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1993年，省检察院提出全省“要办案，办大案，抗一案，准一案”的工作思路。3月，省检察院在福州召开全省民行检察工作会议，根据全省各地办案经验总结出“五个主动精神”：主动协调检法两家关系，积极解决办案程序问题；主动办案，采取以再审建议方式移送法院或以执行和解直接结案，尽快体现办案成果；主动“进攻”，办好重点案件，从根本上解决判案不公问题；主动调研，解决工作进程中出现的新情况、新问题；主动参与综合治理，使之具有业务部门的特色。省检察院制定下发《关于贯彻最高人民检察院〈关于民事审判监督程序抗诉工作暂行规定〉和〈关于执行行政诉讼法第六十四条的暂行规定〉的实施意见》，规范民事、行政申诉案件的办理程序，统一法律文书格式及季报表，建立民事行政诉讼档案管理制度。4月，省检察院转发高检院民行厅《关于进一步加强民事行政检察工作的通知》，各地按通知要求切实加强抗诉工作。全省全年共受理民事行政申诉案件541件，立案审查121件，提出抗诉24件，法院再审改判4件，为当事人挽回直接经济损失544.86万元。在机构建设方面，漳州、莆田、南平、宁德等地区新成立业务机构8个，挂牌6个。三明有8个基层检察院民行科从控申、法纪检察部门中分设出来。全省77.7％的基层检察院成立民行业务机构，共63个。
  1994年，根据高检院民行厅提出福建要多办一些抗诉案件的要求，省检察院分组划片指导分、市检察院抓好办案工作，抓好三个环节，“三个一起抓”（即一审、二审生效的申诉案件一起抓；大案、小案一起抓；民事、经济、行政案件一起抓）。各地按省检察院要求，只要符合抗诉条件的申诉案件，都提出抗诉，并加快办案速度，加强个案指导，做到及时立案、及时审结、及时抗诉，把握好法定抗诉条件。全省各地主动理顺检察院、法院（以下简称“检法”）两家关系，改善执法环境，把监督工作引向深入。龙岩、福州、厦门、漳州、宁德、莆田等分、市检察院配合省检察院做好出席再审庭审工作，得到法院支持，提出抗诉的案件得到及时的审理和改判。龙岩、厦门检察机关主动向政法委、人大法工委汇报工作，提出加强民行工作法律监督建议，得到当地党委和人大常委会的肯定。12月，省检察院在龙岩市举办第三期全省民行检察干部培训班，对新调入的处、科长及干部进行业务培训。到年底，全省已建立民行检察业务机构达85个。全省全年共受理民行申诉案件504件，立案审查101件，提出抗诉41件，法院作出再审判决7件，全部获得改判。
  1995年，按照“两个突破，一个提高”（即在办理抗诉案件和徇私舞弊案件数量上有新的突破，全省民行检察干部素质有新的提高）的工作目标，省检察院加强对基层业务指导，全省按照办公场所、人员配备、办案数量的标准，确定福清、永安等25个基层检察院作为分、市检察院的指导联系示范点。25个示范点民行科全年共办理提请抗诉案件90件，占全省基层检察院办案总数的2/3。2月，省检察院在福州召开全省民行检察工作会议，研究解决全省民行检察工作中存在的突出问题以及如何开展示范点工作问题，并表彰先进集体及先进个人。12月，全省已成立民行检察业务机构86个，配备干部227人。全省全年共受理申诉案件712件，立案205件，提出抗诉82件，法院作出再审判决27件，其中改判20件。
  1996年，全省检察机关将该年作为“民行年”。各地在办理抗诉案件中，采取请示、汇报、联办等办法，加强办案指导，对决定不抗诉的案件，省检察院采取“请上来”、“走下去”的办法，与下级检察院共同分析不抗诉理由，总结如何把握抗诉条件。25个基层检察院发挥“示范点”作用，推动全省基层检察院办案工作的开展，并将抗诉书报送同级人大常委会备查，接受人大监督。1月，全省检察长会议召开，要求加强民行检察工作，积极推进严格执法。5月，省检察院制定《关于办理民事行政抗诉案件程序问题的几点意见》。6月，省检察院民行处向省检察院党组书面报告全国民行检察工作座谈会情况，并在7月召开全省民行检察工作座谈会，传达全国会议精神。8月底，宁德检察分院四个基层检察院成立民行科，至此，全省基层检察院全部完成民行业务机构的设立。12月，全省民行检察理论研讨会暨全省民行检察经验交流会在厦门召开。全省全年共受理民行申诉案件964件，立案335件，提出抗诉157件，法院作出再审判决60件，改判43件。
  1997年，民行检察工作思路为“抓基层、抓规范、抓协调”，围绕办理抗诉案件这个重心，把查办审判人员职务犯罪案件纳入民行检察工作中，抓好办案“三个基本环节”（即抓办案效率、抓办案质量、抓办案效果）。4月，全省民行检察工作会议在福州召开，传达全国部分省市民行检察工作座谈会精神，研究如何进一步做好全省民行检察工作。全省共受理申诉案件1400件，立案602件，提出抗诉321件，法院再审判决148件，改判99件。
  1998年，省检察院提出全省“执法监督工作要上新水平”的民行检察工作思路，明确“总体工作要有较大发展，且具有区域性特点”的工作目标。全省共受理民行申诉案件1628件，立案719件，提出抗诉386件，法院审结255件，其中改判157件。省检察院提请高检院抗诉3件，提出抗诉131件，办案数量居全国省级院第一。
  1999年，根据高检院制定的《人民检察院办理民事行政抗诉案件公开审查程序试行规则》，各地深化“检务公开”，试行办理抗诉案件公开审查程序，逐步做到立案公开、审查公开、结论公开。10月，高检院在福州召开全国检察机关民行抗诉案件公开审查现场会，总结推广福州市检察院作为全国试点单位取得的经验。11月，省检察院下发《关于充分发挥民事行政检察职能作用，依法保障国有企业合法权益的通知》，要求在实践中探索以国家原告的身份对涉及国有资产保护、侵害社会公共利益案件向法院提起民事、行政诉讼的途径。全省全年共立案民行申诉案件1215件，提出抗诉679件。法院作出再审判决240件，其中改判、发回重审、调解117件。
  2000年，各级检察机关以提高办案质量为重点，明确办案质量责任，进一步推动民行检察抗诉工作。福州、龙岩、泉州按照省检察院部署，试行主诉检察官办案责任制。各地加强业务规范化建设。漳州市检察院制定《人民检察院民事行政检察申诉案件办案规则（试行）》。惠安县检察院与法院在调卷、审级、审限、执行和解等问题上达成共识，共同出台《关于加强民事行政审判、检察工作协作配合的若干意见（试行）》。龙岩市检察院根据省检察院“关于积极探索利用检察职能防止国有资产流失有效途径”的要求，发挥民行检察职能，开展支持国有资产管理部门提起民事诉讼工作，办结三起国有资产流失案件。省检察院集中精力办理一批抗诉案件。寿宁县犀溪乡仙峰村95户消费者要求返还财产纠纷申诉一案，在当地影响大，省检察院及时提出抗诉后，再审法院予以改判，维护了95户农民的利益；对大田县矿产开发公司与江苏华西集团公司购销合同纠纷申诉一案，省检察院提出抗诉后得到改判，为申诉人挽回近80万元经济损失。12月，省检察院与省法学会、省律师协会联合召开民行检察监督研讨会，全省共53篇论文参加研讨，10篇获优秀论文奖。全省全年共立案审查1369件，提出抗诉529件，法院再审审结385件，改判、发回重审及调解212件。
  2001年，全省检察机关把抗诉作为民行监督的主渠道，突出办案重点，优先办理四类案件：涉及国家公共利益、国有资产流失的案件；因地方保护主义、部门保护主义导致错判的案件；媒体和人民群众关心的热点案件；审判人员徇私舞弊、枉法裁判的案件。全省组织学习高检院颁布的《人民检察院民事行政抗诉案件办案规则》，对办案流程、抗诉案件范围、审查方式、抗诉标准、结案方式等方面进行规范。全省加强再审出庭工作，强化抗诉案件的跟踪监督。厦门海发投资实业股份有限公司股票侵权纠纷41件系列申诉案，涉及38位申诉人，省检察院提出抗诉后，厦门市检察院做好出席再审法庭工作，与厦门市中级人民法院审判监督庭法官进行沟通，将案件全部作调解处理，为申诉人挽回经济损失20万余元。根据省检察院3月下发的《关于查报国有资产流失案件的通知》的要求，各地加强与国有资产管理局、房管局、土地局等单位联系，了解国有资产流失情况，排查相关线索，同法院进行沟通、协调，探索提起民事诉讼、支持起诉等监督新途径。4月，省检察院制定下发《福建省检察机关民事行政部门内勤工作规则》和《福建省检察机关民事行政案件立卷归档工作细则（试行）》，规范民行部门内勤及立卷归档工作。全省全年共受理申诉案件2445件，立案1061件，提出抗诉311件，法院审结438件，其中改判、发回重审、调解203件。
  2002年，各级检察机关以提高办案质量为重点，以规范办案为主线，强化民事审判、行政诉讼监督。1月，省检察院下发《福建省检察机关民事行政检察工作量化考核暂行办法》，加重办案质量在工作考评中的分量。9月，省检察院下发《福建省人民检察院关于受理民事行政申诉案件的若干规定》，规范申诉案件受理工作。全省坚持抗诉、息诉并举，对不符合抗诉条件的案件，与控申部门一起做好释法息诉工作，平息纠纷，维护社会稳定。如福州摩托车厂返还不当得利纠纷一案，申诉人不服检察机关决定，多次到省检察院申诉。省检察院在按申诉受理规定做好解释工作的同时，根据其请求调取的相关证据材料，均证明原判决正确，申诉人表示接受并服判息诉。全省全年共受理申诉案件2018件，立案审查878件，提出抗诉266件，法院再审审结217件，改变原判决113件。
  2003年，侵害国家和社会公共利益、因地方保护主义和部门保护主义导致错判、媒体和人民群众关心的热点和审判人员枉法裁判导致显失公平的案件，是全省检察机关抗诉工作重点。省检察院办理一批涉及国有资产利益的案件。厦门市检察院提请的一起借款合同纠纷案，省检察院抗诉后法院再审予以改判，为国家挽冋经济损失129万元。对宁德提请的16人与福鼎市康庄房地产开发公司房屋代建合同纠纷16件申诉案，省检察院抗诉后法院再审全部予以改判。全省检察机关立足保护国家和社会公共利益，稳步开展支持、提起民事诉讼试点工作。福州、泉州市检察院分别办理支持起诉4件、18件，为国家、集体挽回经济损失329万元和120万元。龙岩市检察院制定并贯彻实施《检察机关以民事起诉方式保护国有资产的意见》。3月，省检察院和省法院联合下发《关于办理民事、行政抗诉案件若干问题的意见》，对办理民行抗诉案件的审级、审限、调卷、开庭、检察建议等问题作出规定，弥补民行抗诉工作在立法上可操作性不强的缺陷，规范全省检法两家在办理民行抗诉案件中的协作配合机制。龙岩、泉州、三明、南平等地检察机关加强与同级法院的沟通联系，就民行抗诉工作等相关问题与法院达成共识。6月，省检察院汇编《民事行政检察工作实用手册》，下发指导各级民行部门。全省全年共受理申诉案件1739件，立案审查645件，提出抗诉144件，法院再审审结256件，改变原判决163件。
  2004年，按照“强化法律监督，维护公平正义”工作主题，各级检察机关加大对民事审判、行政诉讼的监督力度，加强民行检察工作宣传，扩大民行检察社会影响，有针对性地提高抗诉质量。福州市检察院实行案件质量评价机制，注意加强抗诉案件出庭工作和与再审法庭的沟通。厦门市检察院发挥专家咨询委员会在办理疑难案件中的“智库”作用。泉州市检察院提出“质量为先”的工作目标，确定2004年为民行抗诉案件综合评比年。莆田市检察院加强抗诉书的说理和其他文书的规范工作。同时，全省检察机关发挥民行检察法律监督职能，拓展监督领域。永安市检察院对一起因失火罪造成国家和集体财产损失案件提起附带民事诉讼，这是福建省检察机关首例依职权提起刑事附带民事诉讼案件，法院采纳了检察机关意见。泉州市鲤城区检察院针对一起因危险物品肇事罪造成公共财产损失的案件提起附带民事诉讼。7月，漳州市检察院与法院率先出台全省设区市检、法两家《办理民事、行政抗诉案件若干问题的意见》，建立受理案件互相通报、调阅案卷、个案再审检察建议、检察机关支持公益诉讼等制度。全省全年共受理申诉案件1828件，立案756件，提出抗诉164件。法院再审审结141件，其中改判、调解、撤销原判发回重审89件。
  2005年，各地坚持“立检为公、执法为民”，突出“强化法律监督，维护公平正义”工作主题，以抗诉书说理改革为切人点，提高案件质量，以全面推行抗诉案件会审制度，提高办案效率。5月，省检察院印发《民事行政检察法律文书说理要点》，指导抗诉书说理改革工作。6月，省检察院下发《关于加强业务指导的若干规定（试行）》和《关于加强办案管理的若干规定（试行）》，建立案件流程管理制度和案件集中会审制度，规范办案程序，改进业务指导工作的方法。7月，省检察院向省人大常委会作关于法律监督工作专题报告，省人大常委会对民行检察工作提出“当前和今后一段时期，要创造性地开展民事行政诉讼监督工作”的要求。12月，省检察院与省法院联合下发《关于进一步规范办理民事行政抗诉案件工作座谈会的纪要》，进一步规范调（借）阅案卷和再审检察建议工作，明确规定经人民法院复查维持的案件、审判委员会研究决定的案件以及行政案件等三类案件，检察院提出抗诉后，由受理抗诉的人民法院提审。全省全年共受理申诉案件1744件，立案734件，提出抗诉165件。法院再审审结98件，其中改判、调解、发回重审61件。