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2000年，省环保局和省发改委联合制定《福建省“十五”环境保护规划》，九个设区市均将环保工作纳入国民经济和社会发展规划。各规划确定环境质量、污染物排放总量控制、环保投入、环保基础设施、生态保护等目标，同时规划废物处置设施建设。
  第一节 规划编制
  1996年，省环保局编制完成《福建省环境保护“九五”计划和2010年远景目标》，主要以《福建省污染物排放总量控制计划》和《福建省跨世纪绿色工程规划》为内容。2000年，省环保局和省发展改革委员会联合制定《福建省“十五”环境保护规划》，2002年4月，该规划由省政府公布实施。9个设区市均将环保工作纳入国民经济和社会发展计划，分别制定环保规划。6月，经省政府同意，省环保局给各设区市政府颁发“十五”期间主要污染物排放总量控制计划。
  第二节 综合规划目标
  一、环境质量目标
  “九五”期间，90％的主要水系水质达到功能分区的质量标准；城市空气质量按功能分区达到环境空气质量标准；近岸海域的水质达到海洋功能区划规定的海水水质标准；城市集中式饮用水水源地水质达标率达96％以上；“十五”期间，再创1～2个环境保护模范城市。
  二、环保投入目标
  2001—2005年，全省环保投入分别占当年GDP的1.59％、1.70％、1.78％、1.93％和2.21％。
  三、环保基础设施建设目标
  “十五”环保规划提出：到2005年，全省设市城市至少建成1座污水处理厂；全省城市污水处理率达45％以上；福州、厦门、泉州等市污水处理率达60％以上；城市燃气普及率达到95％以上；设市城市至少建设1座生活垃圾无害化处理场，城市生活垃圾无害化处理率达到90％；城市建成区绿化覆盖率达35％以上；建成福建省危险废物综合处置场。
  四、生态保护目标
  “十五”环保规划提出：全省森林覆盖率保持在60％以上；自然保护区面积占全省面积比例的6.64％；自然保护区、森林公园、风景名胜区及自然保护小区的面积占全省面积比例的10％。
  第三节 废物处置设施建设规划
  2003年，重新调整危险废物处置设施的建设规划，对危险废物处置场进行改扩建。改扩建工程是在“一期工程”的基础上，完善整个工艺设备，根据危险废物和医疗废物产生特性的变化，适当调整建设规模。原有工程的处理规模是每年2万吨，改扩建后处理能力扩大到4万吨/年。扩建一套回转窑焚烧系统，处理能力为1吨/小时（20吨/日），配备完整的尾气净化系统。安全填埋场完善第一填埋区的建设，使其尽快投入使用；增加相应的固化/稳定化、污水处理等配套和辅助设施，新增收集转运调度中心，完善厂内道路、给排水系统和消防系统。
  是年，省发改委会同省环保局编制《福建省危险废物和医疗废物处置设施建设规划》，上报国家发展和改革委员会与国家环保总局。
  2004年1月，国务院批准实施《全国危险废物和医疗废物处置设施建设规划》，福建省被列入国家规划的项目有11项，其中全省放射性废物库1项（位于福州）、危险废物处置两项（位于福州、漳州）和医疗废物处置8项（位于泉州、厦门、南平、三明、龙岩、宁德、莆田、武夷山）。由于这些项目打破了行政区划布局，危险废物处置项目同时处置医疗废物，因此11个项目涵盖全省范围内的危险废物和医疗废物处置。
  第四节 规划目标实施
  一、环境质量
  “十五”期间，全省环境质量状况总体保持良好。
  12条主要水系水质状况总体良好。一至三类水质所占比例为89.4％；水域功能达标率为87.9％。水域功能达标率基本达到规划确定的90％的目标。全省23个城市中，武夷山、福鼎市空气质量最好，达到一级水平；三明、龙岩市空气质量为三级，三明市二氧化硫、可吸入颗粒物年均浓度超标，龙岩市可吸入颗粒物年均浓度超标，两市均未能达到规划目标。全省近岸海域环境功能区达标率为42.6％，未能达到规划目标。9个设区市的22处饮用水水源地水质达标率为95.8％，14个县级市的18处饮用水水源地水质达标率为96.6％，基本达到规划目标。
  二、污染物排放总量
  2002年前，全省环境统计数据明显低于实际现状。2003年，国家环保总局根据全国经济快速发展的实际情况，对统计数据进行修正，福建省也据此对环境统计数据进行调整。由于调整的幅度较大，导致2005年的污染物实际排放总量与目标控制量之间没有可比性。2005年的污染物实际排放总量，未能完成规划目标。
  三、环保投入和环境设施建设
  “十五”期间，全省环保投入超过占GDP1.8％的规划目标。
  “十五”期间，设区城市宁德市尚未建成污水处理厂；设市城市中除永安、福清市已建成污水处理厂外，其余各市均未建成污水处理厂，未能完成规划目标。2005年，全省城市污水处理率达54.5％，超额完成规划目标；福州、厦门、泉州市污水处理率分别为61.78％、77.03％、70.38％，均已超过60％的规划指标。城市燃气普及率达到96.19％，超过95％的规划目标。截至2005年，设区城市宁德市尚未建成垃圾无害化处理场；设市城市中福清、南安、邵武、武夷山、建瓯、建阳市尚未建成垃圾无害化处理场，未能完成规划目标。2005年，全省城市建成区绿化覆盖率达36.11％，超额完成规划目标。省危险废物处置场已初步建成，并投入试运行。
  四、生态保护
  2005年，全省森林覆盖率达到62.69％，自然保护区面积占全省面积比例的7.22％，森林公园、风景名胜区及自然保护小区的面积占全省面积比例超过10％，均超额完成规划目标。