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清咸丰六年（1856）三月，太平天国翼王石达开从江西率领二三万人回援天京（今南京）后，太平军在江西战场即由攻势转入守势，原占领的数十座城镇，有的被清军夺回，有的受围困，处于被动局面。这时，在赣东的部分太平军开始转入福建，开辟新战场。
咸丰七年二月三十日，国宗石某（⑤国宗为东、西、南、北、翼五王的兄弟，天王本家兄弟亦称国宗。其地位相当于四等王。石某是哪一位不明。）领兵自江西泸溪（今资溪）经铁牛关入闽，占领光泽县，杀了知县蒋仁瑞。三月初六日，国宗杨辅清、杨义清和祷天侯胡寿阶等部又从泸溪人云际关，攻占邵武府（今邵武县），杀死粮道王训茅、知府娄浩等。设立乡官，收纳贡税。石某见友军已占邵武，便于三月十四日南下占领泰宁县，随后转入江西。太平军入闽时，驻守杉关（光泽西）的副将张从龙、参将琳润等弃关内逃。闽浙总督王懿德急忙请调浙江、广东部分兵力，加强闽北、闽西防御，并由福州亲到延平（今南平市）督师。
入闽的太平军占领邵武后即兵分三路：杨义清部于石某转入江西后，南下占领泰宁。胡寿阶部从邵武南进，于四月初一日占领宁化。清总兵富勒兴阿守竹篙岭，太平军未到就逃走。胡寿阶便会同闽广起义部队，于四月初七日攻占汀州府（今长汀县），杀了知府延英、同知朱式景。同日，当地起义部队攻克清流、归化（今明溪县）二县。四月中旬以后，胡寿阶部撤出汀州，连陷连城、武平二县。后受到汀漳龙道道员英朴所部清兵和当地地主武装的攻击，于六月分别从宁化、武平退人江西。杨辅清部于三月十九日，分兵攻占建阳、崇安二县，二十八日主力围攻建宁府（今建瓯县）。王懿德急令福建水师提督钟宝三从闽东西援，游击毕定邦由浦城南援，自率舟师由延平北救。杨辅清部连日攻城未下，四月十八日以地雷将东门城墙炸崩五丈多，随即蜂拥而进。由于知府刘翊宸率兵死守，仍然未能攻入城内。此时，清军各路援兵已到，代理按察使赵印川与毕定邦水陆并进，南北夹击，王懿德亲临督战。太平军多次中伏受挫。五月初一日，杨辅清撤围建宁回师邵武。闰五月初七日，杨辅清得知石达开已领军南下，便开始从邵武等地撤军，二十二日进入江西新城（今黎川），准备与翼王会师。
咸丰六年秋，天京发生内讧事变。二个月后石达开被召回京辅政。石达开辅政后，遭到天王洪秀全的猜忌，并受到牵制和监视，遂于咸丰七年五月离京出走。他带领数万听他指挥的部队，经皖南人赣，招集旧部，独立进行远征。九月，石达开部与由闽入赣的杨辅清部会师贵溪，联合攻城未克。随后石达开引军转战赣江以东至抚州、东乡一带，在江西的旧部大多前来汇合。这时，湘军正围攻吉安、临江（今清江西南），石达开改变了西援吉安、临江的计划，决定东进闽浙。咸丰八年二三月间，石达开部经玉山迸入浙江，杨辅清部仍从赣东入闽北。
杨辅清、杨义清部四五万人，于二月十六日由铅山袭破岑阳关，进占崇安西南。二十一日，从苦树林小路越过双亭隘，袭占浦城县城。接着连克松溪、政和二县。占领以上三县后，即整修加固城墙，分兵筹粮征饷，打击各处地主武装。另一支太平军（①似为杨辅清部，但《邵武府志》称为黑旗，又似石达开部。）于三月二十一日从江西泸溪突入铁牛关，攻陷光泽县。二十七日击败延建邵道道员赵印川部清军后，占领邵武府城。五月十八日，杨辅清分兵一部南下，于建阳麻沙击毙赵印川，二十七日又阵斩参将黄挺秀，占领建阳城，不久北撤。
石达开人浙占领江山后，自率主力围攻衢州（今衢县），以国宗石镇吉、石镇常部数万人攻略浙西南，先后占领了十几个州县。但攻衢州三个月未克，石达开遂决定放弃浙江，南下福建。六月初四日，石达开撤围衢州，分两路南进，并命石镇吉等部入闽会师。这时杨辅清与石达开不和，听说石部将入闽，即于七月初七日前从政和、松溪、浦城等地撤兵，进入江西广丰，脱离石达开，取道皖南，回援天京。（①关于杨辅清与石达开分手事，一说曾发生互相残杀，一说于浦城会师才脱离。据郭以廷《太平天国史事日记》记载和郦纯《太平天国军事史概述》考证，均不确。因为石部入闽前，杨部已全部撤走。）
石达开刚入浙时，清廷判断他可能抄袭苏州、常州，回援金陵（南京），故令在家守父丧的曾国藩复出，率领在江西的湘军东援浙江。后见石达开挥军南进，即命曾国藩改援福建，并调浙南部分兵力归他指挥，对石达开部进行前堵后追。
石达开军前队于七月初八日进入闽北，后队大军也于初十日越过仙霞岭，屯驻浦城、崇安一带。其前队曾于初九日围攻政县城，（②杨辅清部于七月初一日撤离政和，清军随即入城。）因城经杨辅清加固，福宁镇总兵池建功等死守，连攻四昼夜不克。石达开的战略目标是经闽西、赣南、湘南西人四川，故下令停止攻城，减少消耗。经几天休整后，石达开军于四月二十一日开始南下，担任阻击的建阳镇总兵林尚荣节节败退，石军第二天就占领建阳，随后入邵武。八月十六日撤离邵武，分路前进。石达开自统大军，沿武夷山脉东麓南进。连克泰宁、建宁、宁化，于九月十一日占领汀州，随即转人江西瑞金。石镇吉、石镇常等部直趋赣南，西人江西新城（今黎川）为湘军刘长佑部所阻，又折回福建，经建宁、宁化南下。九月二十九日，在连城北部冠豸山歼灭3000多地主武装后，进占汀州。十月十五日放弃西人赣南的计划，改为东攻连城。从此，石镇吉、石镇常部也脱离石达开，带领四万太平军单独行动。咸丰九年正月初十日，该部撤离连城，在当地起义军的配合下，于芷溪、大池连挫清军的阻击，汀漳龙道道员英朴狼狈逃回漳州。十三日，太平军占领了龙岩州城。石镇吉在龙岩吸收了4000多青壮年充实队伍。二十三日离开龙岩向南挺进，由永定人广东大埔。后经湖南人广西，于百色地方被清军消灭。
石达开由江西人湖南后，连连失利，所属多部相继脱离石达开出走。咸丰十年（1860年）四月，石达开放弃安远南下后，又有右一旗大军略扩天燕彭大顺、军略孝天豫朱衣点、观天燕童容海等（③大军略、军略为职称。扩天燕、观天燕、孝天豫为爵号。太平天国在王爵之下，又设天义、天安、天福、天燕、天豫、天侯六等爵位。）率众数万东返。该部主力经湖南入江西，于当年十一月攻占瑞金，十二月占领汀州城，并于河田筑木城，与汀州城互为犄角。闽浙总督庆端急令总兵袁艮等进击，溃败而回。咸丰十一年（1861年）正月，太平军向东攻占连城，彭大顺不幸负伤，三月死于连城。占领连城后，童容海率大队北进，逼近永安，威胁清流。庆端一面命总兵曾玉明等进兵永安、清流堵御，一面亲至延平，调动兵力加强闽北地区防御。三月，原占据武平县的石达开旧部花旗军（④花旗军为广东天地会起义军，于咸丰五年归入石达开部，咸丰十年在广西脱离石达开东归，当年十一月九日据武平。其领导人为谭星、陈荣、周春、林彩等。）放弃武平，到汀州与朱衣点、童容海会合。鉴于清流、永安被清军所阻，朱衣点等遂于四月十五日撤离汀州，改道从瑞金北上，后至河口（今铅山县）归入忠王李秀成部。
同治三年（1864）六月天京失陷，标志了太平天国的失败。但在长江南北各战场的数十万太平军，仍顽强地抗击清军的进攻。长江以南的太平军，在江西和浙江湖州遭到湘军、淮军的攻击，多数并入侍王李世贤和康王汪海洋部，转至福建、广东继续战斗。
李世贤军十余万人，于八月底越梅岭关进入广东。来王陆顺德等部于九月初九日由大埔进占福建永定县，十五日攻克龙岩州，击毙守备陈登鳌。天将丁太阳、林正阳部十一日攻陷武平县，擒获福建按察使张运兰，击毙总兵贺国祯、王明高和副将雷昭维、尹定友等。十三日粤军来攻武平，次日丁太阳转入永定。李世贤自领大军，十三日连占平和、南靖二县和云霄厅（今云霄县），十四日一举袭破闽南重镇漳州府，击毙总兵禄魁、道员徐晓峰，杀了知府扎克丹布。汪海洋军进攻江西宁都失利后退回瑞金。浙江提督鲍超统军来逼，汪部四五万人即于九月十五日退入长汀南部濯田一带，随后又进占连城南部的新泉和上杭北部。至此，太平军在闽南、闽西占领区连成了一片。
太平军余部十余万人会集福建南部，闽浙总督左宗棠不得不入闽督师。左部湘军二万余人分三路进军福建：西路由帮办福建军务刘典、署臬司王德榜率领，由江西建昌（今南城）人汀州；中路由提督黄少春带领，由衢州经浦城、建宁南进；东路由提督高连升统率，由杭州赴宁波，乘英轮从海道抵福州，经兴化（今莆田）出泉州。除湘军和福建本省兵力外，还檄调江西、广东部分兵力，配合作战。
十月十二日，署福建陆路提督林文察率军进攻漳州，被守军击退，屯扎九龙江右岸万松关、瑞香亭一带。十一月初三夜，李世贤率部在当地起义军的配合下，袭击了清军营垒，毙林文察以下约千人。（①军事科学院《中国近代战争史》第一册第296页，1984年军事科学出版社出版。英人呤唎《太平天国革命亲历记》引威里塔斯《访问漳州》的报告说：“斩了清军一千人，俘获四百五十人。”见该书下册656页。上海古籍出版社1985年出版。）署福建水师提督曾玉明率水师来援，又被击溃，退扎安东桥。中旬，湘军高连升部抵安东桥，黄少春部进占万松关、瑞香亭一带，与李世贤军对峙。
湘军刘典部入汀州后，于十一月十七日进犯新泉、下车、上下罗等处。十九日，汪海洋和偕王谭体元、佑王李远继等组织反击，大败刘典所部于马洋洞，并袭破其杨家坊行营，阵斩副将卢华胜、参将刘敬廷、游击郭立本等。刘典收集败兵，退守连城县城。清廷得报，即命李鸿章调拨炮队入闽增援。
左宗棠鉴于冒进失利的教训，改取“渐逼渐进”的战术。以高连升、黄少春部6600人攻漳州，道员康国器、总兵刘明珍部4500人攻龙岩，刘典、王德榜、总兵王开琳部1.8万人攻汀州、连城。十二月二十九日，署汀州镇总兵关镇国部在粤军副将方耀部的配合下，占领永定县。同治四年正月二十三日，龙岩太平军万余人，分五路进攻距城四公里的铁石洋清军，未克而归。次日，康国器于东宝山草帽坳预设伏兵，另以一部攻城诈败。太平军倾城而出，中伏伤亡2000余人。当夜，康部又袭击东门炮台，城内守军出援，清军乘隙攻入城内。陆顺德等部弃城逃往漳州。龙岩的失陷，太平军漳州李世贤部与长汀、连城汪海洋部的联系便被切断。接着，刘典、王德榜部连续向汪海洋部进攻，汪部节节败退。正月二十七日，双方大战于连城新泉地区，汪部又大败，“所部精锐，丧失几半”（①郭以廷《太平天国史事日志》下册第1119页，1986年上海书店影印出版。）。二月初四日，汪部再败于南阳，余部向龙岩、南靖、永定一带转移。
清廷为加强对福建太平军的镇压，又从江苏调派提督郭松林、杨鼎勋带领装备有洋枪洋炮的八千淮军，由海道入闽。郭松林部于三月五日抵厦门，随即从海澄登陆，入漳与湘军协同作战。左宗棠又命在闽西的王德榜部、在龙岩的刘明珍部东进，在永安的总兵刘端冕部南下，会攻漳州。还从浙江增调3000湘军，由衢州总兵刘清亮率领，以增强攻漳兵力。这样，围攻漳州的湘军、淮军和闽军已达三万余人，且多为装备有洋枪洋炮的精锐部队。
三月初以后，清军采取步步为营，进逼漳州。李世贤军多次出击，均未奏效。三月十六日，高连升一部进扎赤岭南部院祠。李世贤亲率城内太平军和南靖援兵分路出击，首次攻击不利，再次攻击又遭到高连升、郭松林部的联合反击，后退时被清军洋枪队斜出轰击，阵亡“三四千人，带伤以万计”（②王先谦《华东续录》同治四年四月。）。二十四日，王德榜部于漳州东北越河扎营，李世贤军再次出击，阵斩游击钟元兴，但受对方排炮轰击，未能攻破营垒。四月初十日，李世贤军于漳州南部古县、埔西、恒苍一带，再次与郭松林、杨鼎勋部交锋，又失利。十五日，与王德榜、刘清亮部战于漳州东北、浦南、乌头门一带，也败退。至此，清军已从北、东、南三面逼近漳州城。为了配合进攻漳州，粤军于两省交界的枫朗、柏嵩关、老虎关分三路布防，由总兵卓兴、翟国彦、副将方耀分别扼守，以堵截太平军入粤；湘军刘典部则机动至龙岩一带，防止李世贤部西进。
四月二十日，王德榜、刘清亮部进攻漳州东北部要隘乌头门，太平军据垒顽抗，垒外花椿木栅尽被破坏。次日，王德榜、刘清亮与郭松林、杨鼎勋联合进攻。太平军在乌头门的十四座营垒先后被攻破，牺牲万余人，余部向南靖退却。清军追击至天宝寨。在漳州东面的高连升、黄少春部乘势进攻楼内寨，太平军败溃，清军追至东关，纵火焚烧附城营垒。败退的太平军拥挤入城，清军紧紧追杀，夺门而入。李世贤率城内太平军“巷战不胜”（③郦纯《太平天国军事史概述》下编第三册586页，1986年中华书局出版。），于当夜十时从西门撤走。太平军占领七个月之久的漳州城遂告沦陷。随后，南靖、平和、漳浦、云霄、诏安也相继失守。五月初二日，李世贤、陆顺德等余部于永定塔下，又为康国器、王开琳部所败，损失约二万人，次日又有三万余人投降清军。（④军事科学院《中国近代战争史》第一册297页，1984年军事科学出版社出版。）至此，李世贤军丧失殆尽，只身逃出。陆顺德则率余部人粤，占领镇平（今蕉岭），后走平远。
汪海洋部太平军也接连失利。三月二十七日又于龙岩、永定、南靖间的奎洋等处，被刘典、康国器部打败，阵亡6000余人。四月十三日续败于大溪，即退入广东大埔。漳州失陷后，汪海洋领军回击永定，二十三日进攻猎射凹清军获胜，斩总兵丁长胜、游击陈观光，擒参将熊常富。二十五日进攻湖雷康国器部，受挫，西走上杭。五月十一日于上杭被高连升部战败，遂人武平。二十日进占广东镇平。
李世贤从永定塔下逃出后，“割发密藏山中，昼伏夜行”（①牟安世《太平天国》第495页。1959年上海人民出版社出版。），于六月二十八日至镇平，入汪海洋军营，不意四天后竞被汪海洋刺死，（②李世贤在永定被围，汪海洋在上杭不去救援；后李世贤余部投附汪海洋，汪又杀了李的部将李元茂。汪海洋怕李世贤取代自己，于己不利，故派人将他剌死，并诬世贤投敌。）年仅32岁。
汪海洋等部转战于粤东、赣南，十月占领广东嘉应州（今梅县），被左宗棠指挥的五六万湘军、粤军包围。十二月十二日，汪海洋督率所部反击清军时中弹受伤，四天后牺牲，年仅36岁。余部由偕王谭体元统率突围，二十四日于黄沙嶂山中迷途，被清军追及，谭体元力竭坠崖死，部众或战死，或投降。至此，转战闽粤的太平军余部以失败而告终。
咸丰七年二月三十日，国宗石某（⑤国宗为东、西、南、北、翼五王的兄弟，天王本家兄弟亦称国宗。其地位相当于四等王。石某是哪一位不明。）领兵自江西泸溪（今资溪）经铁牛关入闽，占领光泽县，杀了知县蒋仁瑞。三月初六日，国宗杨辅清、杨义清和祷天侯胡寿阶等部又从泸溪人云际关，攻占邵武府（今邵武县），杀死粮道王训茅、知府娄浩等。设立乡官，收纳贡税。石某见友军已占邵武，便于三月十四日南下占领泰宁县，随后转入江西。太平军入闽时，驻守杉关（光泽西）的副将张从龙、参将琳润等弃关内逃。闽浙总督王懿德急忙请调浙江、广东部分兵力，加强闽北、闽西防御，并由福州亲到延平（今南平市）督师。
入闽的太平军占领邵武后即兵分三路：杨义清部于石某转入江西后，南下占领泰宁。胡寿阶部从邵武南进，于四月初一日占领宁化。清总兵富勒兴阿守竹篙岭，太平军未到就逃走。胡寿阶便会同闽广起义部队，于四月初七日攻占汀州府（今长汀县），杀了知府延英、同知朱式景。同日，当地起义部队攻克清流、归化（今明溪县）二县。四月中旬以后，胡寿阶部撤出汀州，连陷连城、武平二县。后受到汀漳龙道道员英朴所部清兵和当地地主武装的攻击，于六月分别从宁化、武平退人江西。杨辅清部于三月十九日，分兵攻占建阳、崇安二县，二十八日主力围攻建宁府（今建瓯县）。王懿德急令福建水师提督钟宝三从闽东西援，游击毕定邦由浦城南援，自率舟师由延平北救。杨辅清部连日攻城未下，四月十八日以地雷将东门城墙炸崩五丈多，随即蜂拥而进。由于知府刘翊宸率兵死守，仍然未能攻入城内。此时，清军各路援兵已到，代理按察使赵印川与毕定邦水陆并进，南北夹击，王懿德亲临督战。太平军多次中伏受挫。五月初一日，杨辅清撤围建宁回师邵武。闰五月初七日，杨辅清得知石达开已领军南下，便开始从邵武等地撤军，二十二日进入江西新城（今黎川），准备与翼王会师。
咸丰六年秋，天京发生内讧事变。二个月后石达开被召回京辅政。石达开辅政后，遭到天王洪秀全的猜忌，并受到牵制和监视，遂于咸丰七年五月离京出走。他带领数万听他指挥的部队，经皖南人赣，招集旧部，独立进行远征。九月，石达开部与由闽入赣的杨辅清部会师贵溪，联合攻城未克。随后石达开引军转战赣江以东至抚州、东乡一带，在江西的旧部大多前来汇合。这时，湘军正围攻吉安、临江（今清江西南），石达开改变了西援吉安、临江的计划，决定东进闽浙。咸丰八年二三月间，石达开部经玉山迸入浙江，杨辅清部仍从赣东入闽北。
杨辅清、杨义清部四五万人，于二月十六日由铅山袭破岑阳关，进占崇安西南。二十一日，从苦树林小路越过双亭隘，袭占浦城县城。接着连克松溪、政和二县。占领以上三县后，即整修加固城墙，分兵筹粮征饷，打击各处地主武装。另一支太平军（①似为杨辅清部，但《邵武府志》称为黑旗，又似石达开部。）于三月二十一日从江西泸溪突入铁牛关，攻陷光泽县。二十七日击败延建邵道道员赵印川部清军后，占领邵武府城。五月十八日，杨辅清分兵一部南下，于建阳麻沙击毙赵印川，二十七日又阵斩参将黄挺秀，占领建阳城，不久北撤。
石达开人浙占领江山后，自率主力围攻衢州（今衢县），以国宗石镇吉、石镇常部数万人攻略浙西南，先后占领了十几个州县。但攻衢州三个月未克，石达开遂决定放弃浙江，南下福建。六月初四日，石达开撤围衢州，分两路南进，并命石镇吉等部入闽会师。这时杨辅清与石达开不和，听说石部将入闽，即于七月初七日前从政和、松溪、浦城等地撤兵，进入江西广丰，脱离石达开，取道皖南，回援天京。（①关于杨辅清与石达开分手事，一说曾发生互相残杀，一说于浦城会师才脱离。据郭以廷《太平天国史事日记》记载和郦纯《太平天国军事史概述》考证，均不确。因为石部入闽前，杨部已全部撤走。）
石达开刚入浙时，清廷判断他可能抄袭苏州、常州，回援金陵（南京），故令在家守父丧的曾国藩复出，率领在江西的湘军东援浙江。后见石达开挥军南进，即命曾国藩改援福建，并调浙南部分兵力归他指挥，对石达开部进行前堵后追。
石达开军前队于七月初八日进入闽北，后队大军也于初十日越过仙霞岭，屯驻浦城、崇安一带。其前队曾于初九日围攻政县城，（②杨辅清部于七月初一日撤离政和，清军随即入城。）因城经杨辅清加固，福宁镇总兵池建功等死守，连攻四昼夜不克。石达开的战略目标是经闽西、赣南、湘南西人四川，故下令停止攻城，减少消耗。经几天休整后，石达开军于四月二十一日开始南下，担任阻击的建阳镇总兵林尚荣节节败退，石军第二天就占领建阳，随后入邵武。八月十六日撤离邵武，分路前进。石达开自统大军，沿武夷山脉东麓南进。连克泰宁、建宁、宁化，于九月十一日占领汀州，随即转人江西瑞金。石镇吉、石镇常等部直趋赣南，西人江西新城（今黎川）为湘军刘长佑部所阻，又折回福建，经建宁、宁化南下。九月二十九日，在连城北部冠豸山歼灭3000多地主武装后，进占汀州。十月十五日放弃西人赣南的计划，改为东攻连城。从此，石镇吉、石镇常部也脱离石达开，带领四万太平军单独行动。咸丰九年正月初十日，该部撤离连城，在当地起义军的配合下，于芷溪、大池连挫清军的阻击，汀漳龙道道员英朴狼狈逃回漳州。十三日，太平军占领了龙岩州城。石镇吉在龙岩吸收了4000多青壮年充实队伍。二十三日离开龙岩向南挺进，由永定人广东大埔。后经湖南人广西，于百色地方被清军消灭。
石达开由江西人湖南后，连连失利，所属多部相继脱离石达开出走。咸丰十年（1860年）四月，石达开放弃安远南下后，又有右一旗大军略扩天燕彭大顺、军略孝天豫朱衣点、观天燕童容海等（③大军略、军略为职称。扩天燕、观天燕、孝天豫为爵号。太平天国在王爵之下，又设天义、天安、天福、天燕、天豫、天侯六等爵位。）率众数万东返。该部主力经湖南入江西，于当年十一月攻占瑞金，十二月占领汀州城，并于河田筑木城，与汀州城互为犄角。闽浙总督庆端急令总兵袁艮等进击，溃败而回。咸丰十一年（1861年）正月，太平军向东攻占连城，彭大顺不幸负伤，三月死于连城。占领连城后，童容海率大队北进，逼近永安，威胁清流。庆端一面命总兵曾玉明等进兵永安、清流堵御，一面亲至延平，调动兵力加强闽北地区防御。三月，原占据武平县的石达开旧部花旗军（④花旗军为广东天地会起义军，于咸丰五年归入石达开部，咸丰十年在广西脱离石达开东归，当年十一月九日据武平。其领导人为谭星、陈荣、周春、林彩等。）放弃武平，到汀州与朱衣点、童容海会合。鉴于清流、永安被清军所阻，朱衣点等遂于四月十五日撤离汀州，改道从瑞金北上，后至河口（今铅山县）归入忠王李秀成部。
同治三年（1864）六月天京失陷，标志了太平天国的失败。但在长江南北各战场的数十万太平军，仍顽强地抗击清军的进攻。长江以南的太平军，在江西和浙江湖州遭到湘军、淮军的攻击，多数并入侍王李世贤和康王汪海洋部，转至福建、广东继续战斗。
李世贤军十余万人，于八月底越梅岭关进入广东。来王陆顺德等部于九月初九日由大埔进占福建永定县，十五日攻克龙岩州，击毙守备陈登鳌。天将丁太阳、林正阳部十一日攻陷武平县，擒获福建按察使张运兰，击毙总兵贺国祯、王明高和副将雷昭维、尹定友等。十三日粤军来攻武平，次日丁太阳转入永定。李世贤自领大军，十三日连占平和、南靖二县和云霄厅（今云霄县），十四日一举袭破闽南重镇漳州府，击毙总兵禄魁、道员徐晓峰，杀了知府扎克丹布。汪海洋军进攻江西宁都失利后退回瑞金。浙江提督鲍超统军来逼，汪部四五万人即于九月十五日退入长汀南部濯田一带，随后又进占连城南部的新泉和上杭北部。至此，太平军在闽南、闽西占领区连成了一片。
太平军余部十余万人会集福建南部，闽浙总督左宗棠不得不入闽督师。左部湘军二万余人分三路进军福建：西路由帮办福建军务刘典、署臬司王德榜率领，由江西建昌（今南城）人汀州；中路由提督黄少春带领，由衢州经浦城、建宁南进；东路由提督高连升统率，由杭州赴宁波，乘英轮从海道抵福州，经兴化（今莆田）出泉州。除湘军和福建本省兵力外，还檄调江西、广东部分兵力，配合作战。
十月十二日，署福建陆路提督林文察率军进攻漳州，被守军击退，屯扎九龙江右岸万松关、瑞香亭一带。十一月初三夜，李世贤率部在当地起义军的配合下，袭击了清军营垒，毙林文察以下约千人。（①军事科学院《中国近代战争史》第一册第296页，1984年军事科学出版社出版。英人呤唎《太平天国革命亲历记》引威里塔斯《访问漳州》的报告说：“斩了清军一千人，俘获四百五十人。”见该书下册656页。上海古籍出版社1985年出版。）署福建水师提督曾玉明率水师来援，又被击溃，退扎安东桥。中旬，湘军高连升部抵安东桥，黄少春部进占万松关、瑞香亭一带，与李世贤军对峙。
湘军刘典部入汀州后，于十一月十七日进犯新泉、下车、上下罗等处。十九日，汪海洋和偕王谭体元、佑王李远继等组织反击，大败刘典所部于马洋洞，并袭破其杨家坊行营，阵斩副将卢华胜、参将刘敬廷、游击郭立本等。刘典收集败兵，退守连城县城。清廷得报，即命李鸿章调拨炮队入闽增援。
左宗棠鉴于冒进失利的教训，改取“渐逼渐进”的战术。以高连升、黄少春部6600人攻漳州，道员康国器、总兵刘明珍部4500人攻龙岩，刘典、王德榜、总兵王开琳部1.8万人攻汀州、连城。十二月二十九日，署汀州镇总兵关镇国部在粤军副将方耀部的配合下，占领永定县。同治四年正月二十三日，龙岩太平军万余人，分五路进攻距城四公里的铁石洋清军，未克而归。次日，康国器于东宝山草帽坳预设伏兵，另以一部攻城诈败。太平军倾城而出，中伏伤亡2000余人。当夜，康部又袭击东门炮台，城内守军出援，清军乘隙攻入城内。陆顺德等部弃城逃往漳州。龙岩的失陷，太平军漳州李世贤部与长汀、连城汪海洋部的联系便被切断。接着，刘典、王德榜部连续向汪海洋部进攻，汪部节节败退。正月二十七日，双方大战于连城新泉地区，汪部又大败，“所部精锐，丧失几半”（①郭以廷《太平天国史事日志》下册第1119页，1986年上海书店影印出版。）。二月初四日，汪部再败于南阳，余部向龙岩、南靖、永定一带转移。
清廷为加强对福建太平军的镇压，又从江苏调派提督郭松林、杨鼎勋带领装备有洋枪洋炮的八千淮军，由海道入闽。郭松林部于三月五日抵厦门，随即从海澄登陆，入漳与湘军协同作战。左宗棠又命在闽西的王德榜部、在龙岩的刘明珍部东进，在永安的总兵刘端冕部南下，会攻漳州。还从浙江增调3000湘军，由衢州总兵刘清亮率领，以增强攻漳兵力。这样，围攻漳州的湘军、淮军和闽军已达三万余人，且多为装备有洋枪洋炮的精锐部队。
三月初以后，清军采取步步为营，进逼漳州。李世贤军多次出击，均未奏效。三月十六日，高连升一部进扎赤岭南部院祠。李世贤亲率城内太平军和南靖援兵分路出击，首次攻击不利，再次攻击又遭到高连升、郭松林部的联合反击，后退时被清军洋枪队斜出轰击，阵亡“三四千人，带伤以万计”（②王先谦《华东续录》同治四年四月。）。二十四日，王德榜部于漳州东北越河扎营，李世贤军再次出击，阵斩游击钟元兴，但受对方排炮轰击，未能攻破营垒。四月初十日，李世贤军于漳州南部古县、埔西、恒苍一带，再次与郭松林、杨鼎勋部交锋，又失利。十五日，与王德榜、刘清亮部战于漳州东北、浦南、乌头门一带，也败退。至此，清军已从北、东、南三面逼近漳州城。为了配合进攻漳州，粤军于两省交界的枫朗、柏嵩关、老虎关分三路布防，由总兵卓兴、翟国彦、副将方耀分别扼守，以堵截太平军入粤；湘军刘典部则机动至龙岩一带，防止李世贤部西进。
四月二十日，王德榜、刘清亮部进攻漳州东北部要隘乌头门，太平军据垒顽抗，垒外花椿木栅尽被破坏。次日，王德榜、刘清亮与郭松林、杨鼎勋联合进攻。太平军在乌头门的十四座营垒先后被攻破，牺牲万余人，余部向南靖退却。清军追击至天宝寨。在漳州东面的高连升、黄少春部乘势进攻楼内寨，太平军败溃，清军追至东关，纵火焚烧附城营垒。败退的太平军拥挤入城，清军紧紧追杀，夺门而入。李世贤率城内太平军“巷战不胜”（③郦纯《太平天国军事史概述》下编第三册586页，1986年中华书局出版。），于当夜十时从西门撤走。太平军占领七个月之久的漳州城遂告沦陷。随后，南靖、平和、漳浦、云霄、诏安也相继失守。五月初二日，李世贤、陆顺德等余部于永定塔下，又为康国器、王开琳部所败，损失约二万人，次日又有三万余人投降清军。（④军事科学院《中国近代战争史》第一册297页，1984年军事科学出版社出版。）至此，李世贤军丧失殆尽，只身逃出。陆顺德则率余部人粤，占领镇平（今蕉岭），后走平远。
汪海洋部太平军也接连失利。三月二十七日又于龙岩、永定、南靖间的奎洋等处，被刘典、康国器部打败，阵亡6000余人。四月十三日续败于大溪，即退入广东大埔。漳州失陷后，汪海洋领军回击永定，二十三日进攻猎射凹清军获胜，斩总兵丁长胜、游击陈观光，擒参将熊常富。二十五日进攻湖雷康国器部，受挫，西走上杭。五月十一日于上杭被高连升部战败，遂人武平。二十日进占广东镇平。
李世贤从永定塔下逃出后，“割发密藏山中，昼伏夜行”（①牟安世《太平天国》第495页。1959年上海人民出版社出版。），于六月二十八日至镇平，入汪海洋军营，不意四天后竞被汪海洋刺死，（②李世贤在永定被围，汪海洋在上杭不去救援；后李世贤余部投附汪海洋，汪又杀了李的部将李元茂。汪海洋怕李世贤取代自己，于己不利，故派人将他剌死，并诬世贤投敌。）年仅32岁。
汪海洋等部转战于粤东、赣南，十月占领广东嘉应州（今梅县），被左宗棠指挥的五六万湘军、粤军包围。十二月十二日，汪海洋督率所部反击清军时中弹受伤，四天后牺牲，年仅36岁。余部由偕王谭体元统率突围，二十四日于黄沙嶂山中迷途，被清军追及，谭体元力竭坠崖死，部众或战死，或投降。至此，转战闽粤的太平军余部以失败而告终。
