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一、运管规费
  公路运输管理费贯彻交通部、财政部1986年《〈管理公路运输管理费征收和使用办法〉实施意见》。水路运输管理费执行交通部、财政部1990年《水路运输管理费征收和使用办法》以及省财政厅、物委（即物价委员会，下同）、交通厅《关于颁布〈福建省水路运输管理费征收和使用办法实施细则〉的通知》。2004年《中华人民共和国道路运输条例》颁布实施后，省财政厅、物价局2005年发布《关于核定道路运输、车辆维修和驾驶员培训许可证工本费的复函》。
  （一）公路运输管理费
  执收主体。由各设区市运输管理处、各县（市、区）运输管理所及派出机构按属地原则负责征收，省运输管理局直接征收营业性中外合资道路运输企业。
  征收范围。从事营业性运输及运输服务的单位和个人。
  征收标准。1990－1997年前，按照营业收入的1％计征公路运管费，并以此为依据结合各地实际情况将各种运营车辆按营收征收换算为按定额征收，各地市之间的额定征收标准略有不同，其中山区略高，沿海发达地区略低。国家计委、财政部1997年《关于第一批降低22项收费标准的通知》文件出台后，1998年，福建省各地按照原标准的80％重新核定征收标准。公路运管费按月征收，为了方便广大运输业户也可以按季、半年或全年一次性征收。运输服务业仍按营收的0.8％计征公路运输管理费。
  减免。1997年免征维修管理费，2002年免征营业性人力三轮车运输管理费，2004年免征农用三轮车、农用拖拉机运输管理费，2005年免征城市出租车、客运旅游车辆以及农村客运班车运输管理费。
  （二）水路运输管理费
  1.征收主体
  除省运输管理局直征省属水路企业水路运管费外，按属地原则由设区市运管处、县（市、区）运管所及派出机构征收。
  2.征收范围
  从事国内水路营业性运输的企业、单位和个人以及从事国内水路运输服务的企业。经营国内至港澳地区的航线视同国内航线也应当缴纳水路运管费。经营外贸国际航线的以及中央国资委所属的大型航运企业驻闽运营的船舶一律免征水路运管费。
  3.征收标准
  1990年，交通部规定水路运管费按营业收入总额的2％计征，但福建省1991年开征水路运管费按1.5％计征。1997年，国家计委、财政部出台《关于第一批降低22项收费标准的通知》，规定水路运输管理费收费标准降低为按营收1.6％计征，同时规定，凡难以准确核定营业收入的按定额征收。福建省没有重新调整收费标准。福建省实行两种方式征费，即按营运业收入征收和按定额征收，采用统一的水路运管费标准。其中，按定额征收的标准具体为：1000吨以下的按载重吨每吨每月1.4～1.5元计征，1001～3000吨的按载重吨每吨每月1.3元计征，3001～10000吨的按1.1元计征，10001吨以上的0.8～0.9元计征。沿海客运按每座每月1元计征，采用定额征收的按月征收，但全年一次性缴纳的按10个月予以征收，运管费缴讫证按12个月开出。
  （三）使用管理
  公路运输管理费、水路运输管理费为中央级收费项目。福建省公路运输管理费1990年前开始征收，水路运输管理费1991年7月开始征收。原闽运总公司公路运输管理费在1994年前由省运输管理局直征，1994年起该公司及各分公司的公路运输管理费下放给各地市征收。
  根据交通部、财政部有关规定，运管费主要用于各级运管机构的管理经费。必要的办公场所建设、必要的装备添置等，2004年前为预算外资金。
  2003年，财政部、中国人民银行联合出台《关于将部分行政事业性收费纳入预算管理的通知》，规定2004年起将公路、水路运输管理费列入预算内管理，并明确规定运输管理费是专款专用的事业性收费，仅用于行业管理，不得挪作他用。
  运管费的征收和使用实行“收支两条线”及预算内资金管理办法，即征收全额进财政专户，使用需通过编制年度预算并经财政部门批准。根据公路运管费按比例分级安排使用的原则，其中县（市、区）70％、设区市20％、省级9％、中央1％（其中厦门市不上缴中央部分）。水路运管费按属地征收原则由征收机构全额留用，不分级使用。
  二、公路规费
  公路规费是国家规定由交通部门向车辆拥有者和公路运输业经营者征收的，由养路费、客运附加费、货运附加费和通行费等组成。
  （一）养路费
  1.征收依据
  1990年1月至1993年12月，公路养路费征收政策依据沿用1983年省政府《关于转发〈福建省公路养路费征收和使用实施办法〉的通知》和1985年省政府批转省交通厅《〈关于修改公路养路费费率、费额及若干条款的报告〉的通知》。
  1990年，省政府批转省交通厅《关于调整汽车、其他机动车公路养路费费额报告》，对汽车及其他机动车公路养路费费额标准进行调整，汽车由原来不分系统类别一律按月按核定载重吨每月每吨位115元，调整为客车每月每吨位160元，货车每月每吨位140元。汽车拖带的挂车按货车标准减半计征。正三轮摩托车、农用运输机、机动车、利用机器脚踏车或两轮摩托车作牵引动力的拖挂车，一律按核定载重吨每月每吨位140元计征。
  1991年1月15日，交通部、国家计委、财政部、国家物价局发布联合通知，公布新的《公路养路费征收管理规定》。新的养路费征收管理规定对原规定的征费对象、减免范围、征收办法中行之有效的部分基本保持不变，而对不适应改革开放和变化较大部分修改和补充，主要有：细化养路费征收办法和车辆停驶、转籍、过户、跨行、调驻等情况的征费办法，规定养路费按费率和费额两种方式征收；调整养路费费额标准，各地养路费收费率定为营运收入总额的12％～15％，各省根据具体情况按规定进行调整；对拖、欠、漏、逃养路费等违法行为进行处罚。
  1994年4月21日，省政府下发《福建省人民政府关于同意调整我省公路养路费征收标准的批复》，对公路养路费标准调整。客车由原每吨位每月180元调为200元，货车由原每吨位每月160元调为180元。其他机动车每月每吨位180元（不含拖拉机），挂车每月每吨位120元，正三轮摩托车每月每吨位170元，侧三轮摩托车每月8元，二轮摩托车每月4元。畜力车每月8元，手扶拖拉机每月50元。拖拉机方向盘式10马力以下每月40元，10马力至20马力每月70元，20马力至30马力每月110元，30马力至40马力每月145元，40马力至50马力每月180元（以上农用车在农耕季节予以免征）。调整幅度分两年到位，其中1994年按调增额到位50％，1995年按调增额再到位50％。同年，省交通厅发出《关于整车调运粮食免收通行费有关问题的通知》，规定从1994年6月15日起，全省范围（包括从外省调人）整车调运的粮食（稻谷、大米、小麦、面粉、玉米、大豆）一律免征公路车辆通行费。
  1998年1月1日起实施《福建省公路规费征收管理条例》，规范公路规费征收、稽查以及相关的法律责任，并增加部分新的规定。公路规费稽查对拖欠公司规费的车辆可以暂扣公路规费收讫标志，责令其限期缴纳。对逃缴、拒缴、抗缴公路规费的车辆，公路稽征机关可以收回公路规费收讫标志。无有效公路规费收讫标志的，公路稽征机关可以暂扣车辆。不缴纳公路规费的，由公路稽征机关责令限期缴纳，从欠缴之日起，按日加收滞纳金。逾期仍不缴纳的，处欠缴规费三倍以下的罚款。车辆未缴费强行通过收费站的，由公路稽征机关责令其补缴，并处以应缴车辆通行费三倍的罚款，对违反本条例第十三条第二款“严禁涂改、伪造、套用或使用涂改、伪造的公路规费缴费凭证和公路规费收讫标志”规定的，由公路稽征机关予以没收销毁，处以所使用票据（含缴费凭证）票面价值十倍以下罚款，没有票面价值的，处以1000元罚款。
  2.征收管理
  20世纪90年代以后，全省稽征系统不断修订和完善公路规费征收相关法规、规章、规范性文件、办事程序，完善《稽征所规范化管理考核办法》，建立稽征质量（实征率、漏欠率、报停率）指标考核体系，加强费源管理，打击假军车，整治“大吨小标”车辆，治理闽车外挂，采用先进科技，使稽征工作逐步走上规范化、制度化的轨道。
  （1）规范化管理
  1993年，省公路稽征局下发《关于印发〈福建省公路稽征局稽征人员岗位职责〉的通知》，明确稽征各个岗位的分工和责任，理顺稽征系统的内部关系。为调动稽征所的积极性，搞好稽征基层所的建设，促进超额完成公路规费征收，制定《福建省公路稽征局全优稽征所评定试行办法》，确立“完成任务、规费征收管理、规费征收核算、廉政建设”四个全优稽征所考核指标，要求各稽征所依法征费，提高执法水平，提高管理水平。该办法还规定了全优稽征所的评定办法、审定和奖励等内容。
  1994年，为加强征收业务规范化和明确各职能部门的分工、各司其职，省公路稽征局制定《征收业务基本办事程序试行办法》，对车辆缴费、转籍过户、报停、报废及“名存实亡”、减免、包干统缴等九大方面的内容进行详细规定，同时该文首次明确规定“集体研究小组”制度。这是稽征系统第一份详细的业务程序规范文件，并在日后不断得到补充完善，成为稽征业务办事程序的重要指南。
  1995年，省稽征局制定下发《关于规范征收业务管理的通知》，对规范公路规费征收业务管理中若干具体问题统一口径。对新增车辆补征公路规费、驾驶培训教练车缴费标准、车辆报停等问题做出统一规定。为遏制公路通行费征收中各种违纪违章行为，搞好党风廉政建设，下发《福建省公路稽征局关于加强公路通行费征收党风廉政建设的暂行规定》。要求各有关稽征处要加强对公路通行费征收工作的领导，加强各征管所领导班子建设。加大行风、廉政建设工作的力度，建立所领导跟班制度，修订、完善、落实征管所奖罚规定和规章制度，并严肃纪律，建立举报奖励制度。加强通行费征收工作的管理和稽查，加强日常业务的管理，加强对通行费日核算的考核，加强稽查。对严重违纪违章的人员予以处罚等。
  1996年，省稽征局制定《关于稽征所征收管理规范化达标办法》，要求各稽征单位依法征费，提高行政执法水平，抓好“六大管理”（政策管理、费源管理、票证管理、目标管理、微机管理、服装管理）、“三大核算”（会计核算、统计核算、业务核算），提高规范化管理水平。办法对队伍建设、微机管理、收支财务管理、优化征费服务以及规范化稽征所达标验收办法等方面做了详细规定。
  1997年，省稽征局下发《关于稽征所征收管理规范化达标办法有关问题的补充通知》，对任务完成指标、有关征收业务管理规定进行适当调整，使之更明确、更加具备可操作性。
  1998年，为完善办事程序，解决征收和稽查个别业务重复交叉、职责不明确的情况，省稽征局下发《关于〈征收业务基本办事程序试行办法〉有关问题的补充通知》，对车辆费源档案管理、车辆报停、有关业务档案保管销毁年限等内容进行微调和补充。
  1999年，为应对“费改税”实行前征费工作新情况，加强公路规费征收业务管理工作，省稽征局下发《关于加强稽征业务管理有关问题的通知》，要求各稽征处在税费改革前要继续以征费为中心，随时掌握费收动态，继续加强费收管理等。
  2000年，省稽征局制定《关于进一步加强和规范公路规费稽查工作的通知》，要求各级领导继续加强对稽查及执法工作的领导，在确保稽查合法的前提下，继续加大稽查力度，继续强化稽查和执法业务的规范化管理，特别是要严格执法程序。
  2001年，省稽征局下发《福建省公路管理局关于规范公路稽征业务工作的意见》，对计征吨位核定、牵引车吨位核定、法律文书送达生效、长期扣押车辆处理等作出补充规定。
  2002年，为严格执行公路规费征收政策，加强费源管理，规范稽征业务，方便车户缴费，省稽征局下发《福建省公路管理局关于规范征收业务的通知》，对征收业务中的新增车辆人籍、报停复驶、车辆转籍、微机票证管理等方面的内容进行完#。2003年，省稽征局制定《稽征所规范化管理考核办法》。办法对稽征所规范化管理目标、总体要求、任务考核指标、加强队伍建设、规范征收管理、文明优质服务等内容进行详细规定。
  2004年，为统一全省稽征业务的办事程序，省稽征局制定《关于规范稽征业务基本办事程序的若干意见》，对新车开征、车辆缴费、车辆变更、过户、转籍、调驻，车辆报停复驶，包干统缴公路规费等作出详细规定。
  （2）费源管理
  ①打击假军车
  20世纪％年代初，假军车在社会上造成不良影响，省委办公厅、省政府办公厅、省军区后勤部联合下发《关于清理整顿地方车辆悬挂军队、武警、公安车辆号牌的通知》，由公安、武警和驻闽各部队的有关部门联合在全省范围内全面开展纠察检查。省稽征部门主动与军队军车监理部门进行合作，加大对假冒军车、伪造军车牌等案件的查处力度。
  1997年，国务院办公厅、中央军委办公厅《关于免收军车通行费和军队生产经营车辆改挂地方车辆号牌问题的通知》规定军队（含武警部队）生产经营车辆改挂地方车辆号牌。省稽征部门严格按照国务院和省政府有关文件的要求，加强与军队、公安等相关部门的联系沟通，简化手续，为改挂军车办理人户与缴费手续。
  ②治理闽车外挂
  由于各省缴纳税费标准不一，闽车外挂（本省营运，外省落籍）造成本省税费大量流失，同时扰乱正常的货运市场秩序，影响全省公路规费征收政策的执行。为了治理外挂车辆，2003年8月8日，省政府办公厅转发《省交通厅、省公安厅、省地税局关于〈进一步规范我省道路运输市场秩序意见的通知〉》。加大路面的监控和稽查力度，促使部分外挂车辆回到省内缴纳税费。各稽征部门也主动向当地政府和相关部门提供外挂车的情况，配合做好治理工作。
  从2004年1月1日起，省稽征局出台六项公路规费征收优惠政策和三项便民服务措施，对在福建省缴费的外挂车辆，按不低于80％比例实行统缴包干。公路稽征基层单位开展效能建设，简化缴费手续，如上门宣传征费政策，优先为外挂车办理相关手续。
  ③整治“大吨小标”（车辆核载质量远低于实际可载质量）车辆
  省稽征部门出台多项措施打击“大吨小标”。对车辆吨位的核定按照《公路汽车征费标准计量手册》（以下简称《计量手册》）及核定原则计征车辆吨位。对未列入《计量手册》（总共三册）各类新车型（共1853种车型，分五批）的资料，进行收集整理后，根据《计量手册》的核定原则，组织人员对其进行初步审核、复审，报省交通厅和省物价局联合审批后执行。2005年5月1日全国治理超载超限开始后，福建省机动车辆吨位核定按照交通部《关于在全国开展车辆超限超载治理工作的实施方案》和《2005年全国治超工作要点》规定，对载货类车辆计征吨位的核定严格按照发改委发布的《更正表》、《产品公告》、《计量手册》核定，并组织开发“公路征费吨位查询系统软件”，统一全省计征吨位口径。
  3.文明征费
  2003年，省稽征局制定《稽征所规范化管理考核办法》，在“文明优质服务”部分增加“加强效能建设，提高办事效率”的内容，要求推行文明服务承诺制，实行一次告知、二次办结和AB岗制度，做到“五个服务”，即微笑服务、热线服务、节日服务、延时服务、预约服务，努力营造良好的办事环境。制定下发《福建省公路管理局关于公路规费征收优惠政策和便民服务措施的通知》，再次将推行文明服务承诺制作为一项便民服务的重要措施予以规定。同时规定新车入籍和报停车辆方面进一步简化缴费手续，提高办事效率，落实便民服务措施。
  4.征管手段创新
  1993年起，全省稽征系统逐步推广应用微机征费系统，提高征费效率，省稽征局制定《关于做好公路规费征收微机征费系统数据安全维护的通知》，要求各稽征处切实做好微机征费数据的安全保护工作和机具的日常维护工作。1994年，制定《关于在稽查亭配备车流量统计器的通知》，要求各征管所配备车流量统计器，加强验票制度，做到应征不漏。1996年，制定《福建省公路通行费征管所微机监控系统工作职责条例》，针对通行费征管所微机监控系统的维护问题，要求切实加强对监控系统的管理，发挥监控系统的作用。
  1997－2005年，征管手段的创新主要是在原有的微机征费系统基础上进行重新开发应用，逐步建立服务器带多台PC工作站的征费管理系统，并实现稽征所内的信息资源共享，从而提高了征费和稽查的效率。
  2005年开始，省稽征局在稽征信息管理体系结构研究成果的基础上，开始着手构建广域网络平台，目标是为实现全省征费业务数据大集中管理，实现全省联网实时征费、稽查和征费管理业务的开展，提供可靠、安全、稳定的网络平台。
  （二）公路客货运附加费
  1.征收依据
  公路客运附加费的征收依据。从1993年1月1日起，公路客运交通建设基金征收标准按人公里0.02元计征公路客运交通建设基金，开征公路沿线土地开发建设配套费、山区公路建设还贷基金、公路沿线基础设施建设附加费三项费用，征收公路车辆通行费，对符合设点收费规定建设的公路、独立大桥和隧道征收车辆通行费。省交通厅、财政厅、物委联合颁发《福建省山区公路建设还贷基金征收管理办法》和《关于公路客运交通建设基金征收暂行办法的补充通知》，对上述两项费种的征收作进一步详细规定。
  1993年，省稽征局颁布《关于城市公交企业征缴公路（客运）交通建设基金有关问题的通知》，对城市公交企业缴交“交通建设基金”问题进行补充规定：城市公交企业实行包干统缴办法，具体包缴比率根据各城市公交企业营运情况，标准掌握在80％左右。凡跨行公路超过20公里（不含20公里）和行驶线路超过市境的公交营运车辆应按60元/座位月标准计征。对汽车卧铺车缴交“交通建设基金”按核定的铺位每铺位折算暂定为1.5个座位缴交公路客运交通建设基金（折每人每公里3分人民币）。
  1998年省物委、财政厅、交通厅《转发国家一委两部〈.关于规范公路客货运附加费增加公路建设资金〉的通知》的规定，将原开征的公路客运交通建设基金，统一为公路客运附加费，并规定除市区内（不含郊区）固定线路行驶的公共汽车、电车免征外，其他投入营运的客运车辆均须缴交公路客运附加费。
  2003年，根据省物价局、省财政厅、省交通厅《关于调整客运附加费征收标准的通知》的规定，客运附加费征收标准统一调整为营运客车每月每座位90元，营运不足一个月的，按天计征，每天每座位3.60元。
  公路货运附加费的征收依据。2000年，根据省物委、财政厅、交通厅联合规定，2004年4月1日起，“山区公路建设还贷基金”更名为“货运附加费”，并取消征收非营业载客、货车辆的货运附加费。由于取消征收非营业载客、货车辆的货运附加费，货运附加费的征收标准和征收范围也有所变化。凡领福建省牌证（包括临时牌证、试车牌证）的各种营业性载货汽车（含小四轮、三轮货车、特种车、专用车、农用运输车、半挂车、拖带的平板车、挂车、轮式拖拉机等）和外省调驻福建省的营业性机动车辆，征收标准为每月每吨40元，挂车减半计征。取消征收非营业载客、货车辆的货运附加费。“营业车辆”和“非营业车辆”的区分应根据运管部门核发营运证上注明的“营运”和“自货自运”为标准。若确有证据证明非营业车辆改变使用性质则按营业车辆计征。
  2.征收管理
  公路客货运附加费的征缴工作由省公路局及所属各级养路费征收单位具体负责办理。
  公路客货运附加费的征缴工作与公路养路费的征缴工作同时同地进行，工作方式基本一致，公路规费征缴机关将公路客货运附加费的征收管理与公路养路费的征收管理统一进行。
  （三）普通公路通行费
  1.收费站
  福建省收费公路分为两种类型：一类是政府还贷公路，即县级以上地方人民政府交通主管部门利用贷款或者向企业、个人集资建成的公路；另一类是经营性公路，即国内外经济组织依法投资建成的公路和依法受让的政府还贷公路。
  2003年，根据国家有关公路收费站的设站规定，对收费站进行清理整顿，撤销福州新店站、厦门东孚站、三明梅列分站、沙县村尾分站、安溪龙门岭隧道分站、漳平卓宅分站、福州闽侯站、宁德飞鸾岭隧道站、霞浦站、泉州的晋江站、福州的琅岐大桥站、福州的罗源站、泉州大桥站、泉州顺济大桥分站、南港分站、邵武寺前分站、浦城溪下分站、大田石门格隧道分站、南安大霞美站、石狮站、泰宁（西勤坊、鸬鹚岭2个点）、福州鳌峰大桥站等一批到期或不符合规定要求的收费站点。保留的收费站经省政府批准，重新核定收费期限。
  2.收费标准与征免范围
  收费公路车辆通行费征收标准。1997年4月1日之前的车辆通行费征收标准：按车辆的核定载重量（包括拖带车的载重量），1吨以下每辆次2元；1吨以上至2吨每辆次4元；2吨以上至3吨每辆次6元；3吨以上至4吨每辆次8元；4吨以上至5吨每辆次10元；5吨以上至6吨每辆次12元；6吨以上至7吨每辆次14元；7吨以上至8吨每辆次16元；8吨以上至15吨每辆次20元；超过15吨每辆次30元。
  收费公路车辆通行费征免范围。军队车辆、武警部队车辆，公安机关在辖区内收费公路上处理交通事故、执行正常巡逻任务和处置突发事件的统一标志的制式警车，以及经国务院交通主管部门或者省政府批准执行抢险救灾任务的车辆，免交车辆通行费。进行跨区作业的联合收割机、运输联合收割机（包括插秧机）的车辆，免交车辆通行费。
  1994年和2000年省政府两次批准运载农副产品的车辆免征公路（含桥、隧）通行费。
  农副产品免征种类：粮食（稻谷、大米、小麦、玉米、大豆）；食用油；蔬菜（指新鲜蔬菜）；禽蛋（禽，指鸡、鸭；蛋，指鸡、鸭蛋；属鲜活含冰冻）；生猪（肉含冰冻）；牛羊（肉含冰冻）；水产品（指鲜活或冰冻）；鲜牛奶。以上规定的农副产品必须是整车运输，方可享受免征公路车辆通行费（不含运输以上农副产品的出省车辆）；省政府办公厅批准从2004年7月24日起，在全省范围内对整车运输福建省地产新鲜水果的车辆免予征收道路（包括高速公路、桥梁、隧道）车辆通行费。
  3.管理
  收费票据种类。通行费征收票证分为免征票、次票和月票。经核准购买月票的车辆，其票价按各类车型核定征费吨位收费标准每月60趟次计征。
  收费模式。1996年以前为手工收费，1996年起逐步推广应用计算机收费。
  管理体制。省交通厅是全省公路通行费征收工作的行政主管部门，省公路管理局负责具体组织实施普通公路通行费征收行业管理工作。各公路通行费收费站（所）具体负责本收费站车辆通行费征收管理工作。普通公路通行费征收机构按管理体制的不同，分为四种类型：第一类是由省公路管理局、稽征局直管和委托代管的收费站（所），如直管所有水口收费所、樟湖收费所、江口收费所和濑榜收费所，委托各设区市公路局代管的征管所有上街收费所、五显岭收费所、盘陀岭收费所和坂寮岭收费所。第二类是由各设区市交通局或公路局负责管理的收费站（所），此类收费站占较大比重。第三类是转让经营权的收费站（所），如赛岐大桥收费站。第四类是经营性收费站，如泉州的刺桐大桥收费站、南安的梅花岭隧道收费站。
  创建“文明窗口”。为了开展创建通行费征管所“文明窗口”单位活动，省公路管理局1997年制定《福建省公路通行费征收站“文明窗口”评比标准》，省交通厅于2004年下发《关于印发〈福建省普通公路通行费征管所“文明窗口”评比办法〉的通知》。文件对评比“文明窗口”的目的、评比内容、评比标准及要求做了相应的规定。这是福建省为规范普通公路通行费征收管理、创建文明行业、实现“五好”（任务完成好、廉政建设好、征费管理好、文明服务好、征费环境好）、“四化”（征费文明化、廉政制度化、工作规范化、管理科学化）征管目标而开展的一项活动。通过开展创建“文明窗口”活动，先后有赛岐大桥通行费征管所、樟湖通行费征管所、水口大桥通行费征管所获得了团中央授予的“全国青年文明号”荣誉称号。
  专项监察。1997年起，一些收费站由于在管理上存在薄弱环节和漏洞，发生了贪污票款、收钱不给票、收钱少给票、废弃票重卖等违规违纪行为。为此，省交通厅、监察厅、财政厅、物价局、审计厅联合成立了福建省公路通行费专项监察领导小组，各设区市也相应成立了公路通行费专项监察领导小组。同时出台了几项规章制度，主要有省交通厅、监察厅、财政厅、物价局、审计厅《关于开展全省公路通行费征管工作专项监察的实施意见》、《福建省公路通行管理监督若干规定》、《福建省公路通行费征管人员廉洁勤政暂行规定》、《福建省公路通行费征管人员违纪违章处罚暂行规定》等，明确要求全省各通行费征管所（站）实施“六统一”、做到“四公开”，即“统一由省政府审批设站、统一悬挂标牌、统一悬挂收费许可证、统一悬挂告示牌、统一收费工作证、统一票证”和“公开审批文件、公开收费用途、公开收费标准、公开收费单位”。公路通行费专项监察的重点是征管人员违章违纪行为和管理的规范化工作。
  三、高速公路通行费
  （一）费率
  1997年12月20日，福建省第一条高速公路泉厦高速公路开通。至2005年12月31日，全省开征通行费征管所71个，共征收高速公路车辆通行费1131485万元。车辆通行费车型分类及收费费率经历了5次调整。
  （二）征收
  福建省建成通车投入运营的高速公路执行交通部规定的车型分类，按不同路段的收费系数、收费费率确定各类车辆的区间收费标准，并报经省人民政府同意后，由省交通厅、省物价局、省财政厅联合行文批复各征收单位执行。
  1997年12月20日，泉厦和厦门厦漳高速公路厦门段投入运营，泉州、晋江、水头、马巷、同安、厦门、杏林、林后8个收费站开征车辆通行费。
  1998年1月1日，厦漳高速公路漳州段投入运营，漳州、龙海收费站开征车辆通行费。1999年7月1日，福泉高速公路泉州段投入运营，惠安、驿坂、泉港收费站；莆田段8月1日投入运营，仙游、莆田、涵江收费站开征；9月26日福州段投入运营，渔溪、宏路、兰圃、营前（2002年12月28日移交罗长高速）、福州收费站分别开征车辆通行费。2000年1月31日，漳龙高速公路龙岩段投入运营，龙门、龙岩、适中收费站开征车辆通行费。2月3日罗宁高速公路投入运营，上楼（2002年12月28日撤销）、水古、罗源、宁德、飞鸾（2004年3月28日开通）收费站开征车辆通行费。
  2002年11月1日，漳诏高速公路诏安段投入运营，诏安南收费站开征车辆通行费；12月18日漳州港段投入运营，漳州港收费站开征车辆通行费；其余路段12月29日投入运营，闽粤、诏安东、东山岛、常山、云霄、杜浔、漳浦、赵家堡等8个收费站开征车辆通行费。12月29日罗长高速公路投入运营，丹阳、连江、琯头、马尾收费站开征车辆通行费。2002年8月1日福宁高速公路漳湾段投入运营，漳湾收费站开征车辆通行费；其余路段2003年6月29日投入运营，下白石、盐田、霞浦、三沙、牙城、太姥山、八尺门、福鼎、闽浙、湾坞（2004年3月28日开通）收费站开征车辆通行费；福安连接线2005年6月26日投入运营，福安、赛岐收费站投入运营。2002年1月20日，漳龙高速公路和溪段投入运营，和溪收费站开征车辆通行费；龙文段2003年7月20日投入运营，漳州北收费站开征车辆通行费；其余路段2004年12月29日投入运营，金山、南靖、漳州西收费站开征车辆通行费。12月起，全省高速公路不同路段按不同费率核定收费标准，福宁、罗宁、漳龙高速公路收费标准为小型车每车公里0.60元，漳诏高速公路收费标准为小型车每车公里0.50元，福厦漳、罗长、京福高速公路收费标准为小型车每车公里0.55元。
  2004年10月1日，福银高速公路三明至青州段投入运营，三明北、沙县、青州收费站开征车辆通行费；11月3日，福州兰圃至沙县青州段投入运营，南平、南平北、龙溪、洋中、金沙、闽清、闽侯、福州西开征车辆通行费。
  （三）管理
  根据《中华人民共和国公路法》“统一收费、按比例分成”的规定和交通部对高速公路实行“联网收费、统一管理”的要求，福建省已建成的高速公路统一实行“人口取卡、出口交卡缴费”全封闭收费制式，高速公路主线上不设收费站。收费站建设按照“六公开”（审批机关公开、主管部门公开、收费标准公开、收费单位公开、收费期限公开、收费用途公开）、“六统一”（统一审批收费站、统一标志牌、统一收费许可证、统一告示牌、统一收费票证、统一收费工作证）和“三种”（种草、种树、种花）、“三化”（净化、绿化、美化）的要求进行规范。内部机构按“四室”（所长室、财务室、总务室、监控室）、“五班”（四个征费班、一个稽查班）设置，实行四班三运转工作模式，收费人员统一着装，执行统一作息时间，实行半军事化管理，上岗前统一组织培训，考试合格后发给上岗证。
  1997年12月至2000年7月，全省高速公路使用纸质通行卡，采用人工识别车型、人工收取现金，计算机管理、计费，感应线圈统计车次并辅以视频监控、24小时录像的半自动收费方式。1999年，成立福建省高速公路通行费收费结算管理委员会，成员由省交通厅、财政厅、高速公路职能部门人员，以及参与路网统一结算单位的代表组成。2000年8月1日起启用IC通行卡，采用全省统一的高速公路收费软件和非接触式IC通行卡收费，实现了“一卡通”联网收费。
  1998年3月至1999年9月，车辆通行费收入按《泉厦漳高速公路通行费分配暂行办法》“统一收费、统一清算分配”进行分配。1999年10月至2002年12月，根据修订的《福厦漳高速公路通行费分配暂行办法》，车辆通行费收入按照路段里程、路段投资和路段交通量3项因素进行分配。2002年，设立福建省高速公路车辆通行费稽查总队，作为省交通厅派出机构，挂靠省高速公路建设指挥部，负责全省高速公路通行费稽查的日常管理，对全省高速公路通行费稽查站实施稽查业务指导，规范稽查行为，监督各稽查站行政处罚的正确实施。同时，在全省各高速公路车辆通行费征收站（所）加挂“福建省高速公路车辆通行费xx稽查站”的牌子，隶属于高速公路车辆通行费稽查总队管理。稽查站负责对执法区域内的各种违章逃费行为实施稽查和行政处罚，并负责所在收费站的内部稽查工作。高速公路车辆通行费稽查人员依法在高速公路征费区、匝道、服务区、停车区等场所执行公务，重点打击假军车、假免费车、假吨位车及换卡车、冲关车等违章逃费行为，对强行通过收费站不缴费、换卡逃费或拒缴通行费、使用伪造通行卡的违章当事人，依照法定程序进行处罚，使用统一、规范的交通行政处罚文书，并实行罚缴分离办法，确保通行费“应征不漏”，最大限度减少费源流失。稽查站稽查在做好对外行政执法的同时，负责对收费人员履行岗位职责、遵守劳动纪律、依法征费、文明服务、廉洁勤政，以及落实各项管理制度、搞好内务卫生等情况实施监察。同时，负责录像审片、查处违章违纪行为。2003年1月至2005年5月16日，根据《福建省联网高速公路通行费结算分配暂行办法》，车辆通行费收入按照路段里程、交通量、投资、费率4项因素进行分配。部分路段公司征管所，采用大所带小所，收费监控采取集中监控与独立监控两种管理模式。
  2005年5月20日16时起，根据新制定的《福建省联网高速公路通行费结算分配暂行办法》，车辆通行费收入按照路段里程、投资、费率3项因素，采用“一车一拆”方式进行实时分配。通行费收入资金实行收支两条线管理。10月，进一步完善福建省高速公路通行费收费结算管理委员会职能，更名为福建省高速公路资金结算管理委员会，下设通行费收入清算中心和资金结算中心。通行费收入清算中心设在省高速公路有限责任公司收费结算处，负责研究拟定“高速公路通行费收费结算分配办法”和收费结算管理制度，对全省高速公路通行费收入结算分配工作进行监督、检查，协调解决收费结算工作中的有关问题。资金结算中心设在省高速公路有限责任公司财务处，负责研究制定高速公路资金管理政策，协调、指导高速公路资金管理的重大问题。
  四、水上规费
  1990－2005年，福建省水上规费收费项目基本上延续1989年以前的收费项目，主要有港口建设费、港口建设基金、内河航道养护费、福建省航道建设基金、货物港务费和船舶港务费等。其中，除港口建设费代交通部征收外，其他费种分别由地方港口管理部门、地方港口企业、地方港航管理部门征收。
  （一）港口建设费（代交通部征收）
  1986年1月1日起，根据《港口建设费征收办法》，在全国范围内对进出大连等26个港口的货物征收港口建设费，福建省福州港和厦门港也在其中。1993年7月1日起，征收范围扩大到直辖的各港区。
  福州港、厦门港及东山港自20世纪90年代开始代交通部征收港口建设费。除福州港、厦门港代征的款项直接上缴交通部外，福建省其他港口代征的款项通过省级港口管理部门上缴交通部。
  （二）港口交通建设基金
  从1986年6月1日起，对进出泉州、后渚、山腰、东石、肖厝、秀屿、涵江、东娇、枫亭、赛岐、下白石、三都、漳湾、姚家屿、福鼎、沙埕、霞浦、秦屿、三沙、石码、下寨、宫口、旧镇、东山、同安、浦口、五里亭、琯头、竹屿口、海口和洋屿等34个港口的货物征收港口交通建设基金，用于水运交通建设和维护。由发货人或收货人负责缴交，港口交通建设基金征收标准按照《福建省港口征收交通建设基金费率表》执行（见表7-44）。征收管理工作由省交通厅负责，具体工作由省交通厅指定福建省港航管理局负责办理。上述各港口的港务（港航）局（处）为征收单位，其下属单位及水上装卸单位为港口交通建设基金的代办点。
  2001年6月1日，依据省政府《关于取消部分省级及省级以下人民政府及所属部门设立的政府性基金项目的通知》，停止征收港口建设基金。
  （三）内河航道养护费
  1990－1991年，执行省交通厅颁发的《福建省港口和内河航道养护费征收规则》，规定内河航道养护费费率为：专业运输单位、个体、联户、专业户经营运输的各类船舶，以及非专业运输单位或仅为本单位运输的船舶临时参加营业运输的，均按月运输收入3％征收。人工流放和拖带的竹、木排筏，按每立方米（吨）公里征收0.003元。企事业单位为本单位服务，不发生各种方式运费结算的非营业性运输船舶，机动船按每月每载重吨（拖船按每马力）0.60元征收，非机动船按每月每载重吨0.40元征收。专业运输单位分给个人承包经营的船舶和个体联户（专业户的船舶）无法取得准确营业收入数据的，按其船舶的载重吨（或马力）计征，每月机动船每载重吨1.20元，非机动船0.80元。
  1992年起，执行交通部、财政部、国家物价局联合颁布的《内河航道养护费征收和使用办法》，规定营运性运输船舶应按其运费收入的8％计征航道养护费。1997年，国家计委将该标准调整为6％。2001年，交通部颁布《关于进一步做好航养费征收工作的通知》，明确规定各地不得以任何理由免征或减征义务缴费人的内河航道养护费。
  2002年4月1日起，开始征收航道养护费（含内河航道养护费），停止征收航道建设基金。航道养护费征收范围：凡是在由福建省负责管理的内河航道、内河人海口和沿海航道上航行、作业的各种船舶、竹筏和浮运物体，均应缴纳航养费。征收标准：第一，固定在本省航道上从事运输、作业的各类船舶按营运收入的6％计征或按载重吨（按船舶证书核定）、客位或功率择大计征航养费。第二，进出省内航道的各类船舶，按其营业收入的6％或按船舶载重吨位（箱、总排水量）择大计征航养费。
  2002年4月1日至2004年12月31日，内河航道养护费由省航道局征收、管理、使用。2005年1月1日起，内河航道养护费由各地交通局（港务局）征收、使用，省级航道管理机构（福建省航道管理局）负责航道养护费的内部审计监督。
  （四）省航道建设基金
  根据1989年省交通厅颁布的《福建省航道建设基金征收暂行办法》，从当年2月1日起，各地港航单位代征养护费，省交通厅统收统支，用于全省航道整治、养护和设备购置。征收对象和范围：凡在本省境内沿海进港航道上运输的货物和旅客，均应缴纳航道建设基金。进出本省各港口的旅客，按进出港人次分别征收，其中国内航线旅客每人次2元，国际航线旅客每人次4元，进出本省的水路运输货物征收一次航道建设基金（向旅客征收因各种原因未执行）。
  2002年4月1日起，全省开征沿海航道养护费，同时停征航道建设基金。
  （五）货物港务费
  自1988年10月1日起，福建省货物港务费执行标准：凡在省内范围内运输的货物按运费总额4％计征，由福建省水运直达省外或省外水运直达福建省的货物运输，按运费总额3％计征。
  货物港务费主要用于海港和内河港口进港的航道、泊位、港池、锚地的测量、维护性挖泥、护岸和导流堤的维修等。该费由各港港口管理部门征收。
  （六）船舶港务费
  1988年开始，港口管理机构开始征收船舶港务费。主要用于海港和内河港口港内航标的修理、增添必要的附属设备、航标管理、测绘的业务费等。船舶每进港或出港一次，分别向船方征收船舶港务费，每次每净吨（马力）0.25元；企事业单位自备或租用的机动船在港区内拖带作业、运输，按月征收船舶港务费，每净吨（马力）每月0.60元；机动渡船按月征收船舶港务费，每净吨每月0.60元；进出货主码头的船舶亦应按规定缴交船舶港务费。进港船舶没有卸货、下客行为的，免征进港船舶港务费；出港船舶没有装货、上客行为的，免征出港船舶港务费。对进港未装卸、换单后原船又驶往其他港口的船舶，应分别计征进口和出口船舶港务费，进港的旅游船舶应征收船舶港务费。1994年起，该费由国家海事部门征收。