檢查組的隊伍非常龐大，戰綫極其廣闊，問題也很複雜。因此，要使這樣一支龐大的隊伍呼應靈活、指揮統一、發揮力量，首先須要有一個堅強的指揮部。北京市在市節約檢查委員會下設立了檢查組指揮
  
  部，專門負責領導和指揮檢查組的工作。在市指輝部之下，各區設立分指輝部，此外並按重點檢查行業設立行業指揮部。各檢查組下到工商業戶後，統一受分指揮部領導。那些檢查重點行業的檢查組，同時受
  
  行業指揮部的指揮和領導，以便集中研究有關行業的專門問題。爲了及時了解情况，解决問題，分指揮部設有聯絡組，並保持一定的機動力量。機動力量主要是應付各組新發生的問題，比如有的被查戶帳目很
  
  複雜，而檢查組查帳的人員原來配備得比較單薄，這時分指揮部就可調遣機動的稅務人員前往支援。聯絡組的任務是負責與各檢查組取得密切的聯系，每天到各組收集工作進展情况、問題和經驗，向市指揮部
  
  彙報。這樣，市指揮部即可充分地掌握全盤情况，來確定方針、步驟和交流經驗，把分散在各個戰綫上的隊伍連結成一個戰鬥整體，做到一呼百應。比如個別的小組在執行政策上稍有偏差，或工作上遇到困難
  
  ，市指揮部即可及時召開小組長會議，糾正缺點，提出克服困難的辦法；有的組創造了好的工作方法，指揮部即可把這些經驗及時傳播到各個檢查組，推動工作。