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东晋王朝建立以后，偏安江南，晚期的政治极其黑暗，士族阶层把持军政大权，安于逸乐，沉湎酒色，以服药、清谈为尚，他们疯狂地强占土地，残酷地剥削和奴役广大劳动人民，把全部负担压在“江东八郡”的人民头上，百姓处于水深火热之中，阶级矛盾日益尖锐。特别是在“淝水之战”以后，东晋统治集团内部争权夺利，战火连连。到了晋安帝时期，会稽王司马道子及其子元显掌握了朝廷大权，元显为了与长江上游的桓玄、江北的北府兵相对抗，于隆安三年（３９９）强征江东诸郡原为奴隶、已被赦免的“乐属”来京师建康（今南京）当兵， 致使“东土嚣然，人不堪命，天下苦之”，直接导致了孙恩、卢循的农民大起义。
  孙恩，字灵秀，山东琅琊人，是赵王伦嬖臣侍中、中书监孙秀的族人，世代奉五斗米道。孙恩叔父孙泰，师事钱塘道士杜子恭。杜子恭死后，孙泰传其术，利用宗教欺骗百姓，逐渐扩大影响，成为三吴地区五斗米道的道首。但是孙泰并不满足于做善男信女的宗教领袖，而是利用宗教作实现其政治野心的工具，密谋起兵。这一阴谋被司马道子得知，派其子司马元显诱斩孙泰及其六子。孙恩幸免于难，逃亡海岛，并以翁山（今舟山）为根据地，欲图复仇。
  隆安三年（３９９），司马元显征发“乐属”，民心骚动。孙恩借机率众由海上登陆，攻破上虞，杀死县令。又转攻会稽，杀内史王凝之，声威大振，广大农民纷纷响应，“旬日之中，众数十万”。孙恩自称“征东将军”，士众称其为“长生人”。
  五斗米道又称天师道，东汉顺帝时创立于蜀郡，三国初年传入江东。由于当时道家提出“不死成仙可以学致”的教义，并把魏晋玄学思潮与道教教义融为一体，因而道教在士族、地主阶层广为传播。东晋后期，战乱纷起，人口流亡，社会动荡，挣扎在死亡线上的广大农民需要一种精神上的抚慰和解救，而那些在激烈内讧和仇杀中的士族阶层也渴望得到精神上的解脱。于是，一些士族、地主也很快加入了孙恩的起义队伍，如会稽谢鍼、吴兴许允之、临海周胄、永嘉张永等，“一时俱起，杀长吏以应之”。
  临海百姓也和各地一样，对东晋统治者恨之入骨，孙恩起义一爆发，临海人周胄立即揭竿响应，在短短的数月之中，聚集了成千上万的农民，向郡城章安发起猛攻，临海太守新蔡王司马崇惊慌失措，弃城而逃。义军攻下章安后， 把临海郡的贪官污吏一一抓获，颁行了打击和限制士族地主、富室豪强的政策和措施。并在境内建造船只，发展水军，修筑城堡。
  隆安四年（４００）五月，孙恩再次率军二十万攻打会稽，又杀了内史谢琰。
  东晋统治者大惊，立即派将军桓不才、孙无终、高雅之等率重兵围击。孙恩转战至临海，与周胄合兵一处，又打了一个大胜仗。次年十一月，孙恩又从海上登陆，进击浃口，在余姚打败了高雅之，并大举向晋王朝京师进逼，不幸在沪渎（今上海一带）被刘裕和刘牢之击败，起义军丧师数万。孙恩考虑到临海地处海口，起义军在临海又有一定的基础，遂率师再转攻临海郡。临海太守辛景深知孙恩的厉害，放弃了易攻难守的郡城章安，转移大固山，作为抵御孙恩的防线，欲与孙恩决一死战。孙恩起义军由于之前与刘裕、刘牢之的战斗中损失惨重，加上粮草渐尽，军中又发生疾病，因此屡攻临海县城不下。元兴元年（４０２） 三月，临海太守辛景开始大规模反攻，起义军带着饥饿和疾病奋勇抗击，血战数日，损失惨重，最后终于失败。孙恩退出临海后，见大势已去，不甘为官军所俘，与部属、家人一起投海，壮烈牺牲。
  孙恩牺牲后，余众尚存数千人，推举孙恩的妹夫卢循为首领，与晋军继续战斗，在临海石步（今百步）坚持了二十余日，终于夺围而出。后来，卢循任永嘉太守，又被刘裕所攻，只得率部浮海进占广州，号平南将军；后又遣使向东晋进贡，被任为征虏将军、广州刺史、平越中郎将。义熙六年（４１０），卢循在广州起兵北上，直逼建康，为刘裕所败，转战至交州，战败投水而死。
  孙恩起义军曾在章安活动很长时间，起义军在章安颁行了一系列政治、经济政策和措施。他们打开仓库，赈济穷苦百姓；而对于士族富室、贪官污吏，则进行严厉的打击。进入临海郡后，曾在黄岩县南九十里峤岭修筑孙恩城，在灵石寺建造战船，为转战各地的几十万起义军准备海上交通工具。
  孙恩领导的农民起义虽然失败，但沉重地打击了东晋王朝的封建统治，不久，东晋王朝就灭亡了。