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1993年，为规范全省检察机关控告申诉检察部门办案程序和法律文书制作，省检察院控告申诉检察处向全省检察机关转发高检院《复查刑事申诉案件法律文书格式（样本）》、《人民检察院复查刑事申诉案件规定》。各级检察机关在办案中，坚持实事求是、有错必纠的原则，严格区分罪与非罪的界限，坚持全面复查，追究遗漏犯罪，做到不枉不纵。如古田县检察院控申科在复查该县一副乡长受贿免诉案时，发现申诉人于1988年从他人处所分得的7000元现金，确系其合伙做木材生意所得的利润款，虽属违纪行为，但尚不构成犯罪，随即撤销原免诉决定。三明市检察院办理的一起案件中，由于犯罪嫌疑人诬告申诉人同其合伙盗窃，大田县检察院以诬告陷害罪对犯罪嫌疑人作了免诉。申诉人不服，认为犯罪嫌疑人尚有其他盗窃未处理，经过调查发现犯罪嫌疑人有盗卖价值4万余元煤炭的新犯罪事实，决定撤销原免诉决定，依法向法院提起公诉，经过法院审理，对被告人作出有罪判决。全省全年共受理刑事申诉案件182件，办结149件。不服检察机关处理决定的刑事申诉案件181件，维持111件，纠正37件。其中复查不服免诉申诉案件151件，已结121件，维持89件，纠正32件。
  1994年，全省检察机关控申部门学习贯彻高检院新颁布的《人民检察院复查刑事申诉案件规定》，并举办全省控告申诉科（处）长培训班。各级检察院控告申诉部门在工作中坚持对申诉人负责，对法律负责，以事实为依据，以法律为准绳。厦门市检察院复查的—起不起诉决定案中，经复查得知原认定中的法医鉴定轻微伤存在问题，案件承办人查到被害人最原始的X光片后，会同公、检、法法医联合鉴定，并走访省检察院、省协和医院的专家，再次进行鉴定，最终作出轻伤的结论。据此检察院撤销原不起诉决定，依法向法院提起公诉，法院作出有罪判决。当年，全省共受理刑事申诉案件142件，其中属于不服检察机关处理决定的刑事申诉案件137件，不服法院生效的刑事判决、裁定的5件，依法纠正26件，向法院提出抗诉4件。
  1995年9月，全省刑事申诉案件法律文书评选工作会议在莆田市召开。全省全年共受理刑事申诉案件447件，立案复查135件，审查不立案175件，其中不服免诉105件，纠正27件，维持71件，依法向法院提起抗诉2件，改判1件。
  1996年，办理“两不一免”（不立案、不服法院生效判决裁定、免予起诉）的刑事申诉案件是全省检察机关控申部门办案工作重点。省检察院控告申诉检察处不仅加大复查刑事申诉案件的工作力度，而且加强对基层复查工作的指导，全年累计下基层300多天，先后组成4个办案小组深入龙岩、宁德、漳州、泉州等地现场调查取证。全省共受理刑事申诉案件181件，不服免诉142件，不服法院生效的刑事判决、裁定22件，立案130件，审查不立案51件，纠正42件，维持66件，抗诉7件。其中省检察院控告申诉检察处直接办理刑事申诉案件52件，经过复查，依法作出撤销原决定13件。省检察院还审查了分、市检察院上报的备案材料45件，并对其中存在定性、制作、格式等方面错误的及时提出纠正意见13件。
  1997年1月2日，针对少数检察机关不严格执行《人民检察院复查刑事申诉案件规定》的情况，省检察院控告申诉检察处转发高检院《关于复查刑事申诉案件有关问题的通知》，强调要统一思想认识，严格执法。4月24日，高检院刑事申诉复查和刑事赔偿工作座谈会在福州召开，会议着重对1995年以后复查刑事申诉案件和开展刑事赔偿工作的情况、问题进行研究总结，对控告申诉工作如何贯彻实施修改后的《刑事诉讼法》提出意见，并结合修改后的《刑事诉讼法》，对《人民检察院复查刑事申诉案件规定》进行修改讨论。
  1998年7月7日，省检察院控告检察申诉处转发高检院《检察院复查刑事申诉案件规定》，各地检察机关遵照执行。11月16日，省检察院向全省检察机关下发《关于加强刑事申诉案件复查工作的通知》，各级检察机关积极抓紧贯彻落实，结合全国检察机关深入开展教育整顿工作会议的精神，结合福建省实际，把复查案件、纠正错案作为加强法律监督一项重要措施和内容来抓。如省检察院复查的某县外贸公司职工因贪污罪不服法院判决—案，面对长达十年几经复查的申诉案件，承办人为了查清证据疑点远赴江苏大丰县偏僻的乡村寻找证人，省检察院依法提出再审意见后，省法院宣告被告人无罪。漳州市检察院根据省检察院的意见，组成复查组，对某县农业银行干部及其妻子不服检察机关不起诉决定申诉案进行全案复查，查明是一起错案后，撤销原不起诉决定，主动赔礼道歉，并责成该县检察院依照《国家赔偿法》有关规定，予以刑事赔偿。
  1997—1999年全省共受理刑事申诉案件938件，其中不服检察机关决定的刑事申诉368件，不服法院生效的刑事判决、裁定的申诉60件，已办结252件，其中立案复查195件。
  2000年6月12日，省检察院控告申诉检察处转发高检院《人民检察院刑事申诉案件公开审查程序规定（试行）》，并制定办案时限流程表，明确从受理、立案直到送达各个环节的时限。三明市某供销经理部某业务员因不服三明市检察院以投机倒把罪对其作免予起诉和没收财产决定，多次上访。三明市检察院复查后维持原决定，申诉人仍然不服。省检察院经过认真复查，认为原决定部分事实定性、适用法律不当，依法决定将没收不当的款项10.831万元和两台彩色电视机、一台录像机退还给申诉人。省检察院控告申诉检察处加强对刑事申诉案件公开审查制度执行的指导，不定期与设区市检察院联合召开刑事申诉案件公开听证会。各地也积极探索听证会外的公开审查形式，如座谈会、示证会、质证会等。省检察院于5月、8月分别在福州、三明主持召开一起申诉案公开审查听证会，组织所辖检察院控告申诉干部列席，以会代训，培训干部，各地也逐步开展试点工作。全省共受理刑事申诉案件506件。其中，不服检察机关处理决定的刑事申诉案件485件，立案复查113件，审查不立案40件。受理不服法院生效的刑事判决、裁定的申诉54件，立案2件，审查不立案6件。
  2001年3月6日，针对各地检察机关受理的各类刑事申诉案件中，不服免诉决定的申诉占很大比例的问题，省检察院控告申诉检察处转发高检院《关于复查免诉申诉案件有关问题的意见》，强调复查免诉案件应当严格依法办理，并对涉及当事人财产等相关问题，要根据不同情况积极稳妥地做好善后工作。各地检察机关注意发挥主动性，积极受理，依法复查，基本实现刑事申诉工作“由转到办”的转变。南平市检察院控告申诉检察处认真审查被害人不服光泽县检察院对犯罪嫌疑人作出的不起诉申诉案，提出纠正意见，经过检察委员会决定撤销不起诉决定，追究被不起诉人及同伙的刑事责任。全省全年共受理刑事申诉案案件501件，立案复查128件，审查不立案113件，作其他处理196件，依法纠正20件，维持108件，提起抗诉7件，复查息诉148件。
  2002年5月1日起，省检察院将刑事申诉检察工作从控告申诉检察业务中分离出来，成立刑事申诉检察处。全省各地成立以主管检察长为组长的清理积压刑事申诉案件工作领导小组，由刑事申诉检察部门具体抓，有关业务部门积极配合。全省共清理办结积压管辖内刑事申诉案件40件。其中，县级检察院12件，设区的市级检察院25件，省检察院3件。省检察院在三明、南平分别召开两场听证会，对一起贪污案和一起徇私舞弊案进行公开审查，通过公开质证、辩论，两个申诉人均表示接受维持原决定，不再申诉。全省全年共受理刑事申诉案件541件，立案复查136件，维持121件，纠正15件，作审查处理229件。
  2003年，全省检察机关刑事申诉（控申）检察部门坚持实体监督与程序监督相结合，抓办案、抓改革、抓制度和队伍建设。突出重点，强化措施，积极开展不服法院生效刑事判决、裁定申诉案件专项清理工作。根据高检院的部署，全省检察机关开展服刑人员申诉专项清理工作，并学习贯彻高检院《关于调整服刑人员刑事申诉案件管辖通知》、《关于开展超期羁押和服刑人员申诉专项清理工作的通知》、《关于做好专项清理工作加大对不服法院生效刑事判决裁定申诉案件办理力度的通知》、《关于不服同级法院生效刑事判决裁定申诉案件办理程序的答复》和《人民检察院办理交办控告申诉案件暂行规定》等文件。省检察院结合福建省实际制定下发《开展专项清理工作加大对不服法院生效刑事判决裁定申诉案件办理力度的实施方案》，明确专项清理工作指导思想和目标，确定工作范围和重点。全省全年共清理和受理服刑人员刑事申诉案件115件，立案复查23件，提出抗诉意见2件，作审查处理81件。清理和受理刑满释放人员申诉案件27件，立案复查6件，作审查处理18件。清理和受理被害人申诉案件40件，立案复查11件，作审查处理25件。受理不服检察机关处理的刑事申诉案件110件，立案复查76件，作审查处理34件。省检察院申诉处共办理高检、省政法委和省检察院领导交办件7件，对其中4件，由处领导带队，深入基层，督促办理。
  2004年，根据高检院《关于开展不起诉案件专项复查活动的通知》要求，省检察院制定下发《福建省人民检察院开展不起诉案件专项复查活动实施方案》，成立专项复查领导小组，并组成复查小组，确定不起诉案件专项复查的重点地区和重点案件，深入案件数量较多的基层检察院集中阅卷审查，对有争议的案件进行调卷复查，加强对基层检察院复查工作的指导和信息反馈。全省共清理2003年不起诉案件1026件1388人。其中，公安机关移送793件1088人，检察机关自侦233件300人，绝对不诉107人，相对不诉742人，存疑不诉539人。在清理的案件中被不起诉人申诉20件，被害人申诉57件，公安机关提请复议15件。经审查已经作出纠正的有33件。其中，当事人提出申诉的7件，公诉部门自行纠正的26件。各级检察机关在复查中注重严把事实、证据、法律关，坚持与申诉人“两见面”制度（即承办人在办案过程中要与申诉人、被申诉人见面，与原审法官、律师代理人沟通，充分听取各方陈述意见）。全省共立案复查不服检察机关处理的刑事申诉案件72件，改变原处理决定15件，作维持决定的49件。立案复查不服法院生效的刑事判决、裁定申诉83件，提出抗诉意见2件，提出再审建议5件，法院已改判2件。4月20日，为规范不服法院生效刑事判决裁定申诉案件的复查工作，省检察院制定下发《复查不服刑事判决、裁定申诉案件办案细则（试行）》，要求对不服法院生效刑事判决裁定需要按照审判监督程序抗诉的，由刑事申诉检察部门出庭支持公诉。
  2005年，为贯彻《全省检察机关开展“规范执法行为，促进执法公正”专题整改活动实施方案》的工作部署，全省刑事申诉检察部门查找和解决当前控告申诉检察业务工作和队伍建设中存在的突出问题，解决群众反映强烈的突出问题，省检察院刑事申诉检察处会同控告检察处制定具体实施意见。在专项整改活动中，各级检察机关重视加强完善各项办案制度和管理制度的制订和执行落实工作，着重在办理案件权利与责任的定位、办案期限以及决定的执行等制度、规定的建立、健全上下功夫。省检察院刑事申诉检察处制定《不服人民检察院处理决定的刑事申诉案件办案流程》、《不服人民法院生效的刑事判决、裁定申诉案件流程》、《交办案件办理流程》等四个办案流程，下发全省执行。根据高检院《关于对不服检察机关处理决定的申诉案件办理情况开展质量检查活动的通知》，各地把开展质量检查活动作为专项整改活动的重要载体，加强领导，精心组织，强化措施，有步骤、分阶段地开展不服检察机关处理决定的申诉案件质量检查，共复查2004年度不服检察机关自侦案件作不起诉的申诉案件9件9人，维持原不起诉决定4件4人，相对不起诉改绝对不起诉2件2人，撤销不起诉决定的3件3人。各级检察机关通过对不服自侦案件作不起诉的申诉案件的质量检查，清理纠正不起诉处理错误的案件，总结分析自侦案件在侦查、批捕、起诉和申诉复查等环节上存在的问题和原因并提出相应的整改意见，有效推进全省刑事申诉检察工作的发展。龙岩市检察院注重完善和丰富监督方式，提高监督水平，通过复查不服法院生效刑事裁判申诉案件，不仅查清原审案件存在的错误，而且发现原案办理中职务犯罪的线索并移送给专案组，经专案组进一步调查，对涉嫌职务犯罪的法院系统、公安系统原承办人分别立案侦查4件，对涉嫌非法买卖爆炸物品犯罪移送公安机关立案侦查5件。全省全年共受理不服检察机关处理决定的刑事申诉案件85件，立案复查51件，审查处理14件。受理不服法院生效刑事判决、裁定申诉案件182件，立案复查24件，审查处理59件，提出抗诉6件，法院改判3件。