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1993年，全省检察机关贯彻落实中央关于推进反腐败斗争的部署要求，依法履行法律监督职责，加强查办渎职侵权犯罪工作，重点查办徇私舞弊、玩忽职守、刑讯逼供、非法拘禁、重大责任事故五类案件。在办案过程中按照“一要坚决，二要慎重，务必搞准”的原则，严格区分罪与非罪的界限，提升执法效果。各级检察院按照省检察院的部署要求，检察长带头抓办案，定期听取办案工作情况汇报，强化对查办重大复杂案件的组织指挥，保障办案所需的人员、经费、物资、装备，推进办案工作。省检察院和各分、市检察院派员督办、参办基层检察院查办有困难的重大复杂案件30件。11月，省检察院在福州市举办渎职侵权检察工作回顾展，宣传检察机关查办渎职侵权犯罪的职能作用、管辖范围、办案成效和举报电话，增进社会各界对检察工作的了解，发动人民群众支持检察机关依法查办渎职侵权犯罪案件。全省各级检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件433件593人。其中，针对一些司法人员徇私舞弊、渎职失职、刑讯逼供的问题，查办司法人员渎职侵权犯罪案件33件，包括南安市检察院查办的南安市公安局3名干警涉嫌刑讯逼供致人死亡案和建阳县检察院查办的建阳县公安局民警涉嫌刑讯逼供致人死亡案。针对城乡经济发展过程中，经济合同或债务纠纷增多，一些人员为逼还债款非法扣押人质的问题，查办非法拘禁案件145件，解救人质100多人。针对一些单位和人员忽视安全管理，违章操作，导致发生重大责任事故的问题，查办重大责任事故案件150件。针对个别地方县、乡两级人大换届选举中出现威胁选民、涂改选票、捣乱会场的问题，查办破坏选举案件3件。
  1994年，各级检察机关以查办徇私舞弊犯罪案件为重点，带动其他案件的查办，推动渎职侵权检察工作开展。6月和8月，省检察院先后召开全省检察机关查办徇私舞弊犯罪问题研讨会和侦查工作经验交流会，总结分析徇私舞弊犯罪的特点和规律，交流查办案件的经验，研究部署推进查办徇私舞弊等渎职侵权犯罪的意见和措施。省检察院将省内外查办徇私舞弊犯罪的典型案例汇编成册，印发给各级检察机关参考借鉴。全省检察机关围绕办案工作重点，结合当地实际，深入问题比较突出、群众反映强烈的领域排查线索，强化初查和侦查工作，依法查办一批渎职侵权犯罪案件。省检察院和各分、市检察院定期分析通报各地办案情况，开展分类指导，对重大复杂案件挂牌督办、派员参办。全省全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件472件631人。其中，查办重特大案件45件，查办涉嫌犯罪的县处级干部4人。所查案件中，徇私舞弊、玩忽职守、刑讯逼供、非法拘禁、重大责任事故五类重点案件399件，包括莆田市检察院查办莆田市政法委副书记涉嫌非法拘禁案、厦门市检察院查办厦门市公安局滨北派出所4名民警涉嫌刑讯逼供致人死亡案。各级检察院针对经济交往和商贸活动中，因合同、债务纠纷引发的非法拘禁案件较多的问题，加大查办非法拘禁案件的力度，并注意及时解救人质。省检察院和福州市郊区检察院在查办一起涉嫌非法拘禁案过程中，由省检察院法纪处领导带队前往云南，成功解救了一名被非法扣押长达一年零九个月的儿童。
  1995年2月，省检察院召开全省检察长工作会议，就查办徇私舞弊犯罪作出专题部署。6月，省检察院又召开查办渎职侵权案件侦查工作会议，总结上半年查办徇私舞弊等渎职侵权犯罪案件情况，分析工作中存在的问题，研究部署推进办案工作的意见和措施。7月，省检察院向省人大常委会专题汇报查办徇私舞弊犯罪案件情况。各级检察院检察长加强对查办徇私舞弊犯罪工作的领导，切实把查办徇私舞弊犯罪案件作为反腐败的重中之重来抓，推动渎职侵权检察工作开展。全省检察机关按照省检察院的部署要求，开展法制宣传，发动群众举报，并定期召开法纪、刑检、反贪、监所、民行、林检、控申等业务部门负责人联席会议，加强相关业务部门之间的配合协作，从诉讼活动中的不正常、不正当现象背后，深挖严查徇私舞弊犯罪案件。省检察院和各分、市检察院定期检查、通报各地办案情况，总结推广办案工作开展较好地方的经验做法，对办案工作进展缓慢的地方进行重点帮促，并挂牌督办，派员参办重大复杂案件96件。全省检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件590件750人，其中查办重特大案件62件，查办涉嫌犯罪的县处级干部7人。通过办案挽回经济损失1100多万元。所查案件中，徇私舞弊案件121件，玩忽职守案件60件，刑讯逼供案件7件，非法拘禁案件151件，重大责任事故案件170件。其中包括泉州市检察院查办泉州消防支队支队长涉嫌徇私舞弊案，宁德地区分院查办屏南县委常委、纪委书记兼公安局局长涉嫌徇私舞弊案等影响较大的案件。
  1996年，各地加强对国家机关及国家机关工作人员的监督，重点查办党政机关、司法机关、行政执法机关和经济管理部门人员渎职侵权犯罪案件。省检察院发挥带头作用，在自行立案查办一起重大案件的同时，派员帮助下级检察机关查办案件10件。各分、市检察院加强对下级检察机关办案工作的分类指导，对受理线索较少的地方，帮助拓宽侦查视野，排查案件线索；对办案力量不足、办案能力较弱的地方，派出侦查骨干，帮助攻坚突破；对办案干扰阻力较大的地方，视情况挂牌督办或异地交办，帮助排除干扰阻力。同时，全省各级检察机关主动向党委和人大常委会报告工作。泉州市检察院两次向泉州市人大常委会专题汇报渎职侵权检察工作，泉州市人大常委会专门组织检查组到南安、惠安、德化等地检察机关开展检查渎职侵权检察工作情况，就进一步加强渎职侵权检察工作提出意见和建议。全省检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件502件635人。其中，查办重特大案件65件，查办涉嫌犯罪的县处级干部2人。所查案件中，徇私舞弊、玩忽职守、刑讯逼供、非法拘禁、重大责任事故五类重点案件425件。涉案犯罪嫌疑人中，党政机关、司法机关、行政执法机关和经济管理部门人员131人。其中包括漳州市检察院和南靖县检察院查办的南靖县公安局局长等4人涉嫌徇私舞弊案、龙岩市检察院查办的龙岩矿务公安分局局长等5人涉嫌徇私舞弊案等影响较大的案件。
  1997年，《刑法》和《刑事诉讼法》修订施行后，检察机关管辖的渎职侵权犯罪案件范围由国家工作人员渎职犯罪，检察院直接受理的侵犯公民民主权利、人身权利犯罪，重大责任事故犯罪案件，变更为国家机关工作人员渎职犯罪，国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪案件。全省检察机关针对这种情况，调整工作部署，把查办国家机关工作人员滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊和侵权犯罪案件作为工作的重点，组织全体检察人员学习修改后的《刑法》和《刑事诉讼法》，领会立法修改的精神实质，掌握新增罪名的犯罪构成要件，并采取开展法律咨询、在新闻媒体刊登宣传报道文章、发放宣传资料等方法，宣传修改后的《刑法》和《刑事诉讼法》以及检察机关的职能作用和举报电话，动员社会各界支持检察机关查办渎职侵权犯罪案件。各级检察院检察长加强对查办渎职侵权犯罪工作的领导，强化对办案工作的组织、指挥和协调。全省检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件418件520人，通过办案为国家挽回经济损失550多万元。其中，查办重特大案件118件，查办涉嫌犯罪的县处级干部7人。所查案件中，徇私舞弊案件71件，玩忽职守案件162件，非法拘禁案件58件，刑讯逼供案件8件，破坏选举案件2件。涉案犯罪嫌疑人中，党政机关、司法机关、行政执法机关和经济管理部门人员198人。其中，包括龙岩市检察院查办龙岩市消防支队政治处主任涉嫌徇私舞弊案，福州市检察机关查办福州市马尾区公安分局刑警大队大队长等7人涉嫌刑讯逼供案等影响较大的案件。
  1998年，按照“精读两法，强化素质，练好内功”的要求，全省检察机关组织全体检察人员深入学习修改后的《刑法》和《刑事诉讼法》，掌握新增罪名的犯罪构成要件，加大查办新罪名、新领域案件力度。省检察院举办学习修改后《刑法》和《刑事诉讼法》培训班，编发《刑法“402”与行政执法》、《渎职侵权案件立案标准（讨论稿）》等学习资料，帮助干警提高业务素质。各级检察机关开展队伍教育整顿活动，查找执法思想、执法行为和执法作风中存在的问题和不足，有针对性地加以整改，端正执法思想，规范执法行为，改进执法作风，提升执法效果。全省检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件121件121人。其中，滥用职权案6件，玩忽职守案26件，失职致使在押人员脱逃案10件，国家机关工作人员签订、履行合同失职被骗案3件，徇私舞弊案28件，徇私枉法案12件，民事、行政枉法裁判案5件，徇私舞弊不移交刑事案、放纵走私案、故意泄露国家秘密案各1件，非法拘禁案9件，刑讯逼供案8件，虐待被监管人案3件，国家机关工作人员利用职权实施的其他重大犯罪案件8件。
  1999年，各级检察院重视渎职侵权检察工作，把组织查办渎职侵权犯罪案件作为履行职责的重要内容。上级检察机关加强业务指导，支持下级检察机关依法办案。9月，《人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定（试行）》颁布施行后，全省检察机关组织检察人员学习立案标准，掌握渎职侵权犯罪的构成要件和立案标准，严格区分罪与非罪、此罪与彼罪的界限，提高办案能力。省检察院在中央和省委的领导下，对厦门远华特大走私案件背后的渎职犯罪问题开展调查，先后立案查办了一批有重大影响的放纵走私、受贿、滥用职权案。全省检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件87件87人。其中，滥用职权案12件，玩忽职守案22件，失职致使在押人员脱逃案4件，徇私舞弊案4件，徇私枉法案10件，民事、行政枉法裁判案2件，徇私舞弊不征、少征税款案1件，违法发放林木采伐许可证案2件，私放在押人员案1件，非法拘禁案12件，非法搜查案2件，刑讯逼供案3件，虐待被监管人案4件，国家机关工作人员利用职权实施的其他重大犯罪案件8件。
  2000年，根据省检察院《关于进一步加强渎职侵权检察工作的意见》，全省各级检察机关贯彻落实《最高人民检察院关于加强渎职侵权检察工作的决定》，在加大办案力度、完善工作机制、规范执法行为、加强队伍建设上下功夫，推动渎职侵权检察工作开展。省检察院针对《刑法》和《刑事诉讼法》修改后，一些地方对新罪名、新领域案件不熟悉，一些基层检察院查办案件较少，甚至整年未查办渎职侵权犯罪案件，以及个别地方立案把关不严、执法不规范等问题，编写《渎职侵权犯罪案件罪名与立案标准》、《渎职侵权案例汇编与适用指导》等业务书籍，引导各级检察机关研究分析渎职侵权犯罪，特别是新罪名、新领域案件的特点和规律。组织开展办案“空白”问题专题调研，派员到1999年未查办渎职侵权犯罪案件的基层检察院开展调研，帮助查找工作中存在的问题和不足，研究加强和改进工作的措施。开展渎职侵权案件执法检查活动，对1999—2000年立案的案件特别是撤案和不起诉案件进行检查，针对检查中发现的问题，制定《渎职侵权案件报告、请示和备案审查制度》，加强对基层检察院办案工作的指导和监督，促进办案工作规范开展。福州、三明、龙岩、南平、宁德等地分别建立渎职侵权检察工作考评制度，对查办案件、规范执法、信息调研、队伍建设等工作进行考评。全省检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件156件179人，其中重特大案件45件，新罪名、新领域案件70）件。涉案犯罪嫌疑人中，司法人员65人，行政执法人员41人。省检察院组织查办涉嫌犯罪的厅级干部1人、县处级干部2人。通过办案，为国家挽回经济损失1300多万元。
  2001年，按照贯彻落实中央和高检院关于开展“严打”整治斗争的部署要求，各级检察机关依法查办国家机关工作人员充当黑恶势力“保护伞”犯罪案件，以及行政执法人员打假护假、打私放私、以罚代刑、徇私舞弊不移交刑事案件等与破坏社会主义市场经济秩序犯罪相关联的渎职犯罪案件。各级检察院加强与相关执法部门的联系协作，对重大复杂的涉黑涉恶案件和破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件联合挂牌督办，先后查办了顺昌县公安局副局长涉嫌徇私枉法案、闽侯县公安局祥谦派出所所长涉嫌帮助犯罪分子逃避处罚案等国家机关工作人员充当黑恶势力“保护伞”犯罪案件5件5人，以及与破坏社会主义市场经济秩序犯罪相关联的渎职犯罪案件33件。全省检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件191件217人。其中，查办重特大案件57件，查办涉嫌犯罪的县处级干部3人。所查案件中，新罪名、新领域案件99件。涉案犯罪嫌疑人中，司法人员77人，行政执法人员59人。
  2002年5月，全省检察机关渎职侵权检察部门由法纪处（科）更名为渎职侵权检察处（科）。6月，省检察院召开全省检察机关职务犯罪侦查工作会议，学习贯彻全国检察机关职务犯罪侦查工作会议精神，总结回顾自2000年起全省检察机关查办渎职侵权、贪污贿赂等职务犯罪案件情况，就加强和改进查办职务犯罪工作进行再动员、再部署。全省检察机关按照省检察院的部署要求，开展查办黑恶势力“保护伞”案件专项行动，在配合公安机关严查涉黑涉恶犯罪案件的同时，依法查办国家机关工作人员充当黑恶势力“保护伞”犯罪案件，以及与破坏社会主义市场经济秩序犯罪相关联的渎职犯罪案件。开展清理积压线索、清理久侦不结案件和案件质量大检查专项行动，对2000年以后久查不结、久侦不结以及撤案、不起诉案件进行逐一检查，查找工作中存在的问题和不足，并有针对性地建立健全案件线索管理、办案期限监督、撤案和不起诉案件复审及案件质量考评制度。省检察院建立全省检察机关渎职侵权检察部门“二级侦查人才库”，并组织漳州和龙岩两市检察机关开展主任侦查检察官办案责任制试点工作，按照“政治坚定、业务精通、作风扎实”的要求，培养选拔一批侦查业务骨干。全省检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件155件159人。其中，查办重特大案件46件，查办涉嫌犯罪的县处级干部4人。所查案件中，黑恶势力“保护伞”犯罪案件7件，与破坏社会主义市场经济秩序犯罪相关联的渎职犯罪案件32件，重大责任事故背后的渎职犯罪案件12件，新罪名、新领域案件58件。涉案犯罪嫌疑人中，司法人员58人，行政执法人员53人。
  2003年1月，省检察院召开全省检察机关渎职侵权检察工作座谈会，总结查办渎职侵权犯罪案件，特别是查办司法和行政执法人员渎职侵权犯罪案件的情况和经验，研究部署渎职侵权检察工作加强和改进的具体措施和办法。全省检察机关突出办案重点，依法严肃查办司法和行政执法人员渎职侵权犯罪案件。完善工作机制，提高发现线索、突破案件和证实犯罪的能力。加强内合外联，提高惩治和预防渎职侵权犯罪的整体合力。10月，省检察院召开全省检察机关查办职务犯罪案件工作会议，学习贯彻全国检察机关查办职务犯罪案件工作会议精神，就加强查办渎职侵权等职务犯罪工作进行再动员、再部署。省检察院选择一批重特大案件挂牌督办，并多次派员到基层进行面对面指导，帮助下级检察机关解决办案中遇到的困难和问题。制定下发《福建省检察机关渎职侵权检察部门内勤与综合指导工作细则》、《主要法律文书和工作文书格式（样本）》，就线索管理、备案审查、撤案和不起诉案件复审、案件报告与请示、文书制作等进行规范。各设区市检察机关在带头查办案件的同时，发挥主体作用，加强对办案工作的组织协调、分类指导和审查把关，带动基层办案工作开展。全省检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件161件166人。其中，查办重特大案件35件，查办涉嫌犯罪的县处级干部5人。所查案件中，黑恶势力“保护伞”犯罪案件6件，重大责任事故背后的渎职犯罪案件15件，新罪名、新领域案件81件。涉案犯罪嫌疑人中，司法人员74人，行政执法人员55人。先后查办了三明市烟草专卖局局长涉嫌滥用职权、贪污、受贿、挪用公款1亿多元案，三明市国税局副局长涉嫌滥用职权、贪污、受贿案，南安市翔云镇党委委员、武装部部长联合翔云镇企业办干部涉嫌非法拘禁致人死亡案，闽侯县“7·31”烟花爆炸案背后的渎职犯罪案件等一批社会影响较大的案件。
  2004年3月，省检察院召开全省检察机关查办和预防职务犯罪工作会议，研究部署加强查办和预防渎职侵权等职务犯罪工作的意见和措施。5月，根据省检察院制定下发的《关于认真开展严肃查办国家机关工作人员利用职权侵犯人权犯罪案件专项活动的通知》，全省检察机关开展严肃查办国家机关工作人员利用职权侵犯人权犯罪案件专项活动，加大查办国家机关工作人员利用职权侵犯人权犯罪案件力度。针对开展专项活动中发现的问题，省检察院向高检院报送《查办侵犯人权犯罪案件“瓶颈”问题及措施》专题报告。8月，根据省检察院制定下发的《关于深入推进整合侦查资源机制探索的意见》，各级检察机关从整体上认识和把握检察职能作用，推进整合侦查资源机制探索，建立健全侦查一体化工作机制，加强对线索的统一管理、统一指挥侦查工作，整合侦查资源。省检察院与17家省直司法和行政执法机关召开预防国家机关工作人员渎职侵权犯罪座谈会，推动相关部门在系统内开展渎职侵权犯罪预防工作。各级检察院检察长带头抓办案，加强初查和侦查工作，依法查办一批侵犯人权犯罪案件，推动办案工作开展。全省检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件160件181人。其中，查办重特大案件42件，查办涉嫌犯罪的县处级干部6人。所查案件中，国家机关工作人员利用职权侵犯人权犯罪案件58件，重大责任事故背后的渎职犯罪案件11件，新罪名、新领域案件66件。涉案犯罪嫌疑人中，司法人员73人，行政执法人员52人。查办了一些影响较大的案件。如宁德市检察机关针对少数国家机关工作人员渎职失职，致使伪劣奶粉流入市场，严重危害人民群众生命健康的问题，查办卫生、质监等行政执法部门人员渎职失职犯罪案件5件6人。莆田市检察机关从一起交通肇事案背后，发现一些司法人员贪赃枉法、颠倒黑白导致发生错案的问题，从中立案查办仙游县检察院检察长等5名公安、检察人员涉嫌徇私枉法、受贿行为。宁德市检察机关从周宁县公安局副局长强奸、妨害作证案重罪轻判问题背后，查办该县人民法院刑庭庭长等3名公安、审判人员徇私枉法案。南平市检察院查办南平市粮食局局长滥用职权案。
  2005年4月，省检察院召开全省检察机关查办和预防职务犯罪工作会议，研究部署加强查办和预防渎职侵权等职务犯罪工作的意见和措施。5月，省检察院又分片召开全省检察机关渎职侵权检察工作座谈会，总结分析查办渎职侵权犯罪案件情况，就加强渎职侵权检察工作进行再动员、再部署。7月，根据省检察院制定下发的《关于开展集中查办破坏社会主义市场经济秩序渎职犯罪专项工作的实施方案》，全省检察机关在依法查办国家机关工作人员利用职权侵犯人权犯罪案件的同时，开展集中查办破坏社会主义市场经济秩序渎职犯罪专项工作。省检察院与21家省直司法和行政执法机关召开座谈会，通报开展集中查办破坏社会主义市场经济秩序渎职犯罪专项工作情况，争取相关主管部门的支持。召开专项工作研讨会，总结分析《破坏社会主义市场经济秩序渎职犯罪的八种主要表现形式》，引导各地把握专项工作的重点和方向。编写《查办和预防破坏社会主义市场经济秩序犯罪适用指南》业务指导用书，组织干警学习相关法律法规，提高办案能力和水平。编发《专项工作简报》13期、《渎职侵权案例交流》8期，总结推广查办案件的经验、做法及典型案例，供各地参考借鉴；围绕专项工作重点，到问题比较突出、群众反映强烈的系统和领域排查线索，强化初查和侦查工作，依法查办一批专项工作重点案件。10月，全省检察机关渎职侵权检察部门更名为反渎职侵权局。全省检察机关全年共立案侦查渎职侵权犯罪案件158件192人。其中，查办重特大案件36件，查办涉嫌犯罪的县处级干部3人。所查案件中，国家机关工作人员利用职权侵犯人权犯罪案件28件，破坏社会主义市场经济秩序渎职犯罪案件85件，重大责任事故背后的渎职犯罪案件6件。涉案犯罪嫌疑人中，司法人员80人，行政执法人员67人。查办了厦门市鼓浪屿区财政局局长玩忽职守造成国家损失900多万元案，松溪县公安局局长滥用职权、贪污、受贿案，霞浦县公安局刑警大队副大队长等5人刑讯逼供致人重伤案等一批社会影响较大的案件。各级检察院在加大办案力度的同时，认真贯彻落实高检院《关于省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作撤销案件、不起诉决定报上一级人民检察院批准的规定（试行）》和《人民检察院讯问职务犯罪嫌疑人实行全程同步录音录像的规定（试行）》，建立健全撤案和不起诉案件报批、讯问职务犯罪嫌疑人全程同步录音录像制度，加强对自身执法活动的监督。