动物所属类型不同，其生殖方式亦不相同，有卵生、卵胎生、胎生。每一种生殖方式，都代表着动物的进化程度，因此，动物的生殖方式是动物学、分类学关注的重要问题。
1.肩鳍类的生殖方式是卵胎生
肩鳍类生殖系统、卵巢、羊膜全胚胎化石等的发现，为论证肩鳍类的生殖方式是卵胎生奠定了基础。肩鳍类的胚胎是从3号卵巢化石中取样（图721）经电镜扫描，得到的#983060、#985080、#985078电镜扫描图片中发现的。在这些图片中观察，到了早期胚胎、中期胚胎、全羊膜胚胎、胚胎后期雏形，即发现了胚胎发育形成的基本过程，因为是从卵巢化石内取样的，所以，胚胎发育形成的全过程是在卵巢内完成的。因此认为：肩鳍类是在体内受精，体内孵化，早期胚胎形成后，在羊膜腔内羊水中发育，这期间母体提供合适的温度及营养。发育后期，形成柔韧的软壳体卵，与陆生硬壳卵不同的是：它对幼体的包裹起到了保护作用，使胎儿产生于水中时，将环境对胎儿的不利影响减少到最小限度。胚胎成熟后，软壳体卵产出体外，幼体破壳入水，不再经过变态过程，在水中直接受母体保护。通过以上分析论证，可以认定肩鳍类的生殖方式应是水生羊膜四囊型卵胎生。
2.肩鳍类动物卵胎生与其他卵胎生的比较
从红山二叠纪肩鳍类动物生殖方式、胚外器官与现代动物对比表中看到：同为卵胎生，但情况各不相同，部分鱼类如鲨鱼等属卵胎生，是水生单囊型的；肩鳍类属卵胎生，是水生四囊型的；部分爬行类如毒蛇等属卵胎生，是陆地四囊型的。如上所述，胚外器官越复杂，在动物分类上就越高级，所以同样是卵胎生，肩鳍类的卵胎生要比鲨鱼的卵胎生生殖方式先进。水生四囊型卵胎生和陆地四囊型卵胎生的关系是怎样的呢？现从两方面来分析：第一，肩鳍类在生殖方式上，从两栖类的水生单囊型卵生，演化成水生四囊型卵胎生，这在胚胎演化上是个相当大的进步。动物学家认为：有无羊膜是两栖动物和爬行动物的分界线。因此，肩鳍类从生殖方式、胚外器官方面已进入爬行类范畴。第二，水是生命之源，动物的演化是从水中向陆地演化的，能否认为肩鳍类的卵胎生为原始早期的卵胎生生殖方式，并由其水生四囊型卵胎生，逐渐演化成陆地四囊型卵胎生。卵胎生在动物生殖方式演化中所处的位置及演化关系，用下列示意图表示：
卵胎生是卵生向胎生的过渡生殖方式，从上面的示意图中可以清楚地看到。肩鳍类水生四囊型卵胎生为3种卵胎生的中间形态，它的发现，对动物卵胎生的研究，由卵生到胎生的演化，提供了重要的科学依据。
按动物分类学，高级分类阶元，根据肩鳍类生殖方式胚外器官，肩鳍类已经不属于两栖纲的原始两栖类了，而是属于向爬行纲演化后的原始两栖爬行类的早期种类。