旧志记载，清代境内林深茂密，鸟兽成群，野生动物资源丰富。象鸬鹚“巢于法金都杨邳（峙滩乡杨溪）茂林，每日千百为群，分河食鱼不紊。宿原处，十年无改”。顺治九年（1652年），“虎穴西隅塔下，……伤人畜甚多”。又有金鱼“有红、白三尾五尾诸种，大者尺余”。还有许多珍稀动物出没于境内：明崇祯“十六年四月，有兽似鹿而小，由东门入城，居民获之扑死市中。两目下复有两目，或麖或云麋……”。野牛、熊、梅花鹿、猴、蟒蛇、猪豚蛇、蛇龟等动物亦有记载。
由于长期以来自然生态平衡不断遭受到严重的破坏，少数珍贵动物已经灭迹或濒临绝境，野生动物数量相继减少。解放后，党和政府很重视野生动物资源的保护，颁布了一系列有关的政策法令。随着生态环境保护措施的实施以及绿化覆盖面的迅速扩大、野生动物数量锐减的趋势有所缓和。
兽类 已发现的主要兽类动物有各（狗犴）、猸（白面）、石犴（泥鳅扒）、黄狼、黄鼠狼、狐狸、狸子（箭猫）、香狸（野猫）、猹、青猺（花面狸或两头乌）、黄猺（青鼬）、狼、虎、金钱豹、豺狗、排狗、水獭、泥獭、黄鼠、松鼠、老鼠、水鼠、地鼠、野山羊、草獐、麂、梅花鹿、黑熊、野兔、野猪、豪猪、刺猬、（刺老鼠）、黄猴、穿山甲、蝙蝠。
上述动物中，以瑶里山区动物种类最多，而野山羊、黑熊、梅花鹿、黄猴仅在瑶里山区发现。
鸟类 据有关资料记载和发现，鸟类主要有鹳、白鹇、〓〓、雉、老鹰、鹭、杜鹃、竹凤、野鸭、水鸭、水鸡、斑鸠、莺、黄雀、麻雀、鸽、八哥、喜鹊、画眉、啄木鸟、乌鸦、燕、鹧鸪、翠鸟、竹鸡、角鸡、猴面鹰、猫头鹰、相思鸟、鸳鸯、青合鸟、红嘴甲（啄蛇鸟）、水乌鸦、白鹤、叫天子等。
蛇类 境内蛇种类甚多，遍布各地，以山区为最。常见的有松花蛇（两种，一为菜花蛇、一为臭花蛇），乌稍蛇、眼镜蛇（扁头风）、蕲蛇（五步蛇）、金环蛇（手巾花）、银环蛇（百步梯）、黄金条、烂肚鳌（一种腹蛇）、青竹标（分两种，另一为红绿青标蛇）、麻七寸（七寸毒或小五步）、盲蛇（俗名红颈蛇或两头蛇）、泥蛇（拱地蛇）。其中以乌稍、水蛇、松花、五步、七寸、银环等蛇较多。还有稀有蛇种猪豚蛇、蟒蛇等，虽有资料记载，但据调查现尚未发现踪迹。
鱼类 据调查境内至少有60余种经济鱼类。主要鱼种有鲩鱼（草鱼）、链鱼、鲤鱼、鳊鱼、鲇鱼、鲴鱼、鲫鱼（侧鱼）、鳜鱼、鳝鱼、鳗鱼、青鱼、鮊鱼、鳡鱼、乌鱼、石斑鱼、忍子鱼、泥鳅、刺鳅、鲦鱼、鳑鲏鱼、鳤鱼、黄〓头鱼。
两栖介壳类 主要有龟、鳖、蛇龟、河蚌、虾、蟹、螺蛳、蜗牛、青蛙、石鸡、大鲵（娃娃鱼）、蟾蜍（癞蛤蟆）等。
昆虫类 常见的有蚕、蜂、蟋蟀、蝉、螳螂、蟑螂、金龟子、蝇、螟蛉、蜉蝣、蚂蚁、白蚁、蚊、蜻蜓、百足虫、蝴蝶、萤火虫、毛虫等。
植物资源
境内植物已查明的约有217科788种。现按木本植物类，藤本植物类、竹类、草本植物类、水生植物类和苔鲜、茵及地衣类划分，记述如下：
木本植物类 主要有银杏、红头杉、香榧、粗榧、苏铁、马尾松、罗汉松、湿地松、杉木、三尖杉、侧柏、竹柏、圆柏、龙柏、鹅掌樕、玉兰、厚朴、木莲、白兰花、樟、肉桂、乌药、楠木、檫树、桂皮、天目木姜子、香叶树、香叶子、山胡椒、山苍子、石榴、山桐子、番木瓜、杨桐、厚皮香、石笔木、黄端木、野山茶、油茶、茶、米碎花、柃木、蒲桃、多叶山竹子、椴树、杜英、梧桐、乌桕、千年桐、算盘子、木薯、油桐、交誏木、重阳木、枇杷、杏、梅、梨、野山楂、茶果、李、月季、蔷微、木莓、厚叶铁丝莲、牡丹、豪猪刺、阔叶十大功劳、十大功劳、南天竹、木通、紫薇、瑞香、海桐花、合欢、山合欢、绣球、相思树、腊梅、紫荆、皂荚、皂角、黄檀、花梠木、绵鸡儿、胡枝子、槐、苦参、截叶铁扫帚、枫树、托木、杜仲、细叶黄杨、悬柃木、茅栗、垂柳、曲柳、杨梅、桤木、光皮桦、板栗、甜槠、苦楮、石栋、锥栗、栲树、麻栎、槲树、栓皮栎、木麻黄、榔榆、大叶榉、柘树、桑树、金花果、扶桑、变色木、冬青、枸骨、枳椇、卫矛、丝棉木、马甲子、枣树、柚、臭椿、香椿、楝树、柫树、川楝、佛手、桔、香园、大半夏、胡颓子、三角枫、五叶枫、青枫、漆树、黄连木、南酸枣、黄杞、野核桃、胡桃、化香树、枫杨、泡花树、光皮树、八角枫、喜树、吊钟花、丹桂、五茄、〓木、杜鹃花、灯笼花、马醉木、满山红、乌饭、荚竹桃、香果树、泡桐、梓树、菜豆数、紫珊、凤凰木、黄花槐、伯乐树、青皮树、紫金午、白檀、山矾、驳骨丹、金钟花、白腊树、迎春花、茉莉、小叶女贞、木栖、月桂、水团花、风箱树、虎剌、栀子花、栀子、糙叶木、满天星、六月雪、狗骨柴、忍冬、糯米条、接骨木、狗杞、白棠子树、杜虹花、大青、海通、杜荆、芭蕉、银鹊树、灯台树、花石榴、果石榴、使君子、风车子、木芙蓉、朱槿、木槿、金丝桃、梵天花等95科350种树。
藤本植物类 主要有冷饭团、南五味子、山木通、叶木通、五叶瓜藤、野木瓜、轮番藤、苍白称钩凤、防已、金线吊乌龟、千金藤、石蟾蜍、大血藤、猕猴桃、中华猕猴桃、小果蔷微、金缨子、寒莓、高梁泡、多脉悬钩子、空心泡、龙须藤、大托叶云实、鸡血藤、葛藤、薜荔、雷公藤、勾儿茶、三裂叶蛇葡萄、葎叶蛇葡萄、爬山虎、粉叶爬山虎、山叶崖爬藤、蘡薁、葡萄、巨锋葡萄、先锋葡萄、清风藤、飞龙掌血、波叶紫金牛、九节龙、钩吻、清香藤、络石、链珠藤、巴戟、羊角藤、茜草、钩藤、山银花、全缘叶紫珠、菝葜、黄藤等26科56种。
竹类 主要有棕竹、棕榈、观音竹、凤尾竹、方竹、阔叶箬竹、箬竹、刚竹、水竹、桂竹、毛竹、箭竹、罗汉竹、红竹、苦竹等2科16种。
草本植物类 常见的有牛蒡、野艾篙、小苦艾、马兰、紫苑、蟹甲草、蝙蝠草、兔儿伞、翠菊、菊花、野菊、大蓟、小蓟、黄鹌菜、天竺牡丹、一点红、一年蓬、兰草、大丁草、向日葵、莴苣、苦菜、剪刀股、火艾、野苦麻、狗舌草、一枝萤花、蒲公英、大艾、沙参、风铃草、土壳参、半边莲、桔梗、冬瓜、西瓜、甜瓜、南瓜、北瓜、瓠、葫芦、丝瓜、苦瓜、黄瓜、败酱、车轴草、砧草、茜草、车前、九头狮子草、紫云菜、苦苣苔、金鱼草、胡麻草、栀子草、松篙、地黄、玄参、阴行草、水蔓青、香椒、朝天番椒、番茄、烟草、茄、马铃薯、王珊瑚、霍香、筋骨草、野芝麻、薄荷、荆芥、紫苏、夏枯草、丹参、鼠尾草、黄岑、百黑香、马鞭草、紫草、黄胆草、牵牛花、水甘草、龙胆、睡菜、苦菜、铜钱草、樱草花、珍珠菜、报春花、樱草、细叶鹿蹄草、鹿蹄草、山芹、胡萝卜、当归、野胡萝卜、前胡、防癸、防风、珊瑚菜、土当归、土参、水珠草、柳叶菜、倒挂金钟、丁香蓼、水苋菜、千屈菜、水松叶、秋海棠、胡堇草、紫花堇菜、犁头草、香堇菜、地耳草、元宝草、花葵、锦葵、黄麻、田麻、凤仙花、榎草、大戟、译漆、地锦草、猩猩草、蓖麻、瓜子金、远志、白苏、芸香、蒺藜、金莲花、酢浆草、拢牛儿苗、鱼腥草、天竺葵、花生、木黄芪、紫云英、?扁豆、牛角豆、野百合、山蚕豆、山黑豆、大豆、蔓豆、甘草、胡豆、马棘、野碗豆、铁扫帚、鸡眼草、苜蓿、草木犀、含羞草、绿豆、菜豆、碗豆、苦参、蚕豆、草藤、草莓、水杨梅、蛇含、狼牙、翻白菜、地榆、白须草、梅花草、人字草、虎耳草、土三七、佛甲草、木犀草、南芥菜、芸苔、甘兰、花菜、大芥、金英花、鹅掌草、金龟草、黄莲、芍药、毛金梅草、苍耳、狗筋蔓、石竹、繁缕、马齿苋、牛藤、莲子草、野苋、苋菜、鸡冠、千日红、藜、地肤、菠菱、荞麦、马蓼、辣蓼、金线草、大黄、羊蹄、马兜铃、细辛、百芯草、苧麻、草苧麻、大麻、桑草、银线草、仙人指甲兰、泽兰、白及、银兰、金兰、石斛、赤箭、山姜、香雪兰、唐菖蒲、水仙菖蒲、薯芋、龙舌兰、石蒜、水仙、洋葱、山蒜、葫、韭、文竹、天门冬、挂兰、贝母、萱草、土伏岑、紫萼、玉簪、山丹、卷丹、麦门冬、黄精、万年青、凤尾草、油点草、莞草、野古草、百合、灯芯草、石菖蒲、天南星、虎掌、芋、观音莲、半夏、牛毛耗、针兰、乌拉草、燕麦、大麦、淡竹叶、芒、青茅、稻、糯、稗、狠尾草、甘蔗、黑麦、牛鞭草、梁、狗尾草、油芒、大油芒、醉马草、小麦、玉黍、芨芨草、节节菜、阴地蕨、观音座莲、芒箕骨、里白、长叶里白、钱线草、石长生、过坛龙、山苏花、絓羊齿、地柏叶、乌毛蕨草、金蕨、线蕨、风了草、骨牌蕨、羊齿、瘤足蕨、水龙骨、毛蕨、耳蕨、蕨、岩风尾蕨、蜈蚣草、八角莲、七叶一枝花等70科311种。
水生植物类 常见的有三叶狐尾藻、狐尾藻、水马齿、貉藻、萍蓬草、睡莲、鹿蹄草、毛苦荞麦、鸭舌草、雨久花、品藻、水萍、大藻、鸭咀草、龙舌草、苦草、泽泻、菹草、眼子菜、大叶藻、满江红、槐叶频、藻、水蕨、鹧鸪草、仙菜、解藻、丝藻、瑚珊藻、节节藻、蜈蚣藻、菱等约22科35种。
苔藓、菌及地衣类 主要有埃苏、竹荪、龟荤、鬼笔、毒蛇荤、瓢荤、松荤、青头菌、白帽菌、伞荤、磨菇、灵芝、茅荤、扫帚菇、银耳、木耳、扇状地衣、松萝、石耳、石芯等2科20种。