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元末明初，日本处于南北朝时代，在国内战争中溃败的武士流亡海岛，勾结海商和失业流民，组成海盗集团，经常在中国沿海进行武装掠夺和骚扰，史称“倭寇”。倭寇初始窜犯中国北部沿海，后来逐次南移，洪武三年（1370）和五年就曾两次侵扰福建沿海。当时明廷厉行海禁，派信国公汤和、江夏侯周德兴等将领在东南沿海筑城设卫，整饬海防，造船御寇，故未成大患。十五世纪后期，日本进入战国时代，封建主和寺院大地主为了扩充实力，弥补内战损失，怂恿和支持海盗活动，倭寇渐趋猖獗。明世宗嘉靖年间，内政日益腐败，沿海卫所“船敝伍虚”（①《明史》卷三百二十二《日本传》。），军备废弛。倭寇乘机与中国少数奸商、海盗勾结，不断窜犯东南沿海地区，烧杀掳掠，无恶不作，给人民带来深重灾难，成了明朝的严重祸患。
嘉靖二十六年（1547），入侵浙闽的倭寇出没无常，当地守军不相统属，难以抵御。明廷命朱纨为浙江巡抚，兼提督浙闽海防军务。他统一部署两省海防事宜，征调战船扼守要地，禁止商船下海，严立保甲制度，严惩勾结倭寇的内贼，孤立倭寇。二十七年四月，朱纨命福建都指挥佥事卢镗进剿双屿港（今宁波东），歼灭海盗数百人，擒获勾结倭寇的海盗头目许栋。次年二月，又派巡海副使柯乔和卢镗于诏安走马溪（东山岛西北）海面围歼葡萄牙殖民者，并俘获勾结葡盗和倭寇的李光头等96人。朱纨以“便宜（行事）斩之”（②《明史》卷三百二十五《佛郎机传》。），打击了浙闽勾结倭寇的豪绅和奸商。四月朱纨被弹劾“擅自行诛”（③《明史》卷三百二十五《佛郎机传》。）而罢职，忧愤自杀，柯乔、卢镗也人狱。倭寇遂更加猖獗。
嘉靖三十一年以后，明世宗复先后命王抒和张经总督浙闽军务。他们重用俞大猷、汤克宽，释放柯乔、卢镗等人，编练水师，请调援兵，水陆密切配合，在浙江一带沿海有效地抗击倭寇。当时，福建沿海虽有倭寇流劫，但还不是倭寇侵犯的重点地区。
嘉靖三十四年，福建的倭患开始日趋严重。倭寇从浙江南窜，蹂躏福宁州（州治在今霞浦）沿海，继而南移进犯兴化（今莆田）、泉州一带，受祸最重的是福清海口。三月，倭船百余艘乘雾企图在莆田吉了澳登陆，参将黎鹏举即令炮台开炮拦阻，随后借雾散、潮落、风顺之机率水寨哨舟和百余艘商渔船迎击，倭船败逃。军民共击沉倭船三艘，斩倭百余人，生擒87人，倭贼坠海淹死不少。十一月，又有数十条倭船沿莆田海岸焚掠，平海卫千户邱珍率所部至冲要游动阻击，倭船无法靠岸，转而潜至白湖江上陆，进犯涵头（今涵江）。千户杨一茂、邱珍等追至福清东岳山，力战阵亡。倭继而入福清海口，大批新倭又到，遂于闰十一月十三日合股进攻镇东卫城（海口东）。千总戴洪、高怀德、张銮等出战，皆败被杀。泉州指挥童乾震奉命来援，驻军里尾（距海口五公里），见卫城危急，率师先发，直逼倭垒，擒杀倭十余人，倭败退。因备倭刘炌率兵后援未到，败退的倭夷加兵反击，官兵抵挡不住，边战边退至覆釜山麓。童乾震“搏一贼，践而刃之，为反刃”（①乾隆《福清县志》卷二十，郭造卿《与戚将军言指挥童乾震死事书》。）而死。倭人海口、陷镇东，先后“杀都指挥、指挥、千百户、武举三十员，军民以万计”（②林希元《林次崖先生文集》卷六《上巡按二司防倭揭帖》。）。三十五年正月，倭自海口北窜。刘炌率兵至宁德石壁岭阻击，刚到尚未列阵，倭众已来。刘炌仑卒应战，力尽被杀。三月，倭围攻福宁州城，未克退走。参将尹凤带官军追击、堵截，先后以火攻、伏弩等战法败倭于孤山、湖坪和桐山，残倭逃人浙江。十月，倭贼万余人围攻福鼎秦屿堡，乡民程伯简率民众抗击，“丁壮列于垛，妇女运石传餐，即有患矢者亦不挠避”，“倭攻七昼夜挫刃去”。（③乾隆《福宁府志》卷三十九《赤岸堡记》。）在闽南，倭从漳浦六都登陆，屯驻后江头土城，流劫诏安各地，十月进犯漳州月港（今龙海海澄镇）。
嘉靖三十六年三月，倭寇数千从琯头登陆，并以此为巢，四出劫掠。八月，从流江（沙埕港东岸）转掠小埕（黄岐半岛南岸）水寨的倭寇，会同琯头的倭寇围攻福州城，在四郊焚掠杀掳，“南台、洪塘悉为煨烬”（④林绳武《海滨大事记》卷一《福州倭患始末》。）。福建巡抚阮鹗，“竭库藏并括民间金帛赂之”（⑤林绳武《海滨大事记》卷一《福州倭患始末》。），送给倭寇白银数万两，金花千枝，牙轿数乘，又拨给新造大船六艘，让其满载而归。倭贼遂拥舟船下马江，沿途焚掠人海。十月，倭由连江渔仓浦登岸，攻小东门，犯北茭。随后新倭又到，合股攻连江城。官兵分门出击，倭从拱屿退走。同年六月，流劫漳州地区的倭寇犯月港，焚掠千家，杀掳千人。十一月，从浙南来的一批倭船屯泊浯屿（厦门港外，今属龙海），分劫同安、南安、惠安诸县。十二月，从潮州澄海界登陆的倭寇，占黄土冈土城，流劫诏安县境。
嘉靖三十七年三月，倭万余攻陷宁德城，继由七都抵罗源，见城上官军严阵以待，遂转掠连江一带。四月，由海盗严山老引导，越大北岭进逼福州，在城外焚掠达60天之久。同时，分掠长乐、福清。倭攻长乐时，城崩20余丈，居民数千“列栅拒战”，“少壮守阵，老稚妇女运砖石”，（⑥谢杰汉《虔台倭纂》卷上《倭变二》。）终于击退倭寇。进攻福清的倭寇从长乐坑田登岸，经罗芹山、石尤岭至福清，四月二十六日攻城，守备来熙率援兵到，倭不敌退走。五月初，又有倭千余自长乐来，十二日，占城外山头，以炮轰城墙，城遂破。（⑦倭陷福清城时间，《福建史稿》为四月初八，本文从民国《福建通纪》嘉靖三十七年条，因其记载较详细。）倭据城两天，掳杀千余人，掠走财物无数。倭南掠莆田涵头、镇前、洋尾诸大村后，从海口出海。参将尹凤率舟师截击，冲沉倭船七艘，追至外海，连战浒屿、东洛海面，擒斩200余人，倭落水淹亡不少。另一股倭寇于四月进犯惠安城。当时，惠城新建，“遇雨而漶”，署县事孙节推避于泉州，绅士李恺等哭请受劾停职的知县林咸出来带领军民抗倭。林见义勇为，精心部署，“塞津补坠”（①杜印陶《惠安明代御倭史》1916年石印本。）。二十六日倭围城，先以铳攻击，再以布梯攀登。军民用矢石、钯头力遏，多次击退倭贼。双方相持五昼夜，各伤亡数百人。这时，朱紫贵率兵来援，倭解围退走。过三日，倭一部由海道攻鸭山，林咸带民兵迎击，倭溃败，林在继续追击中不幸中伏牺牲。五月初，倭攻泉州府城，20余天未下，便转掠凤山、清源一带，人南安县治（未建城），纵火焚毁官民廨舍。同年三月，倭由潮州人诏安。五月掠漳浦。一股乘船由沧泉至月港，焚劫九都后出海，随即北攻同安，被知县林宗爽率军民击退。十一月，盘踞浙江柯梅（舟山北部）的倭寇移巢浯屿。从此，倭寇侵犯的重点地区南移到了福建。
嘉靖三十八年，除盘踞在浯屿的倭寇外，又有大批新倭携带攻城器具来犯，整个福建沿海“无地非倭矣”（②谷应泰《明史纪事本末》卷五十五《沿海倭乱》。）。在漳州地区，浯屿的倭寇和从潮州来的数千新倭，劫掠龙溪、漳浦、诏安和长泰诸县，围攻漳浦、长泰县城，均被击退。仅长泰就击杀倭贼数百人。在泉州地区，倭围泉州城达四月之久，同时分掠南安、同安等地。倭攻同安时，正值“久雨城圮”，同知李时芳带领居民“植木栅桿蔽”（③嘉庆《同安县志》卷九《征抚》。），县学教官吴金率诸生和丁壮死守，倭攻城不下，退走。倭贼从详芝、石湖、乌浔等地分道出海，参将王麟带领舟师追击，败寇于大蚱山海面。在福州及其以北地区，三月，倭众数千攻福宁州城，军民实行坚壁清野抗战，屡挫倭对州城的进攻，并败倭于城北金字山。四月，新倭又到，遂西向攻陷福安城，焚掠五天，民众死难3000多人，被掳700余人。倭舟出海时，参将黎鹏举率舟师自嵛山（今嵛山岛）冲击倭船，冲断压沉各一艘，追驱于三沙至火焰山海面，以火攻将其击败，斩倭首67级，生擒68人。四月，倭自罗源、连江进犯福州，先掠周围各乡，十六日会攻省城，近月始解围去。当时，长乐、福清、永福（今永泰）均有倭寇侵扰。长乐城被围达70余天，守备来熙率军民固守，用火铳、矢石击伤击毙倭贼数百人。福清城自三月至五月，倭来犯达七次之多，均被城内军民击退。永福城于五月被倭攻陷，知县周焕等战死。六月，抢劫永福的倭寇从洪塘江（乌龙江西段）乘船，经马江出海，参将尹凤于梅花外海截击，击沉大小倭船78条，斩倭百余人，擒获勾结倭寇的贼首严山老等九人，倭众落海淹死无数。
嘉靖三十九年三四月间，倭寇再次大掠连江、长乐和福州周围地区，从沿海到深山穷谷，多数村庄遭到焚烧屠戮，财物“罄掠无遗”，省城“城门昼闭弥月”。（④林绳武《海滨大事记》卷一《福州倭患始末》。）新任巡抚刘焘一到即率官兵出击，先追败倭至闽安镇，继而击倭于长乐壶井山下，福州地区的倭寇始逐渐退走。三至五月，倭寇焚劫同安浯洲（今金门岛），受害最惨的是官澳。当时官澳巡检司城内有难民万余人，他们推举杨克绍为首组织丁壮4000人守城，因城高缺水，于四月初九组织突围时城破，倭纵火屠城，城内外尸横遍地，妇女相携投海不计其数，仅先头突围的200余人幸免被害。五月倭攻后浦，后浦虽筑城未就，但民众早已结社练兵，协力防守，倭攻不入。后同安知县谭维鼎率乡兵渡海来援，城内自卫武装配合援兵夹击倭贼，将倭众击溃，擒获倭酋阿士机、安尾达等七人。浯洲倭患“始终凡五十日，村社为虚”（①民国《金门县志》卷十二《兵事志》。）。不久，屯驻月港的3000倭寇移舟出港，官兵于海沧、白石、镇海、井尾等处伏击，每战皆胜。参将王麟、把总邓一贯又追倭于鼓浪屿、刺屿尾海面，击沉倭舟数十艘，俘斩数百人，哑哩国王孙上键、勾结倭寇的贼首徐老就擒，倭众大部溺死。同年五月，倭又围攻泉州城，攻陷崇武所城。另一股倭寇从仙游人永春，破县城，七月又陷安溪县城。
嘉靖四十年二三月间，倭寇流劫诏安各地。知县率民兵迎击，败绩，60余人被杀。四月，倭扰长乐各乡，掠福清和福州郊外，攻闽清城不克。十月，倭贼二万余人大掠同安各地，攻县城不下。十月和十二月，倭两次陷宁德城，居民被杀无数，全城几乎被夷为平地。倭旋即占据城东的横屿（三都澳湾顶一小岛）为巢穴。
嘉靖四十一年二三月间，倭围攻诏安城，两次攻陷永宁卫城（泉州东南25公里），泉州卫指挥欧阳深率军击倭，活捉勾结倭寇的贼首江一峰。四月，大批新倭焚掠长乐、福清、甫田，并占领海口以南的牛田（今龙田）和莆田东南的林墩为巢穴，与宁德的横屿倭巢互为犄角。以上三倭巢的倭贼四出焚掠，并立“买港之法，人以金赎免斩，屋以金赎免烧”（②乾隆《宁德县志》卷十《祥异》。）。七月，参将戚继光奉命率6000精兵由浙入闽剿倭。戚家军经过严格训练，纪律严明，在浙江曾屡败倭寇。戚军八月初一抵福宁州，初七到宁德，先招降了漳湾一带勾结倭寇的人，去敌耳目。初九晨，乘退潮之机，以稻草铺泥滩，徒涉进攻横屿。倭于山前列阵，戚军奋勇直前，并以一部迂回夹击，鏖战六小时，全歼岛上倭寇，活捉90余人，斩首2600余级，救出被俘群众3700余人。戚军随即南下进剿牛田之倭。屯驻牛田的倭寇万余人，分守上薛、西林、目岭、葛塘、新塘、闻读等地，络绎十余公里。戚继光于二十九日到福清。次日，“邑令及父老请师期”，继光声称“吾兵疲且休矣，俟缓图之”。（③民国《福建通纪》第三册卷九，嘉靖四十一年七月。）倭探得讯回报，倭酋不以为备。继光即于当晚分三路进剿，黎明便突破倭巢。当戚军攻进杞店时，倭才从梦中惊醒，慌张逃窜。戚军连破牛田、上薛、闻读诸穴，一直追至新塘。因扼守上原岭的福建南路参将也没有准备，致使残倭四千余人逃往莆田、惠安。这次战斗斩倭688人，胁从弃械投降任其散去数千人，救出被掳民众964人。九月十二日，戚军南移至峰头、江口。十三日，继光令把总张谏守海宁桥，自率主力入兴化府。当晚，地方官吏设宴招待戚军将领。继光从容宴饮，以示不即进兵，半夜，继光即率兵乘月色出城，经阳城、西洪，拂晓抵林墩。林墩四面沟海相通，路桥狭窄。戚军鱼贯而进，纵队攻击，与倭寇血战多时，三退三进，阵亡90余人，才将桥上倭寇击退。这时偏师张谏所部也从海宁桥南进，两面夹击，倭败退入巢。戚军当即冲进倭巢，与敌短兵相接，倭众落水淹死千余人。由于响导所误，林墩通黄石的大桥未作事先防堵，残倭便向黄石南窜，逃人窑兜乡。戚军跟踪追击。贼徒漫山四散，真倭躲进砖窑内。官军遂用火攻，将其全歼。这一仗共斩倭2023人，救出被俘男女2114人。戚军扫平三大倭巢后，即凯旋还浙。戚军路经福清时，恰遇新倭从东营澳登陆，又击斩倭贼200余人。
戚军走后，又有大批倭寇来犯福建。从温州来的，十月攻陷政和城，十一月又陷寿宁县城，十二月围攻松溪。从南澳来的，与在福清溃败的残倭合股，十月围攻同安城，继而攻陷福全所城（泉州东南44公里），十一月又陷玄钟所城（又作悬钟，在诏安南）。从福清海口登陆的新倭，十月进围兴化府城，月余未下。当时，广东总兵刘显奉命来援，兵不及且屡战疲乏，暂屯江口，派人往府城联系，拟约期入城协助守御。使者途中被倭抓获，倭遂以假冒真，诱守将于十一月二十八日开城门。倭贼突然拥入，府城即告失陷，同知吴时亮及军民被杀害千人以上。十二月二十九日，因城中粮尽，且闻官兵将至，倭弃城进占崎头为巢穴，以待夺船出海。
嘉靖四十二年二月，都指挥欧阳深与盘踞崎头的倭寇相持月余，见倭无大的行动，便引兵轻进挑战，遭到伏击，欧阳深及所部百余人皆阵亡。倭便乘胜攻陷平海卫（莆田东南《公里）。上年十一月明廷命谭纶为福建巡抚，总督福建军务；又命俞大猷、戚继光为福建正、副总兵，与刘显协同剿倭。这时，俞大猷从江西赶到，驻军秀山；刘显驻军明山，距倭营二公里。俞大猷原所带南赣兵被江西留下，新带刚招募的漳州兵，战斗力较差，故先把截港口，防倭船逃脱，以待戚军到后“并力收功”（①俞大猷《正气堂集》卷十五《与戚南塘书》。）。四月初八，戚军赶到福州，十三日抵宏路。倭寇获悉即贿赂把总许朝光，让部分倭寇运载财物出海。留下的3000狡黠倭寇据险结巢，分一股驻守赤崎山下，互为崎角。二十日，谭纶到渚林，召集诸将商讨破敌之策。他根据平海卫三面环水，易守难攻，为全歼该倭，决定以戚继光为中路军，担任正面攻击；刘显为左路军，从侧翼迂回夹击；俞大猷为右路军，断倭海上逃路。二十一日凌晨，三军同时开进，拂晓发起攻击。戚军先以火器击溃前来阻击的倭众，继以步兵冲杀，激战二小时，倭退人许厝大巢。官军旋即将其包围，以火攻夷平倭穴，斩倭2300余人，救出被掳男女3000余人，次日搜捕残倭，又擒斩171人。
上年冬攻陷政和、寿宁的倭寇一股400余人，南下拟与平海的倭寇合伙，得知平海倭寇覆灭后，遂退踞连江东北30公里的马鼻（当时为罗源湾内岸边一孤岛）。戚继光在平海战斗结束后即挥师北上，水陆并进，一举将其全歼。另一股倭寇盘踞于宁德漳湾，听说戚军将到，即移屯于龟山寺。为防其北窜，继光先以少数兵力迂回侧后佯动。五月二十五日，倭南移至小石岭。戚军分三路将其围歼，擒斩108人，余倭40余人投火自尽。
嘉靖四十二年十月，俞大猷调任广东，戚继光升任福建总兵，兼守浙江金华、温州二府。十一月，倭寇同时侵扰福宁、连江、莆田、惠安、晋江等地。其中从日本新到的百余艘倭船从莆田、仙游交界的东沙登陆，会同原漏网的残倭共万余人，于七日进围仙游县城，蜂聚四门营垒。知县陈大有、典史陈贤带领兵民据城固守。谭纶、戚继光即率师前往解围，谭、戚认为“倭从且方坚锐”、“未可轻战”，（①康熙《仙游县志》卷十四《崇勋祠•解围功德碑记》。）为防倭陷城和四出剽掠，即派部分兵力携带火器，夜缒入城，协助守御，并分兵遏阻要冲，余部屯驻距城十余公里的俞潭浦和沙园，待轮换的浙兵到后，并力歼敌。倭连日攻城不下，于十四日编竹为牌，以其遮身突入子城木栅。内城矢石齐下，火铳齐发，数百名倭贼大部被击毙。十二月六日，倭又“强运机梯环倚城四壁，诸黯酋奋力先登，直至城（垛）口，兵民争死力击之”（②康熙《仙游县志》卷十四《崇勋祠•解围功德碑记》。），倭死百余人，再次溃退。随后，倭“构大木为冲车，中藏兵械，架危梯于上”（③康熙《仙游县志》卷十四《崇勋祠•解围功德碑记》。），昼夜攻城。正当城危之际，轮调的浙兵赶到，谭、戚遂于二十六日挥师从东、南直捣倭垒。攻城的倭贼惊呼“戚虎至矣!”（④康熙《仙游县志》卷十四《崇勋祠•解围功德碑记》。），急往西、北奔窜。官军乘势掩杀，擒斩千余人，夺回被掳男女3000余人。余倭万余人南窜惠安、晋江等地。
嘉靖四十三年（1564）正月，南窜的倭贼攻安平（今安海），闻戚军将至，便继续南逃。二月初五，戚军追至同安王仓坪，斩倭百余人，倭众坠崖死者无数。余倭溃逃南去，占据漳浦蔡丕（一作坡）岭。岭上地如锅底，四周悬崖陡壁。二十六日，戚军分五哨，缘崖而上，将其包围。倭在岭上蔗林中设伏。官军纵火焚蔗林，烧死倭寇千人以上，擒杀数百人。逃脱的残倭千余人夺船下海，南窜广东。至此，侵犯福建的倭寇大部荡平。
此后，俞大猷、戚继光分别率军横扫流窜广东、福建沿海的残倭，至嘉靖四十五年，东南沿海的倭患基本消除。
福建从嘉靖三十四年起，严重倭患达七八年之久，先后被攻陷的有府城县城12座，卫城所城九座，沿海主要城镇大多遭到围攻，军民被杀被掳十余万人，房舍被焚数万间，财物被掠无数，使原来繁华的沿海地区为之残破萧条。福建军民在这场抗倭战争中，同仇敌忾，浴血奋战，前后歼倭数万人，为抗击外来侵略，保卫海疆写下了光辉的篇章。
嘉靖二十六年（1547），入侵浙闽的倭寇出没无常，当地守军不相统属，难以抵御。明廷命朱纨为浙江巡抚，兼提督浙闽海防军务。他统一部署两省海防事宜，征调战船扼守要地，禁止商船下海，严立保甲制度，严惩勾结倭寇的内贼，孤立倭寇。二十七年四月，朱纨命福建都指挥佥事卢镗进剿双屿港（今宁波东），歼灭海盗数百人，擒获勾结倭寇的海盗头目许栋。次年二月，又派巡海副使柯乔和卢镗于诏安走马溪（东山岛西北）海面围歼葡萄牙殖民者，并俘获勾结葡盗和倭寇的李光头等96人。朱纨以“便宜（行事）斩之”（②《明史》卷三百二十五《佛郎机传》。），打击了浙闽勾结倭寇的豪绅和奸商。四月朱纨被弹劾“擅自行诛”（③《明史》卷三百二十五《佛郎机传》。）而罢职，忧愤自杀，柯乔、卢镗也人狱。倭寇遂更加猖獗。
嘉靖三十一年以后，明世宗复先后命王抒和张经总督浙闽军务。他们重用俞大猷、汤克宽，释放柯乔、卢镗等人，编练水师，请调援兵，水陆密切配合，在浙江一带沿海有效地抗击倭寇。当时，福建沿海虽有倭寇流劫，但还不是倭寇侵犯的重点地区。
嘉靖三十四年，福建的倭患开始日趋严重。倭寇从浙江南窜，蹂躏福宁州（州治在今霞浦）沿海，继而南移进犯兴化（今莆田）、泉州一带，受祸最重的是福清海口。三月，倭船百余艘乘雾企图在莆田吉了澳登陆，参将黎鹏举即令炮台开炮拦阻，随后借雾散、潮落、风顺之机率水寨哨舟和百余艘商渔船迎击，倭船败逃。军民共击沉倭船三艘，斩倭百余人，生擒87人，倭贼坠海淹死不少。十一月，又有数十条倭船沿莆田海岸焚掠，平海卫千户邱珍率所部至冲要游动阻击，倭船无法靠岸，转而潜至白湖江上陆，进犯涵头（今涵江）。千户杨一茂、邱珍等追至福清东岳山，力战阵亡。倭继而入福清海口，大批新倭又到，遂于闰十一月十三日合股进攻镇东卫城（海口东）。千总戴洪、高怀德、张銮等出战，皆败被杀。泉州指挥童乾震奉命来援，驻军里尾（距海口五公里），见卫城危急，率师先发，直逼倭垒，擒杀倭十余人，倭败退。因备倭刘炌率兵后援未到，败退的倭夷加兵反击，官兵抵挡不住，边战边退至覆釜山麓。童乾震“搏一贼，践而刃之，为反刃”（①乾隆《福清县志》卷二十，郭造卿《与戚将军言指挥童乾震死事书》。）而死。倭人海口、陷镇东，先后“杀都指挥、指挥、千百户、武举三十员，军民以万计”（②林希元《林次崖先生文集》卷六《上巡按二司防倭揭帖》。）。三十五年正月，倭自海口北窜。刘炌率兵至宁德石壁岭阻击，刚到尚未列阵，倭众已来。刘炌仑卒应战，力尽被杀。三月，倭围攻福宁州城，未克退走。参将尹凤带官军追击、堵截，先后以火攻、伏弩等战法败倭于孤山、湖坪和桐山，残倭逃人浙江。十月，倭贼万余人围攻福鼎秦屿堡，乡民程伯简率民众抗击，“丁壮列于垛，妇女运石传餐，即有患矢者亦不挠避”，“倭攻七昼夜挫刃去”。（③乾隆《福宁府志》卷三十九《赤岸堡记》。）在闽南，倭从漳浦六都登陆，屯驻后江头土城，流劫诏安各地，十月进犯漳州月港（今龙海海澄镇）。
嘉靖三十六年三月，倭寇数千从琯头登陆，并以此为巢，四出劫掠。八月，从流江（沙埕港东岸）转掠小埕（黄岐半岛南岸）水寨的倭寇，会同琯头的倭寇围攻福州城，在四郊焚掠杀掳，“南台、洪塘悉为煨烬”（④林绳武《海滨大事记》卷一《福州倭患始末》。）。福建巡抚阮鹗，“竭库藏并括民间金帛赂之”（⑤林绳武《海滨大事记》卷一《福州倭患始末》。），送给倭寇白银数万两，金花千枝，牙轿数乘，又拨给新造大船六艘，让其满载而归。倭贼遂拥舟船下马江，沿途焚掠人海。十月，倭由连江渔仓浦登岸，攻小东门，犯北茭。随后新倭又到，合股攻连江城。官兵分门出击，倭从拱屿退走。同年六月，流劫漳州地区的倭寇犯月港，焚掠千家，杀掳千人。十一月，从浙南来的一批倭船屯泊浯屿（厦门港外，今属龙海），分劫同安、南安、惠安诸县。十二月，从潮州澄海界登陆的倭寇，占黄土冈土城，流劫诏安县境。
嘉靖三十七年三月，倭万余攻陷宁德城，继由七都抵罗源，见城上官军严阵以待，遂转掠连江一带。四月，由海盗严山老引导，越大北岭进逼福州，在城外焚掠达60天之久。同时，分掠长乐、福清。倭攻长乐时，城崩20余丈，居民数千“列栅拒战”，“少壮守阵，老稚妇女运砖石”，（⑥谢杰汉《虔台倭纂》卷上《倭变二》。）终于击退倭寇。进攻福清的倭寇从长乐坑田登岸，经罗芹山、石尤岭至福清，四月二十六日攻城，守备来熙率援兵到，倭不敌退走。五月初，又有倭千余自长乐来，十二日，占城外山头，以炮轰城墙，城遂破。（⑦倭陷福清城时间，《福建史稿》为四月初八，本文从民国《福建通纪》嘉靖三十七年条，因其记载较详细。）倭据城两天，掳杀千余人，掠走财物无数。倭南掠莆田涵头、镇前、洋尾诸大村后，从海口出海。参将尹凤率舟师截击，冲沉倭船七艘，追至外海，连战浒屿、东洛海面，擒斩200余人，倭落水淹亡不少。另一股倭寇于四月进犯惠安城。当时，惠城新建，“遇雨而漶”，署县事孙节推避于泉州，绅士李恺等哭请受劾停职的知县林咸出来带领军民抗倭。林见义勇为，精心部署，“塞津补坠”（①杜印陶《惠安明代御倭史》1916年石印本。）。二十六日倭围城，先以铳攻击，再以布梯攀登。军民用矢石、钯头力遏，多次击退倭贼。双方相持五昼夜，各伤亡数百人。这时，朱紫贵率兵来援，倭解围退走。过三日，倭一部由海道攻鸭山，林咸带民兵迎击，倭溃败，林在继续追击中不幸中伏牺牲。五月初，倭攻泉州府城，20余天未下，便转掠凤山、清源一带，人南安县治（未建城），纵火焚毁官民廨舍。同年三月，倭由潮州人诏安。五月掠漳浦。一股乘船由沧泉至月港，焚劫九都后出海，随即北攻同安，被知县林宗爽率军民击退。十一月，盘踞浙江柯梅（舟山北部）的倭寇移巢浯屿。从此，倭寇侵犯的重点地区南移到了福建。
嘉靖三十八年，除盘踞在浯屿的倭寇外，又有大批新倭携带攻城器具来犯，整个福建沿海“无地非倭矣”（②谷应泰《明史纪事本末》卷五十五《沿海倭乱》。）。在漳州地区，浯屿的倭寇和从潮州来的数千新倭，劫掠龙溪、漳浦、诏安和长泰诸县，围攻漳浦、长泰县城，均被击退。仅长泰就击杀倭贼数百人。在泉州地区，倭围泉州城达四月之久，同时分掠南安、同安等地。倭攻同安时，正值“久雨城圮”，同知李时芳带领居民“植木栅桿蔽”（③嘉庆《同安县志》卷九《征抚》。），县学教官吴金率诸生和丁壮死守，倭攻城不下，退走。倭贼从详芝、石湖、乌浔等地分道出海，参将王麟带领舟师追击，败寇于大蚱山海面。在福州及其以北地区，三月，倭众数千攻福宁州城，军民实行坚壁清野抗战，屡挫倭对州城的进攻，并败倭于城北金字山。四月，新倭又到，遂西向攻陷福安城，焚掠五天，民众死难3000多人，被掳700余人。倭舟出海时，参将黎鹏举率舟师自嵛山（今嵛山岛）冲击倭船，冲断压沉各一艘，追驱于三沙至火焰山海面，以火攻将其击败，斩倭首67级，生擒68人。四月，倭自罗源、连江进犯福州，先掠周围各乡，十六日会攻省城，近月始解围去。当时，长乐、福清、永福（今永泰）均有倭寇侵扰。长乐城被围达70余天，守备来熙率军民固守，用火铳、矢石击伤击毙倭贼数百人。福清城自三月至五月，倭来犯达七次之多，均被城内军民击退。永福城于五月被倭攻陷，知县周焕等战死。六月，抢劫永福的倭寇从洪塘江（乌龙江西段）乘船，经马江出海，参将尹凤于梅花外海截击，击沉大小倭船78条，斩倭百余人，擒获勾结倭寇的贼首严山老等九人，倭众落海淹死无数。
嘉靖三十九年三四月间，倭寇再次大掠连江、长乐和福州周围地区，从沿海到深山穷谷，多数村庄遭到焚烧屠戮，财物“罄掠无遗”，省城“城门昼闭弥月”。（④林绳武《海滨大事记》卷一《福州倭患始末》。）新任巡抚刘焘一到即率官兵出击，先追败倭至闽安镇，继而击倭于长乐壶井山下，福州地区的倭寇始逐渐退走。三至五月，倭寇焚劫同安浯洲（今金门岛），受害最惨的是官澳。当时官澳巡检司城内有难民万余人，他们推举杨克绍为首组织丁壮4000人守城，因城高缺水，于四月初九组织突围时城破，倭纵火屠城，城内外尸横遍地，妇女相携投海不计其数，仅先头突围的200余人幸免被害。五月倭攻后浦，后浦虽筑城未就，但民众早已结社练兵，协力防守，倭攻不入。后同安知县谭维鼎率乡兵渡海来援，城内自卫武装配合援兵夹击倭贼，将倭众击溃，擒获倭酋阿士机、安尾达等七人。浯洲倭患“始终凡五十日，村社为虚”（①民国《金门县志》卷十二《兵事志》。）。不久，屯驻月港的3000倭寇移舟出港，官兵于海沧、白石、镇海、井尾等处伏击，每战皆胜。参将王麟、把总邓一贯又追倭于鼓浪屿、刺屿尾海面，击沉倭舟数十艘，俘斩数百人，哑哩国王孙上键、勾结倭寇的贼首徐老就擒，倭众大部溺死。同年五月，倭又围攻泉州城，攻陷崇武所城。另一股倭寇从仙游人永春，破县城，七月又陷安溪县城。
嘉靖四十年二三月间，倭寇流劫诏安各地。知县率民兵迎击，败绩，60余人被杀。四月，倭扰长乐各乡，掠福清和福州郊外，攻闽清城不克。十月，倭贼二万余人大掠同安各地，攻县城不下。十月和十二月，倭两次陷宁德城，居民被杀无数，全城几乎被夷为平地。倭旋即占据城东的横屿（三都澳湾顶一小岛）为巢穴。
嘉靖四十一年二三月间，倭围攻诏安城，两次攻陷永宁卫城（泉州东南25公里），泉州卫指挥欧阳深率军击倭，活捉勾结倭寇的贼首江一峰。四月，大批新倭焚掠长乐、福清、甫田，并占领海口以南的牛田（今龙田）和莆田东南的林墩为巢穴，与宁德的横屿倭巢互为犄角。以上三倭巢的倭贼四出焚掠，并立“买港之法，人以金赎免斩，屋以金赎免烧”（②乾隆《宁德县志》卷十《祥异》。）。七月，参将戚继光奉命率6000精兵由浙入闽剿倭。戚家军经过严格训练，纪律严明，在浙江曾屡败倭寇。戚军八月初一抵福宁州，初七到宁德，先招降了漳湾一带勾结倭寇的人，去敌耳目。初九晨，乘退潮之机，以稻草铺泥滩，徒涉进攻横屿。倭于山前列阵，戚军奋勇直前，并以一部迂回夹击，鏖战六小时，全歼岛上倭寇，活捉90余人，斩首2600余级，救出被俘群众3700余人。戚军随即南下进剿牛田之倭。屯驻牛田的倭寇万余人，分守上薛、西林、目岭、葛塘、新塘、闻读等地，络绎十余公里。戚继光于二十九日到福清。次日，“邑令及父老请师期”，继光声称“吾兵疲且休矣，俟缓图之”。（③民国《福建通纪》第三册卷九，嘉靖四十一年七月。）倭探得讯回报，倭酋不以为备。继光即于当晚分三路进剿，黎明便突破倭巢。当戚军攻进杞店时，倭才从梦中惊醒，慌张逃窜。戚军连破牛田、上薛、闻读诸穴，一直追至新塘。因扼守上原岭的福建南路参将也没有准备，致使残倭四千余人逃往莆田、惠安。这次战斗斩倭688人，胁从弃械投降任其散去数千人，救出被掳民众964人。九月十二日，戚军南移至峰头、江口。十三日，继光令把总张谏守海宁桥，自率主力入兴化府。当晚，地方官吏设宴招待戚军将领。继光从容宴饮，以示不即进兵，半夜，继光即率兵乘月色出城，经阳城、西洪，拂晓抵林墩。林墩四面沟海相通，路桥狭窄。戚军鱼贯而进，纵队攻击，与倭寇血战多时，三退三进，阵亡90余人，才将桥上倭寇击退。这时偏师张谏所部也从海宁桥南进，两面夹击，倭败退入巢。戚军当即冲进倭巢，与敌短兵相接，倭众落水淹死千余人。由于响导所误，林墩通黄石的大桥未作事先防堵，残倭便向黄石南窜，逃人窑兜乡。戚军跟踪追击。贼徒漫山四散，真倭躲进砖窑内。官军遂用火攻，将其全歼。这一仗共斩倭2023人，救出被俘男女2114人。戚军扫平三大倭巢后，即凯旋还浙。戚军路经福清时，恰遇新倭从东营澳登陆，又击斩倭贼200余人。
戚军走后，又有大批倭寇来犯福建。从温州来的，十月攻陷政和城，十一月又陷寿宁县城，十二月围攻松溪。从南澳来的，与在福清溃败的残倭合股，十月围攻同安城，继而攻陷福全所城（泉州东南44公里），十一月又陷玄钟所城（又作悬钟，在诏安南）。从福清海口登陆的新倭，十月进围兴化府城，月余未下。当时，广东总兵刘显奉命来援，兵不及且屡战疲乏，暂屯江口，派人往府城联系，拟约期入城协助守御。使者途中被倭抓获，倭遂以假冒真，诱守将于十一月二十八日开城门。倭贼突然拥入，府城即告失陷，同知吴时亮及军民被杀害千人以上。十二月二十九日，因城中粮尽，且闻官兵将至，倭弃城进占崎头为巢穴，以待夺船出海。
嘉靖四十二年二月，都指挥欧阳深与盘踞崎头的倭寇相持月余，见倭无大的行动，便引兵轻进挑战，遭到伏击，欧阳深及所部百余人皆阵亡。倭便乘胜攻陷平海卫（莆田东南《公里）。上年十一月明廷命谭纶为福建巡抚，总督福建军务；又命俞大猷、戚继光为福建正、副总兵，与刘显协同剿倭。这时，俞大猷从江西赶到，驻军秀山；刘显驻军明山，距倭营二公里。俞大猷原所带南赣兵被江西留下，新带刚招募的漳州兵，战斗力较差，故先把截港口，防倭船逃脱，以待戚军到后“并力收功”（①俞大猷《正气堂集》卷十五《与戚南塘书》。）。四月初八，戚军赶到福州，十三日抵宏路。倭寇获悉即贿赂把总许朝光，让部分倭寇运载财物出海。留下的3000狡黠倭寇据险结巢，分一股驻守赤崎山下，互为崎角。二十日，谭纶到渚林，召集诸将商讨破敌之策。他根据平海卫三面环水，易守难攻，为全歼该倭，决定以戚继光为中路军，担任正面攻击；刘显为左路军，从侧翼迂回夹击；俞大猷为右路军，断倭海上逃路。二十一日凌晨，三军同时开进，拂晓发起攻击。戚军先以火器击溃前来阻击的倭众，继以步兵冲杀，激战二小时，倭退人许厝大巢。官军旋即将其包围，以火攻夷平倭穴，斩倭2300余人，救出被掳男女3000余人，次日搜捕残倭，又擒斩171人。
上年冬攻陷政和、寿宁的倭寇一股400余人，南下拟与平海的倭寇合伙，得知平海倭寇覆灭后，遂退踞连江东北30公里的马鼻（当时为罗源湾内岸边一孤岛）。戚继光在平海战斗结束后即挥师北上，水陆并进，一举将其全歼。另一股倭寇盘踞于宁德漳湾，听说戚军将到，即移屯于龟山寺。为防其北窜，继光先以少数兵力迂回侧后佯动。五月二十五日，倭南移至小石岭。戚军分三路将其围歼，擒斩108人，余倭40余人投火自尽。
嘉靖四十二年十月，俞大猷调任广东，戚继光升任福建总兵，兼守浙江金华、温州二府。十一月，倭寇同时侵扰福宁、连江、莆田、惠安、晋江等地。其中从日本新到的百余艘倭船从莆田、仙游交界的东沙登陆，会同原漏网的残倭共万余人，于七日进围仙游县城，蜂聚四门营垒。知县陈大有、典史陈贤带领兵民据城固守。谭纶、戚继光即率师前往解围，谭、戚认为“倭从且方坚锐”、“未可轻战”，（①康熙《仙游县志》卷十四《崇勋祠•解围功德碑记》。）为防倭陷城和四出剽掠，即派部分兵力携带火器，夜缒入城，协助守御，并分兵遏阻要冲，余部屯驻距城十余公里的俞潭浦和沙园，待轮换的浙兵到后，并力歼敌。倭连日攻城不下，于十四日编竹为牌，以其遮身突入子城木栅。内城矢石齐下，火铳齐发，数百名倭贼大部被击毙。十二月六日，倭又“强运机梯环倚城四壁，诸黯酋奋力先登，直至城（垛）口，兵民争死力击之”（②康熙《仙游县志》卷十四《崇勋祠•解围功德碑记》。），倭死百余人，再次溃退。随后，倭“构大木为冲车，中藏兵械，架危梯于上”（③康熙《仙游县志》卷十四《崇勋祠•解围功德碑记》。），昼夜攻城。正当城危之际，轮调的浙兵赶到，谭、戚遂于二十六日挥师从东、南直捣倭垒。攻城的倭贼惊呼“戚虎至矣!”（④康熙《仙游县志》卷十四《崇勋祠•解围功德碑记》。），急往西、北奔窜。官军乘势掩杀，擒斩千余人，夺回被掳男女3000余人。余倭万余人南窜惠安、晋江等地。
嘉靖四十三年（1564）正月，南窜的倭贼攻安平（今安海），闻戚军将至，便继续南逃。二月初五，戚军追至同安王仓坪，斩倭百余人，倭众坠崖死者无数。余倭溃逃南去，占据漳浦蔡丕（一作坡）岭。岭上地如锅底，四周悬崖陡壁。二十六日，戚军分五哨，缘崖而上，将其包围。倭在岭上蔗林中设伏。官军纵火焚蔗林，烧死倭寇千人以上，擒杀数百人。逃脱的残倭千余人夺船下海，南窜广东。至此，侵犯福建的倭寇大部荡平。
此后，俞大猷、戚继光分别率军横扫流窜广东、福建沿海的残倭，至嘉靖四十五年，东南沿海的倭患基本消除。
福建从嘉靖三十四年起，严重倭患达七八年之久，先后被攻陷的有府城县城12座，卫城所城九座，沿海主要城镇大多遭到围攻，军民被杀被掳十余万人，房舍被焚数万间，财物被掠无数，使原来繁华的沿海地区为之残破萧条。福建军民在这场抗倭战争中，同仇敌忾，浴血奋战，前后歼倭数万人，为抗击外来侵略，保卫海疆写下了光辉的篇章。
