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2006年，中心通过中国实验室国家认可委员会复评审，表明逐步与世界接轨。中心严格按照《计量认证／审查认可（验收）评审准则》，通过天津市质量技术监督局监督评审，获得2006年开展检验任务资质。
  中心多方收集计算机防病毒软件厂家意见，完成公安部委托检验任务。全年共出具检验报告68份，其中，单机版检验报告14份，反木马类检验报告2份，反间谍类检验报告3份，网络版检验报告27份，移动终端防毒检验报告6份，硬件防毒检验报告9份，案件鉴定类报告7份。智能手机普及与移动技术发展，使移动安全成为中心关注焦点。中心着力提高检验水平，规范移动安全产品功能与性能，制定《移动终端病毒防治产品评级准则》，于2006年获公安部十一局审批。中心先后邀请俄罗斯、古巴信息安全专家到中心技术培训。全年安排10人分赴韩国、菲律宾境外培训。
  2006年，中心完成公安部金盾工程项目计算机病毒与网络安全事件预警系统，在全国11个主要城市布点；完成公安部第6次计算机病毒疫情调查活动，组织召开计算机安委会年会，信息安全专家40人参加。承担国家发改委计算机病毒预警产业化项目、国家242专项和公安部监督检查工具与研发中心项目，承担公安部807专案。中心计划依托开发区，建设以国家计算机病毒应急处理中心为龙头，国内外信息安全企业为支撑的中国反病毒基地。