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此后随着“海退”，在新石器时期最早发现东瓯先民踪迹的是距今万年的天台山北麓嵊州小黄山文化遗址。据张恒、王海明、杨卫《浙江嵊州小黄山遗址发现新石器时代早期遗存》（《中国文物报》２００５年９ 月３０日第一版）介绍，遗址为新石器时代早期遗存，座落于相对高度１０米左右的古台地上，遗址面积达５万平方米，堆积层厚达１至２米，可区分为大体同时的ＡＢ两个聚落。发掘面积３０００多平方米，发现壕沟、房基、灰坑、墓葬等一大批遗迹，出土陶器、石器２０００多件。依据文化堆积内涵和地层叠压的相互关系，小黄山遗址文化内涵分成四个阶段：第四阶段堆积遗物显示为良渚文化晚期遗存，前三阶段遗存为小黄山遗址堆积的主体。
  第一阶段文化内涵与金华浦江上山遗址相近；第二阶段遗存文化内涵中存在不少萧山跨湖桥文化因素，文化面貌总体较跨湖桥更为原始和古老；第三阶段遗存和跨湖桥文化也有相当多的可比性。绳纹圜底釜、双鼻平底罐、与河姆渡文化同类陶器也有雷同之处。
  经北京大学考古文博学院科技考古与文物保护实验室对第三阶段的Ａ 区Ｈ１出土夹碳陶标本的１４Ｃ测定，并经树轮校正年代为公元前６８２０至前６６８０ 年，Ａ 区５层木炭树轮校正年代为公元前６０２０至前５９８５年。据此第三阶段年代距今８０００至８８００年，第一、第二阶段尚未测定数据，比照金华浦江上山遗址，推定小黄山类型文化遗存的相对年代距今八千至一万年。
  小黄山遗址的发掘，第一阶段夹砂红陶多角沿盆等陶器形态，上与河姆渡文化早期多角沿盆很相似，第三阶段最具特征的双鼻罐、平地盆，也与河姆渡文化的代表性陶器双鼻罐、平地盆具有某种传承发展的内在联系。据此，推定小黄山类型文化遗存是河姆渡文化的重要源头。
  小黄山文化遗址的发现，表明东瓯史前先民已进入定居生活阶段，采集、狩猎是其主要食物来源。地层中稻属植物硅酸体与夹炭陶的大量发现，表明小黄山先民已栽培或利用水稻。现场有两处以九个柱子、三排构成的两个完整的单元，经省文物考古研究所副所长王海明研究员等鉴定，这是中国最早的立柱建筑遗迹，小黄山先民开创了中国用石杵立柱的先河。
  小黄山文化遗址是天台山脉发现时代最早的新石器时代遗址，也是目前长江中下游发现的同一时代中规模最大的聚落遗址。这既是东南沿海地区新石器时代的考古突破，又将浙江新石器时代历史从此前推数千年，并为河姆渡文化、跨湖桥文化找到了重要源头。小黄山文化遗址的发现，有力地证明了“古人类由山区丘陵向河谷平原、沿海岛屿迁徙发展”观点的正确性。这对完整长江下游地区新石器时代文化发展序列以及认识新石器文化区系类型都具有重要意义。在中国文物报社、中国考古学会主办的２００５年度全国十大考古新发现评选中，嵊州小黄山遗址位列全国十大考古新发现之首。