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唐末，爆发王仙芝、黄巢农民大起义。唐僖宗乾符五年（878）三月，黄巢率领10万农民军渡过长江南征，首先突入江西，继而转战两浙。九月，镇海节度使高骈派大将张璘、梁缵分路阻击，农民军连续受挫。（①高骈所部打败农民军的时间，《新唐书》卷九《僖宗纪》为乾符五年九月，《资治通鉴》卷二百五十三则为六年正月，即农民军入闽之后。据《唐末农民战争》、《黄巢起义史》、《黄巢起义考》等书考证，以《新唐书》为是，从之。）为不与强敌硬拼，黄巢决定引军南下闽粤，进行战略转移，再伺机北伐。原拟从浙江航海入闽，因缺少船只，大部农民军遂从衢州（今衢县）沿仙霞岭修拓山路进入福建。（②《新唐书》卷二百二十五《黄巢传》、《资治通鉴》卷二百五十三均载：“刊（开）山道七百里”。《旧唐书》卷十九《僖宗本纪》作“开山洞五百里”。据朱维干《福建史稿》考证，仙霞岭原已有路，农民军只是加以拓修，里程也不足五百里，故不提修拓里程。）
  黄巢起义军进抵浦城后，即分路南下。农民军主力直趋建州（今建瓯），在崇安镇（今崇安县）大败唐军，射杀了镇将邓光布，乘胜追击，于建阳擒杀了建州指挥使李材兄弟，兵临建安（建州州治，今属建瓯）又歼灭了节度副使童猛所部，建州刺吏李乾祐弃城逃走，农民军便占领州城。随后，从古田间道进逼福州。
  左翼农民军从浦城向东南进攻，在今政和一带遇到了唐军和地方武装的抵抗。农民军人闽时，唐僖宗即派“家世居闽，素知山川险要”（③同治《重纂福建通志》卷一百七十《唐忠烈•李彦坚传》。）的御史中丞李彦坚往守建州。李彦坚尚在途中，建州已失。李便在政和西北组织地方武装（④早在乾符三年二月，唐僖宗就下令福建、江西、湖南诸省训练士卒和地主武装，防备起义军。见《资治通鉴》卷二百五十二。）进攻高宅，被农民军击败，退踞东漈，又为农民军围困，李彦坚势穷绝望而自杀。农民军继续东进，屡次击溃福建招讨使张谨所部唐军，张谨退至今政和东北的铁山负隅顽抗，农民军以奇兵断其粮道，挥师进击，经过反复激战，擒杀张谨及其偏将郭荣等十八名将校，全歼该部。随后，农民军从长溪（今福安、霞浦、宁德）、连江（含今罗源）沿海挺进福州。
  右翼农民军由崇安向西南，沿武夷山脉东麓南进，到达邵武黄连镇（今建宁县）将屯保（一作寨）时，遇到陈岩组织训练的数千“九龙军”（⑤乾隆《邵武府志》卷十六《乡贤•陈岩传》。）和镇将谢望父子的抵抗，农民军受阻，遂转向东南，攻人沙县古铜场、杨篑坂地区，（⑥乾隆《延平府志》卷十一《征抚•黄巢》。）经延平（今南平）顺流直下福州。
  乾符五年十二月，各路农民军会攻福州，福建观察使韦岫“战不胜，弃城遁”（⑦《新唐书》卷二百二十五《黄巢传》。），黄巢遂于十三日占领福州。（⑧《资治通鉴》卷二百五十三、《新唐书》卷之九《僖宗纪》。）黄巢入闽后，各地人民纷纷起义响应，“溪洞”起义人数多达八万人。（⑨崔致运《桂苑笔耕集》卷五《奏诱降福建道草贼状》。）在福建人民积极支援下，农民军连下“闽中”诸州。并沿海岸南下泉州、漳州。
  黄巢农民军在福建给封建势力予重大打击。农民军所到之处，焚毁官府、寺院，镇压官僚、豪绅，没收地主、豪富钱财分给农民；对儒士则采取团结、保护政策。当时农民军奉行“逢儒则肉，师必覆”（①《新唐书》卷二百二十五《黄巢传》。“肉”指杀戮和侮辱。）的信条。意思是说，如果侮辱、杀戮儒士，农民军就会失败。因此，农民军所虏的人，凡自称是儒生者皆释放。黄巢经过崇文馆校书郎黄璞家门口时，就曾下令：“儒者宅，灭炬弗焚”（②乾隆《福州府志》卷二十一，《第宅园事》。）。
  黄巢农民军在福建活动半年，经过休整和扩大队伍后，继续进军岭南，于乾符六年五六月间攻占广州。农民军主力离闽后，新任福建观察使郑镒命陈岩率“九龙军”，会同屯驻福清的都巡检使许忠反攻福州。留守福州的黄巢部将战败，也率余部撤往粤东。