一、第一届指挥部

1986年11月5日，地委、行署研究决定，在柯柯牙黄土台地上建造人工防风治沙绿化工程，同时成立柯柯牙防风治沙绿化指挥部。指挥部总指挥由地委副书记康克俭担任，常务副总指挥由地委副秘书长何俊英担任，副总指挥由行署办公室副主任丁士超、地区水利处处长马光义、地区林业处处长毕可显、阿克苏河管处处长黎仲康、地区交通处副处长王殿武、地区建设处副处长张金山和阿克苏市副市长董志学等担任，指挥部下设办公室，办公地点设在林业处。办公室内设宣传、秘书组和施工技术组。宣传、秘书组由丁士超负责，任务是起草由指挥部下达的各类文件；施工技术组由毕可显、黎仲康、张金山负责，任务是工程的勘测、实施及验收，其中工程的开沟、灌水、压碱、挖沟栽树等技术指导与检查验收由毕可显负责，苜蓿地的平整开沟由马光义负责，工程的勘测，水利设施的修建由黎仲康负责，林区道路建设由王殿武负责，市区的绿化工作及市政设施、支渠两边的道路绿化由董志学负责，各单位的任务分配、工地劳动力的调配及工程验收工作由张金山负责。

1987年10月17日，地委、行署领导及绿化指挥部的全体成员在柯柯牙绿化工地召开现场办公会议，决定绿化指挥部为地区非正式的常设机构。

二、第二届指挥部

1988年2月23日，地委召开第五次委员会议。会议就地委副书记、绿化指挥部总指挥康克俭工作调动，决定由地委书记颉富平担任绿化指挥部总指挥，指挥部其他成员不变。

1988年3月9日，地委召开第六次委员会议。在听取绿化指挥部关于续建工程实施方案的工作汇报后，决定增补地区红旗坡农场场长王福堂为绿化指挥部副总指挥。1990年10月，地委决定增补地区实验林场场长严发斌为绿化指挥部副总指挥。

三、第三届指挥部

1991年1月，因地委书记颉富平工作调动，绿化指挥部总指挥由新任地委书记康克俭担任，指挥部其他成员不变。1992年5月17日，地委、行署决定增补阿克苏公路总段总段长郑贤学、地区交通处党组书记刘法英为绿化指挥部副总指挥。

四、第四届指挥部

1994年3月10日，地委、行署领导及绿化指挥部的全体成员在柯柯牙绿化工地召开现场办公会议。因地委书记康克俭工作调动，决定由现任地委书记熊辉银任绿化指挥部总指挥。同时调整补充绿化指挥部成员：指挥部副总指挥由地委副书记、行署专员买买提明·扎克和地委副书记吐尼牙孜·买买提担任，指挥部成员由地区政协工作委员会副主任、水利处处长黎仲康、地委副秘书长何俊英、行署办公室副主任木沙·买合苏提、地区林业处处长毕可显、地区交通处处长王殿武、地区建设处副处长张金山、红旗坡农场场长王福堂、实验林场党总支书记严发斌等人组成；指挥部下设办公室，何俊英兼任办公室主任。

1996年3月19日，因地委副书记、行署专员买买提明·扎克工作调动和柯柯牙绿化工程建设的需要，地委、行署决定增补地委副书记、行署专员吐尔逊·沙迪尔为绿化指挥部副总指挥，地委办公室副主任索毅、阿克苏河管处处长阎长庚、实验林场场长张卫真、阿克苏市副市长赵建强等人为成员。