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1989年以来，随着由计划经济体制向社会主义市场经济体制的过渡，机构编制管理工作的职能也发生了巨大的变化，经历了1995年机构改革和1998年新一轮机构改革，逐步实现从微观管理向宏观管理过渡和从宏观管理向法制化管理过渡。
  一、机构改革
  机构改革是一项重要的工作，市委、市政府高度重视，把这项工作作为重中之重来抓，为长春市推行和完善国家公务员制度打下了良好的基础，为推进分类管理创造了条件。
  （一）1995年机构改革
  为适应社会主义市场经济发展的需要，转变政府职能，国家从1993年开始进行机构改革。根据党和国家以及省有关党政机构改革的精神，长春市从1994年下半年开始着手机构改革的调研和设计等准备工作，1995年9月正式开始实施，到1996年10月基本完成，取得阶段性成果。党政机构改革取得了明显的成效：一是在转变职能上迈进了一步。对专业经济管理部门进行了精简，将具备条件的政府部门转为经济实体或事业单位。建材、建工部门成建制转为经济实体，纺织等7个部门成建制转为事业单位。县（市）、区也有一些部门实行了转制。同时在职能分解的基础上，将事业单位行使的行政职能划归机关，撤销了行政事业性收费所、文物办等7个事业单位。二是进一步理顺了各方面的关系。在市、区关系上，重新进行了事权的划分，将规划监督检查权和工商行政管理权集中在市里，组建了各区规划管理分局和工商分局，作为市规划局和市工商局的派出机构。扩大了区级经济管理权限，下放了部分职能。撤销了一些重复设置的对口机构，对职能相近的部门，采取了一个机构两块牌子的办法，行使双重职能。对政府各部门间需要相互协作的工作，明确了主管和协管部门，分清了各自管理权限。三是机构设置更加趋于合理。改革后，市直党政机构比改革前减少了29个，精简幅度为32.6%。其中市委机构减少了7个，精简幅度为46.7%；市政府机构减少了22个，精简幅度为29.7%。四是人员有了较大幅度的精简。在执行国家规定的比例前提下和省所允许的幅度内，专业经济管理部门精简编制20%左右，其它部门精简了10%左右；取消了机关中原使用的自定编制和企事业编制，理顺了人员经费渠道；将机关工勤人员改用事业编制，并按行政编制总数的10%进行了核定。通过改革，市直党政部门共分流605人。
  （二）1998年新一轮机构改革
  从1998年上半年开始，根据全国人大九届一次会议关于国务院机构改革的精神和地方新一轮党政机构改革即将来临的形势，按照省委办公厅、省政府办公厅《关于严格控制机构和人员编制的通知》要求，结合长春市实际，市委、市政府发出了《关于严格控制机构和人员编制的通知》（长办发［1998］12号）。从1998年3月30日起对全市各级党政群机关、市直属事业单位的机构和人员编制实行冻结，各级党政群机关暂停向社会招录公务员和党务机关工作者。围绕新一轮机构改革和人员分流以及事业单位改革开展了专题调研活动。通过组织承办东北十城市机构编制工作联席会议及赴外地实地考察等形式，为新一轮机构改革做了积极准备。
  1999年，在充分调查研究、沟通协调的基础上，先后顺利完成了专业经济部门的体制改革、市政府驻外办事处的体制改革、街道办事处的体制改革和部分事业单位的改革任务。机构改革工作迈出了实质性的步伐。
  2000年，进一步完善了党政机构改革方案及有关配套方案。对《长春市市委机关机构改革初步方案》、《长春市市政府机关机构改革初步方案》、《长春市各级机关编制分配方案》、《长春市市直党政机关各部门职责划分的意见》、《长春市市直机关机构改革所涉及的事业单位的调整意见》、《关于清理整顿非常设机构的意见》以及其它改革方案，做了较为充分的研究论证。协调市委组织部、市政府法制局等部门研究提出了《关于系统党组织的调整意见》、《关于机关党组织的调整意见》、《关于市级党政机构改革中人员定岗分流的实施办法》、《关于机构改革后各部门办公场所调整、处理和配置的意见》、《关于机构改革所涉及的法规规章修改意见》等14个配套意见，使之与改革的总体方案紧密衔接。对部门“三定”的准备工作进行了布置。研究拟定了《关于市直党政机关各部门拟定“三定”方案的意见》，就部门职能转变、职能配置、内部机构设置等问题提出了指导意见。拟定并下发了《关于县（市）区机构改革的指导意见》和《关于区级机构改革的指导意见》，加强了对县（市）、区机构改革准备工作的指导。同时，为适应改革和工作的需要，适时推进实施了相关的改革工作，初步调整理顺了市直党政机关机构设置，对部分机构进行了改革组建。
  二、机构变化
  1988年底，长春市共有：市委工作部门12个，市委直属机构2个；市人大常委会工作部门6个；市政府工作部门47个，市政府直属机构15个；市政协工作部门6个；民主党派6个；人民团体15个。市直局级事业单位8个，市直局级企业行政管理单位9个，市属全民所有制事业单位363个。
  1989年，市直党政机关增加副局级以上机构有：综合治理办公室、国有资产管理局（省批）、城市管理委员会（市自定）、规划局（市自定）。新设立事业单位18个，其中经费由政府列支8个（省拨款1个），自收自支10个。
  1990年，根据市委、市政府决定，先后成立了市规划局、市城市管理委员会、市委机要局，撤销了市化工医药管理局，组建了市石油化学工业局和市医药管理局。根据省编委的有关规定，加强了政法系统的思想政治工作，在市检察院、市中级人民法院、市司法局、市国家安全局设立了政治部。在不增加机构的前提下，在市政府25个部门加挂了监察室的牌子。
  1991年，调整和新设置了以下机构：市委机要局，市政府对外开放领导小组办公室，南湖－南岭新技术工业园区管理委员会，市人民检察院反贪污贿赂工作局，市公安局防暴支队、经济案件侦查大队，市司法局律师管理处，市土地局地籍处，市计委机电设备进口审查办公室，市城市管理委员会城市管理公安处，朝阳、南关、宽城、二道河子区城市管理治安派出所，城市建设开发管理办公室，市工商局果品批发交易市场管理所、桂林路市场管理所，市政府驻上海办事处驻宁波联络处，市总工会经费审查办公室，市气象服务中心，市扶残生产办公室，市行政事业收费管理所，市兽医卫生检验所，市人防车库管理处，市外商投资咨询服务中心，市科技就业服务中心。截至1991年末，市委设工作部门和直属机构17个（省批14个，市定3个）；市纪律检查委员会内设机构8个；市政府设工作部门和直属机构80个（省批56个，市定12个，另有局级公司、总站12个）；市人大常委会内设机构1办7委；市政协内设机构1办6委；人民团体14个；民主党派6个。
  1992年，新成立的机构有：市人民政府口岸办公室（与市人民政府外事办公室合署办公）、市新闻出版局筹备处、市经济技术开发区管理委员会、市社会保险公司、市招商公司、市农业投资公司；重新确定了市政府驻深圳、海口2个办事处级别（深圳办事处为局级建制、海口办事处为副局级建制）；南湖－南岭新技术工业园区管理委员会更名为长春高新技术产业开发区管理委员会。
  1993－1994年，编制工作的中心任务是为地方机构改革做好准备工作。除对个别部门内设机构，在符合改革原则的情况下，做了撤销、更名或职能的局部调整外，机构无大的变化。
  1995～1997年，长春市党政机构改革由准备阶段转入实施阶段，根据省委、省政府批准的《长春市党政机构改革方案》，制订了《〈长春市党政机构改革方案〉的实施意见》。从1995年9月开始实施，到1996年10月结束。市政府部门由改革前的74个减少到52个，减幅为29.7%，市委部门由改革前的15个减到8个，减幅为46.7%。人员编制精简25.3%。有10个部门成建制转为事业单位和经济实体；撤销了党政机关重复设置的对口机构和7个行政事业单位；组建了各区规划分局和工商分局。完成了区划调整中的机构编制工作。在此基础上，进行了人大、政协、工、青、妇和政府驻外办事处的机构改革，对市公检法系统和经济技术开发区等部门和单位的机构编制进行了调查。在教育系统13所学校和市电视台、市房地产经营总公司进行了事业单位改革试点，取得较好成效。
  1998年，继续完成了上一轮机构改革的任务，制定了市检察院、市中级人民法院机构改革方案（长办发［1998］22号、23号），并组织实施；下发了市级民主党派和工商联机关改革方案等。
  1999年2月26日，市委、市政府下发了《关于专业经济部门体制改革的决定》（长发［1999］3号）和《关于专业经济部门体制改革的实施意见》，对长春市工业、商业、物资等专业经济部门进行体制改革。按照建立社会主义市场经济体制的要求，坚持政企职责分开、政府的社会经济管理职能与国有资产所有者职能分开和精简、统一、效能的原则，撤销调整了11个行政机构和行政性公司，组建了国有资产运营机构，相应调整充实了企业集团。其中：撤销市机械工业局、电子工业局、冶金工业局，组建长春机电国有资产经营公司。授权该公司对原3个局所属企业行使国有资产出资人职能，原3个局机关人员划归该公司；撤销市轻工业局、石油化学工业局，组建长春轻化国有资产经营公司。授权该公司对原两个局所属企业行使国有资产出资人职能，原两个局机关人员划归该公司。保留市手工业合作联社，作为集体所有制联合经济组织，按照有关规定履行职能，该联社由长春轻化国有资产经营公司代管；撤销市商业委员会、市物资总会，组建长春商业国有资产经营公司。授权该公司对原两个部门所属企业以及市蔬菜副食局所属企业行使国有资产出资人职能，市商业委员会、市物资总会全部人员及市蔬菜副食局部分人员划归该公司；撤销市煤炭工业局。授权长春星宇集团股份有限公司对原市煤炭工业局所属的羊草沟煤矿行使国有资产出资人职能，原该局所属其它企业暂由市经贸委代管。市煤炭工业局的机关人员划归星宇集团股份有限公司，将该公司改为市直属企业；撤销市纺织总会。授权长春银龙纺织集团有限公司对原该总会所属企业行使国有资产出资人职能，该总会机关人员划归银龙纺织集团有限公司。将该公司改为市直属企业；撤销市建材公司。授权长春建设国有资产经营公司对原市建材公司所属企业行使国有资产出资人职能，原市建材公司机关人员划归该公司；撤销市国有资产管理局所属的长春市国有资产投资经营公司，原对其授权经营国有资产职能即行撤销。原专业经济部门使用的行政、事业编制和工勤事业编制，除了蔬菜副食局保留以外，其余全部收回。根据国有资产营运机构定员及内部机构设置的需要，市机构编制委员会办公室、市人事局、市财政局联合下发了《关于国有资产经营公司定员及内部机构设置的意见》，市政府办公厅下发了《关于界定国有资产营运机构非资产营运职能的意见》。
  1999年9月20日，市政府下发了《关于长春市人民政府驻外办事处体制改革的决定》（长府发［1999］60号），对驻外办事机构进行了改革。驻外办事处的改革按照政府机构改革的总体要求，本着精简的原则进行。对驻外办事处的布局、规模、职能加以调整，收缩撤并，转换机制，精简机构和人员编制，压缩财政支出，减轻财政负担。遵循以上原则，撤销了驻上海办事处、驻深圳办事处、驻海南办事处、驻珠海办事处、驻厦门办事处。保留驻北京办事处、驻广州办事处、驻大连办事处，仍为正局级建制，由市政府办公厅代管，驻外办事处由8个减少到3个。
  1999年10月28日，市委、市政府下发了《关于街道办事处体制改革若干问题的决定》（长发［1999］15号），对街道办事处体制进行了改革。全市城区街道办事处由50个减少到38个，取消各区自定的编制，精简内设机构和领导职数，分流超编人员，街道办事处转变职能，不再办企业、办市场，工作重心转到城市管理、社会事务管理和社区服务上来。配合政府专业经济部门的改革，完成了对这些部门所属事业单位的调整改革工作，撤销了19家，划转18家。
  2000年，对部分机构进行了改革组建。组建了市商业委员会、药品监督管理局、信息产业局、园林绿化局、企业改革与经济结构调整办公室、中共长春市企业工作委员会。将旅游局与净月漂旅游经济开发区合并。调整了市直党政机关各部门职能、内设机构和处级领导干部职数。会同经贸委等部门提出并研究论证了《长春市党政机关各部门与直属企业和所办经济实体脱钩的方案》，组建了16个企业集团。提出了《关于长春市城建管理体制改革的意见》，并组织实施，按照“一级规划、两级建设、三级管理”的思路，对城建管理职能配置、事权划分、管理体制、运行机制等进行了改革。根据工作需要，适时调整理顺了市直部门的职能，协调落实了省市之间的部分事权划分问题，进一步理顺了各方面的工作关系。对市煤炭建材行业管理办公室的煤炭安全管理职能做了进一步的界定。按照政事分开的原则，将市农机管理服务总站的行政职能划至市农业局，并更名为市农机发展服务中心。为理顺供热管理体制，将原由公用局行使供热行业管理职能划至市房地局。
  2001年8月，按照机构改革有关文件的要求，调整了长春市党政机构设置，其中，党委工作部门设置9个，分别为：纪律检查委员会机关、办公厅、组织部、宣传部、统一战线工作部、政法委员会、政策研究室、直属机关工作委员会、企业工作委员会。市政府工作部门设置41个（计数不含监察局），分别为：办公厅、发展计划委员会、经济贸易委员会、教育局、科学技术局、民族事务委员会、公安局、监察局、民政局、司法局、财政局、人事局、劳动和社会保障局、市委市政府信访办公室、国土资源局、城乡建设委员会、规划局、房地产管理局、园林绿化局、交通局、信息产业局、政府经济体制改革办公室、农业委员会、水利局、林业局、乡镇企业管理局、牧业管理局、商业委员会、对外贸易经济合作局、文化局、卫生局、计划生育委员会、审计局、环境保护局、物价局、广播电视局、体育局、统计局、新闻出版局、粮食局、政府外事办公室、政府法制办公室。
  三、编制变化
  1988年底，长春市党政群机关编制数总计为3811名。其中：中共长春市委630名，长春市人大常委会104名，长春市人民政府2688名，市政协59名，民主党派68名，群众团体262名。政法部门编制总计为6156名；事业编制总数为29410名。
  1989年底，市直党政群机关编制3860名，自定编制175名，实有人数3732人，借调人员361人，实有数和借调人员与编制数相抵，超编58人。为解决新增设部门和工作急需部门的需要，从市直41个单位精简编制66名；政法部门编制5729名，自定编制544名，实有人数6527人，超编254人；新增事业编制588名，其中事业费236名，差补34名，自筹318名，事业单位编制总数为30593名。
  1990年底，市党政群机关编制数总计为3820名。其中：中共长春市委670名，市人大常委会118名，市人民政府2650名，市政协63名，民主党派71名，群众团体248名；政法部门编制总数为6444名；事业单位编制总数为34130名。
  1991年底，市直机关编制总数为3912名，自定编制数为282名，实有人数3873人。政法部门编制数为6630名，自定编制532名，实有人数6791人。事业单位编制总数为35089名。1991国家给长春市新增编制334名，其中：法院118名，劳改劳教100名，检察院60名，市外经委43名，军转干部编制13名。
  1992年，按省编委要求，对长春地区各级党政群机关超编情况进行检查，削减超编人员499人，超额完成省编委下达的指标。在市直机关抽62名行政编制调剂给新成立的松原市。撤并了14个市属事业单位，成立了25个事业单位，纯增事业编制280名。
  1993～1994年，进行地方机构改革准备工作。为确保机构改革顺利进行，冻结了机构编制。下发了《关于冻结机构编制的通知》，主要内容是：（1）对市直机关机构编制一律实行冻结；（2）空编部门所需人员要从各级党政群机关人员中选调；（3）严格控制增设非常设机构，对确实需要设立的，不配编制，不定职数；（4）事业单位机构编制原则上实行冻结；（5）严格禁止机关各部门借用人员，对现有借用人员进行清退。
  1995年底，市直党政群机关编制总数为4166名。其中：中共长春市委515名，市纪律检查委员会123名，市人大常委会105名，市人民政府2930名，市政协56名，民主党派71名，群众团体179名，其他187名。政法部门编制总数为5991名，事业单位编制总数为38713名。
  1996年底，市直党政群机关编制总数为4478名。其中：中共长春市委577名，市纪律检查委员会123名，市人大常委会150名，市人民政府3148名，市政协87名，民主党派71名，群众团体193名，其他129名。政法部门编制总数为5901名，事业单位编制总数为39832名。
  1997年底，长春市党政群机关和政法系统编制总数13049名。其中：行政编制10056名，自定编制1341名，工勤和事业编制1652名。实有人员总数12713人。其中：行政编制和自定编实有10877人，工勤和事业编制实有1836人。市级事业单位总数596个，编制总数37520名，实有人员36427人。其中：全额拨款单位234个，编制12618名，实有12170人；差额拨款单位107个，编制13023名，实有12240人；自收自支单位255个，编制11879名，实有11837人。
  1998年底，长春市党政群机关和政法系统编制总数13469名。其中：行政编制10209名，自定编制1341名，工勤和事业编制1919名。实有人员总数12662人。其中：行政编制和自定编制实有11012人，工勤和事业编制实有1650人。市级事业单位总数630个，编制总数37663名，实有人员36037人。其中：全额拨款单位235个，编制12620名，实有12000人；差额拨款单位107个，编制13023名，实有12449人；自收自支单位288个，编制12020名，实有11588人。
  从1998年开始进行新一轮机构改革准备工作，到2001年上半年，对机构编制实行了冻结。