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2001年，开发区海关后续监管坚持把规范企业行为与抓“大要案”结合起来，加强统一指导、发挥整体效能，并结合开发区加工贸易企业比重大、审批减免税设备货值高等区域性特点，应用风险式管理，锁定重点项目、重点企业自主开展多项专项稽查行动，深挖区域性、行业性重点问题，遏制走私违规行为，促进企业提高守法诚信意识和自管水平，为开发区打造诚信通关环境提供支持。
  2004年，开发区海关稽查补税创建关以来历史新高，全年稽查补税1.18亿元，占关区稽查补税总额（2.7亿元）的43.7％。2005年，开发区海关通过实行定期例会制和重大线索集体会诊工作机制，移交走私（违规）线索17条，案值1.49亿元，发现关区单案涉嫌偷逃税款800余万元的“第一大案”。
  2006年，实行全员参与，提高风险收集、分析、处置能力，推进监管工作由经验性管理向风险性管理转变，综合分析区内企业资信情况，对不同风险等级的企业，在后续稽查时区别对待。探索建立与商检、工商、税务等地方职能部门的协作机制，在知识产权保护、走私线索追踪、逃税骗税查堵方面及时沟通，共查共办，联合打击违法违规行为。年内，稽查补税1.01亿元。2007年、2008年、2009年稽查补税连续超亿元。其中，2008年移交走私（违规）线索43条，涉案货值3.22亿元。
  2010年，根据国家海关总署海关大监管体系建设的总体部署，将企业稽查、减免税核查和保税中后期核查实行统一归口管理，开发区后续监管任务量大幅增加。开发区海关及时调整内部业务职能，配备必要的人力资源，在保证“选、查”分离的基础上，集中优势资源，提高后续监管效能。