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1993年，全省检察机关刑检部门组织调查摸底，打击“车匪路霸”等犯罪活动。同时，参与打击沿海地区猖獗的偷私渡犯罪，依法开展“扫毒”“扫黄”“打拐”等专项斗争。全年审查起诉偷私渡犯罪嫌疑人161人，制贩毒品和淫秽物品，引诱容留妇女卖淫，拐卖、绑架妇女儿童犯罪嫌疑人434人。全省各地刑检部门结合办案，参与社会治安综合治理，开展未成年人犯罪检察工作，2/3以上的刑检部门设立少检组，未设立的也指定专人负责该项工作。全省共受理公安、国家安全机关移送起诉和免予起诉刑事犯罪嫌疑人15327人，经审查提起公诉12062人。
  1994年，各地从重从快打击严重扰乱农村社会治安的“村匪地霸”，全年审查起诉农村各类犯罪嫌疑人11775名。各级检察院刑检部门配合公安机关，开展反走私、“扫黄打非”和打击盗窃、伪造倒卖增值税发票等专项斗争，结合办案落实刑检环节上社会治安综合治理措施，参与地方党委政府部署的专项治理和治乱活动，配合法院召开公判大会240多场，对1358名免诉对象开展回访考察，落实帮教措施，预防减少重新犯罪。各级检察院刑检部门向有关涉案单位和部门发出检察建议812份，帮助健全制度，完善整改措施，深入综治共建单位，改善治安环境，提供法律咨询。7月，省检察院与省国家安全厅联合制定《关于加强检察、国家安全机关相互联系协调的联合通知》，对审查起诉、提前介入以及证据使用等方面作出具体规定。全省全年共受理公安、国家安全机关移送起诉犯罪嫌疑人18808人，经审查提起公诉16052人。
  1995年，各级检察机关刑检部门突出打击杀人、抢劫、强奸、爆炸、持枪作案等恶性暴力犯罪，配合公安、法院等部门，开展“严打整治斗争”、“春季严打攻势”、“夏季严打攻势”、“冬季严打攻势”和“打拐禁娼”、“扫黄打非”、打击涉及毒品的犯罪以及涉枪犯罪等专项斗争。对重特大刑事犯罪案件加强介入侦查，在审查起诉阶段介入公安侦查521件879人。福州市1995年发生“4·7”“10·24”“10·31”三起震动大、影响坏的恶性凶杀、抢劫案件，经提前介入侦查活动，在公安机关移送3起凶杀案件的当天福州市检察院就作出提起公诉的决定。在国家安全检察工作中，全省各级检察院刑检部门履行刑检职能，打击境内外敌对势力的渗透派遣和间谍活动，加强应付突发事件的防范工作，制定工作预案。全省全年共受理公安机关、国家安全机关移送起诉犯罪嫌疑人20425人，经审查提起公诉16919人。
  1996年，省检察院刑检处根据中央、省委和高检院开展“严打”统一行动的部署，制定工作方案。各级检察院刑检部门把“严打”斗争作为一项重要政治任务，做到“狠抓、快办、严惩”，围绕“破大案、摧团伙、抓逃犯”的要求，着力于重点案件的审查起诉工作。省检察院刑检处分组赴全省各市检察院了解检察机关办理“严打”案件情况，解决办案中遇到的疑难问题。全省刑事案件的审查起诉工作做到“三个优先”：对有震动和影响大、可能重判的案件优先办理，对为非作歹、称霸一方的犯罪团伙案件优先办理，对能深挖隐藏较深犯罪的案件优先办理。同时，适时组织突击加班，开展清案会战。结合全省情况，省检察院制定十条具体规定，注意对两种情况慎重处理：对临界14岁、16岁、18岁三个责任年龄阶段不清的案犯，特别慎重，可以按就低不就高的原则处理；对可能判处死刑的案件严格把关。在“严打”的第三阶段，各级检察院用20天时间将省挂牌督办的可能判处无期徒刑以上刑罚的181名重大犯罪嫌疑人审查完毕，对其公开集中宣判。全省全年共受理公安机关、国家安全机关移送起诉犯罪嫌疑人35345人，经审查提起公诉30195人。
  1997年，全省全面执行修正后的《刑事诉讼法》和《刑法》。各级审查起诉部门加大调研、协调力度，坚持提前介入杀人、抢劫、强奸、放火、爆炸、涉枪、伤害等暴力性重特大案件。如晋江市陈棣镇发生“9·21”纵火案，致32人死亡，引起社会震动。泉州、晋江市、县（区）两级检察院起诉部门领导带领办案骨干提前介入阅卷、提审、审核证据，使该案当天移送起诉，当天即提起公诉。福州市检察院起诉部门加强与公安刑侦预审部门的联系，对涉案人数多、涉案金额大、作案次数多的团伙犯罪案件，集中优势力量，严密组织，在把握事实和证据后，一周内审结提起公诉。全省全年共受理移送审查起诉22440人，经审查提起公诉18330人。全年起诉各类重特大刑事犯罪嫌疑人6547人，其中起诉杀人、抢劫、强奸、放火、爆炸、涉枪、伤害等暴力性犯罪嫌疑人5959人。
  1998年，各级检察机关审查起诉部门集中力量，重点打击严重危害公共安全的暴力犯罪、带黑社会性质的团伙犯罪、直接侵害人民群众的人身与财产权利犯罪和“黄、赌、毒”犯罪。省检察院年初下发《关于加强审查起诉业务指导的通知》，要求各级检察院切实把业务指导作为提高办案质量的重要举措。针对莆田市检察院不起诉率偏高的情况，省检察院复查提出意见，莆田市检察院召开检委会研究，不起诉率偏高的情况得到抑制。11月，省检察院下发《关于加快案件消化工作的紧急通知》，要求各级检察院公诉部门设立专人对一审案件接案15日后、请示案件接案7日后，仍未审结的案件进行督办，促进及时消化案件。全省共受理公安机关移送起诉犯罪嫌疑人24638人，经审查提起公诉21048人。其中，起诉杀人、重大伤害、强奸、抢劫四类严重暴力犯罪5626人，起诉走私、贩卖、运输、制造毒品犯罪784人。
  1999年，全省执行全国人大常委会《关于取缔邪教组织、防范和惩治邪教活动的决定》和最高法（最高人民法院）、高检院《关于处理组织和利用邪教组织进行犯罪案件具体适用法律的解释》，对触犯刑律的“法轮功”邪教组织骨干分子、组织策划者和其他依法应当追究刑事责任的人员，依法及时起诉。同时，坚持“严打”方针，参加打击涉爆、偷私渡、盗抢机动车犯罪等专项斗争和“扫黄打非”集中行动。与公安、海关、金融、税务、法院等部门协同，在打击走私联合行动中，加大打击力度，起诉走私犯罪嫌疑人57人。根据高检院的要求，11月省检察院抽调各级检察院审查起诉部门11位优秀公诉人，提前介入厦门远华特大走私案件的查办工作。年底，省检察院制定《试行主诉检察官制度的办法》，并于12月28日在三明市召开全省检察机关推行主诉检察官制度座谈会。全省全年共受理公安机关移送起诉犯罪嫌疑人30243人，经审查提起公诉25510人。其中，起诉重特大刑事犯罪嫌疑人6247人，起诉间谍、为境外非法提供秘密情报等危害国家安全犯罪嫌疑人31人，起诉杀人、伤害、强奸、绑架、抢劫、放火、爆炸等严重暴力犯罪嫌疑人9332人，起诉妨害国边境管理犯罪嫌疑人950人。
  2000年，着重打击各种危害国家安全和“法轮功”邪教组织犯罪活动，从重从快打击严重危害社会治安犯罪是全省检察机关审查起诉部门工作的重点。全年依法起诉危害国家安全犯罪案件5件7人，起诉利用邪教组织破坏法律实施犯罪案件34件70人。全年起诉重特大伤害、抢劫、绑架、爆炸等严重暴力犯罪和非法制造买卖、运输或非法持有、私藏枪支弹药犯罪嫌疑人3006人。其中包括一起跨国绑架案，一起12名犯罪嫌疑人持枪杀人、抢劫、伤害、强奸案，一起29名犯罪嫌疑人拐卖妇女182人及儿童2人、强奸妇女案等一批有重大社会影响的案件。在中央专案组和高检院领导下，省检察院坚持依法办案和特案特办的原则，抽调全省44名办案骨干参加厦门远华特大走私案件的审查起诉工作，共完成35件涉及24个单位147人、偷逃应缴税额300多亿元走私犯罪案件的审查起诉工作。2月，省检察院下发《关于主诉检察官办案责任制的实施细则》，4月2日在福州举行全省主诉检察官上岗资格考试，216人取得主诉检察官任职资格。全省有64个检察院实施主诉检察官办案责任制，任命主诉检察官166名。全省全年共受理公安机关移送起诉犯罪嫌疑人32337人，经审查提起公诉27055人。
  2001年，根据中央开展“严打”整治斗争和整顿规范市场经济秩序活动的部署，全省检察机关审查起诉部门投入“打黑除恶”、治爆缉枪以及打击走私、骗税、“六合彩”等专项斗争。对高检院、省检察院挂牌督办的4批53起黑恶势力犯罪和破坏市场经济秩序犯罪案件，共提起公诉犯罪嫌疑人323人。其中，福州市、漳州市、南平市检察机关分别起诉了一起黑社会性质组织案。省检察院与省公安厅、省法院成立“打黑除恶”案件协调小组，加大对办理涉黑涉恶案件的督促指导力度，联合制定下发《关于退回补充侦查案件有关问题的意见》，配合法院召开宣判大会215场，对2074名犯罪分子公开宣判，一批黑恶势力团伙成员和杀人、抢劫、绑架等犯罪分子被依法判决。在整顿规范市场经济秩序中，4—12月共受理移送起诉破坏市场经济秩序的经济犯罪案件713件1266人，经审查提起公诉523件894人。全省全年共受理公安机关移送审查起诉案件23903件37119人，经审查提起公诉20711件30951人。
  2002年，针对“法轮功”邪教组织的犯罪活动，各级检察机关共起诉“法轮功”邪教组织犯罪案件24件41人。同时，配合公安机关开展破大案、打现行、挖团伙、追逃犯、禁毒、反偷私渡、“扫黄打非”、打击“两抢”犯罪和查禁“六合彩”等专项斗争。全省受理“六合彩”赌博犯罪案件616件992人，经审查，提起公诉540件850人。福州市、县（区）两级公诉部门参加打击偷私渡犯罪专项斗争，共起诉偷私渡犯罪案件323件565人。全省加大对挂牌督办的“涉黑涉恶”案件的督办力度，由部门负责人亲自抓，在案件侦查阶段，派员提前介入案件侦查活动，在案件移送起诉后，指定主诉检察官或办案骨干承办，建立逐级备案审查制度，对所有挂牌督办的案件逐一梳理，制作“挂牌督办案件进展情况一览表”。全省共受理移送起诉各类刑事案件23245件35576人，经审查提起公诉20560件30426人。
  2003年，根据省检察院公诉处下发的《关于充分发挥公诉职能作用严厉打击与“非典”有关的犯罪活动的通知》和《关于充分发挥公诉职能作用全力维护社会稳定的通知》，全省公诉部门在“非典”期间，充分发挥公诉职能作用全力维护社会稳定。全省公诉部门严密防范和严厉打击境内外敌对势力危害国家安全犯罪以及“法轮功”邪教组织犯罪。各地按照省检察院要求对该类案件注意把好事实、证据和适用法律关，加强对“实际神”等其他邪教组织犯罪活动的预防和打击力度。各地公诉部门把挂牌督办案件作为重中之重，加强组织领导。三明市检察院在提前介入高检院挂牌督办的一起虚开增值税专用发票特大案中，福州市检察院在切实办理、依法起诉高检院挂牌督办的一起黑社会性质犯罪团伙案中，都充分发挥了公诉引导侦查的机制作用，确保案件快审快诉。在整顿和规范市场经济秩序活动中，全省公诉部门重点打击制售假冒伪劣产品、制贩假币、金融诈骗、走私和传销等严重破坏市场经济秩序的犯罪活动，并结合“打黑除恶”，打击一批严重扰乱市场经济秩序的“鱼霸”“笋霸”“沙霸”等黑恶势力。全省共起诉破坏市场经济秩序犯罪案件719件1175人。南平市延平区检察院在办理“南孚”公司商标被假冒案中，协助和引导公安机关调查取证，使案件在移送起诉前即达到公诉标准，快审快诉。全省共受理公安机关、国家安全机关移送审查起诉各类刑事案件23598件35709人，经审查提起公诉20526件29902人。
  2004年，各级检察机关公诉部门把打击重点指向严重危害社会治安和人民群众安全的犯罪活动，继续加大对爆炸、杀人、抢劫、绑架等严重暴力犯罪，黑恶势力犯罪，盗窃、抢夺等多发性侵财犯罪以及涉及毒品犯罪的打击力度。全省共起诉杀人、抢劫等严重暴力犯罪案件7252件10458人，起诉盗窃、抢夺等多发性犯罪案件6019件8655人，起诉涉及毒品的犯罪案件859件1255人，起诉黑社会性质组织犯罪案件7件63人。如南平市检察院在审查一起黑社会性质组织案中，认为该案涉及故意伤害，组织卖淫，容留他人吸毒，赌博，合同诈骗，非法拘禁，寻衅滋事，虚报注册资本，偷税，行贿，以及隐匿、故意销毁会计凭证与会计账簿等12个罪名，犯罪成员达21人，属于重特大案件，向法院提起公诉后，一审法院判决主犯死刑。针对高检院挂牌督办的一起“聋哑帮”黑社会性质组织案，检察机关以盗窃、强奸、强制猥亵妇女、故意伤害、非法拘禁等7个罪名提起公诉后，该组织17名主要成员被判刑。各级检察院公诉部门与公安机关、法院密切配合，形成打击犯罪合力。如福州市检察院公诉部门共配合法院召开宣判大会11场，对45名严重刑事犯罪分子公开宣判。全省检察院公诉部门严惩破坏市场经济秩序犯罪，重点打击制售假冒伪劣商品、金融诈骗、侵犯知识产权、走私等严重破坏市场经济秩序的犯罪活动。全年共起诉破坏市场经济秩序犯罪案件659件1093人。各地相继起诉了一批有影响的经济犯罪案件。如福州市检察院起诉了一起涉案金额2亿元的虚开增值税专用发票案，一起涉案金额3000多万元的犯罪嫌疑人伙同他人伪造金融票证案等。厦门市检察院起诉的一起走私普通货物案件中，有涉案人员和涉案单位66个，偷逃应缴税额3000多万元。7月，在打击淫秽色情网站专项行动中，全省公诉部门快审快诉，集中起诉一批淫秽色情网站犯罪案件，其中包括公安部挂牌督办的淫秽色情网站犯罪案件5件13人以及省检察院挂牌督办的5件8人。打击“六合彩”赌博犯罪专项斗争中，全省共受理“六合彩”等赌博犯罪案件750件1107人，提起公诉695件1042人。此外，各地检察机关还积极参加和配合相关部门开展的打击手机短信息诈骗犯罪、打拐等专项行动。全省检察机关全年共受理公安机关、国家安全机关移送审查起诉各类刑事犯罪案件24864件36876人，提起公诉22148件31877人。
  2005年，围绕省委建设“平安福建”的部署，全省检察机关公诉部门继续重点打击黑恶势力犯罪、严重暴力犯罪和盗窃、抢夺等多发性侵财犯罪。全省共起诉组织、领导、参加黑社会性质组织犯罪案件8件41人，起诉杀人、抢劫等严重暴力犯罪案件7973件11815人，起诉盗窃、抢夺等多发性犯罪案件6196件9109人。各地对重大案件，组织精干力量，适时介入侦查活动，坚持快审快诉。如宁德市检察机关公诉部门在办理高检院挂牌督办的一起组织、领导、参加黑社会性质组织，强迫交易，故意伤害一案中，及时派员介入，跟踪监督，确保及时审结起诉。福州市检察院公诉处派员介入高检院挂牌督办的一起27人“聋哑帮”黑社会性质组织案，帮助及时固定证据，顺利对该案提起公诉。此外，各地公诉部门还密切配合有关部门，集中开展打击赌博犯罪、打击涉及毒品犯罪、打击拐卖人口犯罪等专项行动。全省共起诉网络赌博等各类赌博犯罪案件530件840人，起诉涉及毒品的犯罪案件846件1197人。福州、厦门、莆田、泉州等地相继顺利起诉高检院挂牌督办的“新宝盈”网络赌博系列犯罪案件。全省公诉部门贯彻实施省检察院《关于为建设海峡西岸经济区服务的意见》，积极参与整顿规范市场经济秩序工作，共起诉破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件886件1303人。在公安部、国家税务总局督办的“夏都专案”.中，晋江市检察院审查认为犯罪嫌疑人协助他人虚开增值税专用发票205份，税额达300多万元，以虚开增值税专用发票罪向法院提起公诉，最终6名被告人被法院分别判处4至11年有期徒刑并处罚金。福州市检察院相继起诉涉案金额1300多万元的6名犯罪嫌疑人票据诈骗、金融凭证诈骗案和偷税金额1300万元的走私普通货物案。各级检察院公诉部门根据省检察院和高检院公诉厅的部署，参与打击制假售假、侵犯知识产权犯罪专项行动，集中力量办理此类案件。漳州市检察院公诉处明确提出在5日内答复此类案件的请示。云霄、漳浦等地指定专人承办此类案件。各级检察院公诉部门贯彻“宽严相济”的刑事政策，对轻微犯罪、未成年人犯罪、初犯、偶犯和过失犯，采取宽缓的刑事政策，依法适用相对不起诉，或者依法向法院提出从轻、减轻或者免除处罚的量刑建议。石狮市检察院在对轻伤害案件进行调研的基础上制定《轻伤害案件协调处理意见》，该市政法委组织公、检、法三家协商后，下发《关于处理轻伤害案件的协调意见（试行）》，对轻伤害案件分不同情况作撤案、不起诉处理或判处缓刑、免予刑事处罚。尤溪县检察院、漳平市检察院针对未成年人犯罪制定《关于对未成年犯罪嫌疑人适用相对不起诉的规则》，具体细化对未成年犯罪嫌疑人适用相对不起诉的条件。全省全年共受理公安机关、国家安全机关移送审查起诉各类刑事犯罪案件26267件39687人，提起公诉23352件34201人。