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部门设置 2009年5月，市编办批准成立3个部门：天津南港工业区综合办公室、天津南港工业区规划建设局和天津南港工业区经济发展局，分别负责南港工业区现场综合事务、规划建设和招商引资等工作。2012年6月，市编办批准成立南港应急指挥中心和南港建设服务中心。南港应急指挥中心为南港综合办公室下属事业单位，主要负责南港工业区区域安全监控、事故和灾害预警以及调度指挥一体化管理。南港建设服务中心为南港规建局下属事业单位，主要负责南港工业区入区项目、建设工程的规划、管理及提供港口、铁路等相关配套服务。
  机关党团机构 南港机关党支部2010年2月，天津开发区机关党委批准南港综合办、南港规建局、南港经发局3个部门成立南港机关党支部。至2012年末，共有党员20名，其中预备党员1名。南港机关团支部2010年2月，天津开发区机关团委批准南港综合办公室、南港规建局、南港经发局3个部门成立南港机关团支部。至2012年末，南港机关团支部共有团员7名。南港机关工会2010年2月，天津开发区机关工会委员会批准南港综合办公室、南港规建局、南港经发局3个部门成立南港机关工会小组。至2012年末，小组共有成员27名。