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2004年4月，由莆田市环境科学学会组织环保局五人和水利局六人赴台湾参加高雄环保妈祖协会举办的环境污染防治和生态保护研讨会。5月，金门县环保机构负责人蔡是民一行五人到厦门进行为期三天的考察交流。参加由《厦门日报》社主办的“关爱海湾环保论坛”，进行《金门环境保护的现状及金厦海域漂流垃圾之探讨》的演讲。还参加“鹭岛关爱日”活动，身体力行地与3000多名志愿者共同在厦门海边捡垃圾。7月，为进一步探讨厦金海域环境保护和生态保护合作，厦门市环境科学学会组成以学会副理事长庄世坚为团长的20人“赴金考察交流团”。7月3日和4日《金门日报》均在头版头条刊发此次交流活动的新闻报道。通过彼此交流，双方希望开展环境监测合作，防治金厦海域、海滩垃圾污染，在两地建立起—套有效的环保合作协调机制。8月，厦门市环保局与台商协会举办“海峡两岸青少年环保夏令营”，来自海峡两岸的60位不同年龄段的学生参加，促进海峡两岸青少年的交流。2004年厦门市政府与国际海事组织签署第二轮厦门海岸带综合管理示范项目合作协议，在海洋综合管理、九龙江口环境综合整治、ISO14000环境管理体系认证、海洋管理人员培训等领域开展合作。年底，莆田市环保局接待台湾高雄妈祖协会的观光团。
  2005年5月，由台湾马祖经贸交流联谊会会长、马祖环保、卫生机构负责人等带领的访问团到福州市考察环境保护工作，双方就两地的环境保护进行全面的交流，并实地察看福州市大气环境质量、闽江水质及污染源自动监测监控装置、闽江水质、连江县沿海环境卫生、固体废弃物处理处置状况。12月，以开展循环经济、构建和谐社会为主题的“2005海峡环境科技论坛”在厦门市召开，金门县环保机构负责人参加论坛，并在会上介绍金门环境保护有关情况。