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1993年，各级检察机关刑检部门贯彻党中央反腐败的部署，集中力量，突出抓好贪污贿赂大要案的审查起诉工作。全省全年起诉大案要案犯罪嫌疑人262人，其中处级以上干部18人。起诉10万～50万元贪污贿赂犯罪嫌疑人40人，50万元以上贪污贿赂犯罪嫌疑人4人。针对省外贸中心集团矿产部科长贪污344.4万美元、26.8万元人民币，挪用公款17.6万美元特大案，福州市检察院刑检部门派员提前介入，该案移送起诉10天即提起公诉。4月，省检察院发出《关于重申严格执行〈最高人民检察院关于贪污受贿案件免予起诉工作的规定〉的通知》以规范起诉权，严格掌握条件，正确行使免诉权。此外，全省各级刑检部门还加强对贪污贿赂大要案的排查督办、备案审查和请示汇报。厦门市检察院对疑难复杂、久拖不决的大要案，通过与有关部门积极协调，主动清理一批积案。福州市检察院刑检一处召开疑难经济案件研讨会。南平检察分院刑检部门在办理大要案中，针对每个案件的具体情况，制定相应的办案方法，把好案件质量关。全省全年刑检部门共受理本院自侦部门移送审查起诉和免予起诉的犯罪嫌疑人2196人，经审查提起公诉893人，免予起诉1010人。
  1994年，全省检察机关刑检部门把办案的重点放在危害大、影响坏的贪污贿赂大案要案上，共决定起诉重特大贪污贿赂犯罪嫌疑人571人，起诉副处级以上干部贪污贿赂犯罪嫌疑人39人。三明市梅列区检察院在办理三明钢铁厂要案时，在立案初期刑检部门派员提前介入反贪部门，熟悉案情，掌握证据，快审快诉，收到移送起诉的3天内起诉到法院。刑检部门把降低贪污贿赂案件免诉率作为加强检察机关内部制约、严格执法的一项重要工作，严格免诉案件审批程序，省检察院刑检处从第二季度开始，每月通报各地免诉情况，促使各地积极采取措施。全年全省贪污贿赂案件免诉率达17.2％。全省全年受理自侦部门移送起诉犯罪嫌疑人2315人，经审查提起公诉1864人。
  1995年，全省全年共决定起诉重特大贪污贿赂犯罪嫌疑人577人，其中决定起诉县处级以上干部要案犯罪嫌疑人29人。在审查起诉贪污贿赂大要案中，刑检部门坚持集中力量，优先办理。全省刑检部门加强与法纪部门配合，加大对司法人员徇私舞弊犯罪的打击力度，为法纪部门提供徇私舞弊犯罪线索29条，并查清原案，证实犯罪。如南平市延平区检察院刑检科在法纪部门查办南平市公安局南山派出所所长徇私舞弊案同时，及时依法追究对犯罪嫌疑人作以罚代刑处理的3名传播淫秽物品犯罪嫌疑人和1名盗窃犯罪嫌疑人的刑事责任，进一步证实犯罪嫌疑人犯有徇私舞弊罪和受贿罪。全省刑检部门继续执行高检院对贪污贿赂案件免诉的有关规定，使全省贪污贿赂案件免诉率季季递减，全年免诉率为10.6％。全省全年共受理自侦部门移送起诉犯罪嫌疑人2495人，经审查提起公诉1975人。
  1996年，严惩现职党政领导干部经济犯罪要案是全省检察机关刑检部门工作的重点。三明市检察院、福州市检察院、厦门市检察院、漳州市检察院在办理当地几起党政领导干部受贿大案中，组织精干办案力量，介入侦查，做好讯问、取证工作，及时提起公诉。全省依法查办司法人员徇私舞弊、贪赃枉法等犯罪案件，特别是“严打”斗争暴露出来的内外勾结犯罪案件。永安、连城、南安、仓山等地检察院刑检部门与自侦部门密切配合，相继对4名法庭庭长依法决定起诉。全省全年共受理自侦部门移送起诉犯罪嫌疑人2194人，经审查提起公诉1897人。决定起诉贪污、受贿等经济犯罪案件1295件1586人，其中重特大犯罪嫌疑人716人，副处级以上干部要案23人。
  1997年，各级起诉部门组织专人或办案组审查国家工作人员职务犯罪大案要案，注意加强与自侦部门的配合，形成打击职务犯罪的整体合力。全年依法起诉贪污贿赂犯罪嫌疑人739人，占起诉职务犯罪人数的61.6％。其中重特大贪污、贿赂犯罪嫌疑人349人，副处级以上干部犯罪要案12人。宁德检察分院起诉处办理华闽公司宁德分公司副总经理受贿9.7万元案件，在批捕后即提前介入审查主要证据，提出10条补查意见，受理移送起诉后又补足涉及定罪量刑的重要材料，提起公诉。全省起诉部门还突出办理司法和行政执法人员徇私舞弊、玩忽职守、刑讯逼供犯罪案件，全年共起诉犯罪嫌疑人73人。各级检察院审查起诉部门注意在审查案件中及时发现司法腐败案件的线索，并提供给自侦部门。泉州市检察院审查起诉部门先后提供4条司法人员徇私舞弊的立案线索，交由法纪部门立案侦查，起诉后法院均作出有罪判决。全省全年共受理检察机关反贪部门移送起诉贪污贿赂等职务犯罪嫌疑人1728人，经审查决定起诉1183人、不起诉182人、退回补充侦查487人。受理检察机关法纪部门移送起诉徇私舞弊、玩忽职守等渎职、侵权犯罪嫌疑人404人，经审查决定起诉218人、不起诉89人、退回补充侦查130人。
  1998年，根据中央反腐败斗争的部署，全省检察机关起诉部门加大打击职务犯罪力度，重点严惩国家工作人员利用改革之机进行贪污、贿赂、挪用公款、私分国有资产等经济犯罪和国家机关工作人员滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊等渎职犯罪案件。全年起诉国家工作人员贪污犯罪421人，起诉贿赂犯罪331人，起诉挪用公款犯罪179人。对职务犯罪的大案要案的审查起诉工作，起诉部门主要负责人亲自抓，选派办案骨干审查，集中研讨，充分准备。福州市检察院起诉处办理福州电子职业中专学校副校长兼福州测试设备厂厂长贪污挪用公款案，组织两名办案骨干共同审查，查清犯罪嫌疑人贪污、挪用160万元的犯罪事实，追加认定贪污数额15万元。省检察院起诉处4月下发《今年第一季度我省检察机关直接侦查案件不起诉情况分析及今后工作意见》，强调对自侦案件不起诉要严格坚持报批制度和备案制度，实行严格把关。各基层检察院组织对不起诉案件的复查，确保依法适用不起诉，全年检察机关自侦案件不诉率为7.5％。全省全年共起诉各类职务犯罪嫌疑人1029人。
  1999年，全省全年起诉的职务犯罪大案要案比上年增加，起诉10万元以上大案161件，起诉县处级以上干部贪污贿赂犯罪要案19人，其中厅级干部2人。福州市检察院审查起诉处在办理省检察院交办的一批大案要案中，坚持实行专案专办，多次召开处务会研究案情，深入调查取证，在全面查清事实、落实证据的基础上，迅速提起公诉。漳州市检察院审查起诉诏安县法院院长受贿7万元案，从事实和证据方面严格把关，3天内即提起公诉。各级审查起诉部门在严惩贪污贿赂等经济犯罪的同时，自觉为国有企业改革和发展服务。建瓯市检察院审查起诉科在办理该市烟草公司批发部负责人职务侵占一案中，发现该公司在安全防范中存在漏洞，及时向该公司提出检察建议，并与公司的有关人员召开座谈会，帮助该公司健全整改措施。安溪县检察院审查起诉科在办理一起违法发放贷款、贷款诈骗案中，发现该县某些金融机构存在违法发放贷款行为，及时向相关部门发出检察建议，人民银行安溪支行转发检察建议并提出具体落实意见。全省全年共受理自侦部门移送起诉犯罪嫌疑人1194人，经审查提起公诉830人、不起诉133人。
  2000年，各级起诉部门集中精力，确保在法定时限内审查起诉有震动、有影响的大案要案。起诉的职务犯罪案件中，10万元以上大案231件，100万元以上大案32件，县处级以上干部64人。共起诉与厦门远华特大走私案相关联的职务犯罪案件192件267人，涉案金额约折合人民币1.5亿元。起诉了一批原职位高、社会影响大、为群众所关注、为走私分子的走私活动提供便利或与走私分子相勾结的职务犯罪案件。同时，加强与侦查部门的联系配合，完善证据体系，形成打击合力。南平市检察院起诉处受理审查起诉政和县县委书记受贿50多万元案，该案共作案72起、有案卷55册，起诉处及时派员提前介入了解案情，协同侦查部门完善相关证据。全省全年共受理自侦部门移送起诉犯罪嫌疑人1446人，移送审查不起诉56人，经审查决定起诉1026人、决定不起诉171人。
  2001年，全省全年起诉职务犯罪案件中，10万元以上大案230件，100万元以上31件，县处级以上干部46人，其中厅级8人。各级检察院起诉部门注意打击与刑事犯罪相交织的国家工作人员职务犯罪案件，打击黑恶势力“保护伞”。如福州市检察院在审查起诉闽侯县一起黑社会性质组织犯罪团伙案件的同时，派办案骨干抓紧审查起诉充当“保护伞”的14名国家工作人员。南平市检察院起诉部门在办理顺昌县一起黑社会性质组织犯罪案件中，审查出充当“保护伞”的国家工作人员涉嫌职务犯罪案件18件19人，其中有处级干部3人，涉案总金额200万余元。全省全年共受理自侦部门移送起诉1269件1516人，审结1050件1241人，提起公诉840件991人，不起诉210件250人。
  2002年，各级检察机关公诉部门及时审结起诉一批职务犯罪大要案，共起诉县处级干部41人，厅级干部1人，起诉100万元以上职务犯罪案件18件。公诉部门在办理职务犯罪案件中，注意深挖细查，发现职务犯罪线索，及时移送有关部门查处。福清市检察院起诉科在办理一起挪用公款案件中，发现该市外贸公司科级调研员挪用公款犯罪线索，即移送反贪部门查处。省检察院和各设区市检察院公诉部门高度重视大案要案指导工作，上级院及时派出骨干人员直接参与大案要案的办理。如省检察院公诉处指派专人参加厦门市委书记受贿案专案组工作，协调、指导审查起诉工作，还派员参加由省委政法委牵头的“95·7·17”专案复查组工作，参与案件复查。全省全年共受理自侦部门移送起诉1115件1276人，经审查，提起公诉753件847人。
  2003年，各地切实抓紧抓好国家工作人员贪污贿赂、渎职侵权等职务犯罪案件的审查起诉和出庭公诉工作，共起诉各类职务犯罪案件766件938人，其中起诉贪污贿赂职务犯罪案件685件847人，起诉渎职侵权职务犯罪案件81件91人。各地及时审结起诉一批有震动、有影响的职务犯罪大案要案。全省共起诉科级干部141人、县处级干部39人、厅级干部4人，起诉100万元以上职务犯罪大案犯罪嫌疑人20人。全省公诉部门还对挂牌案件中涉及的职务犯罪案件进行重点督办。如南平市检察院审查起诉了充当黑社会性质组织“保护伞”的邵武市公安局局长、副局长、刑警大队副大队长等人徇私枉法案。同时，注意在有关案件，尤其是司法不公案件的审查过程中发现职务犯罪线索，移送有关部门查处。如仙游县检察院在审查一起故意伤害、收购赃物案中，发现承办此案的刑警有玩忽职守的重大嫌疑，将该线索移送渎检部门查办。
  2004年，全省检察机关贯彻执行高检院《关于人民检察院办理直接受理立案侦查案件实行内部制约的若干规定》，在办理职务犯罪案件中加强与自侦部门之间的内部制约，不搞“内部通融”，确保办案质量。同时，注意加强与自侦部门的沟通配合，适时派员介入职务犯罪大案要案的侦查活动，共同研究新形势下职务犯罪的新情况、新问题，增强打击职务犯罪的实效。如龙岩市检察院公诉处会同自侦部门制定下发《公诉与自侦部门相互配合、制约制度》，该处在办理该院自侦部门移送起诉的案件和基层检察院提出抗诉及当事人上诉的自侦案件中，先后11次邀请该院自侦部门派员参加对9个案件的研究讨论，使公诉部门更透彻地掌握案情，也促使自侦部门对发现的问题及时补证，共同把好自侦案件质量关。宁德市检察机关公诉部门坚持对自侦案件一律提前介入，强化证据意识和程序意识，就证据收集和法律适用等问题提出建议和意见，使案件顺利交付审判。厦门市检察院公诉部门与自侦部门建立协商配合的工作机制，通过定期与自侦部门召开工作协调会，就证据规格、退补、赃款赃物移送等问题进行沟通协商。全省全年起诉涉嫌职务犯罪的县处级以上干部88人，起诉100万元以上职务犯罪案件42件，处理了一批有重大影响的职务犯罪大要案。各地公诉部门着力在提高办理职务犯罪案件质量和效率上下功夫，提高审查、判断证据的能力，把好自侦案件起诉关，快审快诉，对职务犯罪案件不起诉采取措施加以控制。在审结的1064件1272人中，不起诉125件149人，无罪判决率下降，起诉的职务犯罪案件中已有审判结果857件1008人，其中判决无罪12人。全省共受理各类职务犯罪案件1189件1443人，未结仅46件58人。全省全年共受理自侦部门移送起诉1166件1419人，提起公诉939件1123人。
  2005年，各级公诉部门加强与自侦部门的配合，及时派员介入侦查引导取证工作，确保职务犯罪案件办案质量。在审结的职务犯罪案件963件1225人中，不起诉91件112人。提起公诉的案件中，撤回起诉14件。受理的案件中，退回补充侦查402件。起诉的职务犯罪案件中判决无罪6人，无罪判决率为0.6％。各地公诉部门在审查案件过程中，捕捉疑点，从中发现职务犯罪线索，及时向自侦部门移送。如福州市、县（区）两级检察院公诉部门先后向自侦部门移送职务犯罪案件线索20条。三明市检察机关公诉人员在办案中发现3条职务犯罪线索，按照市检察院公诉处制定的《职务犯罪线索发现和移送暂行办法》，及时移送自侦部门成案。莆田市检察机关公诉部门通过审查案件发现并移送职务犯罪线索6条，自侦部门从中立案2件。龙岩市检察机关公诉部门发现并移送职务犯罪线索6条。全省全年共起诉县处级以上干部56人，起诉100万元以上职务犯罪案件41件，其中5件在1000万元以上。全省全年受理自侦部门移送起诉1063件1335人，经审查提起公诉872件1113人。