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嘉靖十八年（１５３９），黄绾任南京礼部闲职，直到嘉靖二十年辞官归乡，讲学石龙书院，系统而深入地研究王守仁的学说之后，产生了怀疑，他说：“予始未之信，既而信之，又久而验之，方知空虚之弊，误人非细。信乎差之毫厘，谬以千里，可不慎哉！”②开始批判“致良知”和程朱理学，终于形成自成一家的哲学思想。《明道编》阐述其哲学思想体系概况：本体论的观点是“气清轻者上浮形成天，气浊重者下沉形成地”，有中世纪把天地分成品类的自然哲学倾向。
  在认识论方面，强调实践在认识的作用，认为没有效验的思维是空想，不能离开客观事物去冥想。在义利观念上，反对士大夫空谈理性耻于言行，主张经世反对弃世，不能只讲义而不讲利，认为人类吃穿住行是生活的必需，故要义与利并重。③ 黄绾创办的石龙书院，远近学者闻名来书院讲学，石龙书院名闻一时。因浙中王门内部后期分成几个流派，王守仁的首席弟子王畿与黄绾有很深的交情，但在学术见解上有分歧。嘉靖二十一年（１５４２），即黄绾归乡第二年，黄绾邀请王畿和冯子通、朱时言、沈静夫、杨汝鸣、林肇修、杨二坛等一批学子，游历雁荡山，以此机会“深辩”。参加深辩还有黄绾女婿王正亿和黄绾之子黄承式、黄承忠。黄绾与王畿的“深辩”先在石龙书院，“相与论绝学（儒学）未明之旨， 数晨夕”；①后在雁荡山能仁寺，“列草铺，烧炉围坐，再论绝学，深辩释、老精微不同之旨，至夜半而眠”。② 黄绾用“艮止说”批评王畿等人的“四无所”（即心体、意、知、物是“无善无恶”）是“空无”的理论。两次深辩，两种对立哲学观点十分鲜明。这种学术上的争论，发展了哲学思想，在中国哲学史留下一段记事。
  黄绾对王畿断章取义王阳明的话作为己说，是“挟师说以杜学者之口”十分不满。黄绾后来在《明道编》说：“予言宋儒及今日朋友（指王畿）禅学之弊， 实非得已。盖因年来禅学之盛，将为天下国家之害，尝痛辩之，皆援先儒（指王阳明）为据，皆以朋友为难言，故于其根本所在，不得不深明之。”而王畿对于黄绾这位“王学”元老级人物的激烈批评，表示虚心接受，说：“此行受久庵公真切之教，向来凡情习气顿觉消灭，可谓不虚行矣！吾辈但当领其恳切之心，间或议论见解有未同处，且当存之，不必深辨。”③后来，黄绾门人吴国鼎为《明道编》写跋文指出，明晚叶王学门下分化成各派，各走极端，学术偏晦，“或失则内，或失则外”。
  时有王廷相（１４７４—１５４４），仪封（今河南兰考）人，弘治十五年进士，历御史、巡抚、按察使，终兵部尚书。其哲学思想既不赞同朱熹的理学思想，又指斥王守仁“致良知”是“误人家国之事”（见《雅述》上篇），认同黄绾哲学观点。尤其对石龙书院教学宗旨作出很高评价。指出明代书院教育方法和哲学研究上出现僵化，甚至走向歧途：“有为虚心养心者，终日端坐，枯守其形而立，曰学之宁静致远在此矣。有为泛讲以求知者，研究载籍，日从事乎清虚之谈，曰学之物格知至在此矣。”其实是“非禅定则支离，畔于仲尼之轨远矣”。黄绾的石龙书院“志于圣贤经世之学，余来南都（南京），每得闻其议论，接其行事，见其心广大，有天地变化、草木蕃育之象。知之精至，有日月之明，容光必照之体，益非世儒空寂寡实之学”。④ 王廷相将这篇文章书写，贴在书院之壁，“以为蒙引， 使后生来学”。王延相说，明代全国只有石龙书院“脱其禅定支离之习”；内阁首辅夏言说：“一时海内闻高风。”

②（明）黄绾，《明道编》卷２。 ③（明）聂豹，《答戴伯常》。 ①（清）王棻，《台学统》卷４５。 ②同上。 ③（明）王畿，《龙溪集》卷１２《与张叔学》。 ④ （清）光绪《黄岩县志》卷８《石龙书院辨》。