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2001—2010年，开发区行政事业审计本着审计监督与服务并重的原则，配合贯彻执行《行政许可法》和开发区事业单位改革，注重资金使用效益，将部门预算编制执行、财政重点资金使用效益、收费票据管理使用等作为预算执行审计的重点，突出审前调查。在财政同级审计中，对部分使用财政资金的单位进行同步审计。该审计方法对财政资金从拨付到使用一查到底，使资金运行中存在的问题一目了然，改变以往由于审计范围仅限于财政局而使一些财政资金使用过程中存在的问题难以发现的状况。在审计中注意发现影响行政事业单位长远发展的问题，尤其对行政事业性收费管理、融资贷款资金计划管理、环保专项资金管理、城市维护费资金管理、招商费用管理、重点建设项目财政资金和项目管理等方面存在的问题提出审计意见。
  2001年，结合开发区发展实际，审计部门向管委会提交《关于我区2000年度财政预算执行和其他财政情况的审计结果报告》。报告披露部分单位私设“小金库”等违纪违规问题，并提出加强财政预算管理的意见。该意见受到有关部门重视，财政部门据此迅即进行整改，制定《天津经济技术开发区行政事业单位基本支出预算管理暂行办法》《天津经济技术开发区行政事业单位项目支出预算管理暂行办法》，报管委会批准后施行。
  2002年，审计部门注重为事业单位改制当好经济参谋。经体制改革，部分事业单位逐步走向市场。在对上述单位进行常规审计时，抓住行政事业单位急需解决的困难问题，发挥专业特长，提出解决办法。
  2003年，以总预算审计为主线，以13个行政部门和部分事业单位预算执行审计为基础，以专项、基本建设支出、补贴、基金等审计为重点，以大额财政性投融资延伸审计为补充，从摸清家底、促进优化财政支出结构入手，准确查找预算执行中的问题，审计资金覆盖面达到60％。
  2004年，结合贯彻执行《行政许可法》，开展行政事业单位收费和罚没收入审计调查，规范“收支两条线”，促进依法行政。该项调查涉及76个行政事业单位，14项罚没项目，47项行政事业性收费，32项经营性收费项目。对于全面了解开发区行政事业单位收费和罚没收入的总体情况及执缴分离、实行“收支两条线”的管理情况，形成行政事业审计科学决策，起到重要作用。
  2005年，围绕开发区事业单位改革，加强重点收费项目的审计。对建发局下属4个事业单位财务收支情况进行审计，发现建口事业单位改革进展缓慢，行政事业收费没有严格执行“收支两条线”的规定，对外投资没有相应的审批程序、缺乏管理监督且部分投资面临损失的风险。审计结束后，对建口事业单位存在的问题进行汇总，工委、管委会审阅该汇总后，依情批示有关部门落实审计意见，加强管理工作，加快推进改革。
  2008年，根据中纪委等五部委和国家审计署的通知要求及天津市审计局相关部署，对开发区城市管理局、红十字会接收汶川地震救灾资金和物资的管理和收支情况及开发区财政向汶川地震灾区的捐赠情况进行分阶段全程跟踪审计；对开发区机关党委负责的“特殊党费”收缴情况进行审计，为保证救灾捐赠款物的安全有效使用提供有力保障。
  2009年，根据《天津市党政单位“机关和事业单位小金库”专项治理工作实施方案》要求，按照开发区“小金库”专项治理重点检查实施方案的安排，听取被查单位自查汇报、单位全面情况汇报，宣讲治理“小金库”的意义、步骤和工作要求，重点对账户开立、收入来源及缴纳、票据使用缴销等情况进行检查。
  2010年，区审计局、外事局、党群工作部、管委会办公室、财政局、劳动人事局联合组成2个审计团组，分别赴德国、美国、日本和香港4个办事处就财务核算及管理情况进行审计检查，查找问题，提出意见，促其整改。