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早在20世纪80年代，福建省开始生态农业建设试点。90年代后，着手制定生态农业建设规划并实施，超过12个生态农业试点县建设通过验收，总结了12种类型生态农业建设模式。
  第一节 农业生态环境保护
  1993年，经国务院批准，由国家计委、科委、财政部、农业部、水利部、林业部和国家环保总局等7部委联合组成全国生态农业试点县建设领导小组，并在全国组织51县进行生态农业试点县建设。福建东山县是省唯一的国家生态农业试点县，重点抓十大生态农业工程建设，示范推广6种生态农业技术模式，取得显著成效。 一是农业产业结构渐趋合理。种植业产值占农业总产值比例由1993年的28.04％降到1998年的14.27％，产投比逐年增加，农民人均纯收入年递增20.24％。二是全民科技文化素质得到提高。农村生态环境面貌大改变，商品能源占农村用能的 99.5％。三是改善农业生态环境，森林覆盖率由34.1％上升到39.3％，土壤有机质含量由1.36％提高到1.51％，退化土地达标治理率提高19个百分点，稳产高产田提高22个百分点。
  1995年，福建省水土流失22.6万亩，占全省国土面积的12.31％。2000年，水土流失19.7万亩，占全省国土面积的10.72％。
  1996年，全省开展了对农业环境污染和农业生态现状的调查工作，并对部分重点污染区农业环境质量进行了追踪监测，基本上掌握了全省农业污染源分布情况及其对农业环境质量状况的影响范围和程度，为各级政府和有关部门宏观决策和污染事故的处理、为加强农业环境管理和面源污染治理工作提供了依据。
  1998年，全省开始着手农业生态环境立法的调研工作，拟定了《福建省农业生态环境保护条例（初稿）》（简称《条例》），并于2002年10月1日发布实施。
  省农业厅在开展《条例》宣传、贯彻落实工作过程中，重点开展畜禽粪便污染、农业面源污染、农业野生植物保护等专项整治行动，加大查处打击力度，强化农业生态环境的监督管理。依靠科技进步，保护农业环境。对基层技术人员和广大农民开展专题技术培训，研究和示范推广无公害和绿色食品种养模式，改进肥料施用技术，推广平衡配套施肥，恢复和扩大绿肥种植面积，提高有机肥的施用量。采取农业、生物和物理等综合防治措施，逐步改变单一使用化学农药和过量使用农药的状况。强化环境保护和治理工作，防治工业“三废”和农用化学物质的污染，力求使环境污染减少到最低程度，以保护无公害农产品和绿色食品开发的环境质量。
  2003年，国家环保总局首次采用生物丰度指数、植被覆盖指数、水网密度指数、土地退化指数和污染负荷指数5项评价指标，对全国各地生态环境质量进行评价，福建省生态环境质量优的区域占85.37％、良的区域占14.63％，总体质量居全国第一。
  2004年，第一批12个省级生态农业建设试点县通过福建省生态农业建设领导小组的验收。
  2005年，水土流失15.5万亩，占全省国土面积的8.43％。虽然福建省是全国土壤侵蚀率较低的省份之一，“十五”期间水土流失面积也逐步减少，但矿业开采和工程建设等引起的水土流失、山体滑坡和地面下沉等生态环境问题较为突出。
  1991—2005年间，各地加强农业环境保护，采取切实措施，提高生态农业技术，使作物生产于良好生态环境、生产环境，土壤、大气、水源质量达到国家规定的生态环境安全标准。在作物生长过程以及施肥、灌水、农（兽）药等投入上符合健康安全食品检测标准；有害金属含量及病毒、病菌等有害微生物的数量检测在健康安全食品检测标准范围。加工流通和销售防止污染，从原料到成品全程受到监控，符合国家或国际卫生标准和安全、优质、营养条件。
  第二节 农业生态建设试点
  1981年，省农科院研究员刘中柱通过对中国稻田养萍发展历史的总结和对传统的稻田养鱼现状的调查，以及对农业立体经营的分析，把“稻田养萍”和“稻田养鱼”有机结合起来，在常规的稻作体系中结合了红萍和鱼，提出“稻→萍→鱼立体农业模式”的科学构想并付诸实施。
  20世纪80年代，福建省开展生态农业试点，在山区、丘陵、平原、城郊等不同的区域因地制宜建立了不同类型的生态农业试点，试点规模有乡、村、场、所等，根据地理位置划分主要有两类。一是山区生态农业，像建瓯县的芝麻镇、顺昌的麻溪村、南平西芹村观音坑的“芝、麻、观模式”。屏南县仙山牛场、南平市的西洋村、邵武市猫头山生态村和大阜岗乡李源村、永安市曹源乡樟林村和茅坪生态农场、建瓯县城郊马汶生态村、政和县上溪乡念山生态村、松溪县巫坑村、寿宁县清源生态户、连城县营溪乡、上杭县的丰朗生态村、长汀河田镇生态农业试点和漳平县桂林乡黄祠生态村等都是丘陵山区形式多样的生态农业典型。二是沿海平原生态农业，像仙游蔗区生态农业、福州市洪山乡湖心洋生态农场、北郊畜牧场生态农业工程和北郊泉头生态能源村、罗源县碧里乡施家坪果树生态村和西兰生态村、同安县莲花乡后埔生态村、云霄县大坪生态村等都是沿海平原的生态农业典型。三是滨海地区和经济特区生态农业，如霞浦县东吾洋采用“林戴帽、茶果撑腰，平原间套种，滩涂养殖”模式建设生态农业，实现40万亩陆地水域山、田、海的农、林、牧、渔、副立体布局的优化结构，山地以松、杉、竹、木麻黄和相思树为主，辅以阔叶林、乔、灌、草结合，林下放牧或林农间作，做到短、中、长结合；山腰低坡种植荔枝、龙眼间作花生、大豆、甘蔗、药材和蔬菜；高潮区滩涂是虾→蛤→果复合种养，瓜→果→林→鱼→沼气循环利用；浅海打桩搭架，上层种紫菜、海带，中层吊养贻贝和太平洋牡蛎，下层吊挂渔网，由于紫菜、海带都是藻类水生植物，鱼虾喜欢栖息而落网被捕；庭院立体种、养、加工。厦门市开元区何厝村利用特区市场信息灵通，交通方便，进行高经济效益的种、养、加各业的集约经营。
  1998年3月，福建省农村环保能源总站召集26名从事农业生态环境研究与生态农业建设的专家在厦门研讨福建生态农业建设现状、发展对策，会上形成了“关于福達省生态农业建设的建议”，由到会26名专家签名送福建省委书记陈明义、省长贺国强阅示。书记、省长极为重视，分别作出批示，使福建省生态农业建设步入规模化、快速发展轨道。福建省生态农业建设成立领导机构，制定规划，投入资金，开展课题研究，示范推广建设模式。各试点（示范）县将生态农业建设规划通过县（市、区）人大常委会批准，列入当地经济社会发展规划目标，示范推广了各种适合当地生态环境的建设模式，取得了显著的经济、社会与生态效益，促进了农业可持续发展。
  第三节 生态农业建设规划实施
  1998年8月，根据省政府办公厅意见，成立了福建省生态农业建设领导小组和生态农业建设项目专家组。印发了《福建省生态农业建设规划纲要》（简称《纲要》），组织开展了12个省级生态农业试点县工作。《纲要》提出全省生态农业建设目标：近期目标（1998—2002年），以生态农业县建设为重点，建立不同区域不同类型的示范区，基本形成合理的生态农业布局，全面开展重点工程和项目建设，使农业环境污染和生态破坏得到有效控制，农业生态环境总体状况有所改善。中期目标（2003—2015年），地（市）级生态农业建设开始实施，生态农业建设布局得以完善，基本形成生态系统和经济系统的良性循环，自然资源利用率大大提高，再生资源得到合理利用，生态农业进入稳定、协调的发展阶段，社会效益、生态效益和经济效益显著提高，全省人民生活达到宽裕型小康水平。长期目标（2015—2030年），建成较高水平的生态农业省，实现生态系统和经济系统的良性循环，人民生活更加富裕，成为青山绿水、环境优美的海峡西岸繁荣带。同年10月，省政府同意连江、长乐、莆田、建宁、安溪、长泰、龙海、顺昌、松溪、福安、福鼎、漳平12个县（市）为“九五”期间省级生态农业建设试点县。
  1999年，芗城区、同安区2个国家级生态农业建设示范县项目启动。经过两年建设，到2001年年底，各生态农业试点县共实现农业产值98.2亿元，比1998年增长131％，森林覆盖达标率指数由建设前的1.20提高到1.24，退化土地达标治理率由1998年的40.98％提高到71.08％，无公害农产品产值占农业总产值的比率由10.32％提高到16.98％，全省已建成各类特殊保护区域约占全省国土面积的8％；国家级和省级生态示范区建设试点21个、生态农业试点县14个、县（市、区）级以上可持续发展试验区建设试点4个；建立绿色食品和有机食品试点基地600万亩，有188个产品获得绿色食品和有机食品的标志。
  2002年1月，省长习近平在省九届人大五次会议上提出“建设生态省，大力改善生态环境”。4月，省农业厅组织各相关职能部门和专家，编写了“福建省建设生态省生态农业发展专题报告”，提出了“十五”期间和未来15年全省生态农业建设的目标。以保护和改善农业生态环境，农业增效、农民增收为中心，构建四大生态农业建设体系，即耕地综合保育体系、无公害农产品生产体系、农业监测与防治体系和科教兴农体系；组织实施十大工程，一是标准化农田建设工程，二是沃土工程，三是无公害食品生产工程，四是植物保护工程，五是动物保护工程，六是农业面源污染防治工程，七是山地生态工程，八是庭院生态工程，九是科技兴农工程，十是农业信息工程。同时，提出了保障建设生态省推进生态农业建设的政策措施。
  2004年12月8日，省水土保持委员会下发《关于印发福建省水库库区重要水源地水土保持生态建设实施纲要的通知》，提出重要水源地水土保持生态建设指导思想、建设目标和评价标准。此后，莆田市政府出台《关于切实做好水源保护工作的通知》，泉州市政府出台《加强全市大、中型水库一重山生态公益林保护的通知》，德化县政府出台《龙门滩水库重要水源地水土保持生态建设的通告》。宁德、平潭等地把水源地水土保持生态建设列入为民办实事项目。
  2005年1月，福建省农业生态环境与能源技术推广总站建立（1997年10月将福建省沼气改灶省柴技术推广站更名为“福建省农村环保能源总站”）。全省（厦门除外）所有设区市全部成立了农村环保能源站，是年有70个县（市、区）成立了工作结构，配备了一定的工作人员。
  生态农业建设试点（示范县）的项目资金，由福建省生态农业建设领导小组成员单位（即省发改委、省财政厅、省科技厅、省农业厅、省林业厅、省环保局、省水土办等8个委厅局办）根据各试点（示范）县的建设规划提出的申请，给予统筹安排，优先考虑。各成员单位对建设项目资金各负其责，资金用途不变，加强监管，发挥整体效益，推进各试点（示范）县总体建设规划的落实。据统计，1994一1998年，农业部每年拨付国家生态农业建设试点工作经费5万元，合计投入50万元。1999一2003年，12个省级生态农业建设试点县和2个国家级生态农业建设示范县的建设资金（含国家各部委、省8个相关委厅局办、各建设县地方自筹与农民“投工投劳”）达3.5亿元。
  第四节 建设模式
  为确保以县域为单元的生态农业建设取得成效。省生态农业建设领导小组加强了生态农业建设技术的研究与推广力度，1998年经省科技厅批准立项，由福建省农村环保能源总站与福建农林大学承担《福建省生态农业建设模式的探讨与推广》项目，研究建立了福建省生态农业建设评价指标体系和12种类型生态农业建设模式。生态农业建设领导小组在全省2个国家级、12个省级生态农业建设试点（示范）县组织实施。
  1.丘陵山地农林复合型生态农业模式
  1991年开始试点，至2005年在尤溪、延平、建阳、松溪、龙海、芗城、长泰等县市丘陵山地示范推广。
  该模式以农林结合为核心，达到能量多级利用，物质循环再生。在福建省中低山区及部分山地盆谷区示范推广，其基本做法和主要特点是，根据丘陵山区地形、地貌、气候的多样性、特殊性和自然区域特点，以整治水土流失为基础，深化农业综合开发为手段，在宏观上把山体、水体联系起来，进行山、水、田、林、路综合治理，粮、林、果、牧、鱼综合开发；在微观上科学安排不同高度、坡度、坡面的开发，山底垄养鱼、养畜禽、种稻、种菜，幼龄果园实行间套混种牧草、瓜菜，鱼塘实行立体混养，山垄田实行粮食与经济作物轮作。形成山顶戴“帽”，营造生态公益林，涵养水源；山腰种果套草放养畜禽；山脚种粮种菜，低洼地建池塘养鱼、鸭等。其代表类型有尤溪县小村山垅农林复合型生态农业模式，长泰县农林复合生态模式，松溪县山区小流域综合治理工程，龙海市丘陵山地生态果园模式，建阳市、南平延平区、南安市、龙海市等地的“红壤恢复与牧草综合利用模式”等。
  2.东南沿海“猪→沼→果”生态农业模式
  1994年开始试点，至2001年在甫田、福安、长泰、漳平、诏安及长汀等县（市）示范，2002—2005年在全省推广。
  该模式在吸收消化外省推广的“猪→沼→果”技术模式基础上，结合福建省实际，创新并示范推广的具有东南沿海特色的生态农业模式。其核心内容是把养殖业（猪）、农村能源建设（沼）、种植业（果）有机结合起来，以沼气为纽带，带动生猪和果业综合发展。项目实施地点，选择果树面积较大和养殖业相对发达的福安市、莆田县、长泰县、漳平市、诏安县以及长汀县作为示范县，之后在全省各地市全面推广。
  该模式以沼气为纽带，将沼气池、猪舍、果园有机结合在一起，形成农业资源生态良性循环利用。围绕主导产业（果、猪），因地制宜开展“三沼”（沼气、沼渣、沼液）综合利用。将厕所、猪舍、沼气池“三结合”进行规划建设，人畜粪便直接入池发酵，使人畜粪便中大量的寄生虫卵、害虫卵和有害病菌被杀灭，改变了办沼气前“猪牛栏粪便（水）遍地流、臭气满村头”的现象，据项目区调查，常见传染病明显减少，村容村貌焕然一新，环境卫生得到明显改善。
  3.丘陵山地“果、草、牧、菌、沼”生态农业模式
  1994年开始试点，1997—2002年在芗城、长泰、安溪示范，2003—2005年在全省适宜该模式条件的丘陵山地果园推广。
  该模式是通过优化生产者（果树、牧草）、消费者（畜禽）和分解者（食用菌、沼气分解菌）的有机量化结合，促进生态系统中持续循环转化，并在闽南低丘台地上已被广泛接受的一个高效成功的模式，包括漳州市芗城区的“果→草→牧→菌→沼”、长泰县的“蔗→菜→牛→菌→沼”、安溪县的“竹→草→羊→鱼→菇→沼”等模式。在芗城、龙海、长泰、莆田、安溪、顺昌、漳平、福鼎等县（市、区）推广应用。
  4.东南沿海庭院经济生态农业模式
  1997年开始设计试点，1999年在莆田、福安、连江、长乐、芗城、龙海、长泰、漳平、顺昌、松溪等县（市）推广，至2005年在9个设区市全面推广。
  该模式是根据南方庭院特点而设计的，为房前屋后边边角角综合利用的开放式结构，充分开发有限的土地资源和独特的光、温、热资源，以家庭庭院为基础，外联承包田，利用生态学原理，合理配置沼气、喷滴灌、太阳能利用等技术，延长食物链，实现多级增值的生态循环。其主要类型有莆田县以沼气为纽带的庭院生态农业模式，松溪县庭院经济生态技术模式，漳州市芗城区蕉畜菌模式，福安市及顺昌县庭院生态家园建设模式，连江县“水稻→蘑菇”庭院生态系统等。
  5.无公害食品（绿色食品）产业化生态农业模式
  1998年开始在全省12个生态农业试点县推广。
  该模式按无公害食品生产规程生产，无公害农产品生产模式注重农业生产方式与生态环境相协调。推广主要技术有绿肥套种园地覆盖技术、以生物防治和生态防治为主的病虫综防技术、平衡施肥技术等。无公害畜禽产品生产模式主要特点是以大规模畜禽动物养殖为主，推广饲料配合及其清洁生产技术与养殖及生态环境建设技术，如畜禽舍干清粪技术和疫病控制技术、粪尿的固液分离技术、污水处理与综合利用技术、粪便无害化高温堆肥与生产商品化有机肥技术等。该模式分布于全省各地，其主要类型有福鼎市无公害生态茶果园模式，连江县、福安市生态茶园模式，安溪县“茶→果→林→加”生态模式，福州连江玉华山绿色食品福建黄兔生态养殖模式等。
  6.赤红壤旱地生态农业模式
  1994年在莆田县试点研究，1999一2001年在莆田县示范，2002—2005年在莆田、长乐、福安、东山等县（市）及沿海赤红壤旱地推广。
  该模式通过植草、营林、治水和保土，逐步优化农业生产结构，建立高效能的种植业，恢复和提高耕地持久生产力，开发果树生产，增强畜牧业，加工利用农副产品，解决农村生活能源，发展庭院生态经济。其主要类型有甫田县沿海旱地生态农业建设模式，长乐市滨海旱作高优模式，福安市旱地高产高优种植模式等。
  7.水田高优生态农业模式
  1992—2005年在长乐、连江、福安、莆田、建宁、松溪、长泰、龙海、福鼎等县（市）示范推广。
  该模式主要在粮田区推广应用，以稻田为中心，以间套种为主的立体种植、立体种养方式，实行粮经作物多茬轮作的办法，采用“稻→稻→菜”、“烟→稻→菜”、“莲→烟→莲”、“稻→菌→菜”、“果蔗→四季豆”、“稻→萍→鱼”等生态综合利用技术，全面提高光、温、水土资源的转化率和生产力。主要类型有：福鼎市“七种”生态轮作模式，长泰县以间作套种为核心的精细农业模式，松溪县“烟→稻→菜”模式，龙海市粮经结合型生态经济模式，长乐市稻田多熟高优模式，芗城区水田生态利用模式、“豆→蔗→菌”生态模式，福安市低海拔双季稻间套种模式及山区、半山区单季稻田种植模式，建宁县“莲→烟→莲”种植模式，建宁县“稻→萍→鱼”立体农业模式。
  8.水域立体种养生态农业模式
  1994年试点研究，1999年在长泰、芗城、东山和连江等县（市）示范，2003—2005年在全省水域（淡水和围垦海水）适宜地方 推广。
  该模式是以水产养殖为中心，把种植业、养殖业等有机结合起来，在系统中进行各生态诸要素的合理配比和各种投入因素的人工调控，形成了物质良性循环的立体种养生产体系。其主要类型有长泰县“牧→鱼→果”生态模式，福安市稻田生态养殖模式，连江县“鸭→鱼”生态模式，建宁县稻（莲）萍鱼立体种养模式，东山县捕养结合的耕海牧鱼工程中的“虾池混养模式”、“淡水鱼鸭混养模式”，漳州市芗城区的“蕉基鱼塘”模式等。
  9.滨海砂地生态农业模式
  1995年试点研究，1999年在长乐、莆田、东山、龙海示范，2002—2005年在全省滨海砂地区域平潭、长乐、甫田、惠安、晋江、龙海、漳浦、云霄、东山、诏安和马尾区琅岐等11个县（市、区）推广。
  11个县（市、区），根据滨海砂地生物资源及自然生态环境特点，对各种作物的时间与空间生态位，进行科学合理搭配，组装优化，总结推广了可增加作物覆盖，加强蓄水、保土能力，实现水土保持功能，改善生态环境条件，一年多熟制的高优种植模式。
  10.沿海湿地立体生态农业模式
  1996—2005年，在龙海、东山、莆田、长乐、平潭、福清、福鼎等县（市）推广应用。
  该模式在种植水稻为主体的低湿区或出海口湿地及浅海滩涂等地推广。以保持生产区域的生态平衡、水体不受污染、各种水生生物种群的动态平衡和食物链的合理结构，确保水生生物、水资源的永续利用。具体推广模式有池塘混养模式与配套技术（淡水混养和海水混养），海湾鱼、贝、藻兼养与配套技术，建立湿地保护区，种植红树林，建立合理的低湿地种养农作制，提高低湿地单位面积产量和经济效益等。该模式以龙海市甘文生态农业建设工程和东山县“虾（蟹）→鱼→菜”混养模式为代表。
  11.农业废弃物资源化利用生态农业模式
  1998—2005年，在莆田、龙海、芗城、长乐、松溪、顺昌、同安、建宁、漳平等县（市）示范推广。
  该模式运用物质循环再生的原理，通过多层次、多途径转化、综合利用农业废弃物，实现系统内植物、动物、微生物互生共养，良性循环，高效转化。其主要类型有莆田县大中塑养殖、屠宰场沼气净化与综合利用技术模式，龙海市废弃物综合治理及利用模式，长乐市秸秆综合利用模式，松溪县以草代木发展食用菌生态农业模式，建宁生态果园暨梨枝屑栽培食用菌模式等。
  12.亚热带休闲观光生态农业建设模式
  1998—2005年，在福鼎、龙海、莆田、安溪、松溪、东山、漳平等县（市）示范推广。
  该模式在福建省中亚热带、南亚热带区域推广应用，运用生态学、系统学和环境美学原理，将生态农业建设与旅游休闲有机结合起来，集商贸、观光、旅游、度假、文化、娱乐、健身诸功能于一体的生态农业旅游区。其主要类型有福鼎市太姥山观光农业园区，莆田县大洋永兴岩休闲观光生态农业园区，龙海市龙佳生态观光园区，甫田县“快乐农庄”生态农业观光园区，松溪县湛卢现代生态农业园区，大田县高山乌龙茶生态园区，安溪县生态茶园旅游观光园区等。
  12种生态农业模式在福建省14个生态农业试点（示范）县（2个国家级，12个省级）进行了推广，1999一2002年累计推广总面积达5449.5万亩，增收节支总额达7.63亿元，森林覆盖达标指数为1.2，比全省平均水平提高0.18。2001年，项目实施的县（市）农民人均纯收入达3495元，比1998年的3112元增加12.3％，比全省平均提高114元，提高了3.4％。试点单位（示范区）粮食总产平均增产12.23％；退化土地治理达标率由40.98％提高到63.8％；获得绿色食品标志产品达59个，占全省31.7％；无公害农产品产值占全省农业总产值比率由1998年的10.32％提高到14.1％；光能利用率提高了59.5％。