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2001年以前，全省检察机关主要针对法院存在错误判决、裁定以及法院违法作出决定的案件，或发现审判工作需要改进的问题，通过提出检察建议进行监督，并且把检察建议逐步纳入民行检察工作中。
  2001年，按照高检院出台的《人民检察院民事行政抗诉案件办案规则》要求，全省检察机关以明确检察建议的内容、方式及程序为契机，拓展监督内容，重点针对以下四种情形发出检察建议：法院裁判确有不妥，但检察机关不宜或不能提出抗诉的，如标的小的案件、执行案件等；对检察机关认为法院裁判有误的案件，经与同级法院协商一致，通过发检察建议，建议由法院直接进行再审的；办案中发现有关部门、单位有违法行为的；在参与整顿市场经济秩序中，发现有关单位有违反市场经济秩序的。龙岩市检察院建立“同级再审建议”制度，向同级法院发出检察建议，直接启动再审程序。全省全年共发出检察建议80件，被采纳51件。
  2002年，全省全年共提出检察建议132件，被采纳101件。各地在巩固检察建议原有监督渠道基础上，深入挖掘检察建议新的监督层面。晋江市检察院针对法院在审理抗诉案件中存在的裁而不审、审而不判的审限问题，采用检察建议促使法院在一个多月内开庭审理6起抗诉案件。莆田等地通过运用检察建议保障国有企业、集体经济利益。莆田市检察院在审查莆田市综合福利厂转让国有资产纠纷案件时，发现甫田市综合福利厂的主管部门莆田市民政局，未经国有资产管理部门批准，也未办理合法手续，擅自将国有资产转让给他人，莆田市检察院向市国资委、涵江区房管处发出检察建议，获得采纳，为国家挽回经济损失近150万元。
  2003年，各级检察机关共提出各类检察建议194件，其中个案再审检察建议51件，法院采纳38件。省检察院针对再审法院在4个抗诉案件中，对抗诉理由中提出的问题不予审理的问题，向省法院发出检察建议要求提审，省法院对2个案件进行提审，对2个案件进行复查。各地还积极运用检察建议促进有关单位依法办事和堵塞工作中的漏洞。莆田市检察院在审查案件中发现该市某公司未经依法审批、评估和拍卖就将以400余万元取得一块价值上千万元的国有土地使用权后，及时向市国土局、国资委发出检察建议并得到采纳，避免1000余万元国有资产的流失。
  2004年，在省检察院的协调带动下，各地加强与法院立案、审判监督部门就再审检察建议具体运用程序和效力的工作协调，一些地方以两院联合发文或会议纪要的形式就再审检察建议的运用作出规定，规范和推动再审检察建议工作，强化同级监督，使全省民行检察办案结构更趋合理。全省全年共提出再审检察建议102件，法院采纳58件。清流县检察院与法院达成《关于民事行政案件应用检察建议办法》。三明市检察院召开现场会推广清流县检察院的工作经验，高检院、省检察院分别转发相关经验材料。长汀县检察院与法院形成《关于民事行政申诉案件同级建议再审问题的座谈会纪要》，就检察建议的具体运用达成共识。莆田市城厢区检察院、邵武市检察院等检察机关针对办案件中发现的人民法院执行活动和行政机关执法行为不规范、国有资产管理单位管理制度不健全造成国有资产流失等问题，运用检察建议开展监督。全省检察机关民行部门共发出其他检察建议88件。莆田市城厢区检察院对一起判决生效8年、法院在被执行人有可供执行财产情况下随意裁定中止执行的案件，向法院发出检察建议，要求撤销中止执行裁定，法院采纳检察建议并及时执行。邵武市检察院针对离任法官违反规定代理诉讼问题，向法院和司法局发出检察建议，使问题得到纠正。
  2005年，再审检察建议被明确作为抗诉监督的主要辅助手段，各地规范建议文书制作和工作程序，对部分符合抗诉条件的民行申诉案件，以检察建议的形式督促人民法院再审，从而节省诉讼环节、诉讼周期，实现对人民法院的同级监督。全省全年共提出再审检察建议44件，法院裁定再审26件。厦门市、区两级检察院全年提出再审检察建议12件，法院全部采纳，其中针对厦门市海沧区农村外嫁女的征地补偿纠纷系列案件提出的11件再审检察建议，法院再审后全部改判。全省各地还注意运用检察建议对法院在民事行政案件执行中存在的不当执行或违法执行行为进行监督。漳州市市、县（区）两级检察院全年共向法院发出执行监督检察建议34件，被采纳30件。惠安县检察院与法院达成将刑事附带民事判决列入再审检察建议对象以及加强工作协作的意见，相关经验材料被高检院转发。