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1993年，全省检察机关贯彻高检院“严格执法、狠抓办案”工作方针，以“一机关三部门”为重点，突出查办贪污贿赂大案要案。全年立案侦查贪污贿赂类案件1876件，其中万元以上大案1119件，要案51件，厅级干部5人，立贪污案485件。全省检察机关反贪部门根据高检院《关于在元旦春节期间集中组织追捕逃犯的通知》精神，首次在全省范围组织集中追逃行动，共抓获逃犯61名，成功引渡一名贪污60余万元后潜逃到汤加等地的犯罪嫌疑人。
  1994年，为配合实施《中华人民共和国公司法》，部分侵占公司财产案件也由检察机关负责查处。全省检察机关反贪部门围绕“抓住机遇，深化改革，扩大开放，促进发展，保持稳定”大局，继续贯彻“严格执法、狠抓办案”的工作方针，进一步加大办案力度，全年立案侦查贪污贿赂类案件2269件，其中贪污案568件。查办要案方面，共立案侦查县处级以上干部犯罪案件73件，其中厅级干部2件。查办一批重特大案，百万元以上18件，犯罪总金额达1.6亿元，涉案金额突破千万元的2件。查办一批新型犯罪，如查办一些破坏国有企业转换机制、侵吞国有资产、损公肥私的“蛀虫”，全省共立此类案件492件，其中贪污案143件。配合整顿金融秩序，查办以贷谋私案件160件，涉及各专业金融机构。配合税制改革，查处涉税案件292件，挽回损失1284万余元。查办一批农村干部利用改革开放中出现的漏洞进行犯罪的案件共245件，涉及农村干部328人。1995年，全省检察机关反贪部门传达贯彻高检院《关于在反腐败斗争中进一步抓紧查办大案要案工作的通知》精神，结合张思卿检察长关于深入查办大要案的七个方面意见，集中力量查办大案要案。各级检察院反贪部门主动加强上下级的协调、联系与合作，发挥侦查上的整体优势，突破一批疑难案件，立案查处了多起大案要案。全年立案侦查贪污贿赂类案件2393件，其中贪污案580件。查办要案方面，共立案侦查县处级以上干部犯罪73件，厅级以上干部犯罪4件。全省检察机关反贪部门注意研究市场建立和运作过程中出现的问题，深入税收、金融证券、国有企业、房地产开发、土地批租、引资合资等领域查办经济犯罪，查办了包括89名厂长、经理在内的国有企业改革过程中化公为私、侵吞国有资产犯罪案件605件，查处了农村基层干部利用土地开发、旧城改造、先行工程、企业发包等进行贪污、贿赂案件273件。
  1996年，修订后的《刑事诉讼法》对检察机关自行侦查案件的范围进行调整，偷税、漏税、假冒注册商标等侵犯知识产权犯罪案件和非国家工作人员职务犯罪案件不再由检察机关直接受理。全省检察机关反贪部门立案查处贪污贿赂等经济犯罪案件1995件，其中贪污案461件，追回赃款赃物总值1.24亿元。查处万元以上大案1680件，占立案总数的84.2％，要案41件。
  1997年，修订后的《刑事诉讼法》和《刑法》开始全面实施。全省检察机关反贪部门立案查处贪污贿赂等经济犯罪案件2082件，其中贪污案660件，通过办案挽回直接经济损失1.44亿余元。查办了一批现职党政领导干部和国有企事业单位工作人员的经济犯罪要案。
  1998年是检察机关的教育整顿年。在高检院的统一部署下，全省检察机关反贪部门开展以端正执法作风、切实履行检察职能为主题的集中队伍教育整顿活动，历时一年。从这年起，由于管辖范围调整等原因，全省反贪部门每年立案数从原来的2000多件下降至10〇〇件左右。这一年全年立案1033件，其中贪污案389件。涉案犯罪总金额1.33亿元，通过办案为国家挽回直接经济损失6015.2万元。在办案中，集中查办了一批数额特别巨大的经济犯罪大案、国有企事业单位和农村基层干部犯罪案件。
  1999年，全省检察机关反贪部门落实党的“十五大”确定的反腐败领导体制，加强同纪检监察、公安、法院、审计等部门的协调配合，全年立案侦查贪污贿赂犯罪案件1073件1218人，其中贪污案385件，通过办案为国家挽回经济损失1.84亿元。同时配合中纪委牵头中央各职能部门办理厦门远华特大走私案，反贪部门从中立案58人。查办要案及重特大案件工作取得突出成效，查处县处级以上领导干部要案51件53人，其中厅级要案5件5人。有计划有步骤地查办了一批危害改革实施的职务犯罪案件。如配合整顿金融秩序，依法查办发生在银行、证券、保险等金融系统的案件101件。配合国有企业改革和发展，查办发生在国有企业中的案件304件。全省检察机关反贪部门通过研究某一行业的发案规律，发现和查办窝串案，分别在粮食、卫生、工商、教育等系统查办了一批窝串案件。如泉州市、县（区）两级检察院反贪部门从全市医疗系统先后深挖出贪污贿赂等职务犯罪案件35件37人。
  2000年，省检察院反贪局制定下发《全省反贪工作百分制考评标准》，从案件侦查、综合指导、预防犯罪、队伍建设四个方面细化出55个具体项目，定出考评标准，对全年的反贪工作进行全面考评。省检察院根据高检院关于加强反贪污贿赂工作一体化机制组织领导的指示精神，成立了职务犯罪大要案侦查指挥中心。指挥中心办公室作为指挥中心的日常办事机构，设在省检察院反贪局内。全省九个设区市检察院也相继成立了类似机构。全省共立案侦查贪污贿赂案件1180件1293人，涉案总金额3.1亿元，为国家挽回经济损失2.34亿元，立贪污案462件。反贪部门本着围绕大局、立足本职的方针，以查办“4·20”案件为“龙头”，先后从“4·20”案件中立案98件101人，其中要案46件，百万元以上案件21件。各地反贪部门在抽调部分办案骨干参办“4·20”专案的同时，注意因势利导地激发群众的举报热情，利用专案牵出的线索和暴露出来的行业及部门犯罪规律，相继在本地查办了一批大案要案。
  2001年，高检院首次和公安部联合在全国开展集中追捕在逃职务犯罪嫌疑人专项行动。全省检察机关全年共立案侦查贪污贿赂类犯罪案件1076件1208人，涉案总金额达2.78亿元，其中贪污案件365件438人。4月，中央作出开展“严打”整治斗争的重大决策，全省检察机关反贪部门贯彻落实中央、省委以及高检院、省检察院的工作部署，重点查办了一批与黑恶势力犯罪和破坏经济秩序犯罪相关联的贪污贿赂等职务犯罪案件，共查处充当黑恶势力“后台”、“保护伞”的职务犯罪案件30件30人，查处与制假贩假、走私等经济犯罪相关联的职务犯罪案件31件35人。其中，福州市检察院从闽侯县一起黑社会性质组织犯罪案件中，深挖查处了多名领导干部的贪污贿赂等职务犯罪案14件14人；顺昌县检察院从一起黑社会性质组织犯罪案件中，查处了国家机关人员犯罪案件13件13人。省检察院成立追逃专项行动领导机构，确定50名重特大犯罪嫌疑人为省检察院督捕对象并逐人制定方案，展开追捕行动。省检察院大要案侦查指挥中心在追逃专项行动中，充分发挥职能作用，通过派员督导、落实责任、帮助研究对策、协调解决困难等方式，成功指挥协调了这次大规模的专项行动。至年底，共抓获和敦促128名在逃犯罪嫌疑人归案，占历年在逃人员总数的51.2％。成功缉获了高检院、省检察院督捕涉嫌挪用公款的多名案犯。省检察院获得高检院、公安部联合授予的“追逃专项行动工作先进单位”称号。省检察院反贪局修改完善《全省反贪工作百分制考评标准》，使考评标准更适合全省反贪工作实际。2002年，各级检察机关反贪部门进一步推进侦查机制改革，探索建立以省检察院为指导、设区市检察院为主体、以基层检察院为基础的查办重大疑难案件工作运行机制。全省检察机关全年共立案侦查贪污贿赂类犯罪案件985件1068人，其中贪污案398件。查办要案44件44人，5万元以上案件406件，所办案件涉案总金额1.51亿余元，为国家挽回经济损失7761.65万元。6月，全国检察机关侦查工作会议之后，省检察院反贪局与渎职侵权检察处根据高检院《人民检察院侦查检察官办案责任制暂行规定》，结合全省检察机关职务犯罪案件侦查工作实际，制定了《福建省检察机关侦查检察官办案责任制暂行规定》和《福建省检察机关侦查部门试行侦查检察官办案责任制方案》，成立了试行侦查检察官办案责任制领导机构，决定在漳州和龙岩两地的市、县（区）两级检察院侦查部门进行侦查检察官办案责任制试点，通过选拔，确定了122名检察人员获得主任侦查检察官资格。泉州市、县（区）两级检察院从责任、权利、待遇、奖惩等方面不断摸索科学、规范的办案责任制，并在32件案件中尝试主任侦查检察官办案责任制。按照省检察院制定下发的《福建省检察机关侦查人才库设立方案》的要求，各地检察机关选拔一批政治素质好、业务能力强的侦查人员，组建三级人才库，在此基础上省检察院研究并确定全省检察机关二级侦查人才库人员70名、一级侦查人才库人员20名。
  2003年，各地反贪部门以“整合侦查资源，形成整体作战机制，提高侦破大要案的能力和水平”为目标，结合各地区、各单位的实际，进一步加大反贪侦查工作的力度，建立集中使用侦查力量、合理整合侦查资源、建立侦查一体化机制的有效反贪侦查途径。全省检察机关全年共立案侦查贪污贿赂类犯罪案件1031件1176人，其中贪污案件423件510人。所办案件涉案总金额2.26亿元，为国家挽回经济损失9129.8万元。福州市检察院通过整合侦查资源，运用“统一指挥、要素组合、统分结合、整体突破”的办案模式，突破了该市交警贪污贿赂窝串案和审判人员受贿枉法窝串案，从中立案50余人。全省全年共立案查办国有企业人员贪污、挪用、私分国有资产等职务犯罪案件191件220人。龙岩市检察院与新罗区检察院密切配合，查办了国有大中型企业工作人员贪污、受贿、挪用公款窝案18件21人，涉案金额近300万元，通过办案为国家挽回经济损失70多万元。南平市检察院和邵武市检察院查办了国有商业银行贪污、挪用公款、私分国有资产窝案6件6人，涉案金额530万元，为国家挽回经济损失502万元。
  2004年，围绕全国、全省检察长工作会议精神和反贪污贿赂总局工作要求，全省各级检察机关不断加大查办贪污贿赂犯罪案件力度。全省全年共立贪污贿赂等职务犯罪案件986件1129人，其中贪污案件349件441人，贿赂案件476件505人，所办案件涉案总金额2.67亿元，为国家挽回经济损失8210万元。其中，贪污贿赂大案474件，查处厅处级以上干部要案74人，包括厅级干部5人、省部级干部1人。全年共查办司法和行政执法人员211人，突破102起行业系统窝串案。南平市检察院在查办医疗系统窝串案中，通过对行贿人长期跟踪调查，取得大量证据，统筹安排调度全市侦查力量和侦查资源，快速出击，在短时间内突破了该系统窝串案26件。全省检察机关反贪部门重视办案法律效果和社会效果的有机统一，在办案的同时加大追逃追赃力度，全年共追逃23人。省检察院反贪局与有关部门协作配合，通过上网追逃、边防布控等方式先后抓获挪用公款577万元、潜逃长达8年的犯罪嫌疑人和潜逃3年的2000年“4·20”案件涉案人员归案。
  2005年，围绕高检院提出的“业务工作是全部检察工作中心”的思想，全省检察机关反贪部门从加强反贪办案工作人手，把贯彻上级检察院要求和全省反贪工作实际结合起来。全省全年共立贪污贿赂等职务犯罪案件941件1138人，其中贪污案286件。所办案件涉案总金额3.4亿元，为国家挽回经济损失1.01亿元。省检察院根据高检院确定的重点部门，结合实际，将查办窝串案件和系统类案作为加大办案力度的重要措施，确定医疗卫生、交通、国土管理、金融证券、教育、电力等行业为重点领域，从年初开始进行部署落实，并对这些重点行业领域的犯罪特点和侦查规律进行分析研究。6月，为贯彻反贪总局“泰州会议”精神，省检察院在南平市召开全省检察机关“抓系统、系统抓”工作经验现场交流会，传达高检院会议精神，总结、交流和推广了南平、武夷山等检察院的—体化作战机制等深入查办有影响、有震动的大案要案的典型经验，对全省“抓系统，系统抓”工作提出具体要求。全年共查办行业系统窝串案件371件504人，占立案人数的47％。其中，在六个重点行业查办贪污贿赂案件224件249人，占立案总数的21.9％。在制度规范方面，省检察院反贪局和法警总队共同制定并落实了《省院机关司法警察协助执行追逃追赃任务时检警协同办法（试行）》。省检察院制定《反贪部门内勤工作规定》、《考评各设区市院反贪内部工作细则》、《关于加强执法规范化管理确保自侦案件质量的意见》、《反贪办案文书、综合资料和其他公文行文规定》等文件，并下发全省贯彻落实。省检察院反贪污贿赂局与反渎职侵权局联合制定了《福建省检察机关安全办案防范细则》，对办案安全防范工作进行规范，强化安全防范机制建设，严格落实安全防范工作预案审批、提醒制度，安全防范责任制度、安全防范检查制度和安全防范考核机制等相关制度。