用。具体推广模式有池塘混养模式与配套技术（淡水混养和海水混养），海湾鱼、贝、藻兼养与配套技术，建立湿地保护区，种植红树林，建立合理的低湿地种养农作制，提高低湿地单位面积产量和经济效益等。该模式以龙海市甘文生态农业建设工程和东山县“虾（蟹）→鱼→菜”混养模式为代表。
  11.农业废弃物资源化利用生态农业模式
  1998—2005年，在莆田、龙海、芗城、长乐、松溪、顺昌、同安、建宁、漳平等县（市）示范推广。
  该模式运用物质循环再生的原理，通过多层次、多途径转化、综合利用农业废弃物，实现系统内植物、动物、微生物互生共养，良性循环，高效转化。其主要类型有莆田县大中塑养殖、屠宰场沼气净化与综合利用技术模式，龙海市废弃物综合治理及利用模式，长乐市秸秆综合利用模式，松溪县以草代木发展食用菌生态农业模式，建宁生态果园暨梨枝屑栽培食用菌模式等。
  12.亚热带休闲观光生态农业建设模式
  1998—2005年，在福鼎、龙海、莆田、安溪、松溪、东山、漳平等县（市）示范推广。
  该模式在福建省中亚热带、南亚热带区域推广应用，运用生态学、系统学和环境美学原理，将生态农业建设与旅游休闲有机结合起来，集商贸、观光、旅游、度假、文化、娱乐、健身诸功能于一体的生态农业旅游区。其主要类型有福鼎市太姥山观光农业园区，莆田县大洋永兴岩休闲观光生态农业园区，龙海市龙佳生态观光园区，甫田县“快乐农庄”生态农业观光园区，松溪县湛卢现代生态农业园区，大田县高山乌龙茶生态园区，安溪县生态茶园旅游观光园区等。
  12种生态农业模式在福建省14个生态农业试点（示范）县（2个国家级，12个省级）进行了推广，1999一2002年累计推广总面积达5449.5万亩，增收节支总额达7.63亿元，森林覆盖达标指数为1.2，比全省平均水平提高0.18。2001年，项目实施的县（市）农民人均纯收入达3495元，比1998年的3112元增加12.3％，比全省平均提高114元，提高了3.4％。试点单位（示范区）粮食总产平均增产12.23％；退化土地治理达标率由40.98％提高到63.8％；获得绿色食品标志产品达59个，占全省31.7％；无公害农产品产值占全省农业总产值比率由1998年的10.32％提高到14.1％；光能利用率提高了59.5％。