「馬寅初被抓走了」！在「重慶黑暗時期」，這一類的事，是誰都預料得到的。可是事情眞如所預料的實現了時，聽的人還是要騷亂不堪。這時大概是一九四〇年年底，正是國民黨反動派的各系各門，連結起來，以陳立夫為首，進行其「鎮壓異黨」的陰謀而宣言要不擇手段的時候。
   馬寅初那時正在重慶大學主講經濟學，在「時事類編」發表了「提議對發國難財者開辦臨時財產稅以充戰後之復興經費」一文，正式對以貪汚政府爲基礎的官僚資本集團作戰，第一個嚇倒的是孔祥熙，而第一個氣壞了的是蔣介石。
   事先，就有人警告過馬先生，馬先生說：「我也知道這是拿腦袋子來賭的事情，可是我從小就是一個賭徒，朋友要替我寫馬寅初傳，我提醒他千萬不要遺漏了我少年時沉迷賭博的那一段，我到天津進北洋大學以後，就戒了賭了，但我歷史上還有着賭徒的血，要賭就賭吧！總之，我這個天門是押準了的！而且贏定了的！放心，他們吃不掉我………」
   過了些時候，憲兵光顧了重慶大學，一個憲兵頭子拍拍腰間的手鎗，把馬先生架上汽車
   又過了兩天，原汽車又把馬先生送囘了重慶大學，學生正在驚擾不堪的情况下開着大會，商量怎樣去營救他老人家。忽然見他囘來一片歡聲，便簇擁他，要他去台上講話，憲兵立刻出動，把學生們攆開。馬先生安慰着學生們道：「不要緊，不要緊，他們是押我囘來拿行李的。」
   以後有一長時期，沒有人能够知道他的消息。一度傳說他是在貴州修文的特別監牢裏，也就是楊虎城將軍被幽禁的地方。………陰沉暗澹的重慶，每一個人談起他的運命，都肅然，「他們吃不掉我！」他自己雖然這樣地保證着，朋友們却大多數不能像他那麽堅强的自信。不久以後，重大同學發起了「寅初亭」的建立，把他當做一個「雖死如生」的人來紀念了
   無恥的重大校長葉元龍，二陳系的一個走卒，他在別人詰問他為什麽不以全力來營救馬先生的時候，他提出了馬先生的一個新罪案：「在本國報紙上寫寫文章也罷了，他又跑到外國報紙上去寫，政府認為他是故意破壞國家財政，不得不强迫他休息。」
   日本投降前一年馬先生纔從黑暗的非法監禁下釋放出來。陳立夫不准任何學校再請他敎書，繼續用生活的窮困來磨折他，先生窮且益堅。抗日勝利後一、二年，他幾乎僅僅靠立信會計學校的一點點薪水來維持生存。但他自己決心投入人民的陣營，「學院派經濟學家的生活」己到了應該修正或結束的時候了。