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办公室2000年9月，设立两区工委办公室，为其综合办事机构。其职责：负责掌握、督察工委各部门贯彻上级和工委工作部署的落实情况；根据工委指示拟定工委年度工作计划和中长期发展规划；负责开发区保税区的信息、调研、统战、信访、文档、机要、保密、会议和内部事务的管理与协调；负责开发区保税区涉台事务（兼挂开发区保税区对台办公室牌子）；负责工委ISO9000质量管理体系的建立、实施、维护等日常工作，负责组织内部质量体系的审核等工作。
  组织部 2000年9月，设立两区工委组织部，负责开发区保税区党的组织建设、党员教育、干部管理和培训。下设干部科、组织科、综合科。
  宣传部 2000年12月，设立两区工委宣传部。负责开发区保税区的理论学习、思想政治工作、精神文明建设和法制宣传教育；负责策划和组织两区重大对外宣传活动、新闻发布会、新闻单位和记者采访接待、统一外宣口径、外宣品制作管理等。下设宣传科、外宣科、策划科。
  企业工作部 2000年12月，设立两区工委企业工作部。负责两区企业党建指导工作。在工委领导下，具体负责开发区保税区外商投资企业、内资企业党建工作和精神文明建设；制订两区企业党建工作规划；指导两区企业党委开展党的工作；针对新经济组织党建工作的新情况和新特点提出新的工作思路和方法，推动非公企业党的建设工作深入开展。