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康熙二十二年（1683）清朝统一台湾后，开放海禁，东南沿海对外贸易迅速发展。乾隆末年和嘉庆初年，政风日坏。一方面，商人勾结官府，从外贸中获取高利而暴富；另一方面，广大渔民、农民在封建剥削下，生活极其艰苦，贫富悬殊非常突出。时值沿海连年遭灾，米价飞涨，由于生活所迫，“失业贫民无不出海为盗”（②《清仁宗实录》卷二，嘉庆元年二月条。），形成了几股“劫海”的海上武装集团。
  蔡牵，福建同安人，家庭贫寒，（③有人说，蔡牵是以弹棉为生的手工业者。见《台湾杂谈》，四川教育出版社1984年出版。）于乾隆六十年（1795）参加海上武装集团，并成为首领。由于他劫富济贫，“善捭阖，能使其众”（④魏源《圣武记》卷八《嘉庆东南靖海记》。），力量不断壮大。嘉庆五年（1800），他收并了安南夷艇，（⑤安南（今越南）阮光平夺得政权后，招纳亡命，配以艇船，令劫中国沿海商船，以佐国用。光平死后，其子福映受中国封，断绝与劫海艇船的联系，其在福建沿海的艇船遂为蔡牵所并。）被清军打散的水澳、风尾帮等海上武装集团又来归附，遂拥有战船百余艘，义军万余人，并与陆上天地会党（⑥以抗清复明为宗旨的群众秘密结社。）相连结，从而控制了闽浙沿海部分地区，对进出的外国商船实行征税。此后，蔡牵率领海上义军，活动于北自山东、南至两广一线沿海，攻城略地，屡次打击清军。
  蔡牵的舰艇船高炮大，清军“水师战舰不能制，（浙江巡抚阮元）乃集捐十万金付（水师提督李）长庚，赴闽造大舰三十（艘），名曰霆船，铸大炮四百余（门）配之”（⑦《清史稿》卷三五0《李长庚传》。）。嘉庆六年（1801），清军水师装备霆船后便不断出洋追歼蔡牵船队。蔡牵采取分散游击，避强击弱，与其周旋于闽浙海面，使清军疲于南北奔命。嘉庆七年三月初五日，蔡牵在南日岛海面与闽浙水师发生遭遇战，损失战船3艘，随即向外海转移。五月初一日，蔡牵乘清军无备，率500余人夜袭厦门海口的大担、二担岛，全歼守军，夺得大炮13门。
  嘉庆八年（l803）正月，蔡牵率船队北上浙江定海，往普陀山进香。李长庚率浙江水师掩至，占据上风发炮攻击。义军抗击失利，损失较大，退回闽海。二月，李长庚追至闽东三沙海面。义军因粮食、火药已尽，篷破桅坏，无力再行抵抗，蔡牵即利用闽浙总督玉德与李长庚的矛盾，向玉德伪降。当浙江水师退走后，义军在闽东人民的支援下，“缮樯械，备糗粮”（①魏源《圣武记》卷八《嘉庆东南靖海记》。），继续扬帆海上。尔后，“赂闽商造大艇，高于霆船”（②《清史稿》卷三五〇《李长庚传》。）。六月，蔡牵于海上劫得台米数千石，并接济广东海上义军朱〓部，朱〓便率所部数千人与蔡牵联合反抗清朝。至此，海上义军声势复振。
  嘉庆九年（1804）三月初十日，蔡牵与李长庚战于闽东浮鹰岛海面，双方各有伤亡。为了保存实力，蔡牵引军转战台湾。四月中旬，驶抵鹿港，进泊鹿耳门。二十八日乘雨袭击台湾重镇北汕，守军来不及发炮即溃败，游击武克勤、守备王维光战死。义军“遂燔木城，毁炮台，夺铁炮”。三十日夜又“焚鹿耳门营署，火光达安平”。（③连横《台湾通史》卷三十二《海盗传》。）总兵爱新泰移驻安平，不敢往救。五月下旬，蔡牵回师闽海，又有广东红头艚20余艘来附，会师于竿塘（今马祖）海面。六月初五日，温州镇总兵胡振声奉命带领在闽运木的20余艘战舰率先进攻，与义军激战于浮膺海面，总兵坐舰被击毁，胡振声以下官兵80余人丧命。义军获胜后，即分三帮北上浙海。清廷急命沿海水师严防谨守，合师“会剿”。八月二十日，李长庚率浙闽4镇水师合击蔡牵于定海以北海面。义军各帮未能密切配合，损失艇船3艘，从北关退走。蔡牵将这次失利委过于朱〓，朱〓不服，遂率所部单独行动，蔡牵之势少衰。之后，蔡牵几次海上作战均不利。
  嘉庆十年（1805）四月，蔡牵集中艇船百余艘进攻台湾。在漳化洪老四数千义军的配合下，攻占淡水，“据沪尾，焚艋舺（今台北）”；继而分兵南渡，又有凤山（今高雄）吴淮洒义军响应，遂克凤山。“官军皆闻风而靡”（④连横《台湾通史》三十二《海盗传》。），伤亡惨重，龟缩府城（今台南）及其附近。蔡牵在台湾人民的支持下，称镇海威武王，建元光明，设文武官制。十一月，义军一面逼攻府城，一面于鹿耳门、淡水等地设防，以对付大陆来援的清军。蔡牵亲率船队游弋海上，指挥海陆攻防。十二月二十四日，蔡牵于海上击溃台湾总兵爱新泰船队进犯。
  嘉庆十一年（1806）正月，李长庚率闽浙水师援台。因鹿耳门为义军沉船所阻，命金门总兵许松年、澎湖副将王得禄率小舟从南北汕大港门进入内港，乘夜以火攻袭击义军船队。蔡牵战船被焚20余艘，退保洲仔尾。二月，清军水陆夹击洲仔尾，义军陆上营寨被毁，船队被困。初六日，风潮骤涨，沉舟漂起，蔡牵乘机率战船30余艘夺鹿耳门而出，退回闽东水溪、大全休整，“装篷镡洗”（⑤《清仁宗实录》卷一百六十一，嘉庆十一年五月。），补充粮、药。清军在鹿耳门获胜后，加紧对岛上义军进行反击。义军连连失利，淡水、凤山等要地先后失陷。三月，钦差大臣、广州将军赛冲阿领援兵抵台。（⑥清廷命广州将军赛冲阿领兵援台后，认为“福建水陆官兵七万有余，调渡台湾者不过三四千”，难以对付二万义军，又令成都将军德楞泰“调四川兵3000赴剿”，德楞泰又奏准从两湖、两广、山东各调兵二千人随行。另调吉林、黑龙江兵赴闽参战。但因台湾战事基本结束，后者未见抵台。）五月，蔡牵在率船队赴台。进攻噶玛兰（今宜兰）、鹿耳门均受挫。逐放弃台湾，撤回闽浙沿海。
  由于清廷逮治闽浙总督玉德“协剿”不力罪，闽浙沿海实行严格的坚壁清野，蔡牵船队的粮饷硝药得不到补给，船炮得不到修理，只得分散游击。此后，与清水师多次交战中，互有胜负。
  嘉庆十二年（1807）十二月，李长庚侦知蔡牵行踪，即与福建水师提督张见升合围蔡牵于南澳东南之黑水洋。蔡牵在数倍于己的清军围攻下，奋起抗击，船艇大部被毁，最后仅存三艇。当蔡牵座艇后梢被李长庚坐船挂住，清副将印得方跃上艇时，蔡牵镇定指挥，迅即以尾炮击倒李长庚。水师各船见主帅身亡，顿时惊散。张见升“不战，遽引舟退，牵得以逸安南”（①黄鸿寿《清史纪事本末》卷三十八《各省之叛乱》。）。因此，张见升被逮往京城问罪。
  嘉庆十三年（1808）秋，蔡牵重聚50余艘艇船，再入闽浙海面，劫商船，袭兵舰。闽浙水师频频出击，蔡牵船队多次受挫。十四年八月十七日，福建水师提督王得禄、浙江水师提督邱良功分率两省水师，合击蔡牵于舟山海面。是日，双方激战于渔山外海，互有伤亡。次日，蔡牵船队边战边走，傍午越过了黑水洋。清军深恐蔡牵走脱，决定采取“分船隔攻”的近战战术，将义军船队分别包围，使其无法互相应援，并集中围攻蔡牵座艇。邱良功首先逼近蔡艇，两篷交结。蔡牵即以碇猛击邱船，并以矛刺伤其左髅。良功身伤船坏，王得禄继又冲上。蔡艇弹丸用尽，遂以银元用炮子，击伤得禄额、腕。王得禄遂令向艇上投掷火斗、火罐，并靠上蔡艇。蔡牵见尾楼着火、清军已跃上艇，毅然引爆巨炮，裂船自沉。蔡牵和“船内伙众共二百五六十名”（②魏源《圣武记》卷八《嘉庆东南靖海记》。）壮烈牺牲，其它船艇部众千余人降清。
  蔡牵海上起事十余年，台湾海峡两岸群众受其旗者数万人，多次打败清军，给清朝统治者以重大打击。但其劫海行为对海上生产和贸易则造成不利的影响。