清

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顺治六年(1649) 正月，丁国栋率部由甘州撤往肃州。在肃州拥立叶尔羌罕国哈密巴拜汗之子土伦泰为王，会集肃州回民及哈密等地维吾尔族援军驻守肃州。嘉峪关内外回、维等族群众纷起响应。十一月，清军马宁攻破肃州城，土伦泰被清军射死，丁国栋等被俘(后处死)，维族主将和回族首领等死于阵前。至此，清初席卷甘肃的回民反清斗争以失败而告终。

顺治九年(1652) 肃州受旱抛荒，水淹，沙压地亩，民饥。

康熙三十年(1691) 捐资重建酒泉书院。

康熙四十二年(1703) 肃州连岁被旱，饥民流散。限一年召回，补给口粮、籽种。

雍正三年(1725) 升肃州为直隶州。砖包肃州城鼓楼。

雍正十一年(1733) 知州童华率民开肃州九家窑渠洞，凿山数十里，引水灌田2万亩。

雍正十三年(1735) 全省大旱，肃州等处大水为患，民饥。

乾隆元年(1736) 肃州分巡道黄文炜捐银修缮酒泉书院，创建“尊经阁”，购置图书900百余册，供人阅读，是为酒泉有图书馆之始，重建文昌宫，设为义学，来学之士百数十人。

乾隆二年(1737) 秋，黄文炜撰《重修肃州新志》告成。

乾隆四年(1739) 全省各州、县雨雹，杀禾歉收，民饥。

乾隆二十年(1755) 知州徐浩捐资重修肃州书院和古酒泉湖。

乾隆二十一年(1756) 甘肃60州、县，旱、霜、雹相继为灾，麦无收，民饥甚。

乾隆二十五年(1760) 十一月，召民耕种肃州边外荒地。

乾隆二十六年(1761) 十月，陕甘总督杨应琚奏报，自清以来，重视河西水利的发展，形成了较有系统的内陆河流灌区，农业经济繁荣。

乾隆二十七年(1762) 肃州知州康基渊，筹集资金办社学百余处。

乾隆三十三年(1768) 甘肃全省偏旱、歉收、民饥。重修肃州东关城墙。

乾隆五十年(1785) 三月初十日，肃州地震，城墙垛口摇倒数处，民房倒塌十数间。

嘉庆六年(1801) 河西各县夏、秋均旱，禾歉收，民饥甚。

道光六年(1826) 五月，肃州黄雾漫天，烈风拔木，岁荒，民饥。

道光七年(1827) 肃州大暴雨，洪水成灾，民饥。

道光二十六年(1846) 林则徐发往伊犁，途经酒泉、嘉峪关，赋诗赞美边城之形胜。

咸丰二年(1852) 五月初五丑时，肃州狂风大作，田禾、民房受损，拔木千株。

咸丰三年(1853) 肃州知州李公祖劝谕士庶捐资修补州城及嘉峪关长城。

同治四年(1865) 二月，肃州回民军攻据州城。马文禄遂成为肃州回民军的主要统领。此后，陕甘总督虽屡次调兵遣将，围攻肃州，但都遭到回击。

同治七年(1868) 五月，甘州提督杨占鳌率清军40余营进攻肃州，为回军大败，亡2千余人。是年，河西各县大旱，民大饥。署总督穆图善赈灾。

同治十二年(1873) 二月，清军徐占彪围攻肃州，左宗棠又奏调将军金顺率军21营、陶生林率军5营往援徐占彪，皆至肃州。七月，清军久攻不下。左宗棠亲往督剿。九月，马文禄开城出降，后被杀害。至此，延续十数年的回民反清斗争与为时将近3年的肃州之战告终。

光绪元年(1875) 四月，左宗棠禁种鸦片，烟苗已出土者令军队强行铲除。

光绪二年(1876) 二月，左宗棠自兰州移节肃州。

光绪三年(1877) 七月，左宗棠捐资恢复酒泉书院，为邻近各县士子肄习之所。

光绪六年(1880) 四月，左宗棠督饬各防营，于操防护运之暇，次第承修各县的房屋、道路、桥梁、祠庙、学校，并修渠筑坝，广植树木。

光绪七年(1881) 改酒泉书院为举院，开闱分试就地取士。各县设牛痘分局，为儿童种痘。中俄伊犁条约签订，规定俄人在新疆及兰州至嘉峪关皆可贸易，通商之初暂免纳税，俄货入口，验票放行。

光绪十六年(1890) 十月，西安至肃州电报线架成，长2900余里，费工料银20万两。是年，河西各县冰雹成灾，伤禾，民饥。

光绪十八年(1892) 三月，建肃州至迪化(今乌鲁木齐)电报官线。

光绪二十三年(1897) 六月，令各县推广水磨。

光绪三十年(1904) 八月二十一日丑时，肃州地震，震势凶猛，损失甚重。是年，重修肃州城鼓楼。

宣统元年(1909) 河西各县大旱，民饥。

宣统三年(1911) 冬，肃州祁德隆以行医为名，聚众400多人，定于1912年2月10日在北乡闻家圈发动起义，响应辛亥革命，结果事泄，被清军镇压，祁壮烈牺牲。