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西汉至清末，内丘县县级政府机构称衙署，行政长官称谓每朝各不相同。
  西汉初年（前206—前195年），实行郡县制和分封制。县分大小两种，万户以上设县令，不足万户设县长。时置中丘县并设县令，佐官有县丞，掌治安的有县尉，属官有斗食佐官等。王莽建新朝初，县令改称县宰。东汉，仍设一县令，佐官有一名县丞、两名县尉等。
  隋朝开皇三年（583），县行政长官称县令。
  唐朝县分上、中、下三等，其中六千户以上为上县，时内丘为上县。设县令、县丞、主簿各一员，县录事二员，领县史三员；司户一员，领佐四员、史七员、帐史一员，掌田、户、赋役；司法一员，领佐四员、史八员，掌刑法；仓督二员；典狱十员，问事四员，白直十员；市令一员，领市佐、史、帅各一员；博士、助教各一员，掌教育。整个县衙共置官吏68人。
  宋朝时，内丘仍为上县，辖五乡。县设县令、县丞、主簿各一员，但县丞一职时革时复，无此职时，其职责则由主簿兼任。另外，还设有县尉等职。后县令改称知县，
  元代规定，领民六千户以上者为上县，二千户以上者为中县。内丘为中县，设正七品达鲁花赤一员，为县最高长官。县尹、主簿、县尉各一员，典史二员。印典史、巡检司巡检等各一员。
  明沿宋制，县行政长官称知县，正七品；佐官有县丞一员，正八品；主簿一员，正九品；典史一员，不入流。县衙署设吏、户、礼、兵、刑、工六房，同朝庭六部对口。后增设教谕、训导、巡检、驿丞、递运所大使等官员。
  清朝雍正年间县行政长官仍称知县，并设教谕、训导、巡检。县衙署办事机构有“三班六房”。三班即皂班、捕班和壮班。六房是吏（民政、人事）、户（户籍、财政）、礼（教育）、兵（武备）、刑（司法）、工（工商）。六房办事人员称典吏。后又设正八品县丞、正九品主簿、未入流典史、驿丞、递运所大使、巡警总局和劝学总董。宣统三年（1911）改劝学总董为劝学所长，并设理财所、议事会、参事会，辅佐知县理政。