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―、开采登记和监督
  1998年，国务院颁布实施《矿产资源开采登记管理办法》，福建省结合实际，制订一系列措施，9个设区市均制定《矿产资源开发总体规划》，各县（市）、区相继制定《矿产资源开发利用与保护三区（禁采区、限采区、可采区）规划》。依法加强日常监督检查。
  通过矿山年检及日常矿产资源开发监督管理，大多矿山企业能在许可证核定范围内开采，越界开采、滥采乱挖、破坏、浪费资源现象有所减少。沿海各县（市）、区采石场不断规范开采作业，增加设备投入，提高机械化作业水平。同时发挥矿产监督员的作用，34名矿产督察员对全省重点矿区及矿山开展有效监督，及时发现和纠正开采中存在的问题。
  2001年，为贯彻《国务院办公厅转发〈国土资源部关于进一步治理整顿矿产资源管理秩序意见〉的通知》和全国治理整顿矿产资源管理秩序电视电话会议精神，福建省严格执行矿业权审批制度。探矿权的审批、登记由省国土资源厅负责，不再委托下放。开采34种重要矿产[煤、石油、油页岩、烃类天然气、二氧化碳气、煤成（层）气、地热、放射性矿产、金、银、钼、锰、铬、钴、铁、铜、铅、锌、铝、镍、钨、锡、锑、钼、稀土、磷、钾、硫、锶、金刚石、铌、钽、石棉、矿泉水]矿种的采矿权申请，除石油、天然气、煤层气和放射性矿产按规定由国土资源部负责登记发证外，其他均由省国土资源厅依法严格办理采矿许可证登记发证手续。34种矿产以外的采矿权申请，按《福建省采矿权审批办法》的有关规定，办理采矿许可证登记发证手续。凡是可以采用招标、拍卖等方式出让探矿权、采矿权的，不再进行行政审批。凡采矿许可证有效期已满，且在规定的改造期限内矿山开采规模仍达不到福建省已建生产矿山最小开采规模的，不再办理延续登记手续，采矿权一律由登记机关收回。
  2004年，矿产督察员分别承担214处重点矿山的督察任务，现场督察575矿次，提交《矿山督察备案表》575份，督察报告184篇、综合报告52篇。及时制止永春县地方小煤矿开采侵入国有煤矿矿区范围的越界行为，对76处不按开发利用方案开采或露采矿山责令限期整顿，责令24个矿山企业补交规费337.90万元。
  为加快资源整合、集中解决矿山布局不合理问题，2005年，省国土资源厅进一步完善探矿权和采矿权申请、延续、变更、注销、转让等相关管理制度，严格市场准入标准，加强勘察、开采资质管理。各级国土资源管理部门审批颁发采矿许可证。凡不符合矿产资源规划、产业政策和技术规范，矿产资源不能合理利用，不符合安全生产条件，不提交环境影响评价报告和地质灾害危险性评估报告的采矿权申请，一律不审批发证。严格实行煤炭勘察设计审查制度，对不符合勘察规范的项目不予登记。是年，全省共有采矿许可证4151本，注销或废止不合格采矿许可证123本；对原委托市、县发放的600本采矿许可证全部上交，重新确认采矿权。通过清理，纠正法定要件不齐全或不符合要求、矿区范围交叉重叠、程序违法或越权发证行为，使采矿登记进一步规范化。并推进采矿权网上审批信息化建设，制定《福建省省级采矿权网络审批系统建设总体方案》，举办采矿权申请登记项目网上审批培训班，全面连接省、市、县三级国土资源网。
  二、矿区与矿种整治
  2001年，省国土资源厅会同有关部门制定《福建省新建、已建生产矿山部分矿种最小开采规模目录》，绝大部分县（市）、区完成矿山关闭、联合、淘汰、改造方案的制定。综合治理整顿九龙江流域沿线250处矿山。
  2002年，查处无证开采的矿山3187处，清理采矿许可证5493本、勘察许可证250本，吊销采矿许可证48本，注销采矿许可证925本、勘察许可证13本，禁采区内采矿活动基本停止。关闭九龙江、敖江流域范围内1100余处矿山。矿业布局和结构趋向合理。
  2005年，省政府成立整顿和规范矿产资源开发秩序领导小组，确定历史陈积问题多、无证采矿重灾区的永定县、新罗区、晋江市、古田县为挂牌督办的重点县（市）、区。在整治工作的基础上，新罗区、永定县专门成立矿山综合执法大队，各产煤乡（镇）、街道建立联合巡查队，开展日常监督管理。晋江市成立矿山特别督查队，配合各县（镇）、街道对重点矿区进行巡查督察。古田县以鹤塘矿区为重点开展整治。上述四县（市）、区无证非法开采矿产资源基本得到遏制。省政府还先后8次组织督查组对全省煤矿安全生产进行督查。安全监管部门对33个不符合安全生产条件的矿井下达停产整顿通知书，暂扣相关证照。省国土资源厅3次组织督查组对全省无证采矿工作进行检查。2005年，实现无证非法采矿查处率达100%的目标。
  是年，确定煤、金、铁、铅、锌、石灰石、建筑石料、饰面用石材等为省重点整顿矿种。永定、新罗、永定、大田、永春等地的煤矿为省整治重点矿区；建瓯、尤溪、德化、永泰、上杭等地的金属矿为省整治重点矿区；晋江、古田、南安、安溪、惠安、罗源、同安等地的建筑石料、饰面用石材矿为省重点整顿矿区。各地开展“三查”行动，即对各种违法开采矿产资源行为的排查，对矿产资源勘察项目的检查，对矿产资源管理中违法违规行为的清查。出动执法人员3538人次，出动车辆2587辆次，督查矿区和勘察区3978处；查处无证开采3908起，立案查处无证非法开采案件450件，查处越界开采8起，强制关闭非法矿点521处，罚没款496万元，移送司法机关依法追究刑事责任14人。群众性无证非法采矿得到有效遏制。
  根据中央纪检会《关于清理纠正国家机关工作人员和国有企业负责人投资入股煤矿的通知》，省委、省政府要求，在规定时间内，完成对国家机关工作人员、国有企业负责人投资入股煤矿的清理纠正。对群众举报、逾期未撤资的2人，予以就地免职。
  在此基础上，省委颁发《福建省清理纠正党和国家机关工作人员和国有企业负责人投资入股非煤矿山问题的实施方案》，全面部署投资入股非煤矿山的清理纠正。凡没有按时间和要求如实登记并撤资或隐瞒事实真相，采取其他手段继续投资入股办矿的人员，一经查实，一律就地免职，依照有关规定严肃处理。是年，处理39名清查纠正对象登记投资入股非煤矿山情况。
  三、采矿权管理
  1998年，根据国务院颁布的《探矿权采矿权转让管理办法》和福建省制订的《福建省矿产资源条例》等法规，对矿产资源规划、矿产权审批、矿业权市场建设、查处无证非法采矿、矿山生态环境保护等方面进行探索，推进矿业权市场建设。2001年，首先选择地质工作简单、矿体出露明显、市场需求量大的建筑石料，饰面用石材，河道采沙3个矿种作为招标拍卖竞争方式出让采矿权的试点矿种。在此基础上，逐步扩大采矿市场配置和有偿取得范围。
  2003年1月，省国土资源厅出台《福建省矿业权招标拍卖与挂牌出让管理办法》，新设置的采矿权一律采用招标拍卖或挂牌方式出让。建筑石料、饰面用石材、砖瓦土、河沙不设置探矿权，直接采用招标、拍卖或挂牌方式出让采矿权，采矿许可证有效期满，需延续开采，或在采矿许可证有效期内确需扩大开采范围的，实行协议有偿出让；延续出让协调不成的，由审批机关收回采矿权，采用招标、拍卖或挂牌方式出让；采矿许可证有效期未满，原无偿取得的采矿权必须重新进行储量评估，补缴采矿权价款。6月11日，罗源县一个花岗石矿山的采矿权以141万元价款公开拍卖，为全省招标、拍卖之首例。
  至2002年11月10日，全省拍卖出让探矿权2处，出让价款151.0万元，矿种为硅灰石和铅锌矿；挂牌出让探矿权2处，出让价款96.5万元，矿种为石英砂和黄金。批准转让探矿权7处，实现探矿权转让金额7871.80万元，矿种为银和黄金。全省招标出让采矿权28处，出让价款882.689万元。其中，龙岩22处，34.50万元；三明5处，803.09万元；漳州1处，45.099万元。全省拍卖出让采矿权28处，出让价款323.32万元。其中，龙岩13处，21.02万元；南平13处，72.30万元；福州2处，230万元。全省挂牌出让采矿权24处，出让价款196.71万元。其中，龙岩13处，28.17万元；南平7处，37.36万元；漳州3处，11.18万元；泉州1处，120万元。协议出让采矿权21处，出让价款24.16万元。其中，龙岩17处，15.16万元；漳州4处，9万元。全省招标、拍卖、挂牌、协议出让采矿权，价款在500万元以上的有1处（将乐县石灰石矿山），价款在100万～500万元的有3处，价款在1万元以下的有17处。全省招标、拍卖、挂牌出让采矿权的矿种为饰面用花岗岩3个、建筑石料93个、河沙2个、砖瓦黏土1个、石灰石1个。省级批准采矿权转让的有16处，实现转让金额326万元，矿种为煤14处、铁矿2处。三明、龙岩、泉州、南平、福州市国土资源局已经实行采矿权招标、拍卖、出让管理办法，三明市政府专门颁发加强矿产权管理的通知，并明确从2002年12月起，新建矿山除由探矿权人直接转为采矿权人外，采矿权一律通过招标拍卖或挂牌出让等竞争方式取得。石灰石、黄石等15种非金属矿，一律采用招标、拍卖或挂牌方式出让探矿权。
  2001—2005年，全省招标出让采矿权74处，出让价款1483万元；拍卖出让采矿权68处，出让价款5108万元；挂牌出让采矿权754处，出让价款11390万元；协议出让采矿权2957处，出让价款41129万元。
  四、年检
  2000年，省国土资源厅颁布《福建省采矿权人矿产开发利用情况年度报告检查规定》（采矿权人矿产开发利用情况年度报告检查简称“年检”）。各级地矿行政主管部门成立年检工作领导小组。省国土资源厅组织3个检查组，对全省9个地（市）和32个县（市、区）地矿局年检工作情况进行验收，并对54个重点矿山企业进行实地检查。年检着重检查资源利用水平和生态环境保护情况转变。共年检矿山8950个，年检率达88.42%，合格数为8488个，合格率为94.84%；查处无证开采242个，取缔非法泉矿348个，吊销许可证45本，查处侵权越界38起、破坏浪费资源30起，责令停产整顿272个，限期整改347个，追缴矿产资源规费210万元，罚款68万元，没收矿石102吨。龙岩市对15家拒检和5家不合格企业依法进行立案、听证、查处。仙游县机砖厂拒绝年检，经多次催促无效。该县地矿局配合司法部门，对其进行立案审查。查明违法事实，依法送达《听证权利通知书》、《行政处罚决定书》，由县人民法院强制执法。各地还兼查矿山安全与生态环境。
  2004年，根据新的年检制度要求，福州市应检项目10个，100%进行实地检查，其中合格1个、不合格2个。泉州市应检查项目35个，实检项目34个，主要勘察黄金、铁、铜、铅、锌、钼、锰和煤等矿种，涉及勘察单位8个。经检查，合格33个，合格率为94%。漳州市年度登记勘察项目17个，被列入年度检查的项目2个，经实地勘察，秩序较好。莆田市勘察项目3个，其中仙游县2个、涵江区1个，年检率为100%。县（区）级国土资源部门实地检查率达100%，设区市国土资源部门抽查率达33%，合格率为100%。宁德市有探矿权30个，年检23个，其中申请注销1个、转让2个、延续1个。有7个开工时间不到半年，不在年检范围。年检率为100%，合格率为100%。市核查7个，抽检率30%。南平市登记勘察项目122项，其中国有75项、集体8项、私营（个体）39项。参加年检勘察项目109项，年检率为96.3%。市抽查勘察项目32个，抽查率达29.4%。龙岩市承担地质勘察单位有15家，勘察项目180个，应检项目116个，实检112个，不合格14个。三明市有地勘单位15家，探矿权项目116个，其中国家投资项目49个、私营企业投资项目51个、个人投资项目16个。合格率为100%。市级抽查项目35个，抽查率为30.17%。
  2005年，按规定应年检项目534个，其中，县级国土资源主管部门已年检534个，年检率为100%;设区市国土资源主管部门抽查154个，抽查率为28.8%,抽查结果基本合格。