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2001年，开发区海关累计接受进出口报关单92170票，监管进出口货物42.57万吨。
  2004年，实行“小额担保、先放后税”通关便捷措施。是年8月20日，由中国国航公司承运的往返于首都机场和天津开发区的“京津地面航班”开通，开发区海关专门实施“陆地航班、空地联运”监管模式，实现出口空运货物在“家门口”办理报关及安检手续，方便区内企业，降低物流成本。10月8日，取消摩托罗拉及西迪斯等企业应急货物“凭保放行”方式，代之以“登记验放”制度，首次实行急用货物“登记验放”制度；12月，开通海运出口业务。
  2006年，海关引入“差别通关通道”模式，提高通关效能。综合分析企业信誉、申报差错、申报商品等情况，进行科学分类，通关环节分别进入“快速、一般、特殊”3个通道，享受不同的“通关待遇”，加强实时监控与后续核查，动态调整企业分类，强化对违规企业的规范力度，形成有分类、有调整、有差别、有监控的通关模式。针对区内大型高新技术企业“零库存”管理对通关时效的要求，开发区海关在接单现场专门设立了“快速通道接单窗口”和“快速通道放行窗口”，为管理规范、资信良好的大型生产型企业的急用免税单据提供“快速通道，单据随到随放”服务。是年3月15日，开发区海关与机场海关首票空运“一点通全关”（指本地企业可以根据自身情况或货物的流向特点，自主选择在注册备案地海关或货物进境地海关申报，并办结海关通关手续）货物通关。此为开发区海关首次接受空运提单副本报关，非空港口岸现场海关接受报关企业持提货单复印件等有关纸质单证办理空运货物的报关手续，方便企业享受“一点通全关”，促进企业就近便利通关。
  2007年，开发区海关审单科采取“递单签时”，制作“递单时间印章”，接单关员通过对电子审结时间与递单时间对比，督促报关员及时递单申报，压缩单据外部流转时间。是年6月始，在开发区注册的进出口企业办理海关业务均可在开发区海关享受“一站式”服务，在报关大厅即可办结所有海关业务手续。7月19日，开发区海关首票“北京——天津”空运“属地申报、口岸验放”货物顺利申报。
  2008年，针对摩托罗拉、飞思卡尔等大型电子行业企业提出的急用空运转关货物通关问题，加强与企业沟通，推出“提前报关、实货放行”便捷通关措施。企业在首都机场海关办理货物转关后，即可向开发区海关发送进口货物报关单电子数据，海关进行审核，实货到达开发区海关查验中心后直接办理查验放行手续。
  2009年，满足企业通关需要，实行延时通关和预约通关相结合模式，保障企业24小时通关需求。建立天津海关至秦皇岛海关、青岛海关和威海海关的出口“海运转关”新通道，帮助企业搭建更加科学、便捷的物流通道，为企业节省物流成本。开展“通关十佳”和“通关十差”企业评选，利用电子大屏幕等媒介及时公布缴税时间最佳的10家企业和最差10家企业，鼓励企业及时缴税，缩短缴税周期，提高通关效率。
  2010年，开发区海关完善内部管理。通过“日查日报、每月盘点”制度，对未放行（未审结）报关单进行监控，查找影响通关效率的问题；完善内部流转机制，设定单证流转时限，降低因环节流转和手续性操作对通关效率造成的影响，出口通关效率连续35个月列天津海关业务现场第一。全年实征税款106.64亿元，接受申报并放行报关单149719票，货值109.9亿美元。