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2001—2010年，开发区审计部门按照审计法要求，坚持“把握总体、突出重点”方针，以促进宏观调控、规范预算管理、提高资金使用效益、规避财政风险为目标，注重财政审计同专项资金审计、企业审计和基建审计相结合，围绕区域发展中心工作，深化财政审计。将部门预算编制执行、财政重点资金使用效益、财政性融资管理使用情况、收费票据管理使用情况作为预算执行审计的重点；突出审前调查，加强对财政相关资料的分析研究，开展座谈调研，了解年度预算安排、财政收支增减变化及大额财政资金拨付使用情况；运用计算机辅助审计，按照审计方案确定的重点，对预算收支总体情况进行分析，对有关数据进行筛选，提高审计效率。坚持财政预算执行审计制定严谨细致的审计总方案，将专项审计、审计调查和财政审计紧密结合起来；注重使用效益审计方法，注重跟踪对上一年度提出的审计意见和建议落实情况和反馈，并结合当年审计工作成果，提交财政审计结果报告。
  2001年，开发区审计部门在财政同级审计中改变审计方法，对部分使用财政资金的单位进行同步审计，反映资金运行全过程。运用此方法查出某些单位违规虚开发票、虚列财政资金支出等一系列重大问题，对被查出的问题按照有关规定分别进行处理；发现案件线索，配合纪检、监察和检察等有关部门进一步查清违纪事实。
  2002年，围绕建立公共财政体制的要求，深化财政审计。以促进公共财政体制建立为目标，扩大审计覆盖面，加强对预算管理中出现的内控制度不健全、随意性等问题的监督；改进审计方法，加强对重点资金的审计，对发现行政性收费1024万元未及时、足额上缴，财政部门督办不及时等情况提出意见。
  2003年，财政审计在组织、审计方法运用、审计重点和覆盖面等方面均有较大突破，从契税及非税征收、财政补贴、财政周转金、行政事业单位资产和政府对外投资等4个方面提出具体审计意见和建议。从微观入手，宏观把握，重点突出，编制审计项目工作方案和各项目的实施方案。其主要做法：围绕行政性收费、土地出让金和固定资产管理，重点对14个预算部门进行审计；围绕财政对国有控股公司的专项补贴，对水电气热等重点能源及公交等相关国有资产企业进行延伸审计调查；重点对财政收入中的契税及非税收入进行审计；围绕财政大宗资金流向，以揭示管理部门存在的问题为重点，对2个公司和1个资金所进行审计，了解财政资金运行效益状况。
  2004年，财政审计突出为开发区发展和领导决策服务的意识，进行的9个审计及审计调查项目，均围绕开发区中心工作和热点问题开展，发挥审计监督服务作用。围绕“经济发展、招商引资、土地拓展”3项重点工作，加强预算执行情况审计，并加强追踪财政资金流向，对财政局资金管理所、区基建办公室、投资公司、国有资产经营公司等单位大额财政资金使用情况进行延伸审计，重点关注西区建设资金和重点建设项目贴息、担保、政府回购等情况。
  2005年，财政审计扩大审计覆盖面，并抓住大额重点资金进行深入延伸审计和调查，加大审计延伸力度，注重资金使用效益。预算执行审计重点从财政本部向资金使用部门转移，对组织实施预算执行情况、污水处理费征收管理情况、财政局资金管理所等单位大宗财政资金使用情况、行政事业单位执行预算和收费及罚没情况、建设发展局基建办公室使用财政建设资金和项目管理情况及重点建设项目跟踪审计情况、投资公司和国有资产经营公司资金使用管理情况等进行审计。
  2006年，财政预算执行审计注重财政审计同专项资金审计、企业审计、基建审计相结合，统一计划、分工协作，将部门预算编制执行、财政重点资金使用效益、财政性融资管理使用情况、收费票据管理使用情况作为预算执行审计的重点。
  2007年，调整工作思路，紧扣“审计促发展”主题，把审计工作放到经济建设大局中。审计业务从单一的财务收支审计，扩展到投资审计、经济效益审计，审计涉及的领域更加广泛。围绕健全和完善公共财政制度、促进提高财政资金使用效益开展工作，加强重点部门、领域和资金的审计，从机制上分析原因、提出建议，促进财政资金规范管理。
  2008年，以揭露问题、规范管理、促进改革为目标，对财政预算执行情况和其他财政收支情况进行审计，实现3个方面的创新：以预算编制管理、资金使用效益审计为重点，注重从财政预算管理的源头寻找预算管理体制存在的问题，实现审计重点的创新；以关系国计民生项目为重点，加大行业审计，将财政预算执行审计和教育系统预算执行情况结合，实现审计方法的创新；加大对财政预算审计与公共财政体制改革政策落实效果分析相结合，发挥审计的宏观建设性作用，实现审计思路的创新。
  2010年，以规范预算管理、推动财政体制改革、促进建立公共财政体系、保障财政安全、提高财政绩效水平为目标，深化预算执行审计。围绕滨海新区总体发展战略要求，加大对财政预算资金、财政资金绩效、关系人民群众切身利益的专项资金的审计力度；扩大延伸审计覆盖面，延伸调查文化、教育部门，重点对南港工业区、西区财政资金使用情况及大额财政基建项目支出进行延伸审计，对国资公司、投资公司、南港工业区偿债基金使用情况及国资公司注资资金使用情况进行延伸审计，扩展财政性资金拨付使用效益情况的审计监督范围，促进完善财政性资金的控制管理程序；注重结果分析，通过融资数据的分析测算，揭示开发区政府融资平台公司融资运作中存在的风险，提出针对性的审计意见和建议。