福建省图书馆

1992年3月，福建省提出闽台通航率先突破的思路，即“民间商谈、通讯起步、定点直航、先单（向）后双（向）、先海后空、两门先通、逐项突破”，并在马尾、厦门、湄洲岛兴建供两岸直航的专用码头。1994年6月，“金马爱乡联盟”提出“金马与大陆小三通说帖”，主要是希望台湾当局能允许金门对厦门或马祖对马尾港载运旅客、货物或邮件，直接航行至对岸，建议以“单方通航”、“定点直航”或“先海后空”、“先货后客”等方式，逐渐地进行“小三通1995年5月，台湾“交通部”公布《境外航运中心设置作业办法》，在货物不通关、不入境前提下，允许两岸挂方便旗船舶在两岸间开设直达班轮，从高雄港转运大陆外贸货物，或经第三地运送两岸贸易货物，开始实行分阶段开放两岸通航政策。在两岸航运界的共同努力下，1997年4月19日，两岸试点直航正式启动。
  由于“试点直航”承运的货物“不通关、不入境”，岛内各界要求全面、直接“三通”的呼声日渐强烈。2000年3月21日，台湾“立法院”通过《离岛建设条例》，其第十八条规定，“为促进离岛发展，在台湾本岛与大陆地区全面通航之前，得先行试办金门、马祖、澎湖地区与大陆地区通航”，这为金门、马祖、澎湖与大陆地区通航（通称“小三通”条款），解决受《两岸人民关系条例》的限制提供了法源。2000年12月13日，台湾“行政院”通过《试办金门马祖与大陆地区通航实施办法》。台湾“陆委会”亦完成《金马试办小三通说明书》。
  2001年1月28日、3月2日，福州市马尾区政府及厦门市政府分别以福州马尾文化交流中心、厦门市两岸交流协会名义与马祖、金门民间组织签订“两马”、“两门”协议。元月2日，马祖“台马”客轮首航马尾，金门“太武号”客轮、“浯江号”客轮首航厦门。2月6日，厦门“鼓浪屿”客轮首航金门。7月23日，澎湖“超级星”客轮首航泉州。8月2日，福州“曙光”客轮首航马祖。8月27日，大陆“长安109”货轮首航金门，开辟两岸海上货物直航的先河。
  2002年2月27日，大陆“中洲”货轮装载着两岸直接贸易货物，实现了50多年来两岸贸易货物直航的突破。
  自2001年1月2日始至2002年4月，福建沿海与金门、马祖客货交易均以个案（专案）方式运营。经过一年多的发展，两门航线客流逐步加大。根据市场需求，在有关部门的协调下，自2002年4月16日起，厦门一金门客运开通相对固定航班，每周二、五各往返一次，马尾仍为不固定航班。货运仍以专案方式从事福建沿海与金门、马祖间运输。
  2003年1月8日，在国务院台办、交通部台办的指导下，省交通厅以福建省交通运输协会水路运输专业委员会的名义，在福州与马祖地区的马祖经济文化交流联谊会就福建沿海与马祖海上直接通航事宜举行商谈，双方就通航原则、通航口岸、运力管理、船舶航行管理、船舶营运管理及其他相关事宜达成共识。3月15日，福建省交通运输协会水路专业委员会在武夷山与金马地区两岸交流协会就福建沿海与金门海上直接通航的相关事宜举行商谈，双方达成共识。
  2003年1月，马尾至马祖客运开通相对固定航班，每周2班。8月，福建沿海与金门、马祖客货直航从个案、专案过渡到通案管理。同时，闽台之间陆续又开通2条定期客运航线。货运双方均以不定期方式从事散杂货物运输。开通直航的港口有福州、厦门、漳州、泉州、宁德港等，共开辟13条不定期散杂货运输航线。
  至2005年底，福建沿海地区与金门、马祖、澎湖间海上客货直航，海峡两岸累计运营10314航次，运载旅客123.21万人次，其中，厦门至金门航线运载旅客1159784人次，福州马尾一马祖航线运载旅客70964人次，其他航线运载旅客1366人次。“小三通”货运海峡两岸累计运营3032航次，运载货物371.21万吨。