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明太祖朱元璋靠运河运兵运粮，南征北战，指挥大将徐达、常遇春攻克大都，夺得天下。明成祖朱棣重开京杭大运河，从南方采运大批木、石、砖、瓦，兴建北京城；运来江南大米保障京城供给。明成祖以后的十八代皇帝，也都十分重视对大运河的修整和疏浚，加强对漕运的管理。明代的治河、航运及对漕运的管理水平都比元代有了较大提高。1438年以后，沿海倭寇①猖撅，经常抢劫漕运船只，杀死船工水手及押运官员，朝廷派兵围剿几次收效甚微，遂决定罢海运、兴河运。此后对大运河漕运的依赖，达到了“依漕为命”的程度。
  为加强对漕运的管理，朝廷定出各种规制：全国漕船定数为一万一千七百艘，由朝廷指定造船厂打造，所用木材必须是杉木、松木。漕船三年一小修，五年一大修，十年报废。每年运到京城粮米四百万石，另专供宫廷上等粳米和糯米一百一十七万石。朝廷设立漕运总督，与管理运军的总兵、参将同理漕事。总督之下设十二总，统领十二万运军。下设专管漕运、河道的两套人马若干人，有督运官、押解官、参政、监兑理刑、管洪防洪、管厂造船厂、管闸、管泉水、监仓等大小官员。运河沿岸的各级地方官员，筹措漕运的粮米，按期送达指定地点，交付漕运官员。督漕官员组织船队，河道官员负责修整河道，管好闸坝，保证漕船通航。
  明朝运粮漕船，相当于元朝九百艘的十三倍，连同官府的水师船、驿站船，民间商船及外国商船，不下两万余艘，常年在运河上往来于杭州、扬州、济宁、天津、北京之间，鼓悼扬帆，犹如长达三千五里的流动市场。
  明廷规定，从事漕运的官兵可以随船携带免税的土特产品，沿途出售。最初限定每船十石，后增至六十石。事实上，违限私挟的货物大大超过此数。所有官船回空时，还可采购北方商品南运或沿途贩卖，促进了沿途城镇商贸的繁荣。大运河沿线的通州、张家湾、河西务、杨村、天津、杨柳肯、沧州、德州、临清、聊城、东平、济字、徐州、淮安、扬州、常州、无锡、苏州、嘉兴、南京、杭州等数十座府貊州县，发展成大型商埠或商业都会。帝都北京，成了，省直之商旅，夷蛮闽貊之珍异，三代八朝之古董，五等四民之服用物皆集”的商业大都市。《帝京景物略》记载，当时北京城有名的大商场即有十处之多，其中的朝前市、灯市、内市、穷汉市、城隍庙市、槐树斜街市、鼓楼市等，是行商坐贾荟萃之地。万历年间，北京的私营工商业多达一百三十二行，从事商业和商品制造业、加工业的人口不可胜计。
  运河沿线城镇手工业也得到迅速发展，出现了新的生产关系。丝织中心苏州，织机多达万台，工匠多达六万。当时有“人市”，无长期雇主的工匠，黎明即立在桥头等待雇主，“织工立花桥，纱工立广化寺桥，车工立濂溪坊”。苏州境内兴起众多市镇，以盛泽镇为例，明初还是个只有五六十户人家的小村落，随着丝绸业的发展，到嘉靖年间，已是拥有五万人口的大镇。
  制瓷中心景德镇，以前官窑多于民窑，此时民窑已有二三百座，官窑只有五十余座，每座民窑都比官窑大四五倍。当时景德镇街长十三里，逾卜万户，十之七八都是制瓷工匠。
  淞江上海是棉纺中心，有多少织机、多少织工己难考其详。民间有谚语说：买不尽的淞江布，收不完的魏塘今浙江嘉善纱。
  明王朝改变了历代王朝“重农轻商”的传统思想，而推行“厚农利商”、“厚农资商"的新政策。商品经济的发展，促进了资本主义的萌芽。