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2001年，受东南亚金融危机影响，水路运输业出现萎缩，水运企业仅10家，船舶13艘，载重吨位11万吨，货运量192万吨，货运周转量1121万吨／千米，从业人员260人。水路运输企业的经营主体发生明显变化，民营经济占主要成分。
  2003—2006年，企业数量虽无明显增加，企业投入大吨位船舶数量却大幅增长，由过去经营较多的3000载重吨左右的船舶，发展到5万载重吨左右的船舶，其中天津畅明海运集团有限公司拥有1艘达到10万载重吨船舶，时为全国民营水路运输企业船舶之最。
  2008年，面对国际金融危机影响，开发区采取多项措施，加快水运结构调整，鼓励水运企业重组，通过改组改制增强水运企业实力。引入天津国电海运有限公司，促进开发区水运业发展。该公司2年发展船舶9艘，载重吨位50余万吨，占开发区水运企业总载重量的50％。是年，开发区有水运企业16家，船舶22艘，载重吨位25万吨，货运量586万吨，货运周转量2235万吨／千米，从业人员395人。
  2009年，继续调控运力，鼓励更新船舶，改善结构，适应水运市场要求，加大安全管理和稽查力度，严厉打击“三无”船舶，保护合法经营。开展调研，及时发现和解决问题，为企业排忧解难，创造公平竞争市场环境，帮助企业克服不利影响。
  2010年，开发区纳管水运企业14家，船舶39艘，载重吨位98万吨，货运量1500万吨，从业人员460人。
  开发区水路运输服务业，从事船舶运输代理业务和水路客货代理业务。由于市场竞争激烈，从事水路运输货运代理及船舶代理费较低，水路运输服务企业处于经营困难的局面。