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2001—2010年，按照国家审计署关于“实行审计与专项审计调查并重，逐步提高专项审计调查的比重”的要求，开发区审计部门重点调查国家政策法规执行中存在的问题和开发区相关规章的落实情况，促进宏观管理，完善法规制度。细化专项审计调查工作，逐年提高专项审计调查项目的比例，使审计项目与专项审计调查项目“双管齐下、两翼齐飞”。
  2001年，围绕开发区“科技兴区”工作开展审计调查，为领导制定宏观决策提供依据。按要求完成管委会领导交办的科技项目资金问题调查，对交办事项定位准确，详细了解和掌握情况和问题，有针对性地提出审计意见并得到较好采用。
  2003年，以重点财政资金使用情况为目标，开展专项审计调查。围绕财政同级审计，重点对能源性财政专项补贴、企业挖潜改造资金使用情况进行审计调查，针对如何管理好、使用好这些资金从宏观上提出建议；围绕摸清国企家底，建立科学的被审计资料库，对全区国企进行综合调查；开展关于政府采购情况调查，旨在推进规范政府采购工作进程。审计调查在政府采购、财政补贴、西区开发建设、控股企业摸底等项目中的运用，弥补传统审计对审计手段、审计程序、法规依据的限制，降低审计风险，使审计促发展主题得到落实。
  2004年，结合贯彻执行《行政许可法》，开展行政事业单位收费和罚没收入审计调查，全面了解执缴分离、实行“收支两条线”管理情况，向管委会提交专题报告，并通过专题会议形式，落实审计调查意见和建议，及时纠正存在问题。
  2005年，审计调查项目达到全年审计项目的（不含跟踪审计）45％。配合贯彻执行《行政许可法》和开发区事业单位改革，对建发局所属8个事业单位进行审计调查，发现行政事业收费没有严格执行“收支两条线”等问题，及时提出整改意见。
  2007年，增加审计调查项目，围绕财政资金使用、企业改革、基本建设、能源价格等政府关心的问题开展调查调研，使审计结果转化为政府决策的依据，审计成果从微观上升到宏观。结合预算执行审计，加大对财政专项资金使用效益的调查，加大对科技资金、公用事业产品财政补贴资金和开发区西区开发建设资金使用情况的调查。在对财政补贴资金专项审计调查中，发现补贴制度存在补贴核定方法不完善、补贴资金未能充分发挥作用、应收补贴挂账金额巨大等问题；对开发区西区建设项目安排、资金使用、建设进度、存在困难等进行调查，摸清底数，提出改进工作意见；对科技资金开展调查，摸清科技资金管理中存在的问题，并提出合理化建议。
  2009年，结合上年度预算执行审计，开展政府性负债专项审计调查。调查范围涵盖区财政直接负债及担保情况，开发区国有资产经营公司、投资有限公司直接负债及担保情况，全面摸清开发区政府性负债的基本状况。通过对政府性直接债务以及各年度还本付息情况的分析预测，结合区域可支配财力情况，对开发区合理安排融资提出建议：融资应争取更多5年以上中长期贷款，将贷款归还期限放在2014年以后的年度，避开还款高峰；对20092013年到期的贷款，争取借新还旧，将还款期限延长至2014年以后的年度，从而优化政府性直接债务结构，规避债务风险。调查结果揭示了部分财政担保存在风险，提出针对性审计建议。
  2010年，开发区围绕“审计促发展”主题开展工作，不断增强审计调查服务政府宏观管理的意识。审计调查突出4方面重点：围绕财政资金管理、投融资效益和风险开展调查，促进管好用好财政资金。开展国资公司、南港公司融资使用管理及还款情况、职业学院资产投入情况调查，揭示体制、机制和管理层面存在的主要问题，促进健全管理体制，促进财政性资金的控制管理程序完善。为开发区筹建科技发展集团开展审计调查，解决一些历史遗留问题，并摸清家底。对天津津联创业中心、国有独资创业中心、建设中心等单位资产情况广泛调查，对天津泰达小企业信用担保中心、泰达科技风险投资股份有限公司进行专项调查，为管委会制定相关政策提供依据。结合体制改革开展“三小区”调查，配合开发区国企改革，摸清历史遗留问题，为改制提供翔实资料。为促进区建设项目和建设资金的科学管理，重点对基建中心、建设工程管理中心承担的政府投资项目立项、招投标、资金拨付使用及固定资产结转等环节进行调查，提出意见，促其整改，提高基本建设管理水平。