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1997年，修改后的《刑事诉讼法》赋予检察机关履行侦查监督的职责，全省检察机关以抓立案监督工作带动和促进法律监督职责的全面履行。福州市检察院选准个案、打开局面，依法对公安机关有案不立、有罪不究和以罚代刑立案活动实行监督，上半年立案监督案件总数占全省的85％。9月，省检察院召开全省立案监督工作现场会，总结推广福州市市、县（区）两级检察院开展立案监督工作的经验和做法，对全省立案监督工作提出了具体的措施和要求。现场会后，各地以抓立案监督带动侦查监督和逮捕执行监督，全省共发出《要求说明不立案理由通知书》134件243人，发出通知立案书50件109人。
  1998年，立案监督工作突出监督群众反映强烈、社会影响大的案件，被害人、群众多次申诉控告的案件，公安机关以罚代刑的案件，涉嫌徇私舞弊的案件四类案件，共向公安机关发出《要求说明不立案理由通知书》236件356人，发出《通知立案书》61件93人。
  1999年，各级检察机关共向公安机关发出《要求说明不立案理由通知书》492件，其中监督侵犯公民人身权利、民主权利案147件，侵犯财产案113件。福州、三明、龙岩立案监督案件数较多，占全省的75.2％。福州市检察院还尝试对公安机关不应当立案而立案和越权办案进行监督。
  2000年，各地突出对被害人及群众反映强烈的案件、重特大恶性案件、严重危害社会治安案件、破坏社会主义市场经济秩序案件的监督。全年共要求公安机关说明不立案理由651件。福州、龙岩、南平、宁德、莆田加大对公安机关不应当立案而立案的监督，共发出《纠正违法通知书》72份。福州、龙岩选送的刑事立案监督案例人围“全国检察机关刑事立案监督十佳案件”评选。
  2001年，全省检察机关将监督关口前移，把刑事立案监督延伸到受理提请批捕案件之前的发案、立案阶段，普遍与公安机关建立发案、立案情况通报制度，与工商、税务、烟草等行政执法部门建立刑事立案监督线索移送制度，共发出《要求说明不立案理由通知书》857份，针对公安机关不应当立案而立案的违法现象，发出《纠正违法通知书》124份。
  2002年，在开展“打黑除恶”立案监督专项行动中，全省共立案监督262件433人。各级检察机关加大对刑事立案监督后的跟踪落实，通过推行“立案监督跟踪卡”“立案监督案件登记卡”等方式，加强跟踪监督，共要求侦查机关说明不立案理由593件。2003年，通过召开联席会议等形式，各级检察机关加强与海关、工商等行政执法机关的联系，在高检院部署开展“经济犯罪立案监督专项行动”期间，全省要求公安机关说明不立案理由138件。监督公安机关不应当立案而立案6件10人，提出纠正意见6件10人。
  2004年，根据高检院的统一部署，全省检察机关开展制假售假、侵犯知识产权犯罪专项立案监督，针对“南孚”电池等三家知名品牌被外省某些不法人员假冒的情况，省检察院和南平市检察院及时派员了解情况，并呈报高检院督办。各级检察机关还与公安部门配合，批捕一批严重侵犯知识产权、破坏市场经济秩序的犯罪，批捕生产、销售伪劣商品犯罪67件114人，侵犯知识产权犯罪14件22人。同时，侦监、反贪、渎检等部门密切配合，深挖制假售假、侵犯知识产权犯罪背后的职务犯罪线索，共移送线索3件。宁德市检察院在查处“假奶粉”案中，挖出为制售劣质奶粉行为充当“保护伞”的犯罪嫌疑人。为规范行政执法与刑事执法工作的衔接，各级检察机关将联席会议作为一项长期性经常性工作机制，省检察院与省整规办、省公安厅、省监察厅联合下发《福建省行政执法与刑事执法衔接工作机制规定》，对行政执法机关在执法过程中发现可能涉嫌犯罪案件的移送、协调、监督等环节作了具体规定。
  2005年，全省检察机关坚持经常性监督与专项监督相结合，突出立案监督的重点，拓宽监督范围和监督领域。共要求公安机关说明不立案理由446件，通知立案23件25人，建议报请自侦部门立案侦查14件。根据国务院关于整顿和规范市场经济秩序工作部署，全省检察机关及时建议行政执法机关移送一批涉嫌犯罪案件，监督公安机关立案侦查一批犯罪案件，包括侵犯知识产权案件44件57人，生产、销售严重危害人民群众生命健康的假冒伪劣商品犯罪案件70件130人。监督公安机关立案侦查制假售假、侵犯知识产权犯罪等破坏市场经济案件85件，包括泉州市检察机关查办的一起影响较大的假冒注册商标案和莆田市检察机关立案监督的一起涉案金额510多万元的涉嫌生产假冒“中华”“云烟”案。在对公安机关不应当立案而立案案件的监督工作中，各级检察机关重点监督非法动用刑事手段插手经济纠纷、超越地域管辖办案等案件，共监督公安机关不应当立案而立案76件90人，提出纠正意见76件90人。