河流区内主要河流有黄河、金堤河、徒骇河、马颊河、卫运河及小运河。除黄河、金堤河属黄河水系外，均属海河水系。黄河、卫运河常年流水，徒骇河、马颊河及金堤河均为季节性河道。

黄河清雍正年间《河南通志》记载，公元前602年（东周定王五年），“河徙宿胥口，东行溪川，至长寿津与溪川别而东北会漳水,至章武入海”。即黄河从河南浚县淇河、卫河交汇处改道，经濮阳西南、内黄东南由河北的大名东入境，经冠县西、馆陶、临清南、高唐东南向东北至章武（今沧县东北）入海。70年（东汉永平十三年），王景“筑堤自荥阳东至千乘千余里”，河道相对稳定，经濮阳、范县、阳谷、东阿、聊城、在平、高唐、临邑至利津东北入海,到北宋，行河近千年之久。此后，金、元、明代主要在现行河道以南行河，经常数道并行,彼此迭为主次，“或决或塞，迁徙无定”，经常波及马颊河、徒骇河、北清河（今卫河）。直至1495年（明弘治八年），河道全部南徙，夺淮入海。1855年（清咸丰五年），黄河在兰阳铜瓦厢（今河南兰考县境）决口，溃水至阳谷县张秋镇，穿运河东流至东阿县鱼山夺大清河,经齐河、济南，至利津入海，形成现行的河道。1938年6月，国民党军队在郑州花园口扒堤决口，又使河道南徙，至1947年3月15日堵复决口，黄河归故,迄今已142年。现河道自河南省台前县张庄东北入境，经阳谷县陶城铺至东阿县李营岀境。境内河长59.51公里，流域面积29平方公里，主槽宽300〜1000米,最窄处东阿井圈险工13号坝与对岸外山对峙，宽仅275米，河道比降平均万分之一。河床逐年淤高，滩面一般高于背河地面3〜5米，为典型的地上“悬河”。

金堤河金、元、明代，随黄河决徙逐渐形成平原坡水河道。1855年（清咸丰五年），黄河在铜瓦厢决口后，沿河民众逐年取土加培金堤，形成子河槽，因其北依金堤故名。此河源于河南省滑县，自莘县高堤口入境，经阳谷县陶城铺至河南省张庄闸复入黄河。沿境河段长度83.4公里，平均河宽260米，流域面积93平方公里。

卫运河漳河、卫河汇流后称卫运河。漳河源于山西省太行山区，由清漳、浊漳二水在河北省涉县合漳镇汇流。卫河源于河南省辉县百门泉，由古清、淇二水所导，流经河南省北部、河北省南部（战国时代卫地），自冠县班庄入境，至馆陶县徐万仓村东漳卫汇流，下接卫运河，至临清石槽乡权庄北出境。沿境干流长度74.52公里,其主要支流有长顺渠、车庄沟等，流域面积485.6平方公里。

马頰河古为禹疏九河之一。因河道上宽下窄，形如马颊而得名。元、明两代开挖运河，将此河在原堂邑梁水镇以北切断，成为运西分洪与运东排涝的河道。1933〜1937年,开挖马颊河，修建了三孔桥穿运涵洞,使上游延伸到濮阳县境，形成现行的河道。自莘县董杜庄乡沙王庄入境,经聊城、冠县、在平、临清至高唐县梁村镇董姑桥进入夏津县境。干流流经境内长度123.24公里，流域面积2870.8平方公里。主要支流有鸿雁渠、裕民渠、唐公沟等10条。

徒骇河古为禹疏九河之一。此河为当时导黄入海的主道,其前身名潔川，俗称大土河。经明、清两代的迁变，形成现行河道。干流自莘县古云乡文明寨起,经阳谷、聊城、在平至高唐县涸河乡李集岀境，境内干流长度169.25公里。其主要支流有金线河、四新河、羊角河、赵王河、七里河、管氏河、赵牛河等, 流域面积5189.1平方公里。

京杭运河境内段称小运河。1283〜1292年（元世祖至元二十年至二十九年），浚凿隋、唐原有运河和济州河、会通河,形成沟通海河、黄河、淮河、长江、钱塘江5大水系的京杭运河。1855年（清咸丰五年），黄河北徒改道，冲毁张秋镇运河堤，使河道一段淤塞,停止漕运。此河自阳谷县张秋镇入境，经聊城、在平至临清入卫运河。今为引黄灌溉及排涝河道。境内段长97.5公里,现仅利用张秋闸至与赵王河合流处一段，流长39.26公里, 流域面积285平方公里。

湖泊

东昌湖又名环城湖、凤城湖，总面积4.2平方公里，略小于杭州西湖，为中国北方少见的人工湖泊。此湖为1070年（宋熙宁三年）掘土筑城时形成的护城河。近千年来，城内市民脱坯、打墙、建房取土，湖面不断扩大。建国后，屡经治理，清淤排污，引黄补源，常年水深保持1〜2米,发展淡水养殖，盛产鱼虾等。1973年改称“环城湖”，尔后，又进行了开发性建设，先后建成湖心阁、钓鱼基地、竹寨等景点，并添置了游艇、游船等设施。1995年底更名“东昌湖”。如今，碧波荡漾，湖城相映,景色宜人,登光岳楼眺望，即可领略其自然风光。1987年5月、1988年6月、1990年10月，山东省第二届"长寿杯''老年人钓鱼比赛、“寿翁杯”特邀赛、全国第六次钓鱼比赛均在湖畔举行。现代著名书画家、齐白石的弟子、北京美术学会会长张潭题诗曰:“谁说西湖好,此湖有真情。涓涓流不尽，源源育英雄。” 高唐城圈湖又名城环湖。明清两代城墙屡圮屡筑，使城墙内侧低洼积水。1958年注入黄河水，始成为湖，面积近千亩，约占城内面积的二分之一。此湖由东南湖、西南湖、东北湖、西北湖4部分组成。东北湖和西北湖以拱桥为界,桥旁建有亭台4座。湖底平坦,水深常年保持1米左右，湖内养鱼、种藕，间有苇蒲。风景优美，游人不绝。