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都指挥使司（都司）为明代地区军事总机构。洪武四年（1371）置福州都卫、建宁都卫，八年升为福建都指挥使司、福建行都指挥使司，同隶于前军都督府。长官有都指挥使1人（正二品）、都指挥同知2人（从二品）、都指挥佥事4人（正三品），其属有经历司经历（正六品）、都事（正七品），断事司断事（正六品），副断事（正七品）、吏目各一人，司狱司司狱（从九品），仓库、草场大使、副使各一人。他们分管战备、训练、管理、屯种等事宜。战时由朝廷临时命将，调卫所军归总兵官指挥。后来由于战事不断，时间延长，总兵官遂为常置。在省城的总兵官，多代都司而成为地方最高军事长官，都司的地位与品级也相应降低。根据需要，还配有协守副总兵、分守参将、游击将军、守备若干。嘉靖四十三年（1564）都督戚继光在福州将军山西建总兵府。
  福建都司设在福州，辖十一卫十四所，以防守海疆。福建行都司设在建宁府，辖五卫二所，主要负责内卫，控制出入闽的陆上通道。“若谓福泉屏外，建宁屏内，岿然并建，若辽左陕右矣”（①何乔远《闽书》第三十四卷，《建置志》。）。两都司的统兵额见附表二。卫所的各级长官分别为卫指挥、千户、百户。卫指挥下设镇抚司办事。在都、卫所在地还设有旗纛庙，庙设军牙六纛神位，每岁惊蛰、霜降祭之，凡出师迎旗、师旋归旗于庙。在都卫和单列的守御千户所设有军器局、预备仓（粮仓）。