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公路运输管理费贯彻交通部、财政部1986年《〈管理公路运输管理费征收和使用办法〉实施意见》。水路运输管理费执行交通部、财政部1990年《水路运输管理费征收和使用办法》以及省财政厅、物委（即物价委员会，下同）、交通厅《关于颁布〈福建省水路运输管理费征收和使用办法实施细则〉的通知》。2004年《中华人民共和国道路运输条例》颁布实施后，省财政厅、物价局2005年发布《关于核定道路运输、车辆维修和驾驶员培训许可证工本费的复函》。
  （一）公路运输管理费
  执收主体。由各设区市运输管理处、各县（市、区）运输管理所及派出机构按属地原则负责征收，省运输管理局直接征收营业性中外合资道路运输企业。
  征收范围。从事营业性运输及运输服务的单位和个人。
  征收标准。1990－1997年前，按照营业收入的1％计征公路运管费，并以此为依据结合各地实际情况将各种运营车辆按营收征收换算为按定额征收，各地市之间的额定征收标准略有不同，其中山区略高，沿海发达地区略低。国家计委、财政部1997年《关于第一批降低22项收费标准的通知》文件出台后，1998年，福建省各地按照原标准的80％重新核定征收标准。公路运管费按月征收，为了方便广大运输业户也可以按季、半年或全年一次性征收。运输服务业仍按营收的0.8％计征公路运输管理费。
  减免。1997年免征维修管理费，2002年免征营业性人力三轮车运输管理费，2004年免征农用三轮车、农用拖拉机运输管理费，2005年免征城市出租车、客运旅游车辆以及农村客运班车运输管理费。
  （二）水路运输管理费
  1.征收主体
  除省运输管理局直征省属水路企业水路运管费外，按属地原则由设区市运管处、县（市、区）运管所及派出机构征收。
  2.征收范围
  从事国内水路营业性运输的企业、单位和个人以及从事国内水路运输服务的企业。经营国内至港澳地区的航线视同国内航线也应当缴纳水路运管费。经营外贸国际航线的以及中央国资委所属的大型航运企业驻闽运营的船舶一律免征水路运管费。
  3.征收标准
  1990年，交通部规定水路运管费按营业收入总额的2％计征，但福建省1991年开征水路运管费按1.5％计征。1997年，国家计委、财政部出台《关于第一批降低22项收费标准的通知》，规定水路运输管理费收费标准降低为按营收1.6％计征，同时规定，凡难以准确核定营业收入的按定额征收。福建省没有重新调整收费标准。福建省实行两种方式征费，即按营运业收入征收和按定额征收，采用统一的水路运管费标准。其中，按定额征收的标准具体为：1000吨以下的按载重吨每吨每月1.4～1.5元计征，1001～3000吨的按载重吨每吨每月1.3元计征，3001～10000吨的按1.1元计征，10001吨以上的0.8～0.9元计征。沿海客运按每座每月1元计征，采用定额征收的按月征收，但全年一次性缴纳的按10个月予以征收，运管费缴讫证按12个月开出。
  （三）使用管理
  公路运输管理费、水路运输管理费为中央级收费项目。福建省公路运输管理费1990年前开始征收，水路运输管理费1991年7月开始征收。原闽运总公司公路运输管理费在1994年前由省运输管理局直征，1994年起该公司及各分公司的公路运输管理费下放给各地市征收。
  根据交通部、财政部有关规定，运管费主要用于各级运管机构的管理经费。必要的办公场所建设、必要的装备添置等，2004年前为预算外资金。
  2003年，财政部、中国人民银行联合出台《关于将部分行政事业性收费纳入预算管理的通知》，规定2004年起将公路、水路运输管理费列入预算内管理，并明确规定运输管理费是专款专用的事业性收费，仅用于行业管理，不得挪作他用。
  运管费的征收和使用实行“收支两条线”及预算内资金管理办法，即征收全额进财政专户，使用需通过编制年度预算并经财政部门批准。根据公路运管费按比例分级安排使用的原则，其中县（市、区）70％、设区市20％、省级9％、中央1％（其中厦门市不上缴中央部分）。水路运管费按属地征收原则由征收机构全额留用，不分级使用。