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保税监管系海关对享受保税政策的进出口货物或物品在保税状态下研发、加工、装配、制造、检测、维修等产业链全过程，以及采购、运输、存储、包装、分销、转运等简单加工及增值服务等供应链的全过程，实施备案、审核、核准、查验、核查、核销等实际监管的行政执法行为，监管对象为保税加工（加工贸易）。2001年，开发区海关接受加工贸易合同备案数1849份，合同备案金额57.43亿美元，内销征税22.35亿元。
  2003年，天津海关首家加工贸易联网企业——天津三星电子有限公司启用电子账册。2004年，开发区20家企业的加工贸易联网，联网监管加工贸易总量占天津市67％，联网企业加工贸易总额突破百亿美元。
  2005年，开发“单票补税”“核销预测”等多项功能，解决核销瓶颈问题；实行单耗行业模块式管理、调整边角料监管模式，加强实货监管力度。是年，开发区新增联网企业45家，联网企业通过加工贸易电子账册进出口额188.1亿美元，同比增长30.45％，占天津关区电子账册进出口总额的81.4％，联网企业加工贸易进出口总额占开发区加工贸易进出口总额的97％，内销征税22.7亿元，占天津关区的80.4％。
  2008年，按照国家海关总署的部署和《天津海关推广应用H2000电子化手册系统的工作方案》的要求，开发区海关作为天津海关试点单位于5月进行电子化手册系统试运行，启用电子化手册。与7家企业签订备忘录，对企业实施“量身定做”个性化保税监管模式。2009年新增15家“量身定做”企业。
  2010年，开发区海关接受加工贸易合同备案数1956份，合同备案金额93.5亿美元，内销征税22.68亿元。是年，开发区海关推行“诊断式”核查，利用该措施核查企业30家，税款186.4万元。